genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8636282--8636494	118	1.8	118	87	0	318	46	20	9	23	1.80
8638998--8639076	2	40.0	2	94	2	142	51	0	0	48	1.00
8646529--8646565	15	2.4	16	86	9	58	72	13	0	13	1.11
8653484--8653522	21	1.9	21	89	5	62	23	30	20	25	1.98
8654321--8654381	29	2.1	29	81	0	68	27	26	24	21	1.99
8661504--8661594	39	2.3	39	82	0	110	21	26	16	35	1.95
8668219--8668307	39	2.3	39	88	0	124	17	28	22	31	1.97
8669492--8669535	23	1.9	23	90	0	70	31	15	15	36	1.90
8670454--8670521	13	5.2	13	92	0	100	27	22	16	33	1.95
8684636--8684677	16	2.8	15	79	10	50	61	0	23	14	1.32
8684641--8684689	15	3.2	16	80	8	57	61	0	26	12	1.31
8686032--8686074	17	2.5	17	92	3	68	41	13	9	34	1.77
8692437--8692465	15	1.9	15	100	0	58	13	20	13	51	1.75
8695615--8695681	24	2.8	25	75	8	68	31	20	14	32	1.93
8701602--8701644	16	2.7	16	77	0	50	48	9	0	41	1.35
8702007--8702867	56	15.5	56	81	5	941	28	23	16	31	1.96
8702004--8702844	223	3.8	223	84	3	977	29	23	16	31	1.96
8702884--8702968	34	2.4	35	88	5	118	28	14	15	42	1.85
8704231--8704292	8	7.8	8	81	12	74	8	12	1	77	1.06
8704222--8704285	25	2.5	26	75	14	69	7	12	1	78	1.03
8704222--8704306	25	3.4	24	75	12	66	8	14	1	76	1.07
8717571--8717772	101	2.0	101	100	0	404	27	19	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8721035--8721068	17	1.9	18	88	5	52	8	20	0	70	1.13
8723948--8724991	105	9.9	105	92	0	1656	22	22	18	36	1.95
8725914--8726012	8	12.0	8	84	12	105	11	11	0	77	0.99
8725915--8726012	28	3.9	26	76	19	102	11	11	0	77	0.99
8725901--8726030	37	3.5	36	78	16	133	10	13	0	76	1.01
8725901--8725987	45	2.0	44	88	6	131	9	10	0	80	0.91
8725920--8725989	10	7.6	10	87	12	98	10	8	0	81	0.88
8728370--8728493	61	2.0	61	98	0	239	31	19	16	33	1.94
8731627--8731954	164	2.0	164	100	0	656	25	21	18	34	1.96
8746239--8746268	15	2.0	15	100	0	60	46	20	6	26	1.75
8747256--8747284	12	2.4	12	100	0	58	58	0	41	0	0.98
8747954--8747983	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
8748154--8748206	17	3.4	17	68	24	53	15	47	11	26	1.79
8748151--8748218	29	2.3	29	97	0	127	17	48	10	23	1.78
8749229--8749284	25	2.2	26	77	3	60	25	1	5	67	1.21
8752669--8752720	22	2.3	22	80	9	61	73	5	3	17	1.19
8752900--8752931	5	6.4	5	96	0	55	75	0	3	21	0.95
8754219--8754362	61	2.4	61	89	0	216	25	11	29	34	1.90
8754545--8754651	42	2.6	41	77	7	117	31	22	17	28	1.97
8754684--8754836	38	4.0	38	87	0	216	34	16	15	33	1.90
8755141--8755337	52	3.5	57	78	12	185	41	17	10	29	1.83
8755146--8755342	108	1.8	109	85	4	281	40	17	10	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8757602--8757633	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8775290--8775776	60	8.1	60	88	0	670	27	21	13	37	1.90
8779319--8779361	19	2.3	19	84	8	52	37	18	23	20	1.94
8779363--8779413	15	3.5	15	73	10	61	15	21	27	35	1.94
8779375--8779463	13	6.8	13	78	8	101	21	23	28	26	1.99
8779362--8779451	28	3.3	28	93	4	150	18	22	28	30	1.97
8779375--8779463	25	3.4	25	93	4	142	21	23	28	26	1.99
8783753--8783877	31	4.0	31	93	2	198	37	22	19	20	1.94
8788257--8788366	31	3.5	31	96	0	193	39	20	20	20	1.93
8795946--8796123	5	35.2	5	88	7	247	60	1	0	38	1.04
8795946--8796130	18	10.2	18	70	28	76	60	1	0	38	1.04
8796124--8796179	29	1.9	29	82	13	71	50	8	0	41	1.34
8796252--8796282	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
8797970--8798014	24	1.9	24	90	4	74	4	13	2	80	0.97
8815729--8816178	54	8.3	54	86	3	580	33	13	16	36	1.88
8822377--8822401	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8823493--8823544	24	2.2	24	100	0	104	3	26	36	32	1.75
8823638--8823791	21	7.4	21	75	16	76	54	3	3	37	1.37
8823685--8823882	5	40.0	5	67	24	93	54	4	2	39	1.33
8823631--8823896	23	12.0	21	69	20	127	53	4	3	38	1.38
8823711--8823884	7	23.7	7	74	15	122	54	4	1	40	1.30
8823706--8823875	34	5.2	33	72	20	74	54	3	1	40	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8824094--8824135	15	2.7	15	79	17	50	69	0	23	7	1.13
8824952--8825087	5	27.2	5	100	0	272	40	0	0	59	0.97
8825462--8825534	5	14.6	5	100	0	146	39	0	0	60	0.97
8825008--8825918	455	2.0	453	97	1	1734	34	8	15	41	1.77
8826139--8826176	4	10.0	4	88	5	53	26	0	23	50	1.50
8829488--8829517	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
8833090--8833114	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
8833049--8833784	327	2.3	316	81	6	845	52	11	3	31	1.56
8834093--8834201	38	2.9	37	76	12	123	21	24	24	29	1.99
8835310--8835362	21	2.5	21	100	0	106	15	26	24	33	1.95
8835458--8835513	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
8835461--8835511	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
8835910--8835964	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
8835950--8836048	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
8836043--8836082	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
8843179--8843247	34	2.1	34	86	8	97	36	2	8	52	1.47
8843635--8843671	16	2.2	16	90	4	56	37	8	2	51	1.46
8853294--8853373	31	2.6	30	80	11	90	42	1	3	52	1.27
8853327--8853376	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
8854106--8854192	31	2.8	31	77	10	88	54	4	2	39	1.34
8855045--8855078	14	2.4	14	100	0	68	11	44	29	14	1.81
8857680--8857754	34	2.2	36	79	18	88	21	2	17	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8860453--8861434	491	2.0	491	92	0	1626	30	22	16	30	1.96
8868220--8868248	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
8868401--8868449	13	3.8	13	77	0	53	32	20	20	26	1.97
8876610--8876667	30	1.9	31	79	10	66	56	1	1	39	1.19
8876872--8876912	16	2.6	16	88	3	57	39	9	19	31	1.84
8877063--8877094	14	2.3	14	100	0	64	31	12	28	28	1.93
8885816--8885848	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
8885914--8885962	10	4.7	10	78	9	53	59	20	10	10	1.59
8886516--8886568	24	2.2	24	79	0	61	47	24	16	11	1.80
8887607--8887979	188	2.0	187	99	0	737	24	38	18	17	1.92
8888239--8888280	15	2.8	15	89	7	59	76	2	21	0	0.90
8888239--8888280	20	2.1	20	86	8	59	76	2	21	0	0.90
8889088--8889137	14	3.5	15	76	17	52	18	2	4	76	1.04
8889085--8889140	22	2.7	20	79	15	60	17	1	3	76	1.01
8889115--8889139	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8900451--8900528	15	5.0	15	80	7	75	76	0	19	3	0.93
8900856--8900895	19	2.2	18	90	4	62	30	5	7	57	1.48
8901655--8901978	83	4.0	83	93	1	548	27	13	22	35	1.92
8901955--8902002	24	2.0	24	91	0	78	31	14	22	31	1.94
8901872--8902070	108	1.9	107	94	1	353	27	14	23	35	1.93
8901789--8902156	200	1.9	190	89	5	565	27	14	22	35	1.93
8901988--8902201	92	2.3	92	88	2	304	31	16	21	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8902880--8903729	113	7.5	112	84	5	932	36	14	18	31	1.91
8902878--8903729	338	2.5	336	83	7	1051	36	14	18	31	1.91
8902913--8903729	226	3.6	223	85	5	1027	36	14	18	31	1.90
8904007--8904044	9	3.7	10	83	16	51	57	2	0	39	1.12
8904537--8904578	15	2.8	15	89	7	59	76	2	21	0	0.90
8904537--8904578	20	2.1	20	86	8	59	76	2	21	0	0.90
8905414--8905438	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8906590--8906633	19	2.3	19	84	0	52	40	22	9	27	1.84
8908644--8908696	20	2.7	19	88	5	70	37	16	28	16	1.91
8909241--8909708	219	2.1	220	88	3	694	32	19	19	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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