genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354195--2354391	102	1.9	102	81	4	236	39	17	11	32	1.85
2356961--2357048	34	2.6	33	78	1	86	40	26	13	19	1.88
2371107--2371135	14	2.1	14	100	0	58	27	27	0	44	1.54
2372458--2372861	200	2.0	203	97	1	760	33	15	12	38	1.85
2372959--2373153	98	2.0	100	90	2	313	43	17	8	30	1.80
2373958--2373990	13	2.4	14	85	5	50	42	21	0	36	1.53
2374295--2374319	7	3.6	7	100	0	50	40	12	0	48	1.40
2376236--2376355	31	4.0	29	70	14	66	26	27	27	18	1.98
2377225--2377314	29	3.3	27	81	10	103	41	22	6	30	1.79
2377313--2377337	13	1.9	13	100	0	50	12	24	48	16	1.79
2384365--2384464	27	3.7	27	77	9	89	43	20	6	31	1.76
2384480--2384549	19	3.7	18	79	9	68	22	30	28	18	1.98
2389350--2389389	16	2.5	16	100	0	80	37	45	7	10	1.66
2389527--2389588	26	2.4	26	86	0	88	14	35	16	33	1.89
2396435--2396508	20	3.7	20	85	0	76	27	13	17	41	1.87
2396455--2396523	20	3.5	20	85	0	84	28	14	17	39	1.89
2396580--2396822	45	5.5	44	70	14	185	39	15	20	24	1.92
2396579--2396824	89	2.8	89	85	7	338	39	15	21	23	1.91
2396999--2397032	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
2398545--2398580	13	3.0	13	80	19	51	55	0	0	44	0.99
2398540--2398582	18	2.5	18	88	7	63	53	0	0	46	1.00
2398599--2398670	26	2.6	26	75	16	65	40	1	2	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401423--2401522	52	1.9	52	90	9	161	36	12	15	37	1.84
2401165--2401801	55	11.7	57	73	10	313	35	10	17	36	1.84
2401492--2401751	56	4.6	55	78	6	170	35	10	16	37	1.83
2402140--2402297	47	3.4	45	69	22	128	37	9	17	36	1.82
2402107--2402319	94	2.3	92	82	11	240	36	7	15	40	1.76
2402155--2402400	94	2.6	92	83	10	264	36	9	15	39	1.79
2402687--2402931	92	2.6	93	78	14	256	36	12	12	37	1.82
2402924--2403060	56	2.5	55	84	4	159	31	8	17	43	1.78
2403087--2403331	93	2.7	94	77	11	258	36	10	13	40	1.78
2403267--2403385	56	2.1	56	81	10	136	36	10	12	39	1.79
2403482--2403650	55	3.0	57	82	5	184	29	8	17	44	1.78
2403686--2403861	57	3.1	57	75	8	151	34	11	16	38	1.84
2403882--2404201	149	2.1	150	81	6	364	37	10	15	35	1.83
2404098--2404443	56	6.1	56	78	5	313	35	8	16	39	1.79
2404098--2404443	112	3.1	110	80	5	363	35	8	16	39	1.79
2404098--2404426	168	2.0	169	82	4	405	36	8	16	39	1.78
2405814--2406262	58	7.8	58	88	2	634	34	12	18	34	1.88
2412674--2413009	58	5.8	58	89	0	492	33	9	19	37	1.84
2413631--2413929	111	2.7	112	82	4	365	40	15	9	34	1.80
2413631--2413929	56	5.4	56	81	4	345	40	15	9	34	1.80
2413945--2414060	61	1.9	60	82	5	144	36	15	9	38	1.80
2414191--2414309	56	2.1	55	77	13	127	38	18	9	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422274--2422298	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2423849--2423901	21	2.5	21	78	6	54	39	16	18	24	1.91
2429723--2429896	84	2.1	83	81	10	194	31	3	13	51	1.58
2430269--2430331	13	4.8	13	77	11	65	38	4	3	53	1.38
2431413--2431459	22	2.1	23	88	4	69	25	0	2	72	0.96
2431422--2431570	40	3.9	39	76	16	125	22	4	2	70	1.16
2431474--2431535	20	3.2	20	70	19	58	22	3	0	74	0.96
2431513--2431583	27	2.6	26	86	10	90	25	5	0	69	1.10
2431598--2431671	17	4.2	16	80	13	67	16	5	2	75	1.10
2440361--2440401	15	2.6	16	78	17	50	19	4	0	75	0.98
2440328--2440476	45	3.2	45	82	7	181	17	7	0	74	1.08
2440382--2440534	79	1.9	78	83	10	195	15	7	1	75	1.12
2440634--2440678	23	2.0	22	83	12	56	24	4	0	71	1.05
2445283--2445617	166	2.0	167	98	1	654	35	10	18	34	1.86
2445921--2445969	17	2.7	18	84	6	64	46	0	6	46	1.27
2445941--2445970	15	2.0	15	93	0	51	43	0	10	46	1.37
2449653--2449677	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
2450284--2450330	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2451263--2451490	32	7.2	32	77	3	183	35	19	15	30	1.93
2451237--2451459	64	3.5	63	78	3	207	35	19	15	29	1.92
2451709--2451745	3	12.0	3	94	5	65	67	0	0	32	0.91
2460900--2460954	9	6.5	8	78	15	58	3	12	0	83	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2460911--2460972	20	3.1	20	90	4	90	4	16	0	79	0.90
2460899--2460971	28	2.6	27	83	12	85	4	15	0	80	0.85
2467843--2467905	30	2.1	30	87	0	90	33	6	19	41	1.76
2473769--2473802	16	2.1	16	100	0	68	5	5	47	41	1.52
2474131--2474208	39	2.0	39	94	0	138	32	6	21	39	1.79
2478591--2478635	17	2.7	16	83	10	54	66	4	0	28	1.11
2479020--2479075	21	2.7	21	72	10	51	21	7	3	67	1.30
2479217--2479242	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2479274--2479333	30	2.0	31	81	12	72	48	6	3	41	1.46
2479876--2479923	25	2.0	24	87	4	69	54	0	0	45	0.99
2480026--2480203	72	2.5	71	80	1	214	39	14	16	29	1.88
2482156--2482248	20	4.7	19	70	15	55	30	16	26	26	1.96
2482720--2482996	79	3.5	79	87	0	383	31	12	24	31	1.92
2483451--2483601	81	1.9	81	87	0	221	38	10	22	28	1.87
2484772--2484806	15	2.3	15	95	0	61	40	0	22	37	1.55
2489992--2490019	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2492036--2492209	94	1.8	95	81	3	217	29	15	28	26	1.96
2492629--2492947	79	4.1	79	88	0	433	34	12	23	29	1.91
2492722--2492859	45	3.3	44	64	27	111	31	11	26	30	1.92
2493484--2493568	2	42.5	2	100	0	170	50	49	0	0	1.00
2493568--2493594	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2494494--2494699	75	2.7	75	87	2	270	24	30	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2500500--2500539	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2502474--2502515	17	2.7	15	82	13	57	14	0	28	57	1.38
2502478--2502511	17	2.0	17	94	0	59	11	0	32	55	1.36
2503109--2503314	74	2.8	73	85	4	252	24	30	23	21	1.99
2505138--2505297	78	2.0	79	90	3	252	48	4	16	30	1.66
2508833--2508871	19	2.0	20	90	5	62	38	7	10	43	1.67
2509938--2509962	12	2.1	12	100	0	50	32	0	60	8	1.26
2516050--2516132	23	3.5	23	73	12	69	18	18	20	43	1.88
2516051--2516119	24	2.9	23	77	14	77	18	15	21	43	1.88
2516304--2516349	17	2.9	15	75	12	56	60	4	17	17	1.51
2521872--2522081	110	1.9	110	87	1	305	26	19	26	28	1.99
2530276--2530313	20	1.9	20	94	0	67	31	21	26	21	1.98
2534775--2534843	5	13.8	5	84	6	50	69	1	11	17	1.25
2534776--2534823	15	3.3	14	85	8	60	66	0	12	20	1.24
2534878--2534902	9	2.8	9	100	0	50	92	8	0	0	0.40
2538008--2538043	19	1.9	19	88	5	56	0	16	5	77	0.94
2547929--2548050	40	3.0	40	95	0	208	23	17	24	34	1.96
2548153--2548334	45	4.0	45	89	1	276	39	7	22	30	1.82
2551134--2551197	15	4.3	15	76	5	58	79	1	14	4	0.96
2551132--2551195	12	5.6	11	74	18	51	78	1	15	4	1.00
2551734--2551767	14	2.4	14	85	0	50	23	17	2	55	1.55
2554373--2554405	5	6.8	5	86	6	50	81	15	0	3	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554373--2554405	14	2.3	15	89	5	50	81	15	0	3	0.80
2554467--2554495	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
2554459--2554637	77	2.3	78	76	10	188	67	2	6	24	1.25
2554719--2554767	3	15.7	3	91	8	64	63	0	0	36	0.95
2560031--2560578	276	2.0	271	98	1	1051	34	16	11	36	1.85
2564258--2564284	13	2.1	13	100	0	54	33	14	7	44	1.73
2565713--2565751	21	1.9	21	89	5	62	30	30	12	25	1.93
2579004--2579028	11	2.3	11	100	0	50	44	28	0	28	1.55
2580788--2580814	13	2.1	13	100	0	54	33	14	7	44	1.73
2580999--2581057	31	1.9	31	82	6	75	28	27	5	38	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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