genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   

This is table  1  of  54  ( 6450 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9247--9455	52	4.0	53	87	3	298	36	13	23	25	1.92
9268--9353	27	3.2	27	66	21	72	39	9	25	25	1.85
9247--9455	105	2.0	105	89	3	323	36	13	23	25	1.92
9336--9417	26	3.2	26	62	25	64	35	15	25	23	1.94
17743--17832	35	2.6	35	92	0	153	28	8	16	45	1.78
17818--18362	203	2.7	202	85	3	666	38	12	20	29	1.88
17818--18363	102	5.4	102	89	2	661	38	12	20	29	1.88
18381--18519	71	1.9	75	82	11	182	39	13	17	28	1.88
18382--18541	72	2.2	72	81	9	173	40	13	16	28	1.87
19692--20045	183	1.9	183	91	0	582	31	19	20	28	1.97
25457--25504	18	2.6	18	86	6	60	35	12	27	25	1.92
25997--26322	106	3.0	105	86	4	420	37	13	24	25	1.91
26203--26284	26	3.2	26	68	25	82	35	14	26	23	1.93
26061--26322	53	5.0	53	91	1	411	37	12	25	25	1.91
29264--29299	15	2.5	15	90	4	56	69	2	22	5	1.22
29292--29321	15	2.0	15	93	0	51	63	0	23	13	1.29
33915--33954	20	2.0	20	85	0	53	35	25	7	32	1.84
36436--36487	18	2.7	21	71	20	58	42	13	11	32	1.80
41742--41800	5	11.8	5	78	7	57	71	1	5	22	1.15
41996--42030	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
42853--42898	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
42859--42899	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45193--45232	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
45227--45325	33	3.0	33	92	1	155	33	7	14	45	1.71
45311--45365	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
45561--45617	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
45783--45838	15	3.6	15	83	9	76	30	12	12	44	1.79
45785--45835	17	3.1	17	86	5	70	33	9	11	45	1.74
45930--45961	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
46995--47056	3	19.7	3	80	9	70	61	3	0	35	1.12
46995--47043	16	3.1	16	94	2	82	59	4	0	36	1.17
46995--47053	16	3.7	16	88	4	75	61	3	0	35	1.13
53355--53422	23	3.0	23	84	0	82	16	20	14	48	1.81
53694--53799	23	4.6	23	75	4	88	18	17	16	47	1.83
53732--53815	23	3.7	23	78	0	87	14	20	13	52	1.74
56111--56296	55	3.4	55	93	1	320	29	20	18	31	1.96
56468--56553	28	3.1	28	81	9	113	15	6	29	48	1.70
57150--57201	18	3.0	18	88	5	72	28	32	0	38	1.57
59620--59657	6	6.3	6	100	0	76	34	47	0	18	1.49
61951--62131	54	3.4	54	86	1	220	30	19	18	31	1.95
61997--62333	107	3.1	108	85	1	453	32	19	19	27	1.96
61997--62333	54	6.3	54	87	1	444	32	19	19	27	1.96
68776--69006	54	4.3	54	89	0	354	33	20	18	27	1.96
69348--69401	22	2.6	21	77	8	58	33	22	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70219--70258	16	2.5	16	100	0	80	32	20	0	47	1.50
75231--75287	18	3.1	17	75	22	53	49	3	3	43	1.36
75122--75293	37	4.6	37	77	10	170	47	4	4	44	1.43
83810--83851	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
86051--86084	12	2.9	12	86	4	52	50	8	11	29	1.69
87743--87796	24	2.2	24	100	0	108	37	11	27	24	1.89
97473--97643	90	1.9	91	92	1	290	46	7	11	35	1.67
107683--107720	20	1.9	20	88	0	58	28	21	0	50	1.49
111926--112040	56	2.0	57	98	1	223	51	8	17	22	1.72
113711--113761	2	25.5	2	86	11	70	49	1	1	47	1.24
115358--115385	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
115750--115794	20	2.2	20	100	0	90	26	13	33	26	1.93
115771--117381	258	6.3	257	83	4	1958	34	16	15	33	1.91
120223--120276	23	2.3	23	96	0	99	5	31	14	48	1.67
152988--153019	16	2.0	16	100	0	64	18	6	37	37	1.76
155096--155166	21	3.5	20	79	9	63	63	1	5	29	1.26
157565--157684	3	39.7	3	91	1	186	33	3	0	63	1.11
160893--160925	16	2.0	17	88	5	50	30	9	36	24	1.86
181473--181510	19	2.0	19	89	0	58	21	28	18	31	1.97
181510--181574	22	3.0	21	80	6	60	21	21	23	33	1.97
181510--181551	21	2.0	20	86	13	57	26	21	23	28	1.99
186209--186258	15	3.3	15	76	15	50	46	2	14	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186216--186260	15	3.0	14	84	12	54	46	2	15	35	1.58
188575--188622	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
189740--189786	20	2.4	19	86	10	60	10	6	4	78	1.06
189808--189856	23	2.2	22	82	10	55	12	6	4	77	1.09
189816--189904	26	3.4	26	69	23	69	11	5	8	74	1.22
196862--196907	16	2.9	16	96	0	83	17	15	4	63	1.47
200424--200451	13	2.2	13	100	0	56	35	14	17	32	1.90
201731--201788	21	2.6	22	83	5	73	55	6	15	22	1.64
203101--203167	24	3.0	22	75	16	57	46	7	2	43	1.47
203123--203173	24	2.0	24	85	7	66	47	5	0	47	1.26
203169--203217	20	2.5	19	86	3	62	46	2	2	48	1.25
211852--211931	29	2.7	29	77	11	81	58	6	5	30	1.44
213917--214304	133	2.8	134	80	10	397	43	10	3	42	1.56
214036--214284	74	3.5	72	79	9	235	42	9	4	43	1.57
213922--214294	109	3.5	105	78	12	363	43	10	3	42	1.56
213935--214294	35	10.3	35	78	10	292	43	10	3	42	1.57
214267--214312	23	1.9	24	86	8	67	45	8	2	43	1.47
214769--214801	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
220146--220206	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
220875--220919	12	3.4	12	78	21	54	42	0	4	53	1.21
220875--220929	12	4.2	13	77	20	53	41	1	3	52	1.29
234737--234811	8	9.5	8	69	23	52	74	1	14	9	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234752--234805	25	2.2	25	86	6	74	75	0	14	9	1.03
234752--234805	26	2.1	25	86	3	72	75	0	14	9	1.03
235827--235994	92	1.9	90	91	3	275	38	14	22	24	1.92
236070--236125	19	3.1	19	66	23	57	44	14	19	21	1.86
236063--236155	35	2.5	38	88	11	140	45	11	24	18	1.83
243102--243153	13	4.0	13	76	0	50	26	21	19	32	1.97
247352--247394	22	2.0	22	81	9	52	32	2	16	48	1.58
247401--247849	54	8.3	54	87	0	594	28	17	20	34	1.95
251679--251750	20	3.6	20	82	10	85	33	15	31	19	1.93
251794--251837	22	2.0	23	86	4	63	31	13	20	34	1.92
252171--252725	54	10.3	54	90	0	779	28	18	19	32	1.96
266143--266211	34	2.0	34	83	10	88	18	4	23	53	1.62
266891--266928	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
266948--267038	45	2.0	45	89	6	139	27	25	20	26	1.99
267306--267355	10	4.8	11	92	4	61	60	12	20	8	1.57
267310--267355	21	2.2	21	88	7	67	58	10	21	8	1.58
267310--267355	11	4.4	11	91	5	69	58	10	21	8	1.58
268239--268379	39	3.7	38	86	4	185	30	24	27	17	1.97
274624--274726	2	51.5	2	98	0	197	50	48	0	0	1.07
274823--274890	29	2.4	28	85	5	82	64	1	8	25	1.30
274921--274987	29	2.3	29	82	7	73	56	2	10	29	1.48
277121--277372	45	5.6	45	86	2	337	23	21	11	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277256--277325	21	3.2	21	70	18	61	25	20	10	44	1.82
277300--277443	71	2.0	71	93	0	243	23	22	11	43	1.85
277210--277512	161	1.9	161	91	0	498	24	21	11	42	1.85
277255--277488	116	2.0	116	89	0	360	24	21	10	42	1.85
277362--277512	45	3.4	45	92	0	248	23	21	11	43	1.86
277875--278074	95	2.1	96	84	6	255	25	21	14	40	1.90
279473--279817	174	2.0	174	85	1	467	33	18	18	28	1.95
279878--280225	53	6.6	53	86	1	457	41	19	9	30	1.82
279878--280225	105	3.3	104	86	3	455	41	19	9	30	1.82
279878--280228	158	2.2	159	84	2	472	40	19	9	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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