genome.fa.s8488.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008488.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12876159

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   

This is table  3  of  54  ( 6450 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
544591--544672	40	2.0	40	100	0	164	23	17	26	32	1.96
544776--544901	47	2.8	45	84	5	173	40	7	21	30	1.80
550052--550162	55	2.1	54	86	5	154	36	11	7	45	1.68
551584--551638	25	2.2	24	81	12	67	49	5	0	45	1.25
553893--553934	19	2.2	20	86	4	59	45	2	0	52	1.13
560405--560448	18	2.4	18	88	0	61	18	4	36	40	1.71
561425--561791	183	2.0	184	99	0	727	30	13	24	31	1.94
562927--562978	18	2.9	18	97	0	95	15	9	38	36	1.80
562927--562988	18	3.4	18	93	0	88	16	8	37	38	1.78
564905--564956	16	3.1	16	88	5	68	46	11	11	30	1.76
567287--567326	19	2.1	19	85	0	53	32	5	7	55	1.50
567566--567629	32	2.0	32	96	0	119	34	17	12	35	1.87
571373--571429	18	3.2	18	78	14	64	52	0	1	45	1.11
571357--571448	37	2.6	35	75	23	93	55	0	1	43	1.07
571467--571511	20	2.2	20	84	7	56	53	0	0	46	1.00
571471--571504	16	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
571571--571684	58	2.0	57	83	8	142	50	4	0	44	1.21
571976--572020	14	3.1	14	90	6	72	35	20	6	37	1.79
571974--572018	15	3.1	15	90	6	74	31	20	8	40	1.83
572840--572865	13	2.0	13	100	0	52	61	0	30	7	1.24
577176--578489	698	1.9	698	91	1	2141	32	18	17	31	1.94
579103--579141	20	2.0	20	85	10	53	30	10	5	53	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
595639--595681	20	2.2	20	86	0	59	16	44	23	16	1.86
605911--605966	23	2.4	23	93	0	94	21	32	10	35	1.88
606437--606480	20	2.2	20	88	12	63	22	0	13	63	1.29
608281--608314	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
608414--608453	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
616503--616818	157	2.0	158	98	1	609	29	17	15	38	1.90
620322--620353	12	2.7	12	95	0	55	31	3	37	28	1.73
629819--629958	64	2.2	64	90	1	219	36	11	2	50	1.51
632375--632459	25	2.9	31	66	20	74	54	3	5	36	1.42
632365--632479	56	2.1	53	85	7	158	55	2	4	37	1.34
633484--633528	20	2.2	20	84	0	54	11	22	24	42	1.86
659382--659546	61	2.7	61	94	0	285	30	16	25	27	1.97
660014--660047	16	2.2	15	89	5	50	41	0	8	50	1.34
665329--665361	14	2.4	14	94	0	57	15	33	0	51	1.43
665788--665821	14	2.4	14	85	0	50	26	14	14	44	1.84
670669--670702	13	2.6	13	100	0	68	14	41	23	20	1.89
670889--670929	21	2.0	21	85	9	57	21	7	9	60	1.52
671541--671653	39	2.9	39	81	2	111	19	28	21	30	1.97
677436--677612	39	4.5	39	87	2	232	15	25	24	33	1.95
677462--677631	78	2.2	77	82	10	195	18	25	22	33	1.97
678372--678415	22	2.0	22	86	4	63	25	4	9	61	1.45
678522--678575	19	2.9	19	76	10	58	40	1	1	55	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678522--678575	20	2.9	18	74	15	56	40	1	1	55	1.21
678566--678611	13	3.5	13	79	5	56	60	0	2	36	1.09
683057--683104	24	2.0	24	95	0	87	31	12	12	43	1.80
686384--686447	15	4.3	15	80	9	62	79	0	17	3	0.85
686393--686445	12	4.5	12	72	13	56	79	0	18	1	0.83
686402--686447	20	2.2	21	92	3	76	80	0	17	2	0.81
709754--709793	21	1.9	21	84	0	53	65	5	2	27	1.27
710754--710778	13	1.9	13	100	0	50	16	0	44	40	1.47
712802--712856	25	2.2	25	96	0	101	50	0	16	32	1.45
718492--718538	19	2.4	20	85	3	60	31	12	6	48	1.66
718986--719636	326	2.0	325	99	0	1277	32	12	24	30	1.92
720055--720098	20	2.2	20	87	0	61	27	20	15	36	1.93
723934--723990	17	3.4	17	92	0	96	22	21	14	42	1.88
725961--726027	18	3.7	18	94	4	109	43	16	16	23	1.87
728502--728540	21	2.0	21	85	10	55	38	10	23	28	1.87
729221--729758	111	4.9	110	89	2	783	30	15	18	34	1.93
736426--736745	111	2.9	111	91	0	498	31	14	20	34	1.92
743935--743980	19	2.4	19	85	3	56	13	4	2	80	0.95
743956--743980	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
745449--745503	17	3.2	17	84	5	74	41	7	10	40	1.68
745452--745502	18	2.9	18	88	2	68	43	7	7	41	1.63
748968--749009	3	13.7	3	85	5	57	71	0	2	26	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748957--749025	28	2.5	27	86	6	93	69	0	7	23	1.13
749356--749480	61	2.0	61	95	0	223	44	18	10	26	1.82
750108--750137	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
750989--751031	7	6.4	7	89	10	72	44	0	11	44	1.40
756692--756723	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
759998--760184	98	1.9	99	94	4	337	39	16	11	32	1.84
762767--763082	157	2.0	158	98	0	616	34	6	9	49	1.61
764917--764985	20	3.4	20	66	18	61	28	15	10	44	1.79
764902--764983	41	2.0	41	100	0	164	26	19	12	41	1.87
769490--769522	18	1.9	18	88	11	52	57	0	6	36	1.23
769721--769751	16	1.9	16	100	0	62	38	19	12	29	1.89
770167--770262	45	2.1	46	84	1	122	57	5	2	35	1.33
782881--782933	21	2.5	21	87	0	70	26	16	20	35	1.94
788886--788936	16	3.2	15	83	10	57	52	23	5	17	1.66
789239--789276	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
789447--789492	20	2.3	20	92	0	74	54	15	10	19	1.70
793907--793988	40	2.0	40	97	0	155	32	20	7	39	1.80
802884--802922	18	2.2	18	86	9	53	25	5	23	46	1.73
804053--804128	27	2.8	28	92	4	113	28	18	22	30	1.97
804054--804143	27	3.4	27	87	6	96	30	20	21	28	1.98
804963--805026	22	2.8	23	75	20	62	32	7	0	59	1.26
813065--813103	11	3.7	10	83	10	51	64	30	0	5	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817163--817212	22	2.3	22	89	0	73	32	24	26	18	1.97
817244--817297	20	2.7	20	85	0	72	14	14	33	37	1.88
821119--821567	224	2.0	224	98	1	866	29	14	27	29	1.95
827759--827798	21	1.9	21	94	0	71	60	5	5	30	1.40
832594--832654	23	2.7	22	84	2	77	24	31	24	19	1.98
832637--832694	19	3.1	19	87	0	80	25	37	25	10	1.88
837468--837972	45	11.3	45	78	4	457	22	16	19	41	1.90
838988--839453	130	3.6	129	83	3	517	33	19	16	30	1.94
840189--840218	7	4.3	7	91	0	51	83	0	3	13	0.77
848523--848594	29	2.6	28	73	18	71	31	19	27	20	1.97
850029--850254	113	2.0	113	94	0	398	27	17	20	34	1.95
855981--856018	19	2.0	19	85	10	51	47	10	18	23	1.79
860512--860702	96	2.0	96	85	2	258	43	17	10	27	1.82
864346--864395	20	2.5	19	81	15	57	52	16	14	18	1.76
864399--864477	28	2.8	28	82	0	95	29	13	25	31	1.94
864417--864477	14	4.4	14	82	0	77	29	13	24	32	1.93
866561--867531	327	3.0	320	84	5	1176	34	19	15	31	1.92
868996--869041	14	3.2	14	96	3	83	6	32	0	60	1.22
869670--869729	3	20.3	3	87	3	86	63	1	0	35	1.05
870195--870282	43	2.0	43	84	0	113	30	20	21	27	1.98
870027--870631	131	4.6	131	92	0	953	32	20	18	28	1.96
870027--870631	261	2.3	262	91	2	948	32	20	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870499--870719	88	2.5	88	91	0	343	33	19	19	28	1.96
870587--870850	131	2.0	131	92	0	438	31	20	20	27	1.97
870718--870938	88	2.5	88	91	0	352	33	19	18	28	1.95
870369--870964	219	2.7	219	93	1	998	32	19	18	29	1.96
872021--872240	54	4.1	54	86	0	307	26	24	13	35	1.92
873301--873470	75	2.3	74	90	2	259	30	25	13	31	1.94
875130--875201	20	3.8	20	74	22	66	2	18	0	79	0.86
875124--875190	22	3.1	22	80	6	75	4	17	0	77	0.93
875129--875202	18	4.0	18	76	15	71	2	18	0	78	0.87
875128--875201	37	2.1	34	85	9	96	2	17	0	79	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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