genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  54  ( 6450 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7958413--7958455	20	2.2	20	86	0	59	32	16	20	30	1.95
7958804--7958846	18	2.4	18	92	3	70	20	37	20	20	1.95
7960652--7960684	16	2.1	15	94	5	57	63	0	0	36	0.95
7962280--7962341	24	2.6	24	100	0	124	40	16	22	20	1.91
7966662--7966686	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
7969178--7969247	22	3.1	22	73	16	72	67	4	0	28	1.10
7969755--7969809	29	1.9	28	85	10	76	23	0	5	70	1.07
7969762--7969819	14	3.9	14	78	14	55	25	0	5	68	1.10
7978241--7978297	28	2.0	27	83	12	71	70	3	10	15	1.29
7978241--7978306	29	2.2	28	75	15	71	69	4	10	15	1.32
7978321--7978379	28	2.1	28	84	6	75	76	3	1	18	1.02
7992278--7992333	22	2.5	22	78	16	62	60	3	12	23	1.47
7992563--7992603	21	2.0	21	85	9	57	80	0	4	14	0.87
7992562--7992618	14	3.6	16	76	11	64	80	1	5	12	0.95
7992703--7992766	16	3.9	16	73	17	51	75	1	4	18	1.06
7992711--7992761	21	2.4	21	83	6	59	76	1	3	17	1.03
8000288--8000330	17	2.5	17	100	0	86	46	23	6	23	1.76
8012704--8012744	22	2.0	21	85	9	57	24	4	29	41	1.75
8015405--8015465	22	2.8	22	92	5	97	24	26	22	26	2.00
8017378--8017420	8	5.9	8	79	20	58	51	11	0	37	1.39
8017378--8017420	14	3.1	14	96	0	77	51	11	0	37	1.39
8020598--8020756	65	2.5	65	84	8	193	26	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8021087--8021207	60	2.0	60	98	0	233	34	26	0	38	1.62
8021300--8021370	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
8027408--8027447	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
8029372--8029420	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
8029391--8029601	65	3.3	63	78	12	223	26	18	24	30	1.98
8030246--8030281	17	2.1	17	100	0	72	61	11	11	16	1.57
8030292--8030331	19	2.1	19	100	0	80	55	15	0	30	1.41
8030395--8030445	13	3.9	13	84	0	75	66	0	3	29	1.09
8030386--8030445	26	2.3	26	88	0	84	65	1	3	30	1.19
8030398--8030449	26	2.0	26	100	0	104	61	0	3	34	1.14
8030825--8030853	15	1.9	15	100	0	58	31	48	13	6	1.69
8038315--8038362	15	3.3	15	79	5	62	68	2	6	22	1.23
8039735--8039807	30	2.4	30	95	0	119	35	17	20	26	1.95
8040410--8040515	36	3.0	36	79	6	108	23	16	20	38	1.93
8040970--8041074	37	2.9	36	78	2	120	40	11	17	31	1.85
8049601--8050091	81	6.1	79	89	2	696	31	20	10	36	1.88
8050214--8050319	57	1.9	55	88	3	158	33	15	11	40	1.82
8050640--8050710	22	3.5	22	76	16	64	28	23	15	32	1.95
8052016--8052064	23	2.1	23	88	0	71	42	6	12	38	1.67
8053001--8053066	25	2.4	27	78	17	73	59	0	3	37	1.13
8053009--8053074	24	2.7	24	80	19	82	51	0	3	45	1.16
8053009--8053114	25	4.2	26	72	18	73	50	0	3	46	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053674--8053725	27	1.9	27	96	0	95	21	28	11	38	1.88
8056499--8056528	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
8058542--8058658	31	3.9	31	71	19	88	37	7	0	53	1.35
8058580--8058657	31	2.5	31	87	4	102	39	5	1	53	1.31
8058727--8058781	19	3.0	18	78	17	60	54	1	1	41	1.21
8058764--8058813	25	1.9	27	88	8	77	54	0	4	42	1.19
8059533--8059578	21	2.2	21	92	7	76	65	0	4	30	1.12
8059531--8059656	11	11.1	12	67	20	56	61	1	3	33	1.24
8059589--8059635	22	2.2	21	92	3	76	59	0	6	34	1.23
8059504--8059656	57	2.7	56	94	1	270	60	1	3	33	1.26
8062266--8062304	19	2.1	19	100	0	78	35	43	5	15	1.69
8064500--8064542	3	14.7	3	90	4	70	67	0	0	32	0.91
8064805--8065068	139	1.9	139	81	0	321	25	17	28	29	1.98
8065151--8065548	30	12.3	30	65	15	166	39	14	17	28	1.89
8065151--8065548	96	4.1	96	70	12	333	39	14	17	28	1.89
8065107--8065416	162	1.9	163	86	2	444	39	14	19	27	1.90
8065573--8065689	30	3.7	30	70	16	110	41	14	16	27	1.87
8065243--8065680	66	6.6	66	90	0	687	40	14	17	27	1.88
8074871--8074915	23	2.0	23	83	12	58	42	26	11	20	1.85
8094064--8094796	67	10.7	66	70	13	317	30	17	14	37	1.90
8094554--8094794	67	3.6	68	86	4	341	27	16	16	39	1.89
8094554--8094680	36	3.6	36	71	11	129	26	15	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8095160--8095585	139	3.1	139	80	1	471	29	26	16	27	1.97
8095537--8095638	43	2.4	43	98	0	195	30	26	21	21	1.98
8097472--8097520	16	3.1	15	80	8	62	38	0	2	59	1.09
8101233--8101264	15	2.1	16	94	5	57	62	6	12	18	1.50
8101975--8102011	10	3.8	10	92	3	58	29	0	0	70	0.88
8101959--8102011	19	2.5	20	82	11	54	30	0	5	64	1.17
8102013--8102069	9	6.7	9	74	11	57	33	0	1	64	1.04
8102006--8102057	16	3.2	16	86	5	68	30	0	3	65	1.10
8102012--8102057	17	2.8	17	93	3	76	32	0	4	63	1.14
8102013--8102066	17	3.4	16	89	5	56	33	0	1	64	1.04
8104292--8104339	12	3.8	12	78	8	51	20	4	12	62	1.46
8106861--8106905	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
8107489--8107523	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
8108401--8108703	149	2.0	149	100	0	606	28	17	19	34	1.94
8111815--8112233	211	2.0	212	97	0	795	37	6	7	47	1.59
8113370--8113402	16	2.1	16	88	5	50	75	0	12	12	1.04
8113397--8113438	2	21.5	2	85	4	59	57	0	0	42	0.99
8113491--8113519	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8116876--8117068	99	1.9	99	87	2	280	31	17	17	33	1.94
8119093--8119142	25	2.0	25	100	0	100	32	28	8	32	1.86
8121222--8121253	15	2.1	16	88	11	50	81	0	12	6	0.87
8121279--8121309	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8121296--8121342	21	2.2	21	84	3	58	72	2	6	19	1.17
8121441--8121492	4	12.2	4	80	8	50	67	1	1	28	1.12
8121442--8121495	12	4.3	12	78	15	56	66	1	1	29	1.12
8123472--8123585	51	2.3	50	85	1	147	38	3	7	50	1.49
8132880--8132913	10	3.4	10	95	0	59	64	0	5	29	1.17
8134618--8134652	17	2.2	17	90	10	56	80	0	0	20	0.72
8134783--8134824	22	1.9	22	85	0	57	52	11	0	35	1.38
8137322--8137358	17	2.2	17	90	0	56	37	13	10	37	1.80
8145775--8145832	20	2.6	22	84	10	66	31	20	22	25	1.98
8146622--8146671	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
8146671--8146723	2	26.5	2	100	0	106	0	0	49	50	1.00
8147467--8147540	18	3.9	18	83	10	103	18	21	31	28	1.97
8147463--8147540	39	2.0	39	94	0	138	19	21	29	29	1.98
8152648--8152706	13	4.5	13	86	0	73	28	20	16	33	1.95
8152671--8152712	13	3.2	13	80	6	50	33	19	11	35	1.88
8152869--8152893	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8159635--8159711	39	2.0	39	81	0	91	29	20	18	31	1.96
8159674--8159999	54	6.0	54	85	0	418	32	20	18	28	1.96
8159915--8159998	27	3.1	27	63	24	68	32	19	21	27	1.97
8160363--8160548	95	2.0	95	90	0	291	23	24	17	34	1.96
8162071--8162112	22	1.9	22	85	0	57	26	26	19	28	1.98
8162312--8162361	22	2.3	22	80	13	59	22	24	8	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162748--8162879	63	2.1	63	82	2	158	26	16	20	36	1.94
8169631--8169762	63	2.1	63	82	9	162	27	18	18	35	1.94
8172046--8172071	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8174236--8174282	23	2.0	23	100	0	94	38	17	4	40	1.69
8179115--8179367	126	2.0	127	99	0	499	37	15	18	28	1.91
8184652--8184683	16	1.9	16	93	6	55	0	9	0	90	0.45
8184655--8184683	13	2.2	13	100	0	58	0	6	0	93	0.36
8184735--8184794	26	2.3	26	100	0	120	40	3	0	56	1.16
8190225--8190265	21	2.0	21	85	4	57	17	39	0	43	1.49
8195207--8195272	30	2.2	31	88	2	98	22	13	16	46	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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