genome.fa.s8480.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008480.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111311_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2515485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10223--10296	38	1.9	38	88	0	112	27	9	18	44	1.81
10960--10998	11	3.5	11	93	6	62	74	7	2	15	1.15
22207--22264	23	2.6	22	84	7	82	41	6	18	32	1.78
22448--22494	20	2.3	20	75	7	51	17	21	12	48	1.79
22422--23068	180	3.6	180	83	5	775	27	16	12	42	1.85
22411--23068	182	3.6	181	83	4	765	28	16	12	42	1.85
25645--25679	15	2.4	15	95	4	63	65	11	5	17	1.43
25775--25838	27	2.4	27	97	0	119	43	7	3	45	1.48
27966--28213	105	2.4	105	96	0	451	22	21	18	37	1.94
29193--29440	52	4.6	53	75	6	178	39	18	10	31	1.85
29661--29759	34	2.8	34	84	4	99	36	14	22	27	1.92
29690--29759	34	2.0	35	91	2	115	40	12	20	27	1.88
29901--30094	37	5.4	37	72	11	154	41	9	18	30	1.82
34575--34607	15	2.2	15	94	0	57	66	6	9	18	1.40
35282--35338	30	1.9	29	85	3	78	63	3	1	31	1.22
39359--39399	18	2.3	19	79	12	50	58	9	7	24	1.55
40291--40452	80	2.1	77	85	10	213	39	16	13	30	1.87
46020--46058	8	5.0	8	81	6	53	33	0	28	38	1.57
46126--46668	128	4.2	128	97	0	1005	23	24	19	33	1.97
48228--48315	31	2.7	31	80	5	95	59	2	0	38	1.10
48228--48306	34	2.4	33	83	6	99	60	1	0	37	1.05
48261--48336	33	2.3	34	84	8	95	64	5	0	30	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49515--49552	20	2.0	20	85	14	55	71	0	7	21	1.11
49519--49569	11	4.9	10	79	13	50	66	3	7	21	1.34
49521--49569	21	2.3	20	79	6	53	65	4	8	22	1.37
51119--51350	106	2.2	107	88	0	331	21	17	25	35	1.95
51663--51855	67	2.8	67	82	3	233	36	11	22	29	1.90
51810--51925	34	3.4	34	89	5	166	31	11	18	37	1.87
51965--52487	37	15.4	36	68	20	188	38	12	18	30	1.87
52093--52149	30	1.9	30	85	7	80	35	10	14	40	1.80
52039--52385	100	3.5	99	87	5	456	37	12	18	31	1.87
52170--52555	166	2.3	166	91	4	605	36	12	19	31	1.89
52272--52451	66	2.8	65	89	5	276	35	12	20	31	1.90
52335--52576	102	2.3	105	89	3	357	36	13	19	30	1.90
53775--54124	183	1.9	183	95	0	637	30	21	21	27	1.98
58065--58115	21	2.4	21	84	12	61	68	1	7	21	1.25
58287--58330	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
60411--60461	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
60411--60665	20	12.6	20	78	6	147	40	20	21	17	1.91
60515--60646	40	3.2	40	89	3	192	35	18	25	19	1.95
60411--60665	40	6.3	40	75	11	171	40	20	21	17	1.91
60411--60665	60	4.2	61	71	12	202	40	20	21	17	1.91
60636--60675	20	2.0	20	90	0	62	52	20	17	10	1.72
60753--60844	6	15.5	6	98	1	177	32	51	16	0	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61532--61594	6	10.5	6	100	0	126	0	15	50	33	1.45
61704--61811	20	5.4	20	85	0	144	23	24	17	35	1.95
61805--61854	25	2.0	25	100	0	100	16	20	20	44	1.87
61702--61961	20	12.6	20	76	8	121	18	21	20	39	1.92
61911--61961	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
62088--62143	28	2.0	29	92	3	96	62	10	12	14	1.55
67249--67315	25	2.7	25	85	0	89	40	16	14	28	1.88
68045--68102	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
68474--68510	14	2.6	14	95	0	65	27	0	21	51	1.48
68474--68518	14	3.2	14	81	12	56	28	0	20	51	1.48
68474--68541	28	2.4	28	80	4	66	26	0	22	51	1.48
69180--69216	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
69502--69544	22	2.0	22	95	0	77	20	41	16	20	1.90
69938--70023	20	4.4	20	85	4	104	11	15	23	50	1.76
71934--72002	20	3.5	20	87	0	102	34	24	21	18	1.96
72236--72272	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
72392--72469	20	3.9	20	80	6	86	44	25	16	12	1.83
72392--72469	40	2.0	40	84	5	104	44	25	16	12	1.83
72508--72564	20	2.8	20	94	0	96	26	21	21	31	1.98
72705--72758	20	2.7	20	94	0	90	29	18	22	29	1.97
72481--72890	194	2.1	194	94	0	723	36	16	15	30	1.91
72729--73011	140	2.0	140	97	0	539	43	15	12	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73069--73103	18	1.9	18	94	0	61	20	2	22	54	1.58
73989--74133	20	7.2	20	76	10	125	26	15	26	31	1.96
74023--74117	21	4.6	21	79	6	106	25	14	24	35	1.93
74023--74138	41	2.8	41	88	0	169	25	14	25	35	1.94
73989--74129	61	2.3	59	75	11	142	26	16	25	31	1.96
73989--74150	41	4.0	41	79	3	150	26	16	24	32	1.96
74224--74260	19	1.9	19	88	0	56	21	13	29	35	1.92
75044--75086	22	2.0	22	90	0	68	34	13	16	34	1.88
86416--86477	29	2.1	29	82	5	72	40	0	3	56	1.15
86457--86490	3	11.0	3	93	6	59	35	0	0	64	0.94
86690--86729	21	2.0	20	90	5	62	25	2	0	72	0.97
97463--97543	23	3.7	22	82	6	94	19	25	30	23	1.98
111282--111326	23	2.0	23	95	0	81	44	17	8	28	1.79
112587--112659	24	3.1	24	80	4	85	12	12	17	57	1.65
112754--112799	24	1.9	24	95	0	83	15	8	19	56	1.65
117711--118227	161	3.1	162	84	9	651	41	14	16	27	1.87
117875--118287	182	2.3	182	88	2	607	41	14	15	27	1.87
124198--124675	200	2.4	198	84	7	596	40	15	14	30	1.86
124647--124696	20	2.5	20	93	0	91	42	6	16	36	1.72
125008--125068	23	2.7	23	81	0	77	31	16	8	44	1.77
124934--125095	87	1.9	87	92	2	272	33	13	9	43	1.77
128028--128052	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127958--128349	187	2.1	185	89	2	599	42	3	8	44	1.53
132177--132246	3	23.7	3	75	13	56	40	2	0	57	1.14
132176--132244	14	4.9	14	71	16	54	40	2	0	56	1.14
132176--132244	17	3.7	20	78	21	78	40	2	0	56	1.14
132177--132236	23	2.6	23	83	2	75	41	3	0	55	1.16
132173--132238	8	9.1	7	74	22	57	40	3	0	56	1.15
140488--140612	40	3.1	39	73	17	112	36	15	24	24	1.94
141907--141955	20	2.5	20	82	0	53	28	24	16	30	1.96
142032--142081	20	2.5	20	86	0	73	26	26	22	26	2.00
142145--142199	20	2.8	20	82	0	65	29	21	20	29	1.98
141871--142316	118	3.8	119	93	1	734	31	16	17	33	1.93
142263--142396	20	6.7	20	77	0	133	26	23	18	30	1.98
142263--142396	40	3.3	40	89	0	205	26	23	18	30	1.98
142542--142608	3	22.7	3	75	14	59	38	2	0	58	1.14
142540--142608	14	4.9	14	77	19	65	39	2	0	57	1.13
147483--147522	20	2.0	21	85	5	55	20	7	27	45	1.78
157028--157058	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
157130--157174	16	2.8	16	79	0	63	51	22	17	8	1.73
158265--158320	14	4.3	14	73	17	66	50	25	14	10	1.75
158258--158319	24	2.6	24	92	0	97	51	24	12	11	1.72
158331--158431	40	2.4	40	79	11	105	38	17	11	31	1.86
158867--158925	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163543--163601	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
166293--166387	30	3.1	30	90	1	145	36	37	4	21	1.73
172420--172693	5	56.2	5	85	11	383	60	0	0	38	0.99
173256--173282	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
189824--189861	12	3.1	12	85	14	51	57	2	0	39	1.12
190193--190224	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
191355--191386	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
192599--193373	84	9.3	84	76	6	648	24	20	23	30	1.98
192596--193009	164	2.5	164	83	5	474	24	20	24	30	1.99
192661--193260	249	2.4	249	90	0	905	24	20	24	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13