genome.fa.s851.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000851.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7304151

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655020--2655470	161	2.8	161	86	3	595	31	19	12	36	1.89
2655020--2655470	241	1.9	241	84	5	617	31	19	12	36	1.89
2659955--2660532	132	4.5	132	80	7	603	29	18	20	31	1.97
2659961--2660326	44	8.3	44	68	1	187	30	19	19	30	1.96
2660226--2660532	121	2.5	121	87	1	445	27	19	20	31	1.97
2660464--2660626	44	3.7	44	74	5	161	23	17	23	34	1.96
2660457--2660623	88	1.9	87	87	6	248	25	16	23	34	1.95
2661437--2661461	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2678720--2678766	21	2.2	21	96	0	85	29	23	25	21	1.99
2680283--2680346	23	2.8	23	73	0	65	20	23	23	32	1.98
2683667--2683717	21	2.4	21	86	0	84	29	19	29	21	1.98
2685257--2685319	23	2.7	23	80	0	63	19	22	26	31	1.97
2689087--2689121	18	1.9	18	94	0	61	22	0	5	71	1.07
2693216--2693559	62	5.6	62	82	1	379	28	20	15	34	1.94
2693221--2693561	123	2.8	123	83	3	407	28	20	15	34	1.94
2693716--2694941	137	9.1	137	79	5	1114	29	26	15	27	1.96
2709335--2709360	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
2713586--2713622	18	2.1	18	89	0	56	54	0	16	29	1.43
2717098--2717167	36	1.9	36	88	0	104	35	15	20	28	1.93
2717873--2717904	17	1.9	17	93	6	57	37	12	6	43	1.68
2727269--2727308	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
2728315--2728442	51	2.5	51	87	1	177	17	31	34	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2732615--2732744	29	4.4	29	79	11	131	38	3	1	56	1.24
2732829--2732905	40	1.9	40	81	5	93	32	1	7	58	1.35
2734062--2734188	26	5.0	26	93	1	213	24	0	25	49	1.50
2734164--2734252	42	2.1	41	81	8	99	26	1	22	49	1.57
2734378--2734444	27	2.5	27	76	9	75	16	5	4	73	1.20
2734431--2734485	10	5.5	10	81	14	60	10	5	3	80	1.01
2734422--2734498	32	2.5	31	77	8	79	14	7	2	75	1.13
2735591--2735631	18	2.3	18	84	16	50	7	17	2	73	1.17
2738430--2739429	84	11.9	84	85	2	1179	32	24	18	24	1.97
2741166--2741296	26	5.1	26	93	4	223	23	0	25	50	1.50
2741521--2741633	9	12.8	8	69	19	57	17	5	1	75	1.08
2741521--2741558	16	2.2	18	86	9	53	10	5	2	81	0.94
2741523--2741570	12	3.9	12	78	13	53	10	6	2	81	0.95
2741561--2741596	13	2.5	15	82	17	58	19	5	0	75	1.00
2742064--2742136	23	3.2	23	78	5	67	56	1	2	39	1.22
2742130--2742248	29	4.3	28	76	18	99	43	2	0	52	1.20
2742172--2742225	23	2.3	24	87	3	74	40	1	1	55	1.21
2742370--2742407	18	2.1	19	95	5	69	47	0	5	47	1.24
2742578--2742619	21	2.0	22	86	13	61	54	0	2	42	1.13
2746503--2746566	27	2.4	27	94	0	110	14	4	37	43	1.66
2748796--2748838	23	1.9	22	90	4	68	60	9	0	30	1.28
2757466--2757496	15	2.0	16	93	6	55	19	6	6	67	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757639--2757674	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2757992--2758045	19	2.9	19	75	2	56	70	0	7	22	1.12
2757995--2758060	27	2.5	26	76	11	62	68	0	9	22	1.18
2758763--2758917	76	2.0	76	93	0	265	57	12	2	27	1.49
2764959--2765008	19	2.6	19	78	15	57	68	0	6	26	1.13
2764977--2765032	27	2.0	28	86	10	80	67	0	7	25	1.15
2765056--2765097	17	2.4	18	88	4	59	71	2	4	21	1.16
2765668--2765788	63	1.9	63	91	3	199	57	14	0	27	1.44
2765742--2765856	25	4.6	24	66	17	72	58	14	0	26	1.43
2765718--2765869	76	2.0	76	96	0	277	58	13	1	26	1.43
2767831--2767892	11	5.8	11	75	5	56	69	3	9	17	1.29
2770338--2770388	26	2.0	26	81	14	61	45	9	21	23	1.82
2772761--2772935	41	4.4	40	85	4	203	30	23	22	22	1.99
2777482--2777518	17	2.2	17	90	0	56	54	32	0	13	1.40
2781959--2782002	19	2.3	19	92	0	70	38	0	25	36	1.56
2782839--2783178	67	5.1	69	82	10	388	26	18	22	31	1.97
2787810--2787854	20	2.3	20	88	3	65	37	0	22	40	1.54
2788704--2788921	70	3.1	69	84	3	267	26	18	24	30	1.98
2792741--2792785	20	2.3	20	84	3	56	35	0	26	37	1.57
2793631--2793852	70	3.2	70	82	3	252	25	18	22	32	1.97
2798549--2798594	20	2.3	20	88	3	67	39	0	21	39	1.54
2803185--2803225	18	2.3	18	87	4	57	41	7	14	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803366--2803404	20	2.0	20	89	0	60	41	20	7	30	1.80
2804622--2804666	24	1.9	24	86	4	65	51	6	2	40	1.41
2806455--2806487	10	3.3	10	95	0	57	12	0	0	87	0.53
2806460--2806507	11	4.4	11	82	7	53	10	2	4	83	0.87
2807551--2807601	26	2.0	26	84	7	68	27	17	25	29	1.98
2807993--2808043	18	2.9	17	82	5	66	43	7	13	35	1.73
2807989--2808060	17	4.1	17	80	8	83	41	8	13	36	1.75
2808444--2808574	70	1.9	70	93	0	226	22	16	28	32	1.96
2809390--2809417	9	3.1	9	100	0	56	46	32	0	21	1.52
2816163--2816188	13	2.0	13	100	0	52	23	38	0	38	1.55
2820273--2820364	46	2.0	46	100	0	184	50	2	15	32	1.56
2822639--2822688	24	2.1	24	96	0	91	62	0	2	36	1.07
2822790--2822858	36	1.9	36	93	0	120	27	11	17	43	1.83
2823572--2823676	53	2.0	53	84	3	140	50	17	10	21	1.75
2826469--2826502	17	1.9	18	94	5	61	26	0	8	64	1.22
2826498--2826557	13	4.8	13	74	15	63	28	0	1	70	0.97
2826498--2826546	21	2.3	21	82	0	53	28	0	2	69	1.00
2826480--2826556	37	2.0	39	87	5	113	28	0	3	67	1.08
2826470--2826543	8	9.1	8	71	8	51	25	0	5	68	1.10
2826502--2826544	16	2.7	16	88	0	59	25	0	2	72	0.97
2826518--2826561	21	2.1	21	86	0	61	25	0	0	75	0.81
2835060--2835147	43	2.0	43	93	0	149	47	11	7	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843603--2843636	13	2.8	12	86	8	50	82	0	8	8	0.85
2843609--2843636	13	2.2	13	100	0	56	85	0	7	7	0.73
2843609--2843666	13	4.4	13	76	4	53	82	1	6	8	0.90
2867627--2867671	22	2.0	22	100	0	90	26	8	26	37	1.86
2868463--2868627	82	2.0	80	88	6	244	38	16	23	21	1.93
2872701--2873360	55	11.9	56	90	2	1005	35	11	18	34	1.87
2872701--2873434	55	13.3	55	88	2	1003	34	11	19	34	1.88
2878300--2878405	3	36.7	3	86	7	157	34	0	0	63	1.08
2880477--2880502	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2891286--2891362	16	4.4	17	81	15	95	81	0	15	2	0.79
2891289--2891361	15	5.1	14	76	16	71	83	0	13	2	0.75
2891290--2891361	5	14.6	5	74	18	53	83	0	13	2	0.76
2891681--2891707	14	1.9	14	100	0	54	29	7	3	59	1.42
2892370--2892657	82	3.6	80	90	6	433	26	13	22	36	1.92
2893371--2893774	109	3.7	111	88	7	593	37	14	18	28	1.90
2894093--2894180	3	30.7	3	86	8	130	32	2	0	64	1.06
2895301--2895340	17	2.2	18	86	8	55	30	5	2	62	1.29
2896244--2896278	2	17.5	2	87	0	52	42	0	2	54	1.15
2898480--2898506	14	1.9	14	100	0	54	44	0	25	29	1.54
2899761--2899839	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
2901940--2901982	16	2.7	16	92	0	68	62	6	6	23	1.45
2902000--2902058	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2902083--2902125	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2902085--2902133	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2902073--2902903	54	15.8	54	73	14	433	52	12	0	34	1.41
2902105--2902868	32	27.4	32	65	27	253	52	13	0	34	1.41
2902141--2902214	22	3.2	22	69	19	53	54	14	1	29	1.49
2902287--2902340	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2902329--2902462	22	6.7	19	75	20	68	51	11	0	37	1.38
2902297--2902603	76	4.0	76	82	13	421	52	12	0	34	1.40
2902329--2902393	22	3.0	22	95	0	121	50	12	0	36	1.40
2902405--2902517	22	5.0	22	82	8	145	52	14	0	33	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31