genome.fa.s851.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000851.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7304151

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2704--2743	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
9101--9141	19	2.2	18	91	4	64	39	17	0	43	1.49
13392--13443	22	2.4	22	96	0	95	38	15	5	40	1.71
15100--15138	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
15100--15138	9	4.1	9	81	12	51	38	30	17	12	1.88
15145--15248	29	3.6	29	90	0	154	16	28	31	23	1.96
15550--15600	26	2.0	26	84	3	68	45	11	33	9	1.74
15824--15914	45	2.0	47	87	8	134	40	0	12	47	1.41
16071--16117	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
16092--16122	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
18247--18279	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
18485--18524	14	2.9	14	88	3	55	47	5	2	45	1.38
18613--19076	26	18.6	25	78	13	374	43	9	2	44	1.51
18541--19126	124	4.7	124	98	0	1122	43	10	2	44	1.50
21897--21962	27	2.4	28	80	19	86	46	6	4	42	1.48
21983--22047	26	2.4	27	80	10	80	40	3	9	47	1.51
22765--22875	48	2.4	46	79	16	124	48	8	0	42	1.39
22844--22897	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
22839--22904	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
22874--22922	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
23443--23480	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
23555--23658	29	3.6	29	96	0	190	18	34	30	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27624--27744	49	2.6	45	77	10	134	41	7	20	30	1.80
29244--29307	29	2.2	29	80	5	67	43	6	17	32	1.74
37574--37607	13	2.6	13	90	0	50	14	17	20	47	1.83
51680--51764	44	1.9	44	87	0	125	27	21	9	42	1.83
54256--54294	13	3.0	13	84	0	51	28	20	17	33	1.96
54198--54436	98	2.4	98	83	2	264	32	21	16	29	1.95
54363--54392	13	2.3	13	94	0	51	30	20	6	43	1.77
54464--54490	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
61299--61388	30	3.0	29	82	7	101	37	13	6	42	1.70
66768--66828	23	2.7	23	87	5	88	31	22	21	24	1.98
73604--73687	23	3.6	24	82	4	100	29	21	23	25	1.99
77310--77365	25	2.2	25	90	0	94	35	30	10	23	1.89
78468--80448	993	2.0	995	95	0	3585	34	17	14	33	1.90
82929--83039	40	2.8	40	87	0	168	24	16	27	32	1.96
83678--83743	22	3.0	22	90	0	96	21	21	15	42	1.89
89686--89730	14	2.8	17	74	19	60	62	2	4	31	1.27
90595--90675	8	10.0	8	73	12	58	74	1	0	24	0.90
90595--90675	16	5.0	16	76	13	76	74	1	0	24	0.90
90595--90659	21	3.1	21	91	4	105	76	0	0	23	0.78
90617--90689	37	2.0	37	88	0	110	71	4	0	24	1.04
92967--92996	15	2.1	15	93	6	53	76	0	3	20	0.92
92966--92996	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93609--93638	9	3.3	9	90	0	51	53	0	0	46	1.00
93603--93638	18	1.9	19	94	5	65	50	0	0	50	1.00
93856--93915	31	2.0	29	87	9	86	53	6	11	28	1.62
111779--111906	59	2.2	59	84	0	157	31	25	16	27	1.96
120372--120537	58	2.8	59	79	3	201	33	9	24	31	1.88
120565--120677	59	1.9	59	83	7	149	37	11	18	32	1.87
123859--123899	18	2.3	18	86	0	55	46	7	21	24	1.77
127665--127696	15	2.1	15	100	0	64	31	0	37	31	1.58
127669--127702	15	2.3	15	89	0	50	41	0	35	23	1.55
131021--131093	37	2.0	37	91	0	119	27	9	21	41	1.84
136977--137020	23	1.9	23	81	9	54	52	9	18	20	1.72
140107--140149	24	1.9	22	86	13	61	65	13	9	11	1.48
144068--144122	27	2.0	27	82	0	65	14	29	10	45	1.79
144245--144772	54	9.8	53	83	4	538	30	14	21	33	1.93
144657--144742	27	3.2	27	65	23	72	30	15	22	32	1.94
144623--144805	54	3.4	54	84	0	123	31	15	20	32	1.94
144238--144774	162	3.3	162	83	1	646	30	14	21	33	1.94
145170--145214	22	2.0	22	83	8	56	20	20	17	42	1.90
149409--149487	12	6.8	12	68	21	51	77	1	17	3	0.99
149408--149487	18	4.6	17	73	9	72	77	1	17	3	0.98
149424--149477	22	2.4	23	84	12	76	75	1	18	3	1.03
149405--149490	33	2.5	34	87	12	115	75	1	18	4	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153598--153723	47	2.8	45	84	8	157	40	7	22	29	1.82
155168--155192	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
160952--160992	21	2.0	21	90	0	64	21	39	24	14	1.91
162754--162809	19	2.8	20	89	5	87	41	7	12	39	1.70
163703--163752	20	2.4	21	80	12	68	60	4	8	28	1.43
165072--165342	81	3.3	81	90	3	411	29	20	13	36	1.91
168900--168943	21	2.2	20	91	4	70	22	13	18	45	1.84
169620--169676	28	2.0	28	93	0	96	40	3	33	22	1.71
181129--181208	25	3.3	23	69	17	56	46	1	11	41	1.48
203829--203863	8	4.1	8	86	13	52	77	0	22	0	0.78
203829--203863	18	2.1	16	89	10	52	77	0	22	0	0.78
203829--203863	13	2.7	13	83	16	54	77	0	22	0	0.78
208346--208442	42	2.3	41	80	5	106	25	21	22	29	1.99
208558--208624	22	3.1	22	73	16	77	28	16	20	34	1.95
208673--208697	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
208592--208777	93	2.0	93	90	0	291	31	17	22	28	1.97
208767--208895	42	3.1	41	84	3	159	27	19	20	31	1.97
209272--209585	53	5.9	53	84	1	380	29	21	26	22	1.99
215828--215890	29	2.2	29	83	11	76	69	4	6	19	1.28
216252--216347	38	2.5	39	93	3	160	46	14	17	20	1.83
221024--221072	11	4.5	11	82	5	64	18	2	18	61	1.45
222633--222681	11	4.5	11	82	5	64	18	4	18	59	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222633--222681	21	2.3	22	92	3	82	18	4	18	59	1.53
224235--224283	11	4.5	11	79	5	64	14	4	20	61	1.49
228735--229210	46	10.3	46	87	0	657	41	11	21	25	1.87
234255--234462	45	4.6	45	78	7	186	43	13	19	23	1.87
237401--237505	36	2.9	35	85	4	147	30	33	4	31	1.78
237956--237997	11	4.0	11	75	12	52	78	2	16	2	0.96
243122--243202	35	2.3	36	91	2	128	32	34	3	29	1.75
253663--253697	12	2.9	12	100	0	70	25	0	31	42	1.55
255466--255513	21	2.4	21	75	6	55	31	0	20	47	1.50
255716--255767	20	2.7	19	82	8	61	28	9	28	32	1.89
256163--256882	54	13.3	54	86	1	886	36	18	16	27	1.93
263383--263793	54	7.6	54	87	3	571	37	19	16	26	1.93
264774--264819	18	2.6	18	96	0	83	50	17	2	30	1.58
269753--269798	21	2.2	21	100	0	92	36	8	30	23	1.85
277407--277467	20	2.9	21	85	7	70	16	26	32	24	1.96
283826--283904	39	2.0	40	92	2	133	24	16	25	34	1.95
284011--284119	45	2.4	45	86	6	141	38	9	21	31	1.84
284566--284629	22	2.9	22	79	4	58	18	25	17	39	1.92
287025--287054	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
288697--288769	30	2.5	31	82	13	91	39	9	19	31	1.84
289252--289296	22	2.0	22	100	0	90	44	11	22	22	1.84
289256--289303	22	2.2	22	88	0	69	47	14	16	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290575--290656	40	2.0	40	95	0	146	24	15	26	32	1.95
290761--290869	45	2.4	45	85	8	134	39	10	21	29	1.86
300938--300979	19	2.2	19	95	0	75	42	26	16	14	1.86
303245--303300	2	27.0	2	92	7	94	48	1	1	48	1.22
308967--309023	23	2.5	23	85	0	78	17	22	24	35	1.95
312323--312475	64	2.4	63	77	9	150	32	19	21	26	1.97
313581--313624	2	21.0	2	82	17	54	47	4	2	45	1.35
313581--313624	12	3.5	13	87	12	65	47	4	2	45	1.35
313588--313632	14	3.2	14	93	0	72	42	6	6	44	1.57
314139--314198	23	2.6	23	89	0	93	16	26	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31