genome.fa.s851.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000851.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7304151

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130751--2130812	31	2.0	32	87	3	90	32	1	20	45	1.61
2135454--2135504	20	2.5	20	76	17	52	33	29	11	25	1.91
2139036--2139072	14	2.6	14	100	0	74	21	24	10	43	1.84
2140406--2140466	28	2.2	28	96	0	113	26	27	22	22	1.99
2140406--2140480	28	2.7	28	89	4	98	25	26	26	21	1.99
2154641--2154702	26	2.4	26	97	2	117	35	16	8	40	1.78
2155494--2155569	8	9.0	8	77	9	62	81	5	5	7	0.98
2156858--2156885	13	2.2	13	100	0	56	53	7	0	39	1.28
2165510--2165551	20	2.2	20	95	4	77	71	4	9	14	1.28
2171647--2171706	29	2.1	29	100	0	120	33	3	13	50	1.58
2173421--2173456	17	2.1	18	94	5	65	25	0	13	61	1.33
2179757--2180047	45	6.5	44	81	9	311	31	18	9	40	1.83
2179801--2180047	90	2.7	89	90	1	386	31	17	10	40	1.83
2179752--2180050	135	2.2	136	81	7	376	32	18	9	39	1.83
2184483--2184521	18	2.2	19	86	9	55	56	0	0	43	0.99
2193235--2193323	38	2.3	39	90	3	135	30	14	25	29	1.95
2194834--2195029	37	5.4	36	90	3	302	37	17	20	24	1.94
2195039--2195605	55	10.4	55	80	4	578	31	19	22	26	1.97
2195072--2195600	274	1.9	273	83	3	670	31	19	21	27	1.97
2195811--2195863	23	2.3	23	78	12	56	39	0	5	54	1.24
2196432--2196589	55	2.9	55	81	1	183	31	17	17	32	1.94
2197422--2197580	55	2.9	55	83	3	203	30	18	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2197433--2197609	55	3.2	53	77	12	173	29	19	19	31	1.96
2195460--2200463	990	5.0	990	74	12	4693	32	16	18	32	1.93
2198365--2198633	55	4.7	54	78	11	279	31	17	21	28	1.96
2198418--2198549	65	2.0	66	84	7	171	32	15	21	30	1.95
2198361--2198604	119	2.0	121	97	2	467	31	17	20	30	1.96
2198484--2198653	55	3.1	55	81	4	202	30	20	21	28	1.98
2199468--2199622	54	2.9	54	83	4	197	29	16	22	31	1.95
2203144--2203212	18	3.7	18	83	7	93	30	30	21	17	1.96
2203139--2203211	38	1.9	38	91	0	119	28	30	21	19	1.98
2209384--2209481	40	2.5	38	83	9	124	28	28	21	21	1.99
2209389--2209459	18	3.7	18	77	14	79	29	30	22	16	1.96
2211124--2211166	21	2.1	21	86	4	61	11	16	20	51	1.75
2225852--2225933	21	3.9	21	98	0	155	32	29	14	23	1.94
2225958--2225995	19	2.0	19	89	0	58	23	34	13	28	1.92
2225893--2226058	64	2.5	65	82	4	192	33	25	15	26	1.95
2225944--2226103	64	2.5	63	82	6	180	30	26	15	28	1.95
2234169--2234208	21	1.9	21	90	10	64	32	27	15	25	1.95
2234233--2234270	19	2.0	19	94	0	67	21	34	15	28	1.94
2234189--2234314	64	2.0	64	85	4	173	32	23	15	27	1.95
2252798--2252848	21	2.4	21	83	0	66	27	13	15	43	1.85
2256471--2256553	32	2.6	32	86	0	121	28	18	15	37	1.91
2264112--2264604	47	10.5	47	90	0	752	19	20	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264437--2264571	27	5.5	27	66	22	109	18	22	15	43	1.87
2270373--2271090	81	8.9	81	86	3	946	30	22	12	34	1.91
2271230--2271355	55	2.3	55	91	0	216	34	18	11	36	1.86
2271210--2271353	55	2.6	54	89	3	209	33	16	11	38	1.85
2275618--2276433	81	10.1	81	85	3	1027	30	21	11	35	1.90
2275618--2276431	322	2.5	320	87	4	1109	30	21	11	35	1.90
2276983--2277019	19	1.9	19	88	0	56	35	24	10	29	1.89
2279579--2280074	47	10.6	47	90	0	778	20	21	13	44	1.86
2279626--2279760	27	5.5	27	68	22	100	20	22	14	42	1.88
2279700--2279780	20	3.7	20	71	23	65	18	25	14	40	1.89
2283374--2283434	31	2.0	31	90	0	95	37	16	24	21	1.93
2284393--2284434	11	3.8	11	87	0	57	33	7	21	38	1.81
2284643--2284687	14	3.2	14	84	9	65	51	0	8	40	1.33
2285525--2285558	16	2.1	16	94	0	59	35	14	17	32	1.91
2286501--2286530	13	2.3	13	94	0	51	53	0	10	36	1.35
2287346--2287401	28	2.0	28	85	0	76	32	25	12	30	1.92
2289495--2289586	42	2.3	43	81	18	119	51	2	2	44	1.25
2289820--2289859	12	3.6	12	80	19	59	62	0	0	37	0.95
2289808--2289859	21	2.5	21	90	3	79	61	0	0	38	0.96
2289777--2289897	63	1.9	63	86	6	174	52	2	0	44	1.14
2296851--2296902	17	3.1	17	78	10	54	34	0	3	61	1.14
2297026--2297465	216	2.0	221	97	2	836	41	14	4	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2299361--2299400	19	2.2	18	86	13	55	42	7	5	45	1.54
2299735--2299789	27	2.0	27	100	0	110	47	14	3	34	1.62
2304951--2305008	24	2.4	24	97	0	107	22	18	17	41	1.90
2309506--2309607	18	5.7	18	98	0	195	48	0	4	47	1.23
2314546--2314668	40	3.2	38	71	15	108	31	14	12	41	1.83
2314523--2314972	77	5.9	76	75	8	299	30	16	14	38	1.89
2314406--2316032	39	42.3	39	78	6	1302	31	17	15	35	1.91
2314404--2315425	305	3.3	305	86	3	1279	31	17	15	35	1.91
2314314--2316029	578	3.0	578	90	3	2547	31	16	15	36	1.91
2315406--2315550	77	1.9	76	84	4	193	30	13	14	41	1.85
2320845--2320876	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2324417--2324898	246	2.0	245	94	1	847	31	12	16	39	1.85
2328626--2328672	15	3.2	15	93	6	87	38	36	6	19	1.77
2328626--2328671	14	3.2	14	96	3	83	39	34	6	19	1.78
2329168--2329347	65	2.8	64	78	9	177	28	16	21	33	1.95
2329981--2330009	14	2.0	15	93	6	51	62	27	3	6	1.37
2331890--2331968	23	3.6	23	72	8	74	21	22	26	29	1.99
2335452--2335491	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
2337449--2337523	37	2.0	37	100	0	150	37	13	20	29	1.90
2337613--2337824	65	3.3	62	79	12	189	27	17	23	30	1.97
2338073--2338129	26	2.2	26	81	6	71	31	1	0	66	1.02
2342855--2342970	29	4.0	29	92	1	180	47	12	5	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2348176--2348238	30	2.1	31	81	3	74	38	25	20	15	1.92
2349137--2349433	29	10.4	29	82	5	284	50	13	3	32	1.58
2349207--2349502	86	3.5	84	80	6	256	50	13	3	32	1.59
2349207--2349502	29	10.4	29	75	12	202	50	13	3	32	1.59
2349150--2349516	58	6.5	57	77	11	236	50	14	3	31	1.60
2350006--2350064	20	3.0	20	90	9	86	27	6	10	55	1.58
2351628--2351657	3	10.0	3	92	0	51	63	0	0	36	0.95
2351656--2351711	3	18.3	3	82	10	51	32	7	0	60	1.24
2352730--2352768	21	1.9	20	89	5	60	58	7	0	33	1.26
2353379--2353442	19	3.4	18	78	8	65	35	15	4	43	1.68
2357871--2357921	24	2.1	24	100	0	102	31	33	7	27	1.85
2359599--2359630	14	2.3	14	94	0	55	34	34	3	28	1.73
2359633--2359668	3	12.3	3	94	5	65	30	0	0	69	0.89
2362708--2362895	94	2.0	94	96	0	349	25	10	23	40	1.85
2364310--2364659	172	2.0	177	96	3	656	25	17	15	42	1.88
2364666--2364707	20	2.0	22	86	9	61	19	9	2	69	1.28
2366289--2366336	9	5.8	8	83	16	62	83	0	0	16	0.65
2366290--2366328	14	2.9	13	88	7	60	82	0	0	17	0.68
2366289--2366336	24	2.0	23	88	4	69	83	0	0	16	0.65
2367381--2368023	55	11.9	55	77	11	226	34	9	14	40	1.79
2367357--2367619	55	4.8	55	81	3	280	34	9	14	41	1.78
2367564--2367663	43	2.3	43	85	3	128	38	10	13	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367514--2367717	98	2.1	98	87	5	288	37	8	13	39	1.76
2367608--2368123	55	9.6	54	84	3	523	34	10	15	39	1.82
2367613--2368037	165	2.6	165	88	1	627	35	9	15	39	1.81
2368009--2368135	49	2.6	50	92	3	213	28	14	18	38	1.90
2368094--2368252	57	2.8	54	77	13	142	32	10	17	39	1.83
2368254--2368330	20	3.8	20	72	13	57	20	22	23	33	1.97
2368561--2368882	156	2.1	155	86	2	450	32	14	17	35	1.90
2370806--2370859	3	18.3	3	92	3	92	31	1	0	66	1.02
2371075--2371117	14	3.0	14	79	3	50	18	20	9	51	1.74
2376705--2376874	54	3.1	54	93	0	286	28	17	19	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31