genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   

This is table  11  of  54  ( 6450 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2587489--2587555	32	2.1	32	94	0	116	28	17	4	49	1.66
2588750--2588785	19	1.9	18	88	5	54	55	0	2	41	1.14
2598311--2598367	29	2.0	29	89	0	87	50	10	12	26	1.72
2602897--2602955	20	2.9	20	82	2	64	28	18	18	33	1.95
2604407--2604448	21	2.0	22	85	4	59	45	21	2	30	1.65
2610805--2610842	20	2.1	18	85	14	51	18	26	0	55	1.43
2614276--2614386	24	4.6	24	68	0	69	23	14	12	49	1.77
2616239--2616301	32	2.0	32	87	6	92	36	15	17	30	1.91
2616924--2617021	28	3.4	29	76	9	103	35	12	9	42	1.74
2621995--2622218	120	1.9	119	82	6	283	44	8	8	38	1.64
2622281--2622315	16	2.2	16	90	10	54	40	0	0	60	0.97
2622316--2622344	13	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
2623570--2623658	3	29.7	3	82	13	67	56	0	0	43	0.99
2623971--2624514	110	4.6	121	77	13	505	27	20	14	37	1.91
2623971--2624527	235	2.4	233	92	0	916	27	20	14	37	1.91
2625697--2625745	16	2.8	17	78	12	55	46	6	10	36	1.63
2626100--2626176	14	5.6	14	77	14	79	2	16	0	80	0.82
2637398--2637422	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2637580--2637618	16	2.4	17	87	8	55	38	0	0	61	0.96
2637619--2637651	3	11.3	3	87	6	50	72	0	0	27	0.85
2638118--2638150	11	3.0	11	100	0	66	0	36	0	63	0.95
2638923--2638958	3	12.0	3	93	0	63	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2638902--2638967	6	10.7	6	87	6	51	48	0	0	51	1.00
2638902--2638971	9	7.6	9	84	6	50	50	0	0	50	1.00
2639407--2639481	31	2.4	31	97	0	141	21	12	8	58	1.59
2645552--2645623	29	2.5	28	77	8	72	47	8	13	30	1.73
2646450--2646750	164	1.8	164	89	2	471	33	9	19	36	1.85
2649549--2649607	30	2.0	30	83	6	75	33	20	8	37	1.83
2661225--2661258	16	2.1	16	88	0	50	32	0	2	64	1.08
2661275--2661314	20	2.0	20	85	0	53	45	0	5	50	1.23
2663032--2663065	16	2.1	16	88	5	50	67	0	29	2	1.05
2667158--2667227	10	7.3	10	74	19	53	17	30	27	25	1.97
2667138--2667227	19	4.6	20	76	14	80	17	28	25	27	1.98
2667155--2667227	29	2.6	29	82	10	96	17	30	26	26	1.98
2667241--2667283	22	2.0	22	95	0	77	18	46	23	11	1.82
2667223--2667271	17	2.9	17	93	0	89	18	46	22	12	1.82
2672004--2672034	16	1.9	16	100	0	62	38	12	19	29	1.89
2672004--2672038	16	2.2	16	94	0	61	34	14	22	28	1.93
2673245--2673316	37	1.9	37	91	0	117	29	23	19	27	1.98
2673640--2673725	43	2.0	43	100	0	172	34	18	18	27	1.95
2681040--2681095	24	2.3	24	100	0	112	37	16	17	28	1.91
2686571--2686680	24	4.6	24	74	10	93	48	16	15	20	1.82
2686604--2686663	12	5.2	11	74	18	59	46	18	18	16	1.84
2686573--2686663	47	1.9	48	86	6	132	49	16	15	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689098--2689133	13	2.8	13	95	0	63	13	19	50	16	1.79
2690850--2690874	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
2690880--2691002	46	2.7	45	83	3	165	22	21	13	43	1.87
2691080--2691733	81	8.1	81	89	0	941	30	20	12	36	1.89
2691826--2692033	55	3.8	55	92	0	319	32	18	12	36	1.88
2692199--2692237	14	2.8	14	85	11	53	23	7	28	41	1.82
2699380--2699412	3	11.0	3	93	0	57	36	0	0	63	0.95
2708919--2708983	12	5.4	12	72	7	51	16	10	16	55	1.69
2708904--2708985	24	3.5	24	79	1	85	18	9	17	54	1.69
2709410--2709681	135	2.0	135	96	0	499	26	16	22	34	1.95
2714330--2714367	14	2.9	13	85	11	51	34	0	0	65	0.93
2716250--2716527	131	2.1	131	84	0	351	32	9	14	42	1.79
2721372--2721480	31	3.4	31	70	14	94	20	17	22	40	1.91
2723704--2723772	35	2.0	35	94	0	120	37	4	15	42	1.68
2742370--2742416	18	2.7	18	93	3	78	31	8	31	27	1.87
2742920--2742951	7	4.6	7	100	0	64	40	46	0	12	1.42
2746169--2746376	41	5.1	41	82	2	238	34	19	12	33	1.89
2746105--2746389	82	3.5	82	78	1	257	35	18	12	33	1.89
2746169--2746454	82	3.4	82	83	4	279	34	18	12	33	1.89
2755215--2755239	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2755868--2755900	13	2.5	13	95	0	57	75	0	15	9	1.03
2758024--2758063	21	1.9	21	89	0	62	40	7	10	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2760261--2760607	161	2.2	161	83	2	421	35	14	14	35	1.87
2766011--2766047	19	1.9	19	88	0	56	40	16	16	27	1.89
2772130--2772170	15	2.7	15	80	0	55	2	19	2	75	1.03
2773737--2773794	28	2.1	27	83	3	71	63	6	8	20	1.45
2773867--2773927	22	2.8	22	79	0	77	47	14	3	34	1.61
2776065--2776236	45	3.8	46	88	4	233	30	20	7	41	1.80
2778550--2778997	224	2.0	223	97	1	853	42	15	18	23	1.88
2780034--2780076	12	3.4	12	84	9	50	74	0	6	18	1.04
2781480--2781543	21	2.9	22	72	13	60	28	34	23	14	1.93
2783129--2783169	18	2.3	18	91	0	64	41	26	29	2	1.69
2786198--2786301	52	2.0	52	100	0	208	38	13	19	28	1.89
2787151--2787270	38	3.2	38	78	12	106	29	23	10	36	1.89
2787435--2787613	38	4.7	38	67	13	107	28	24	8	38	1.85
2787776--2787883	37	2.9	37	81	0	126	29	23	5	41	1.77
2788335--2788396	22	2.9	22	95	2	108	22	30	9	37	1.86
2789712--2789859	73	2.0	73	85	5	201	54	13	3	28	1.55
2794362--2794390	14	2.0	15	93	6	51	44	6	6	41	1.58
2796507--2796559	22	2.4	22	75	9	54	26	7	1	64	1.31
2798020--2798291	89	3.0	90	83	4	361	31	23	20	24	1.98
2806750--2806878	20	6.4	20	89	3	181	24	17	23	34	1.96
2806750--2806883	40	3.4	39	90	5	205	23	18	22	35	1.96
2806750--2806862	60	1.9	60	94	3	201	23	18	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2807023--2807196	36	4.8	36	80	0	195	37	18	20	24	1.94
2807025--2807194	72	2.4	72	90	0	268	37	18	20	24	1.94
2810530--2810607	24	3.4	24	91	7	126	33	19	19	28	1.96
2810577--2810740	74	2.2	76	83	4	199	31	14	16	37	1.89
2810992--2811025	3	11.0	3	87	6	50	29	2	0	67	1.05
2811180--2811218	14	2.8	14	84	7	53	56	0	0	43	0.99
2814945--2814987	22	2.0	22	90	0	68	39	9	4	46	1.57
2815066--2815193	32	3.9	32	83	4	141	49	7	7	35	1.61
2815077--2815248	32	5.2	32	76	13	136	51	9	6	33	1.60
2817020--2817066	21	2.2	21	92	0	76	19	25	19	36	1.95
2818498--2818542	22	2.0	22	83	8	56	75	2	4	17	1.07
2819035--2819059	12	2.1	12	100	0	50	12	40	16	32	1.84
2819273--2819452	82	2.2	84	85	5	235	53	14	1	30	1.51
2820482--2820520	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2823339--2823743	133	2.9	137	81	6	451	35	19	9	34	1.85
2823667--2823775	32	3.4	32	69	12	96	28	20	11	39	1.88
2823699--2823808	33	3.4	32	70	16	91	30	20	10	37	1.88
2823665--2823808	65	2.2	65	94	0	252	29	20	11	38	1.87
2823874--2823915	16	2.6	16	100	0	84	33	23	4	38	1.76
2825533--2825598	30	2.2	30	83	0	78	34	22	30	12	1.91
2825816--2825895	24	3.3	24	96	0	142	35	17	20	27	1.95
2831479--2831547	19	3.6	19	98	0	129	27	15	34	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2832192--2832224	13	2.4	14	85	10	50	36	6	18	39	1.75
2833635--2833781	73	2.0	73	91	0	240	38	6	18	36	1.77
2837729--2837761	17	1.9	17	100	0	66	6	18	12	63	1.48
2838778--2838965	29	6.4	29	84	6	184	30	4	8	56	1.50
2838777--2838965	58	3.2	57	83	3	234	30	4	8	56	1.50
2838746--2838965	87	2.5	88	80	5	230	30	5	8	55	1.52
2840607--2840648	22	1.9	22	85	0	57	16	38	23	21	1.93
2843824--2843849	8	3.2	8	100	0	52	26	0	11	61	1.30
2844073--2844111	18	2.1	19	90	4	62	20	10	2	66	1.33
2849147--2849173	7	3.9	7	100	0	54	59	11	0	29	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54