genome.fa.s851.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000851.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7304151

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

This is table  3  of  31  ( 3618 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722095--722348	138	1.9	137	81	5	316	29	15	14	40	1.87
726105--726235	37	3.6	38	81	11	143	38	3	7	51	1.46
726723--726760	13	2.8	13	81	18	51	36	5	7	50	1.54
727335--727418	21	4.0	21	85	1	107	19	36	29	14	1.91
727335--727418	41	2.0	42	86	2	116	19	36	29	14	1.91
728399--728448	15	3.2	16	69	11	50	26	4	0	70	1.05
728765--728795	16	1.9	16	93	0	53	22	9	22	45	1.81
728828--728912	10	8.6	10	72	11	59	12	5	1	80	0.96
728955--728993	14	2.8	14	100	0	78	35	7	0	56	1.28
729016--729058	16	2.9	15	82	6	52	23	0	2	74	0.93
730950--731002	22	2.5	21	87	9	72	30	22	20	26	1.98
731735--731766	15	2.1	15	100	0	64	31	21	15	31	1.95
734274--734369	48	2.0	48	85	4	131	25	9	16	48	1.76
734389--734504	53	2.2	53	87	3	162	25	19	18	35	1.95
739234--739311	24	3.2	24	64	7	68	23	7	17	51	1.71
739233--739337	48	2.2	48	94	0	183	22	8	17	51	1.72
739359--739467	53	2.1	52	81	5	121	30	20	16	33	1.94
741345--741387	15	2.9	15	89	0	68	48	2	2	46	1.27
741772--741851	40	2.0	40	88	4	119	26	13	2	57	1.49
744738--744964	70	3.3	70	84	1	296	27	18	23	30	1.97
750360--750429	35	2.0	35	94	0	122	38	12	12	35	1.82
750663--750789	46	2.8	44	83	8	157	30	22	7	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755084--755119	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
757912--758035	47	2.8	46	85	8	159	29	23	8	39	1.83
759545--759580	19	2.0	18	89	10	56	55	27	5	11	1.57
762238--762924	197	3.5	196	82	5	788	39	12	14	32	1.84
768259--768441	92	2.0	92	90	2	287	27	8	23	39	1.84
770152--770191	15	2.7	14	88	7	53	35	12	12	40	1.81
770561--770607	20	2.3	21	75	17	53	25	17	17	40	1.90
770289--770675	145	2.7	146	84	2	519	34	14	14	37	1.86
770560--771357	199	4.1	195	82	7	888	38	13	14	33	1.85
771871--771913	18	2.4	18	96	0	77	16	32	11	39	1.84
772894--773124	118	2.0	118	91	0	372	29	16	15	38	1.90
773466--773505	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
774818--774872	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
785329--785373	23	2.0	23	86	0	63	20	15	26	37	1.92
792438--792483	19	2.5	19	75	10	51	32	0	10	56	1.34
794935--795071	66	2.1	66	92	0	229	35	17	12	34	1.87
796040--796092	21	2.6	20	79	8	63	28	16	24	30	1.97
800344--800409	22	3.0	21	78	10	71	71	7	10	10	1.32
805619--805663	20	2.3	20	88	3	65	48	0	0	51	1.00
805993--806027	11	3.1	11	88	8	52	62	0	2	34	1.10
806839--806900	26	2.4	26	100	0	124	41	3	12	41	1.59
808503--808537	17	2.1	17	88	0	52	42	5	14	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810128--810167	21	1.9	21	90	10	64	22	25	5	47	1.71
816290--816382	23	4.0	23	87	0	123	31	24	21	22	1.98
816417--816489	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
816560--816594	17	2.2	16	90	10	54	28	25	5	40	1.78
817082--817132	20	2.5	20	83	0	66	21	25	15	37	1.93
821918--821968	24	2.2	24	85	3	77	23	19	21	35	1.96
822681--822736	22	2.5	22	85	5	76	37	16	25	21	1.93
829319--829399	30	2.7	30	82	5	101	33	14	6	45	1.70
829319--829384	29	2.2	30	89	2	98	33	13	7	45	1.72
832657--832704	24	2.0	25	87	4	71	47	2	8	41	1.45
835654--835736	46	1.9	42	83	13	107	46	15	12	25	1.80
848181--848242	22	2.8	22	90	0	97	20	17	25	35	1.95
849908--849956	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
849972--850024	19	2.8	19	97	0	97	20	20	28	30	1.98
849928--850089	84	1.9	83	87	6	238	25	20	23	30	1.99
849929--850104	83	2.1	83	83	8	216	26	19	23	30	1.98
849991--850156	65	2.6	63	82	11	194	25	18	24	31	1.97
852323--852367	23	1.9	23	86	4	63	31	6	4	57	1.44
852356--852390	19	1.9	19	88	11	56	31	0	11	57	1.34
865876--865929	23	2.3	24	81	9	67	50	0	1	48	1.11
876728--876761	13	2.6	13	95	0	59	29	11	14	44	1.81
879289--879334	5	9.2	5	80	15	51	0	23	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886526--886705	73	2.5	71	94	4	317	24	1	13	60	1.42
886526--886726	73	2.8	70	87	8	287	24	2	13	59	1.47
887326--887376	26	1.9	26	84	11	68	25	9	0	64	1.24
888110--888138	14	2.1	14	100	0	58	6	27	27	37	1.82
893212--893261	5	9.8	5	95	4	91	18	0	0	82	0.68
893211--893262	16	3.3	16	94	5	97	17	0	0	82	0.66
895213--895308	47	2.0	47	90	7	151	25	2	10	62	1.38
895224--895321	47	2.1	47	86	5	137	22	2	12	63	1.39
895936--895977	17	2.4	18	92	4	68	23	4	0	71	1.05
895975--895999	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
898750--898815	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
901729--901830	35	2.8	36	79	10	111	34	12	19	33	1.90
901881--901971	35	2.6	37	83	13	120	38	7	16	37	1.77
902295--904665	4	609.8	4	92	6	4098	25	0	25	49	1.51
907664--907688	13	1.9	13	100	0	50	40	24	8	28	1.83
908598--908655	7	8.1	7	79	11	64	39	0	1	58	1.08
908951--908997	22	2.1	22	92	0	76	17	34	0	48	1.47
910810--910841	15	2.1	15	94	0	55	18	28	18	34	1.95
914706--914761	16	3.5	16	92	0	94	28	25	14	32	1.94
915345--915376	15	2.1	15	94	0	55	18	28	18	34	1.95
917130--917660	261	2.0	261	98	0	1039	32	22	17	27	1.96
917655--917894	121	2.0	121	98	0	462	31	22	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918662--918745	34	2.4	36	90	6	127	47	16	4	30	1.67
923234--923349	35	3.2	36	82	4	146	43	17	4	34	1.68
923278--923341	20	3.4	20	66	29	59	46	18	3	31	1.65
929537--929576	21	1.9	21	94	0	71	57	7	7	27	1.53
942243--942357	32	3.6	32	75	6	117	34	18	13	33	1.89
961629--961682	21	2.6	21	88	5	74	24	7	25	42	1.80
963694--963735	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
963733--963774	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
966946--966996	25	2.0	25	96	0	93	11	21	49	17	1.79
966926--967013	25	3.9	23	82	10	92	15	23	39	20	1.91
969538--969587	22	2.3	22	89	0	82	20	22	36	22	1.96
978559--978633	18	4.1	18	70	16	55	72	1	20	6	1.15
980639--980855	59	3.8	58	81	5	199	32	10	16	41	1.81
981175--981733	237	2.3	240	87	3	772	29	17	16	36	1.92
982385--983190	234	3.4	238	86	3	1077	35	16	19	28	1.94
983019--983501	203	2.4	202	87	3	661	32	19	19	28	1.96
983433--983545	43	2.7	43	83	1	147	30	22	15	31	1.95
985648--985717	31	2.2	32	87	5	99	14	24	28	32	1.94
985664--985748	31	2.7	32	80	5	93	15	25	28	30	1.96
988700--988725	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
992994--993192	95	2.1	95	86	0	272	33	12	25	28	1.92
992996--993216	95	2.3	95	83	1	237	33	13	25	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
993607--993774	47	3.6	47	93	0	291	44	10	22	22	1.82
993734--993801	27	2.5	27	97	0	127	42	11	23	22	1.86
993761--993887	47	2.7	47	93	2	209	44	10	22	22	1.83
993620--993821	94	2.2	90	83	12	239	43	10	24	21	1.84
993688--993848	74	2.2	74	97	0	304	43	10	24	21	1.84
993640--993887	121	2.0	123	92	1	419	44	10	22	22	1.82
998935--999094	58	2.8	60	82	5	186	35	18	3	43	1.65
999590--999622	15	2.3	15	89	5	50	51	0	3	45	1.16
1001228--1001274	16	2.9	16	78	15	53	51	0	0	48	1.00
1001430--1001480	25	2.0	25	88	7	77	50	5	1	41	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31