genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129366--2129920	54	10.4	54	85	3	627	36	19	16	27	1.93
2129589--2129671	27	3.1	27	63	16	64	38	21	16	22	1.93
2129366--2129920	160	3.5	162	84	2	670	36	19	16	27	1.93
2132313--2132368	20	2.7	21	83	5	69	35	25	14	25	1.93
2133044--2133077	3	11.0	3	93	6	59	64	0	35	0	0.94
2138923--2138963	15	2.7	16	85	11	59	43	9	4	41	1.59
2139085--2139137	22	2.3	24	87	6	74	54	1	0	43	1.11
2139280--2139326	23	2.1	23	84	7	62	51	0	0	48	1.00
2139280--2139342	23	2.8	22	77	13	58	47	0	3	49	1.17
2139491--2139592	25	4.1	25	75	11	68	47	0	3	49	1.20
2139544--2139589	23	2.0	24	86	4	67	52	0	2	45	1.13
2140840--2141056	112	1.9	112	84	2	292	36	12	16	34	1.86
2143172--2143212	20	2.0	21	85	4	57	60	17	14	7	1.55
2143589--2143685	16	5.7	16	74	19	81	74	0	10	15	1.07
2143589--2143683	17	5.5	17	73	18	72	74	0	9	15	1.06
2143589--2143685	18	5.6	18	73	17	73	74	0	10	15	1.07
2144368--2144425	18	3.2	17	71	9	53	68	1	0	29	0.99
2144422--2144653	38	6.1	37	88	5	331	46	9	0	43	1.38
2144422--2144653	75	3.1	76	93	3	389	46	9	0	43	1.38
2144422--2144653	113	2.0	114	88	4	344	46	9	0	43	1.38
2144615--2144678	26	2.5	26	94	0	101	45	6	0	48	1.27
2144577--2144710	64	2.1	64	87	5	193	42	6	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144641--2144710	37	1.9	37	91	8	117	41	2	1	54	1.24
2145350--2145407	23	2.5	23	88	0	89	51	20	18	8	1.72
2151986--2152021	14	2.6	14	95	4	65	0	19	0	80	0.71
2152319--2152360	22	2.0	21	90	4	66	23	2	35	38	1.68
2153552--2153605	26	2.1	26	83	13	67	48	5	3	42	1.44
2155657--2155764	56	1.9	56	100	0	216	32	14	24	28	1.95
2159549--2159776	119	1.9	118	84	4	307	26	18	10	43	1.83
2160725--2160767	18	2.4	18	100	0	86	16	23	27	32	1.96
2163412--2163446	12	2.8	13	82	8	54	80	0	2	17	0.84
2164157--2164312	84	1.9	84	86	5	226	55	11	1	30	1.46
2167364--2167413	21	2.4	21	75	0	55	26	24	16	34	1.95
2168860--2168940	5	16.0	5	74	12	67	74	0	6	19	1.03
2168839--2168907	30	2.3	30	97	0	129	66	0	11	21	1.23
2168890--2168948	15	4.2	14	77	20	61	76	0	1	22	0.88
2169628--2169812	85	2.2	83	87	5	257	55	11	2	30	1.50
2181904--2181976	25	3.0	24	78	5	85	31	21	21	24	1.98
2181911--2181984	24	3.0	23	75	9	67	31	18	24	25	1.98
2182150--2182228	22	3.6	22	88	5	124	31	26	17	24	1.97
2182153--2182223	23	3.1	23	87	4	117	28	29	18	23	1.98
2184633--2185037	198	2.0	204	95	4	743	29	6	13	50	1.66
2185586--2185641	18	3.0	17	78	14	58	30	10	12	46	1.76
2185850--2185927	21	3.6	22	79	8	88	34	25	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187047--2187114	19	3.5	20	78	11	79	29	8	7	54	1.58
2188680--2188725	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
2202436--2202518	24	3.5	24	78	3	87	45	18	15	20	1.85
2204981--2205019	7	5.4	7	93	6	69	25	28	33	12	1.93
2204981--2205022	22	1.9	22	100	0	84	23	28	33	14	1.94
2204981--2205019	15	2.7	14	92	7	69	25	28	33	12	1.93
2205017--2205062	18	2.6	18	96	0	83	10	19	52	17	1.74
2205011--2205040	13	2.3	13	88	0	51	16	20	46	16	1.84
2207158--2207241	24	3.5	24	80	3	98	47	17	15	19	1.83
2209565--2209603	7	5.4	7	93	6	69	25	28	33	12	1.93
2209565--2209606	22	1.9	22	100	0	84	23	28	33	14	1.94
2209565--2209603	15	2.7	14	92	7	69	25	28	33	12	1.93
2209599--2209623	13	1.9	13	100	0	50	20	16	48	16	1.82
2211759--2211842	24	3.5	24	80	3	98	47	17	15	19	1.83
2214257--2214295	7	5.4	7	93	6	69	25	28	33	12	1.93
2214257--2214298	22	1.9	22	100	0	84	23	28	33	14	1.94
2214257--2214295	15	2.7	14	92	7	69	25	28	33	12	1.93
2214287--2214347	13	4.3	13	77	18	68	14	21	45	18	1.84
2214293--2214360	18	4.1	18	73	19	76	13	22	47	17	1.82
2214286--2214360	31	2.5	30	93	4	132	14	22	45	17	1.85
2218969--2219046	24	3.2	24	87	0	102	35	21	20	21	1.96
2219046--2219119	24	3.0	25	76	4	87	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2221621--2221661	21	1.9	22	90	5	66	24	19	17	39	1.92
2227257--2227604	171	2.0	176	96	3	652	45	16	4	33	1.66
2228134--2228208	23	3.4	23	80	5	84	40	25	22	12	1.88
2238281--2238494	107	2.0	107	100	0	428	38	16	12	32	1.86
2244671--2244815	20	7.3	19	83	6	164	28	17	17	35	1.94
2244673--2244815	59	2.4	60	91	3	236	28	17	18	35	1.93
2244673--2244815	40	3.6	39	85	3	187	28	17	18	35	1.93
2244880--2245080	36	5.6	36	86	0	249	35	17	19	27	1.94
2244880--2245080	108	1.9	108	84	0	276	35	17	19	27	1.94
2258260--2258310	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2258879--2258918	19	2.1	19	95	0	71	20	7	32	40	1.80
2262523--2262589	15	4.7	14	77	19	59	44	2	4	47	1.38
2262529--2262744	23	9.3	23	67	24	64	39	2	6	51	1.41
2262575--2262639	27	2.4	28	75	15	64	44	6	1	47	1.37
2263341--2263446	56	1.9	56	84	0	140	31	17	11	39	1.85
2264373--2264416	21	2.0	22	86	8	63	63	0	2	34	1.07
2264373--2264421	23	2.1	23	85	7	64	61	0	2	36	1.08
2264632--2264680	3	16.3	3	95	0	89	67	0	2	30	1.02
2266185--2267174	113	8.6	121	79	12	475	27	19	14	37	1.91
2266189--2266619	123	3.5	122	81	10	438	26	19	13	39	1.90
2266434--2267407	113	8.7	113	87	5	1313	28	19	15	36	1.92
2266472--2267412	442	2.1	443	88	4	1390	28	19	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267440--2267611	76	2.3	76	88	0	263	34	20	19	25	1.96
2268289--2268343	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
2270825--2271047	113	2.0	114	92	0	376	30	19	16	33	1.94
2275192--2275230	20	2.0	20	84	0	51	53	7	12	25	1.65
2277674--2277704	3	10.3	3	92	0	53	67	0	3	29	1.06
2281753--2281778	8	3.2	8	100	0	52	38	11	11	38	1.78
2283003--2283029	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2290050--2290083	16	2.1	16	100	0	68	47	11	11	29	1.76
2294625--2294662	9	4.4	9	80	12	53	44	18	10	26	1.82
2298092--2298129	17	2.3	17	86	13	53	52	2	0	44	1.14
2299437--2299504	23	3.0	23	93	4	111	36	4	19	39	1.71
2299583--2300105	198	2.6	197	82	4	599	31	15	13	40	1.86
2302815--2302863	19	2.6	19	90	0	71	48	8	4	38	1.52
2305294--2305338	20	2.2	20	84	7	56	40	15	2	42	1.59
2304434--2305824	199	7.0	199	88	2	1897	31	15	13	39	1.87
2307088--2307152	12	5.4	12	76	7	69	49	16	3	30	1.61
2307088--2307144	6	9.5	6	75	7	53	52	14	3	29	1.58
2307084--2307152	24	2.9	24	89	8	104	47	15	4	31	1.65
2308499--2308532	6	5.7	6	89	0	50	20	32	2	44	1.67
2310059--2311225	201	5.8	201	91	1	1786	34	14	13	37	1.86
2311670--2311718	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2313964--2314018	24	2.4	24	77	17	64	47	7	1	43	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315963--2316627	182	3.7	181	90	3	980	27	17	14	41	1.88
2318172--2318223	19	2.8	18	80	11	61	19	5	30	44	1.74
2325059--2325105	23	2.1	23	84	11	62	36	4	12	46	1.62
2325493--2325617	45	2.8	45	86	3	162	39	6	21	32	1.79
2328077--2328139	30	2.1	30	96	0	117	33	23	15	26	1.95
2334823--2334875	13	4.1	13	82	0	70	32	16	24	26	1.97
2336687--2336943	138	1.9	138	88	1	390	40	17	13	28	1.87
2343630--2343727	49	2.0	49	97	0	187	50	16	19	14	1.79
2349815--2349853	18	2.2	18	100	0	78	20	17	10	51	1.74
2353829--2354748	56	16.8	56	71	10	503	38	16	9	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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