genome.fa.s8480.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008480.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111311_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2515485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057303--2058425	113	10.0	113	96	0	2018	28	19	14	37	1.91
2057303--2058403	451	2.4	452	96	0	2026	28	19	14	37	1.91
2059272--2059975	83	8.5	82	95	1	1169	35	22	13	28	1.92
2061010--2061077	27	2.5	27	80	20	79	2	19	0	77	0.89
2061009--2061071	16	4.0	15	82	10	72	3	19	0	77	0.90
2071682--2071748	26	2.5	26	75	2	71	65	1	2	29	1.16
2072457--2072495	20	2.0	20	84	0	51	69	12	0	17	1.19
2073863--2073934	3	23.7	3	91	2	117	62	0	1	36	1.04
2078059--2078103	3	14.7	3	81	4	54	57	4	2	35	1.31
2081880--2081941	19	3.4	19	69	24	60	6	14	27	51	1.66
2098551--2098598	21	2.2	23	85	14	66	14	12	10	62	1.54
2100461--2100494	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2103951--2104018	33	2.1	33	83	5	84	26	22	16	35	1.94
2104234--2104273	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2104518--2104564	20	2.3	20	88	0	67	31	19	25	23	1.98
2104785--2104824	21	1.9	21	85	10	55	50	5	10	35	1.58
2110245--2110277	16	2.1	16	88	11	50	69	12	3	15	1.30
2112918--2112981	18	3.6	18	82	4	85	32	7	14	45	1.73
2112914--2113008	35	2.7	35	88	0	136	37	7	12	42	1.71
2112916--2113004	18	5.1	17	77	5	79	37	7	12	42	1.72
2113121--2113225	46	2.3	46	88	0	165	28	14	20	37	1.91
2115580--2115615	18	2.0	18	100	0	72	27	33	0	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117874--2117918	17	2.6	17	96	0	81	26	0	28	44	1.55
2128769--2128857	29	3.1	29	78	14	103	35	5	0	58	1.22
2131023--2131074	21	2.5	21	96	0	95	25	40	15	19	1.90
2140221--2140281	28	2.2	27	82	2	68	50	8	9	31	1.65
2146662--2146694	16	2.1	16	100	0	66	42	12	24	21	1.86
2146662--2146705	16	2.9	15	90	6	63	47	11	22	18	1.80
2154431--2154464	16	2.1	16	94	0	59	17	32	20	29	1.96
2171411--2171451	18	2.3	18	100	0	82	39	12	34	14	1.84
2172138--2172208	37	1.9	37	97	0	133	12	8	33	45	1.73
2171920--2172501	248	2.4	241	84	9	754	23	11	27	37	1.89
2172376--2172458	38	2.2	37	87	8	114	13	9	37	39	1.77
2173242--2173268	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
2175612--2175799	84	2.2	84	86	0	250	22	19	26	31	1.98
2175845--2175909	21	3.4	21	64	24	61	43	13	20	23	1.87
2175828--2175932	36	2.9	36	94	0	183	41	14	20	23	1.88
2176325--2177148	106	7.8	106	94	0	1382	23	17	24	33	1.96
2179169--2179197	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2179129--2179180	27	1.9	27	88	0	77	65	1	13	19	1.36
2180806--2180832	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
2193020--2193056	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2193607--2193651	21	2.1	21	83	0	54	48	2	17	31	1.59
2210067--2210092	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213245--2213305	21	3.2	21	65	26	62	31	4	16	47	1.68
2213244--2213323	36	2.2	36	93	2	135	31	5	18	45	1.71
2213728--2213761	17	2.1	17	94	5	61	35	0	20	44	1.52
2216646--2216833	64	2.9	64	78	9	186	31	22	16	29	1.96
2216674--2216848	64	2.7	63	80	10	194	29	24	17	29	1.97
2216965--2216997	16	2.1	16	100	0	66	24	24	18	33	1.97
2224253--2224296	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
2224987--2225026	19	2.0	20	85	9	55	37	0	37	25	1.56
2225381--2225503	64	1.9	64	81	6	151	31	20	16	31	1.94
2225409--2225588	64	2.8	63	80	9	202	30	23	17	28	1.97
2234045--2234104	3	19.7	3	74	16	52	38	0	0	61	0.96
2234036--2234087	12	4.2	12	81	15	61	38	0	0	61	0.96
2234045--2234104	12	5.5	11	80	15	63	38	0	0	61	0.96
2246819--2246848	14	2.1	15	93	6	53	80	0	20	0	0.72
2247201--2247249	16	2.9	16	84	9	62	36	10	6	46	1.63
2248362--2248703	114	3.0	112	90	3	522	35	14	18	31	1.91
2249404--2249674	113	2.4	113	88	2	409	35	14	20	29	1.92
2249684--2249983	104	2.7	109	78	9	331	37	13	17	31	1.88
2249389--2250139	312	2.3	317	84	6	937	37	14	18	29	1.90
2250001--2250227	124	1.9	121	81	4	276	41	16	17	24	1.89
2250377--2250429	9	5.9	9	77	16	56	37	0	0	62	0.96
2250369--2250432	12	5.4	12	76	22	64	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2250378--2250420	15	3.1	15	74	19	56	37	0	0	62	0.95
2256139--2256851	207	3.3	211	88	5	974	51	7	12	28	1.67
2257002--2258890	6	323.7	6	93	6	3302	16	0	17	66	1.25
2258900--2258983	18	4.8	17	73	22	66	41	7	9	41	1.65
2258968--2258997	13	2.3	13	94	0	51	50	6	3	40	1.45
2258950--2259036	33	2.7	31	82	6	111	41	8	8	42	1.64
2258893--2259081	86	2.2	85	87	7	269	41	8	7	42	1.63
2258980--2259102	53	2.3	53	94	0	210	40	8	5	45	1.57
2260460--2260556	34	2.9	34	86	4	137	28	3	16	51	1.59
2260792--2260827	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
2260792--2260827	10	3.6	10	96	0	63	55	0	0	44	0.99
2260279--2260892	300	2.0	299	93	6	1050	30	9	12	48	1.72
2260822--2260880	31	1.9	31	86	3	84	28	3	20	47	1.66
2262254--2262383	68	1.9	66	80	13	149	46	5	2	45	1.38
2262305--2262345	17	2.4	17	87	0	55	43	9	0	46	1.36
2264041--2264087	11	4.3	11	78	15	53	44	2	2	51	1.25
2264041--2264087	20	2.2	20	85	14	58	44	2	2	51	1.25
2264321--2264358	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
2264321--2264371	20	2.8	18	88	11	61	39	9	27	23	1.86
2265530--2265582	24	2.2	24	83	6	63	22	9	1	66	1.31
2265541--2265588	24	2.0	24	100	0	96	20	4	4	70	1.21
2273474--2273506	16	2.1	16	100	0	66	24	27	6	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279790--2281417	815	2.0	820	95	1	2971	31	18	18	32	1.95
2286581--2286721	41	3.5	40	88	2	176	36	18	17	27	1.93
2286581--2286728	40	3.7	40	88	2	156	36	17	18	27	1.93
2287332--2287594	43	6.0	43	75	11	198	24	17	6	51	1.69
2287371--2287532	44	3.7	41	76	11	126	22	17	6	52	1.68
2287459--2287554	45	2.2	44	84	5	122	22	14	7	55	1.64
2287338--2287582	132	1.9	130	80	6	289	25	17	6	50	1.70
2288107--2288198	20	4.6	20	78	9	98	30	20	20	28	1.98
2288128--2288223	39	2.4	40	82	10	115	31	21	20	26	1.98
2288786--2288834	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
2288847--2288933	20	4.4	20	79	1	77	14	12	22	49	1.78
2290801--2290904	20	5.5	20	82	13	139	38	21	20	20	1.94
2290804--2290925	34	3.4	34	82	12	163	40	20	21	18	1.92
2290801--2290942	74	1.9	73	89	1	221	39	20	21	19	1.93
2290951--2290997	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
2290971--2291064	33	2.8	34	81	3	127	12	19	23	44	1.85
2291551--2291592	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
2291576--2291667	42	2.2	42	82	3	105	26	35	16	21	1.94
2293008--2293043	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2293144--2293238	33	2.8	33	87	1	127	42	18	23	15	1.89
2293176--2293243	19	3.8	19	72	21	74	45	17	22	14	1.85
2293255--2293348	33	2.8	34	85	3	118	14	22	18	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293322--2293389	20	3.4	20	87	4	102	19	22	22	36	1.95
2293418--2293685	140	1.9	140	96	0	500	44	15	12	28	1.82
2293743--2293777	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
2296004--2296057	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2296004--2296071	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2296919--2297026	20	5.3	20	84	2	108	20	22	20	37	1.95
2296959--2297009	21	2.4	21	96	0	93	17	23	19	39	1.92
2300140--2300196	20	2.8	19	82	10	69	43	1	0	54	1.10
2300161--2300213	18	2.9	18	83	10	63	43	0	1	54	1.11
2300235--2300276	22	1.9	22	85	9	59	57	0	0	42	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13