genome.fa.s8702.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008702.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3201804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284104--2284165	26	2.4	26	91	2	99	41	0	8	50	1.32
2284078--2284151	37	2.0	37	89	0	112	44	1	6	47	1.38
2284078--2284200	63	2.0	61	91	3	201	43	1	8	46	1.43
2284191--2284215	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2284143--2284218	35	2.1	35	92	2	125	44	3	7	43	1.51
2284156--2284299	47	3.2	47	71	19	128	45	2	6	45	1.45
2284261--2284349	35	2.4	39	79	12	114	44	0	8	46	1.35
2284214--2284313	51	1.9	51	82	6	121	47	1	6	46	1.34
2285885--2286191	156	2.0	156	89	2	474	37	28	13	21	1.91
2286212--2286269	24	2.4	24	85	5	73	50	17	10	22	1.76
2286465--2286520	20	2.8	20	88	0	85	19	26	14	39	1.90
2295112--2295351	46	5.2	46	92	0	381	24	20	8	46	1.79
2295123--2295338	20	9.6	20	69	21	117	23	22	8	44	1.80
2295840--2295890	20	2.6	18	80	17	57	19	27	19	33	1.96
2297477--2297508	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2298248--2298281	14	2.4	14	90	5	50	29	23	20	26	1.99
2298319--2298358	13	3.0	13	88	3	53	17	22	20	40	1.92
2305972--2306030	29	2.0	29	93	0	100	20	5	25	49	1.69
2318470--2318563	44	2.1	45	90	2	145	20	6	23	50	1.71
2319841--2319897	26	2.1	27	80	3	62	22	22	8	45	1.80
2320571--2320793	44	5.0	45	90	3	319	30	22	6	39	1.80
2320683--2320753	24	3.1	24	63	29	64	29	23	8	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320904--2321065	40	4.1	40	97	0	306	33	26	16	23	1.96
2343103--2343157	22	2.5	22	84	0	74	29	20	27	23	1.99
2344316--2344350	18	1.9	18	88	0	52	51	0	14	34	1.42
2345845--2345945	31	3.3	30	74	8	96	15	26	30	26	1.96
2345857--2346003	62	2.4	62	85	0	186	15	27	28	27	1.96
2345857--2346022	31	5.4	31	79	1	145	16	28	27	27	1.97
2352819--2352861	21	2.0	21	86	4	59	58	16	9	16	1.63
2354781--2354819	18	2.2	19	90	9	64	38	0	0	61	0.96
2366778--2366822	23	2.0	23	90	0	72	26	11	22	40	1.87
2366905--2366979	35	2.1	35	95	0	132	10	29	26	33	1.90
2373807--2373868	5	12.4	5	72	24	51	37	0	1	61	1.06
2373807--2373868	8	7.9	8	75	21	60	37	0	1	61	1.06
2373805--2373931	39	3.2	38	70	22	102	37	3	2	56	1.28
2373789--2373868	13	6.3	12	81	11	81	38	1	2	57	1.20
2375325--2375390	31	2.1	31	94	0	114	46	15	12	25	1.80
2381293--2381339	24	2.0	24	86	0	67	42	29	8	19	1.80
2385250--2385287	18	2.1	18	90	0	58	28	47	13	10	1.76
2387718--2387833	24	4.8	24	83	10	139	24	16	17	42	1.88
2389928--2389972	18	2.5	18	88	0	63	26	51	11	11	1.71
2392416--2392531	24	4.8	24	80	10	121	25	16	18	40	1.90
2394167--2394297	39	3.3	38	89	6	174	19	19	23	36	1.95
2399683--2399752	30	2.3	30	82	4	79	42	12	5	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403959--2404508	59	9.3	59	88	0	796	34	21	12	31	1.91
2410220--2410768	59	9.3	59	88	2	789	34	21	12	31	1.91
2418125--2418159	12	2.8	13	86	8	54	40	5	8	45	1.58
2420451--2420505	23	2.5	21	82	5	65	32	16	21	29	1.95
2424636--2424755	47	2.6	47	86	2	170	36	20	7	35	1.81
2424903--2425062	40	4.0	40	95	0	293	33	28	16	21	1.95
2431648--2431819	47	3.8	45	81	6	193	33	21	6	38	1.80
2431652--2431819	94	1.8	90	85	5	237	33	21	7	38	1.81
2431924--2432085	40	4.1	40	90	0	270	33	24	16	25	1.95
2438670--2438707	15	2.6	14	84	15	51	31	5	2	60	1.33
2440836--2440872	17	2.2	18	85	9	51	56	10	10	21	1.64
2441240--2441269	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2442263--2442292	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2446332--2446375	23	1.9	23	86	9	63	18	47	20	13	1.82
2446516--2446573	29	2.0	30	86	3	82	32	5	15	46	1.68
2447898--2447936	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
2450872--2450915	13	3.4	13	93	0	70	18	43	20	18	1.89
2453736--2454011	85	3.2	85	91	3	423	16	25	25	32	1.96
2453736--2454011	43	6.5	42	90	4	412	16	25	25	32	1.96
2453739--2454011	128	2.1	127	90	1	440	16	25	25	32	1.96
2455993--2456024	13	2.5	13	94	0	55	18	46	21	12	1.82
2455966--2456033	18	4.1	18	72	18	56	20	44	17	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458879--2459170	43	6.8	43	89	1	399	20	25	22	31	1.98
2459039--2459106	21	3.2	21	61	19	50	17	30	19	32	1.95
2461310--2461559	43	5.8	43	89	2	360	20	24	23	32	1.98
2461310--2461559	85	2.9	85	89	1	365	20	24	23	32	1.98
2462014--2462058	18	2.5	18	82	7	56	28	20	35	15	1.93
2469173--2469268	18	5.2	18	72	5	75	18	16	43	20	1.88
2471272--2471323	3	17.7	3	96	4	97	30	0	0	69	0.89
2490795--2490826	13	2.5	13	100	0	64	21	37	0	40	1.54
2491556--2491603	22	2.2	22	96	0	87	27	31	14	27	1.95
2493361--2493406	17	3.0	15	81	12	58	67	4	6	21	1.32
2494583--2494674	39	2.4	39	83	1	123	28	4	25	42	1.74
2499026--2499087	27	2.3	27	88	0	88	25	4	19	50	1.67
2501603--2501655	21	2.5	22	93	3	90	22	15	16	45	1.85
2501781--2501847	20	3.3	20	76	0	62	22	20	22	34	1.97
2507120--2507184	30	2.2	30	85	0	85	44	7	7	40	1.62
2514048--2514137	45	2.0	45	82	6	110	28	17	8	44	1.79
2514415--2514485	34	2.1	33	89	2	106	22	29	15	32	1.95
2514850--2514925	21	3.7	21	89	1	118	27	17	36	18	1.93
2514988--2515045	21	2.8	21	94	0	107	22	18	36	22	1.95
2515127--2515186	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
2515545--2515781	45	5.3	45	87	2	296	29	21	9	38	1.85
2515564--2515819	45	5.7	43	81	6	235	28	22	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515545--2515819	90	3.1	87	79	6	298	30	22	9	38	1.86
2515561--2515819	135	1.9	134	85	4	360	29	22	10	38	1.86
2516268--2516448	94	1.9	95	87	3	267	28	23	17	30	1.97
2518138--2518577	180	2.5	180	75	9	423	38	10	9	41	1.72
2527439--2527529	24	3.8	24	82	2	103	27	14	19	38	1.91
2527606--2527680	35	2.1	35	90	4	116	9	25	28	37	1.87
2532144--2532234	24	3.8	24	83	2	121	25	16	19	38	1.92
2532144--2532234	47	1.9	48	88	2	139	25	16	19	38	1.92
2532311--2532385	35	2.1	35	90	0	114	9	26	28	36	1.87
2534246--2534336	24	3.8	24	79	2	103	27	16	17	38	1.91
2542215--2542289	7	11.0	7	75	11	75	41	2	1	54	1.23
2542215--2542291	13	5.6	14	76	17	56	41	2	1	54	1.22
2542215--2542291	18	4.2	18	75	20	61	41	2	1	54	1.22
2553701--2553746	18	2.6	18	82	0	65	21	50	19	8	1.75
2556171--2556282	24	4.7	24	77	12	97	27	14	17	40	1.89
2556192--2556228	12	3.1	12	85	14	58	32	8	18	40	1.80
2556163--2556289	24	5.3	24	77	11	93	26	14	17	41	1.87
2558391--2558446	18	3.1	18	92	0	94	26	48	14	10	1.76
2562858--2562927	30	2.3	30	82	4	79	42	12	4	40	1.63
2564362--2564903	59	9.2	59	88	0	789	34	20	13	31	1.91
2575800--2575830	15	2.1	15	93	0	53	32	25	9	32	1.88
2576903--2576957	23	2.5	21	82	5	65	38	14	16	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2580547--2580594	13	3.7	13	78	10	62	33	22	25	18	1.97
2581066--2581237	47	3.8	45	77	8	152	33	20	6	38	1.79
2581342--2581463	40	3.0	40	97	0	235	32	26	17	23	1.96
2588077--2588236	47	3.5	45	81	5	178	32	21	7	38	1.82
2588341--2588502	40	4.1	40	93	0	288	34	25	16	23	1.95
2594979--2595016	15	2.6	14	84	15	51	31	5	2	60	1.33
2597150--2597186	17	2.2	18	85	9	51	56	10	10	21	1.64
2603150--2603225	26	2.8	27	77	16	77	39	3	7	48	1.51
2603204--2603273	29	2.4	29	80	4	88	34	1	15	48	1.54
2604607--2604645	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14