genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7499566--7499683	21	5.6	21	83	0	137	24	21	33	20	1.97
7499566--7499688	42	2.9	42	86	0	174	25	21	34	19	1.96
7500091--7500131	21	2.0	21	95	0	73	34	36	17	12	1.87
7501829--7501921	20	4.7	20	90	0	141	49	21	19	9	1.76
7502484--7502521	20	1.9	20	88	0	58	39	2	26	31	1.70
7516975--7517017	22	2.0	22	86	8	63	39	0	0	60	0.97
7517959--7518048	37	2.4	38	79	7	94	44	5	5	44	1.50
7517986--7518057	38	1.9	38	88	2	110	43	4	6	45	1.50
7517975--7518128	37	4.2	37	76	9	125	44	4	4	46	1.44
7520548--7520936	45	8.7	45	87	8	532	28	21	10	38	1.87
7521460--7521508	22	2.3	22	83	13	59	30	28	14	26	1.95
7529113--7529192	22	3.6	22	91	1	124	23	25	23	27	2.00
7536773--7537117	45	7.7	45	83	5	373	29	19	10	40	1.85
7536780--7537122	134	2.6	133	82	6	381	29	20	10	39	1.86
7536803--7537154	90	4.0	85	79	10	309	28	22	10	38	1.87
7536769--7537154	45	8.6	46	78	8	248	28	21	10	39	1.86
7540158--7540331	74	2.4	73	85	4	215	43	2	7	46	1.46
7540158--7540325	37	4.5	38	82	4	191	42	2	7	47	1.45
7540835--7540906	3	24.0	3	94	5	128	31	1	0	66	1.00
7543586--7543637	22	2.4	22	83	3	61	57	3	5	32	1.40
7549048--7549092	23	2.0	23	95	4	83	4	57	6	31	1.44
7552198--7552225	11	2.5	11	100	0	56	60	14	17	7	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7554278--7554320	23	1.9	21	81	13	50	37	11	18	32	1.87
7555631--7555689	23	2.7	23	80	15	79	6	15	18	59	1.58
7556040--7556067	11	2.5	11	100	0	56	60	14	17	7	1.55
7557820--7557898	36	2.2	36	86	0	113	18	39	10	31	1.84
7565322--7565375	22	2.5	22	90	0	81	38	24	5	31	1.78
7565459--7565504	18	2.6	18	96	0	83	21	23	10	43	1.84
7565789--7565827	19	2.0	20	90	5	62	10	25	0	64	1.25
7567723--7567830	41	2.6	41	81	12	132	33	17	21	27	1.96
7568820--7569026	57	3.7	57	95	2	359	30	5	13	50	1.64
7569257--7569351	41	2.3	41	83	3	129	23	18	22	35	1.96
7569257--7569364	41	2.6	41	74	18	109	24	20	22	33	1.97
7569339--7569451	42	2.7	42	78	9	108	29	19	23	28	1.98
7570259--7570349	46	2.0	46	97	0	173	10	24	15	49	1.76
7570774--7571103	162	2.0	165	97	1	630	26	19	12	41	1.87
7572295--7572351	18	3.1	17	77	22	62	40	15	42	1	1.58
7572302--7572351	16	2.7	18	78	21	59	40	16	42	2	1.59
7572358--7572412	21	2.6	21	97	0	101	38	25	36	0	1.56
7572935--7573046	38	3.0	39	85	8	144	25	25	18	29	1.98
7575163--7575214	16	3.4	16	73	5	54	50	0	0	50	1.00
7575161--7575255	23	3.8	24	71	19	70	48	1	0	50	1.07
7575163--7575255	39	2.4	37	83	5	123	49	1	0	49	1.07
7575162--7575257	14	7.5	13	72	22	55	48	1	0	50	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7576038--7576123	37	2.3	37	84	11	106	53	2	2	41	1.26
7576039--7576088	22	2.3	22	79	3	57	54	0	4	42	1.19
7576996--7577043	3	16.0	3	86	0	69	33	2	2	62	1.18
7576935--7577147	108	2.0	109	88	0	320	38	5	7	49	1.53
7577104--7577147	3	14.7	3	85	0	61	38	2	0	59	1.10
7584867--7584922	3	18.7	3	81	0	67	37	5	0	57	1.22
7599022--7599055	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7605675--7605714	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
7608221--7608264	23	2.0	23	81	4	54	50	11	2	36	1.51
7608375--7608431	20	2.8	21	91	5	98	17	42	28	12	1.85
7609222--7609265	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
7609359--7609387	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7610723--7610781	31	1.9	31	89	6	93	42	6	8	42	1.61
7610806--7610848	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
7610808--7610856	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
7610796--7610992	54	3.8	54	86	8	275	52	11	0	36	1.37
7610828--7610957	32	4.4	32	79	18	181	53	12	0	34	1.39
7610860--7610902	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
7610862--7610910	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
7610937--7611128	15	12.5	15	80	11	219	50	2	0	47	1.12
7610797--7611113	54	6.4	49	82	9	178	51	7	0	41	1.30
7610980--7611150	30	5.9	29	91	4	249	49	1	0	49	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7611902--7611970	23	3.0	22	78	4	75	30	23	26	20	1.98
7613393--7613450	20	2.7	20	86	10	71	27	24	18	29	1.98
7616963--7617031	23	3.0	23	82	0	93	30	24	26	18	1.98
7619818--7619873	8	7.4	7	92	8	60	51	1	0	46	1.11
7619825--7619873	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
7620271--7620597	130	2.5	130	87	2	478	30	19	17	33	1.94
7621866--7621917	7	7.0	7	80	8	50	0	15	1	82	0.75
7621878--7621917	13	3.0	13	96	3	71	0	17	0	82	0.67
7621872--7621912	20	2.0	22	85	9	59	0	17	0	82	0.66
7628972--7629306	45	7.4	45	90	3	505	33	10	25	30	1.90
7629125--7629195	22	3.2	22	63	11	54	32	14	25	28	1.94
7636061--7636620	45	12.4	45	90	1	827	32	10	26	30	1.89
7638703--7638742	19	2.1	19	86	9	55	57	7	20	15	1.61
7638703--7638750	19	2.5	19	77	12	53	58	8	18	14	1.61
7639568--7639611	22	2.0	22	90	0	70	27	22	18	31	1.97
7641644--7641805	67	2.5	66	86	7	206	32	20	19	27	1.97
7641777--7641825	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
7650309--7650468	65	2.5	65	84	5	191	30	21	18	28	1.97
7650446--7650488	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
7652115--7652139	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
7652628--7652776	75	2.0	74	97	1	280	31	16	22	30	1.95
7653239--7653316	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7654613--7654653	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
7654718--7654744	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7654791--7654847	28	2.0	28	83	6	71	57	5	1	35	1.31
7655909--7655981	22	3.4	22	86	1	76	47	6	2	42	1.44
7655922--7655985	22	2.9	22	92	0	101	51	6	0	42	1.27
7656063--7656092	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
7661425--7661781	178	2.0	179	99	0	707	21	18	26	34	1.96
7669264--7669310	19	2.5	19	96	0	85	27	27	25	19	1.99
7671354--7671415	21	3.0	21	92	4	99	51	4	8	35	1.53
7676162--7676215	27	2.0	26	88	7	72	16	0	25	57	1.40
7686980--7687053	29	2.6	29	86	2	105	13	18	20	47	1.82
7690256--7690286	9	3.4	9	95	0	53	12	19	0	67	1.22
7696565--7696604	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
7700304--7700364	27	2.4	26	81	8	63	37	3	4	54	1.39
7700317--7700373	12	4.7	12	76	16	55	33	1	3	61	1.23
7700314--7700391	27	3.3	22	77	18	75	34	1	2	61	1.18
7700300--7700384	37	2.2	39	83	6	111	32	2	3	61	1.26
7701244--7701296	27	1.9	28	96	3	99	35	7	1	54	1.40
7701401--7701442	20	2.1	20	86	0	57	52	0	0	47	1.00
7701407--7701466	20	2.9	20	85	5	66	48	0	0	51	1.00
7701429--7701490	22	2.7	23	82	2	63	50	4	0	45	1.23
7704810--7705144	138	2.4	136	92	2	537	22	21	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7705149--7706029	63	14.0	63	96	0	1602	40	1	22	35	1.62
7705722--7705771	23	2.2	23	82	7	57	48	0	20	32	1.50
7705785--7706010	23	10.6	23	63	23	84	41	1	21	35	1.62
7705974--7706023	23	2.2	23	82	7	57	48	0	18	34	1.48
7706122--7706152	14	2.2	14	94	0	53	22	3	16	58	1.52
7707228--7707404	90	2.0	89	96	1	327	44	6	11	37	1.65
7708024--7708083	21	2.9	21	85	9	79	25	23	33	18	1.97
7708018--7708089	20	3.5	21	83	11	103	23	26	31	18	1.97
7708082--7708170	42	2.1	42	81	4	99	23	23	30	22	1.99
7709878--7709938	15	4.1	14	72	14	50	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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