genome.fa.s851.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000851.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7304151

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

This is table  9  of  31  ( 3618 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382160--2382204	18	2.5	18	100	0	90	26	20	17	35	1.95
2382195--2382300	54	2.0	54	94	0	185	27	16	17	37	1.92
2383296--2383385	43	2.1	42	87	2	126	37	12	20	30	1.89
2383397--2383446	20	2.5	19	80	6	55	38	8	28	26	1.84
2383472--2383541	22	3.4	22	80	16	71	30	17	22	30	1.97
2383875--2384184	54	5.8	54	84	1	399	30	19	18	32	1.96
2383887--2384219	108	3.1	108	84	3	296	31	19	18	31	1.95
2383888--2384237	162	2.2	162	83	4	429	32	18	18	31	1.95
2384171--2384735	55	10.3	55	86	1	713	36	17	17	27	1.93
2389539--2389583	22	2.1	21	84	8	56	31	15	22	31	1.95
2389907--2390387	54	8.9	54	87	3	632	29	18	19	32	1.96
2390374--2390847	55	8.6	55	88	4	654	36	17	18	27	1.93
2390815--2390873	31	1.9	31	89	0	91	35	15	23	25	1.94
2413825--2413874	23	2.1	24	92	3	84	56	4	26	14	1.56
2414181--2414407	109	2.1	111	89	5	345	26	16	18	37	1.93
2420415--2420472	20	3.0	20	79	2	73	27	15	8	48	1.74
2423243--2423283	21	2.0	20	90	4	64	36	9	0	53	1.34
2423279--2423712	138	3.2	135	83	4	508	23	15	14	46	1.82
2423694--2423733	19	2.1	19	85	0	53	22	2	5	70	1.19
2423767--2423825	26	2.2	26	85	8	75	15	3	3	77	1.02
2423766--2423829	27	2.4	28	81	7	78	18	3	3	75	1.08
2431230--2431263	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431897--2431937	21	2.0	21	100	0	82	46	0	19	34	1.50
2431897--2431946	21	2.5	20	87	6	57	44	0	18	38	1.50
2431988--2432020	17	1.9	17	88	11	50	33	3	3	60	1.27
2433040--2433084	19	2.4	19	85	10	58	55	13	6	24	1.62
2433819--2433869	19	2.5	20	84	9	68	66	5	0	27	1.14
2435352--2435636	45	6.3	45	88	0	390	24	19	15	40	1.91
2435517--2435593	26	3.2	26	65	30	71	22	20	15	41	1.90
2435556--2435629	25	3.2	25	62	25	61	21	21	17	39	1.93
2440670--2441066	75	5.3	74	88	3	539	39	14	12	33	1.83
2440666--2441067	150	2.7	149	90	3	612	39	14	12	33	1.84
2441044--2441082	17	2.3	17	95	0	69	41	23	0	35	1.55
2445751--2445798	21	2.3	21	85	0	60	41	16	16	25	1.89
2445780--2445826	23	2.0	24	91	4	78	34	25	10	29	1.90
2445771--2445841	21	3.3	22	79	14	76	40	22	9	26	1.85
2445808--2445852	21	2.1	21	87	0	63	42	20	15	22	1.89
2446547--2446602	23	2.7	21	81	13	62	21	21	17	39	1.93
2450846--2450888	17	2.5	17	88	0	68	53	16	0	30	1.43
2451652--2451686	12	2.8	12	91	4	52	37	5	8	48	1.58
2453964--2454018	23	2.5	22	85	5	76	34	16	20	29	1.94
2456702--2456732	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
2456867--2456925	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
2457313--2457394	25	3.5	23	75	20	80	18	8	1	71	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465312--2465338	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
2465668--2466249	106	5.5	106	88	0	761	34	24	19	21	1.96
2468405--2468453	23	2.1	23	88	0	71	26	26	26	20	1.99
2468488--2468674	100	1.9	102	94	2	333	35	22	12	28	1.91
2470179--2470218	20	2.0	20	85	0	53	17	22	30	30	1.97
2473368--2473428	23	2.7	23	85	10	88	29	27	22	19	1.98
2473443--2473652	101	2.1	97	91	6	334	36	22	14	26	1.92
2475918--2475976	18	3.3	18	75	15	59	20	6	0	72	1.06
2476463--2476525	24	2.6	24	87	5	83	17	9	1	71	1.20
2476473--2476524	24	2.1	24	96	3	95	17	7	0	75	1.03
2483793--2483886	21	4.5	20	74	12	64	36	24	13	25	1.93
2483856--2483916	21	2.9	21	80	0	68	37	22	16	22	1.93
2489435--2489477	16	2.7	16	100	0	86	32	55	11	0	1.36
2490202--2490245	21	2.0	22	82	4	54	18	9	13	59	1.60
2492228--2492284	29	1.9	30	92	3	98	52	7	14	26	1.66
2494385--2494411	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2494975--2495091	15	7.5	15	78	15	121	44	0	2	52	1.14
2495044--2495138	22	4.2	22	67	13	68	38	0	9	51	1.34
2495071--2495276	32	7.4	31	69	29	178	35	0	11	52	1.41
2495071--2495293	54	4.1	54	98	0	419	34	0	11	52	1.41
2495148--2495190	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2495247--2495319	22	3.3	22	69	16	53	28	0	16	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495170--2495529	134	2.7	134	91	1	587	35	1	13	50	1.48
2495303--2495410	32	3.7	32	72	23	119	37	1	10	50	1.47
2495224--2495373	80	1.9	80	91	2	248	32	1	12	53	1.47
2495304--2495427	54	2.3	54	90	0	212	36	1	10	51	1.46
2498980--2499061	31	2.7	32	76	14	91	34	0	9	56	1.32
2523370--2523405	18	2.0	18	94	0	63	13	55	19	11	1.68
2523538--2523593	25	2.2	25	78	6	60	64	0	0	35	0.94
2523526--2523610	34	2.5	34	96	0	152	61	0	0	38	0.96
2523665--2523725	25	2.4	25	94	0	104	29	44	13	13	1.81
2536045--2536096	27	1.9	27	84	7	70	44	21	9	25	1.82
2537584--2537612	14	2.1	14	100	0	58	20	17	20	41	1.90
2541333--2542107	344	2.2	344	86	1	1104	33	16	14	35	1.89
2546121--2546282	40	4.1	40	96	0	306	23	16	26	33	1.96
2552389--2552432	18	2.6	17	82	7	54	52	4	4	38	1.42
2552409--2552478	8	8.1	8	71	20	52	52	2	4	40	1.36
2552409--2552478	27	2.6	27	78	14	74	52	2	4	40	1.36
2552395--2552504	18	6.2	18	74	15	70	57	3	3	35	1.34
2553583--2553643	16	4.0	15	72	10	52	49	24	16	9	1.76
2554137--2554296	60	2.7	60	87	1	205	41	3	22	33	1.70
2554140--2554296	31	5.2	31	69	16	96	40	3	22	33	1.70
2554784--2554837	26	2.1	26	89	0	81	42	18	14	24	1.88
2554790--2554842	26	2.0	26	92	0	88	41	18	15	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554810--2554878	31	2.2	31	87	5	95	37	27	15	18	1.92
2555282--2555417	28	4.7	28	68	17	71	36	3	3	56	1.35
2555247--2555439	90	2.2	90	80	10	218	35	4	4	55	1.40
2555854--2555922	36	1.9	35	91	2	111	44	7	18	28	1.76
2556166--2556305	30	4.8	28	71	15	95	42	0	4	52	1.20
2556166--2556233	31	2.3	30	82	14	79	45	0	4	50	1.22
2556431--2556489	31	1.9	31	83	13	77	54	1	0	44	1.10
2565424--2565465	15	2.7	15	92	3	66	21	9	14	54	1.68
2565496--2566333	182	4.6	182	94	1	1445	27	17	12	42	1.86
2565496--2566332	359	2.3	362	93	1	1439	27	17	12	42	1.86
2569038--2569380	184	1.9	184	93	0	587	33	14	13	38	1.85
2570656--2570707	12	4.3	12	85	0	68	21	30	7	40	1.81
2570656--2570707	6	8.7	6	78	0	50	21	30	7	40	1.81
2577105--2577165	23	2.9	21	85	7	79	21	36	24	18	1.95
2577106--2577191	21	4.1	20	74	14	66	22	34	26	16	1.95
2581754--2582739	200	4.9	200	94	0	1742	31	18	14	35	1.91
2582974--2583022	19	2.6	19	90	6	73	57	8	2	32	1.40
2584569--2584648	33	2.4	32	85	8	106	5	46	1	47	1.32
2584904--2584944	21	2.0	21	85	0	55	21	26	9	41	1.84
2594754--2594843	47	1.9	47	93	0	153	50	16	2	31	1.58
2607916--2608991	81	13.3	81	90	1	1620	37	11	19	31	1.88
2610250--2610446	100	2.0	100	89	2	306	31	14	12	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641625--2641657	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2648571--2649002	81	5.3	81	87	2	582	31	22	11	34	1.89
2648970--2649024	22	2.5	22	93	0	92	32	20	7	40	1.80
2648889--2649104	103	2.1	103	90	1	335	30	20	11	37	1.88
2648727--2649266	264	2.0	265	90	0	857	32	20	11	35	1.88
2648997--2649699	81	8.8	81	86	4	973	32	19	11	36	1.88
2648558--2649720	426	2.8	406	84	7	1458	32	20	11	36	1.88
2649512--2649653	69	2.1	69	86	5	198	35	14	13	36	1.85
2649431--2649720	150	1.9	150	88	0	436	33	17	12	36	1.88
2655020--2655470	80	5.6	81	86	5	576	31	19	12	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31