genome.fa.s8319.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008319.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111022_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4819703

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610651--2610682	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2611216--2611668	149	3.0	149	99	0	897	27	17	20	34	1.95
2611647--2611691	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2614967--2615011	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2615592--2615626	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2615683--2615726	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2615952--2616003	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2616540--2616992	149	3.0	149	99	0	888	27	16	20	34	1.95
2616971--2617015	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2617830--2617882	22	2.4	22	83	0	70	22	26	24	26	2.00
2624032--2624195	64	2.5	65	80	9	167	32	18	21	26	1.97
2624742--2624819	22	3.5	22	91	0	129	15	25	30	28	1.96
2624781--2624838	22	2.9	19	87	10	73	17	25	31	25	1.97
2627862--2627898	3	13.0	3	83	11	51	35	2	0	62	1.10
2627838--2627898	14	4.4	15	78	15	69	39	1	0	59	1.08
2627839--2627896	8	7.1	8	79	11	64	39	1	0	58	1.08
2627866--2627899	11	3.0	12	87	12	54	35	5	0	58	1.22
2627862--2627898	17	2.2	17	95	0	65	35	2	0	62	1.10
2627913--2627969	24	2.3	24	84	3	78	45	28	15	10	1.79
2630925--2631041	60	2.0	60	84	3	155	35	11	17	35	1.86
2634344--2634369	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2636070--2636117	24	2.0	24	100	0	96	50	16	8	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2639545--2639606	25	2.6	24	80	9	74	40	4	1	53	1.32
2651323--2651374	25	2.2	23	89	6	77	26	5	9	57	1.53
2651329--2651381	25	2.1	25	96	0	97	32	7	9	50	1.62
2660467--2660509	21	2.0	21	100	0	86	37	16	13	32	1.88
2661083--2661136	27	2.0	27	100	0	108	51	11	0	37	1.37
2662444--2662514	16	4.4	16	94	0	124	18	25	14	42	1.87
2662709--2662753	24	1.9	22	86	13	63	60	0	2	37	1.09
2662772--2662821	23	2.1	23	88	3	73	44	0	4	52	1.20
2665294--2665336	17	2.2	20	73	26	56	41	6	4	46	1.51
2665298--2665438	9	16.2	9	68	21	61	42	6	6	44	1.55
2665203--2665367	45	3.2	55	72	25	162	41	6	7	44	1.58
2665308--2665462	69	2.3	68	86	9	212	43	5	6	44	1.54
2665477--2665545	34	2.0	34	82	5	84	42	2	7	47	1.46
2665512--2665552	20	2.0	20	85	0	55	48	0	4	46	1.23
2665550--2665667	7	16.9	7	81	0	110	50	31	0	17	1.53
2665673--2666577	215	4.2	215	90	4	1420	30	11	7	50	1.67
2665673--2666577	424	2.1	425	90	3	1426	30	11	7	50	1.67
2667241--2667280	17	2.4	17	86	0	53	15	17	20	47	1.83
2667818--2667874	29	1.9	30	85	3	80	43	15	3	36	1.64
2670478--2670519	20	2.1	20	86	8	59	78	0	9	11	0.96
2670469--2670522	24	2.3	22	81	9	63	75	1	7	14	1.09
2675756--2675802	20	2.3	20	100	0	94	42	6	23	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2677625--2677661	18	2.0	19	89	5	58	29	0	16	54	1.43
2678612--2678829	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
2678846--2678913	23	3.0	23	91	0	100	20	27	26	25	1.99
2680597--2680636	14	2.7	15	92	7	73	12	30	0	57	1.36
2682025--2682071	18	2.9	16	84	9	51	61	2	0	36	1.08
2683154--2683220	31	2.2	31	88	0	98	29	5	19	44	1.74
2692730--2692900	95	1.8	93	86	3	245	25	23	23	27	2.00
2702641--2702830	53	3.5	53	82	6	193	27	16	23	32	1.96
2702641--2702839	54	3.7	54	81	5	240	28	17	22	32	1.96
2703330--2703445	21	5.4	21	75	15	87	23	13	26	36	1.92
2703352--2703425	23	3.4	22	76	12	73	21	14	27	36	1.93
2708994--2709155	55	3.0	55	87	2	211	31	19	20	29	1.97
2709650--2709698	21	2.3	21	85	0	71	30	10	22	36	1.87
2714097--2714195	8	12.5	8	67	16	55	41	1	0	57	1.05
2714146--2714191	24	1.9	24	95	0	83	45	0	0	54	0.99
2714151--2714210	31	2.0	30	83	3	75	40	0	1	58	1.08
2716081--2716105	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2716686--2716741	29	2.0	29	85	3	78	42	12	14	30	1.82
2717573--2717609	19	1.9	19	100	0	74	10	21	5	62	1.48
2721340--2721410	18	3.8	18	70	7	70	26	25	22	25	2.00
2722057--2722146	19	4.7	19	98	0	171	21	32	16	30	1.95
2728284--2728356	18	3.9	18	68	7	56	27	27	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728601--2728659	2	29.5	2	100	0	118	50	49	0	0	1.00
2729046--2729094	19	2.6	19	96	0	89	22	32	16	28	1.95
2730095--2730427	43	7.7	43	84	3	391	18	21	24	35	1.95
2730095--2730390	87	3.4	86	85	1	412	18	21	24	35	1.95
2730095--2730390	130	2.3	130	88	1	441	18	21	24	35	1.95
2731753--2731809	18	3.2	17	79	16	62	64	0	1	33	1.04
2731748--2731828	28	2.8	28	78	18	85	64	0	1	34	1.02
2731779--2731842	24	2.8	23	79	9	69	60	0	1	37	1.06
2738370--2738444	26	2.6	30	79	18	104	12	13	41	33	1.81
2738375--2738437	26	2.4	26	100	0	126	12	12	39	34	1.82
2738649--2738707	28	2.1	28	90	3	93	13	10	30	45	1.76
2738444--2738931	244	2.0	243	89	4	750	24	11	25	37	1.90
2738892--2738980	38	2.4	38	88	7	137	12	12	39	35	1.81
2747308--2747382	29	2.6	29	91	0	114	17	34	28	20	1.95
2747306--2747392	29	3.0	29	86	0	93	18	33	26	21	1.96
2747420--2747472	27	2.0	27	92	0	88	3	50	18	26	1.64
2747669--2747725	26	2.2	25	87	6	87	42	10	40	7	1.66
2748224--2748253	15	1.9	16	93	6	53	40	3	6	50	1.45
2750480--2750564	11	7.5	11	69	20	50	49	5	7	37	1.54
2750527--2750575	13	3.8	13	72	22	50	48	8	6	36	1.58
2750457--2750597	59	2.4	58	86	5	187	49	7	4	39	1.50
2750678--2750996	14	24.1	14	69	17	200	44	9	2	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750678--2750996	26	12.6	26	82	9	320	44	9	2	43	1.50
2750835--2750890	19	3.1	19	73	23	66	50	12	0	37	1.41
2750733--2751046	150	2.1	147	91	2	504	43	8	2	44	1.49
2750850--2751023	52	3.3	52	84	5	165	46	10	2	40	1.52
2751253--2751325	14	4.7	14	75	15	56	43	13	0	42	1.44
2751248--2751485	49	4.8	49	96	0	431	45	12	0	42	1.41
2751308--2751381	21	3.2	21	67	29	60	47	12	0	40	1.41
2751369--2751446	22	3.3	22	66	22	59	43	10	0	46	1.37
2755083--2755220	53	2.7	50	74	20	124	48	7	1	42	1.39
2755257--2755374	51	2.4	50	81	12	140	50	8	0	40	1.39
2755332--2755394	28	2.2	30	94	5	112	57	12	0	30	1.36
2755336--2755401	28	2.4	28	87	10	107	56	12	0	31	1.36
2755371--2755419	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
2755771--2755840	21	3.2	21	66	15	61	30	25	24	20	1.99
2755860--2755928	29	2.4	29	92	0	111	15	23	37	23	1.93
2764041--2764094	27	2.0	27	92	0	90	42	16	18	22	1.89
2765288--2765318	16	1.9	16	100	0	62	48	12	12	25	1.77
2769648--2770715	536	2.0	536	88	2	1590	30	21	16	30	1.96
2779616--2779664	23	2.1	23	88	7	73	28	2	12	57	1.46
2789847--2789877	11	2.8	11	95	0	53	16	9	9	64	1.48
2803218--2803322	37	2.9	35	79	10	122	26	18	8	46	1.77
2807205--2807241	18	2.1	18	89	0	56	37	5	29	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808332--2808373	20	2.2	19	91	8	68	23	23	9	42	1.83
2815460--2815485	13	2.0	13	100	0	52	53	23	15	7	1.67
2817691--2817719	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2821881--2821916	17	2.1	17	100	0	72	50	5	25	19	1.69
2822128--2822174	23	2.0	23	100	0	94	46	0	4	48	1.21
2823032--2823057	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2839221--2839259	20	2.0	20	100	0	78	35	30	5	28	1.79
2839705--2839761	11	5.1	12	73	16	59	64	1	0	33	1.04
2839698--2839761	21	2.8	23	86	11	80	65	1	0	32	1.02
2840214--2840309	31	3.1	31	86	0	138	19	21	12	45	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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