genome.fa.s8480.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008480.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111311_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2515485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192931--193373	165	2.7	165	84	0	564	26	20	22	31	1.98
192661--193375	249	2.9	248	84	3	717	25	20	23	30	1.99
198997--199026	12	2.5	12	100	0	60	50	0	33	16	1.46
202008--202041	18	1.9	18	88	5	52	35	0	8	55	1.31
203331--203395	24	2.6	25	80	4	78	40	10	3	46	1.54
206498--206522	13	1.9	13	100	0	50	80	8	8	4	1.03
206638--206697	19	3.2	19	75	17	54	71	1	16	10	1.21
206707--206742	17	2.1	17	100	0	72	77	5	5	11	1.10
206710--206753	17	2.4	18	88	7	63	77	6	6	9	1.13
207962--208036	10	7.5	10	81	15	84	69	1	1	28	1.05
207974--208035	4	16.2	4	80	15	62	70	1	0	27	0.96
207967--208041	26	3.0	26	84	7	102	68	1	0	30	0.98
208124--208186	19	3.6	17	74	25	60	50	7	1	39	1.41
208242--208270	15	1.9	15	100	0	58	34	6	3	55	1.44
208065--208416	178	2.0	180	98	1	681	44	7	3	44	1.48
208207--208536	114	3.1	103	78	14	246	46	6	3	43	1.45
208282--208363	18	4.9	17	68	19	57	47	7	2	42	1.44
208347--208650	38	8.2	38	85	7	349	45	6	3	44	1.48
208083--208650	76	7.8	74	73	17	369	45	6	3	44	1.47
208675--208703	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
209231--210104	84	10.5	83	79	4	846	25	19	25	29	1.98
209314--210104	249	3.2	247	84	3	1003	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209235--210104	333	2.6	330	84	2	1080	25	19	25	29	1.98
215331--215390	24	2.5	25	83	8	79	75	5	8	11	1.19
215331--215384	12	4.5	11	76	15	54	77	5	7	9	1.11
215475--215534	19	3.2	19	75	17	54	71	1	16	10	1.21
215544--215577	16	2.1	16	94	0	59	79	0	8	11	0.94
216787--216848	7	8.7	7	81	13	65	69	1	1	27	1.07
216793--216848	3	17.0	3	82	14	58	69	1	0	28	0.98
216912--217003	35	2.8	32	78	14	96	45	5	3	45	1.42
216924--216991	35	1.9	35	88	5	102	48	7	2	41	1.46
216980--217245	38	7.2	36	82	10	279	43	6	4	45	1.48
216980--217284	38	8.1	37	78	13	238	43	7	4	44	1.52
217270--217308	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
222140--222214	22	3.4	22	100	0	150	57	0	0	42	0.98
222140--222214	9	6.7	13	68	31	66	57	0	0	42	0.98
224758--224790	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
225156--225185	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
228582--228722	60	2.3	61	79	7	146	34	19	5	41	1.75
230831--230974	60	2.4	60	78	2	137	29	19	7	43	1.79
231140--231299	60	2.7	59	81	5	178	41	5	19	33	1.75
235969--236051	40	2.1	40	100	0	166	37	9	32	20	1.85
239186--239328	73	2.0	73	98	0	277	26	23	20	29	1.99
239731--239761	16	1.9	16	100	0	62	12	41	25	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245235--245293	18	3.0	21	80	14	79	13	30	27	28	1.94
247846--247926	16	5.1	16	95	0	144	56	22	12	8	1.62
247862--247932	10	7.3	10	68	23	53	56	22	12	8	1.63
248667--248714	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
248674--248704	14	2.2	14	94	0	53	54	22	12	9	1.67
248654--248715	24	2.6	24	89	5	90	54	19	12	12	1.70
251799--251832	17	2.1	16	88	5	50	64	20	11	2	1.39
251784--251832	20	2.8	17	81	12	55	59	24	12	4	1.50
254638--254678	21	2.0	21	90	0	64	31	26	21	19	1.97
254709--254788	21	3.8	21	70	6	63	42	12	13	31	1.82
254757--254797	21	2.0	21	85	0	55	39	17	14	29	1.89
255930--255994	23	2.8	23	83	0	85	30	23	26	20	1.98
256645--256714	35	2.0	35	100	0	140	34	17	2	45	1.63
257238--257276	20	2.0	20	89	0	60	48	23	0	28	1.51
258799--258875	20	3.8	20	89	5	109	29	23	11	35	1.90
260298--260343	22	2.0	23	87	4	67	52	2	6	39	1.40
267013--267045	16	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
276148--276214	3	23.7	3	76	11	70	37	2	0	59	1.13
276148--276214	20	3.4	20	86	10	93	37	2	0	59	1.13
277887--277919	9	3.8	9	84	8	50	45	0	0	54	0.99
284156--284237	1	82.0	1	87	0	119	93	0	6	0	0.33
284156--284237	24	3.4	24	93	1	137	93	0	6	0	0.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284156--284237	25	3.3	25	91	3	139	93	0	6	0	0.33
284157--284241	34	2.5	34	92	5	145	92	0	7	0	0.37
287348--287428	3	27.7	3	88	5	121	35	2	0	61	1.09
287842--287876	18	1.9	18	88	11	54	57	14	28	0	1.38
289165--289197	9	3.8	9	84	8	50	45	0	0	54	0.99
293041--293104	31	2.1	31	87	0	92	35	15	25	23	1.94
297288--297360	36	2.0	36	89	0	110	32	9	13	43	1.77
298479--298527	21	2.3	21	80	16	57	53	0	36	10	1.35
300006--300099	46	2.0	46	97	0	179	41	29	8	20	1.82
300006--300080	21	3.4	21	67	13	60	38	33	9	18	1.83
301981--302065	2	43.5	2	95	4	156	50	0	0	49	1.00
315560--315626	35	1.9	35	93	0	116	29	14	13	41	1.85
318565--318589	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
320650--320710	24	2.6	24	87	7	90	11	22	16	49	1.78
322198--322231	17	1.9	18	94	5	61	26	5	11	55	1.58
327669--327903	54	4.3	54	78	4	238	27	25	20	26	1.99
327771--327897	27	4.7	27	66	15	66	27	26	21	24	1.99
328629--328697	29	2.3	31	78	7	81	53	17	10	18	1.71
329026--329074	24	2.0	24	96	0	89	51	18	24	6	1.69
331444--331503	29	2.0	30	90	3	95	48	15	13	23	1.79
333955--333995	18	2.3	18	100	0	82	39	14	4	41	1.67
335699--335783	3	27.7	3	85	4	89	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335700--335777	21	3.6	21	89	6	113	42	0	0	57	0.98
337857--337907	24	2.1	24	85	0	66	35	1	1	60	1.19
337850--337912	22	3.0	21	71	15	58	38	1	1	58	1.17
341142--341173	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
348503--348557	8	6.6	8	79	8	65	80	0	20	0	0.72
348492--348557	21	3.1	21	83	14	91	78	0	21	0	0.75
348497--348553	16	3.7	15	80	15	64	80	0	19	0	0.71
348503--348554	16	3.2	16	84	15	72	80	0	19	0	0.71
349702--349921	83	2.7	83	94	0	386	25	13	21	39	1.90
350859--351496	338	1.9	339	94	0	1136	36	16	18	28	1.93
350859--351496	113	5.7	113	96	0	1136	36	16	18	28	1.93
351398--351582	92	2.0	93	84	1	246	35	16	16	31	1.91
351851--351924	3	24.7	3	84	10	98	37	0	0	62	0.96
358373--358457	14	6.5	14	70	20	67	44	0	1	54	1.07
358352--358423	26	2.8	28	82	13	86	43	0	1	55	1.08
358373--358457	38	2.2	37	83	12	100	44	0	1	54	1.07
358320--358478	64	2.5	65	91	6	254	40	0	1	57	1.10
358318--358523	64	3.3	62	83	11	185	41	0	1	56	1.12
358488--358547	20	3.1	20	77	15	56	38	0	1	60	1.07
359169--359220	23	2.3	23	80	3	61	28	19	25	26	1.98
362055--362095	19	2.2	19	100	0	82	43	19	4	31	1.72
368301--368332	13	2.5	13	100	0	64	12	37	15	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
370125--370156	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
375718--375764	18	2.7	18	93	3	78	21	6	38	34	1.79
376212--376290	3	26.7	3	82	12	101	34	0	2	63	1.08
376211--376290	22	3.6	22	85	9	110	35	0	2	62	1.09
376212--376290	19	4.1	19	87	11	99	34	0	2	63	1.08
376243--376298	28	2.0	28	89	0	85	33	3	0	62	1.12
376581--376622	20	2.1	20	100	0	84	47	0	38	14	1.44
382402--382607	102	2.0	102	88	0	304	48	6	8	36	1.60
383128--383349	43	5.2	43	68	15	131	46	7	18	27	1.76
383564--383619	28	2.0	28	89	0	85	44	8	21	25	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13