genome.fa.s8702.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008702.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3201804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071330--2071600	82	3.4	78	73	15	209	16	8	0	74	1.07
2071536--2071624	15	5.9	15	72	15	58	12	14	2	70	1.25
2076507--2076773	9	28.7	9	69	22	74	74	0	8	16	1.11
2076554--2076717	4	39.5	4	67	27	60	74	0	6	18	1.07
2076557--2076853	5	56.6	5	69	19	121	75	2	6	16	1.11
2076626--2076752	6	21.2	6	69	18	77	77	0	4	17	0.99
2076554--2076790	11	19.5	12	70	23	92	74	0	7	17	1.08
2076798--2076871	21	3.7	20	81	12	89	83	8	1	6	0.85
2076798--2076871	5	14.8	5	79	10	55	83	8	1	6	0.85
2076626--2076878	22	11.0	21	72	19	71	76	3	4	15	1.08
2076933--2077016	6	14.3	6	76	13	52	67	1	4	26	1.17
2078201--2078237	16	2.3	16	90	0	56	54	2	0	43	1.14
2078923--2079279	124	2.9	122	85	2	459	23	14	25	36	1.92
2089503--2089556	25	2.1	27	86	6	76	64	3	14	16	1.42
2090444--2090751	4	72.2	4	68	21	96	75	0	6	17	1.06
2090448--2090704	9	28.7	9	71	18	92	75	0	7	16	1.05
2090498--2090528	14	2.1	14	94	5	53	74	0	12	12	1.08
2090443--2090749	18	16.7	18	71	15	170	75	0	6	17	1.06
2090564--2090749	9	20.3	9	70	22	65	76	0	4	18	0.98
2090443--2090745	86	3.3	86	74	14	199	75	0	6	17	1.06
2090729--2090807	31	2.6	30	80	7	88	72	1	3	22	1.08
2090575--2090751	4	43.2	4	71	16	98	76	0	3	19	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090792--2090825	11	2.9	12	86	8	52	85	2	0	11	0.71
2090759--2090831	30	2.4	29	77	8	74	78	2	1	17	0.95
2090979--2091034	22	2.5	23	82	5	69	76	0	5	17	0.96
2091001--2091025	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2097912--2097942	15	2.1	15	100	0	62	6	25	35	32	1.82
2098037--2098071	15	2.4	15	90	4	54	82	0	17	0	0.66
2098908--2099153	65	3.8	65	90	0	375	35	20	16	27	1.94
2100435--2100749	18	18.1	17	70	18	152	17	8	0	73	1.07
2100446--2100648	22	9.4	22	74	18	160	18	6	0	74	1.02
2100464--2100589	4	29.2	4	73	21	64	21	5	0	73	1.04
2100522--2100704	68	2.7	68	71	21	77	18	6	0	75	1.00
2100446--2100704	6	49.6	5	77	15	146	18	6	0	74	1.03
2100678--2100764	22	4.0	22	76	10	88	13	13	0	72	1.13
2100522--2100746	70	3.2	67	74	17	199	17	8	0	74	1.05
2101624--2101670	22	2.1	23	88	4	69	17	10	4	68	1.35
2121625--2121669	22	2.0	22	100	0	90	42	13	8	35	1.75
2121884--2121946	32	2.0	32	84	6	83	23	23	30	22	1.99
2121934--2122020	32	2.7	32	81	0	111	28	28	22	19	1.98
2124350--2124408	2	30.0	2	96	3	111	50	0	0	49	1.00
2125294--2125371	39	2.0	40	92	2	131	25	3	25	44	1.71
2125288--2125383	39	2.5	39	86	1	113	28	4	27	40	1.74
2129503--2129606	39	2.7	37	78	12	111	53	9	33	2	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131180--2131387	85	2.4	85	88	1	292	31	16	18	33	1.93
2131394--2131423	13	2.3	13	94	0	51	33	10	23	33	1.88
2131180--2131422	85	2.9	85	85	1	272	30	16	18	33	1.94
2139749--2139816	27	2.6	27	83	2	75	23	10	17	48	1.78
2147645--2147716	30	2.4	30	86	4	92	43	9	6	40	1.65
2148036--2148080	19	2.4	19	82	13	58	60	2	22	15	1.46
2149113--2149229	24	4.9	24	86	4	164	40	17	15	27	1.89
2151723--2151796	21	3.5	21	94	3	123	47	20	14	17	1.83
2161932--2161964	17	2.0	16	94	5	57	21	0	12	66	1.23
2168447--2168609	31	5.5	30	73	14	94	36	2	3	57	1.30
2168476--2168611	3	46.7	3	68	21	67	35	2	4	58	1.31
2168447--2168609	18	8.7	18	72	16	102	36	2	3	57	1.30
2168523--2168669	31	4.9	31	71	16	96	36	2	3	57	1.30
2179980--2180009	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2188880--2189055	90	2.0	90	89	0	271	38	10	5	46	1.61
2195425--2195599	90	2.0	89	91	1	287	37	9	6	46	1.61
2197076--2197138	27	2.3	27	88	5	90	61	11	9	17	1.54
2197088--2197145	27	2.1	27	83	0	71	55	13	13	17	1.70
2199064--2199103	17	2.2	19	86	8	57	37	0	2	60	1.11
2204298--2204400	42	2.5	41	80	4	109	24	16	20	38	1.92
2204562--2204652	42	2.2	42	82	2	112	27	20	19	31	1.97
2204293--2205517	257	4.7	256	81	6	1427	31	15	17	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205155--2205193	20	2.0	20	94	0	69	25	25	23	25	2.00
2204898--2205436	278	1.9	278	83	4	703	31	15	17	34	1.92
2205848--2205947	45	2.2	45	85	3	130	24	18	20	38	1.93
2205974--2206238	45	5.9	44	72	8	158	25	13	18	41	1.88
2205988--2206235	136	1.8	135	83	0	325	26	13	18	41	1.87
2206946--2207534	134	4.4	134	80	3	596	31	18	16	33	1.93
2208520--2208556	17	2.2	17	95	0	65	51	13	0	35	1.41
2210914--2210953	21	2.0	20	90	5	62	32	25	25	17	1.97
2210991--2211044	19	2.8	19	88	5	74	22	27	27	22	1.99
2210985--2211041	19	3.0	20	82	12	66	21	29	26	22	1.99
2211797--2211880	41	2.0	42	83	2	107	28	19	17	34	1.95
2211770--2212659	239	3.7	238	85	2	1124	31	16	16	34	1.92
2214745--2214776	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2223281--2223317	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
2224907--2225071	3	51.7	3	75	13	134	61	2	3	33	1.24
2224905--2225071	13	13.2	12	73	12	86	61	2	2	33	1.24
2224907--2225071	16	10.5	16	74	11	128	61	2	3	33	1.24
2224907--2225077	10	18.1	10	73	12	71	60	2	3	32	1.28
2226709--2226747	5	7.8	5	83	11	53	2	15	2	79	0.95
2226708--2226758	15	3.4	14	79	15	57	1	15	1	80	0.89
2236826--2236873	16	3.0	16	79	11	62	72	2	4	20	1.11
2236826--2236874	5	9.4	5	78	8	53	73	2	4	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237367--2238142	6	129.5	6	92	1	1036	44	16	5	34	1.69
2238724--2239530	6	136.7	6	95	3	1424	49	16	0	33	1.53
2240124--2240780	6	109.8	6	94	1	1025	45	16	3	33	1.66
2241343--2242286	6	159.3	6	94	4	1497	47	16	2	33	1.61
2242877--2243542	6	112.3	6	95	3	1163	48	16	1	33	1.55
2244139--2244612	6	80.8	6	92	4	655	44	17	4	33	1.70
2245176--2245964	6	132.3	6	95	2	1331	47	16	2	33	1.59
2246544--2246858	6	52.8	6	94	1	499	45	17	3	33	1.65
2245674--2247731	873	2.4	867	94	2	3601	35	17	11	35	1.86
2247417--2248155	6	124.3	6	93	4	1194	47	16	2	33	1.59
2248731--2249309	6	100.3	6	90	8	866	48	17	1	32	1.57
2250194--2250343	3	46.7	3	72	15	95	59	6	3	31	1.38
2250194--2250343	13	11.9	12	68	15	63	59	6	3	31	1.38
2250300--2250343	10	4.6	9	86	8	52	63	9	0	27	1.24
2252795--2252853	18	3.5	17	80	8	68	45	10	3	40	1.54
2252836--2252999	37	4.5	37	76	12	151	46	10	4	38	1.60
2262061--2262098	20	1.9	20	94	0	67	15	26	13	44	1.83
2262168--2262227	24	2.5	24	91	5	95	46	0	8	45	1.33
2268295--2268447	76	2.0	76	83	5	193	32	18	11	37	1.87
2268414--2268592	39	4.6	39	86	4	204	30	15	14	39	1.87
2268453--2268554	20	5.2	20	61	17	52	27	14	16	41	1.88
2268535--2268825	76	3.9	76	85	3	369	32	17	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268610--2268737	39	3.3	40	67	19	110	35	17	14	32	1.90
2268536--2268825	151	1.9	148	83	4	368	32	17	13	36	1.89
2268610--2268810	37	5.4	37	66	13	108	33	19	13	32	1.92
2269126--2269463	136	2.6	127	81	7	356	36	15	20	26	1.93
2269482--2269723	118	2.0	119	84	5	312	35	13	23	27	1.92
2272358--2272388	13	2.4	13	94	0	53	80	3	0	16	0.83
2278452--2278492	21	2.1	19	86	9	55	24	19	24	31	1.98
2280956--2281322	128	2.8	128	83	3	468	30	20	19	29	1.97
2284061--2284139	37	2.1	38	81	6	99	43	5	12	39	1.65
2284077--2284231	35	4.6	35	71	22	118	44	2	7	45	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14