genome.fa.s8702.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008702.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3201804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1329208--1329377	90	1.9	91	81	1	207	31	18	10	40	1.84
1329388--1329585	79	2.5	79	90	3	310	29	23	11	35	1.90
1330697--1330735	14	2.8	13	88	11	51	23	2	2	71	1.10
1330695--1330737	18	2.5	17	81	7	52	25	2	2	69	1.12
1330735--1330779	2	22.5	2	95	0	81	46	0	2	51	1.13
1330782--1330813	14	2.4	14	94	5	57	37	6	3	53	1.42
1331163--1331187	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1331242--1331275	9	3.8	9	92	7	52	20	2	0	76	0.92
1331242--1331276	13	2.6	14	90	4	54	20	2	0	77	0.90
1334302--1334363	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
1334302--1334371	20	3.3	20	82	9	68	78	5	14	1	1.00
1334958--1335020	29	2.2	29	100	0	126	28	33	14	23	1.94
1335455--1335489	18	1.9	18	88	0	52	20	8	25	45	1.79
1335949--1336230	36	8.0	36	79	8	312	25	19	13	40	1.89
1335907--1336230	72	4.6	73	76	10	239	26	19	14	39	1.90
1336005--1336193	102	1.9	103	89	2	301	26	18	13	40	1.88
1335969--1336293	138	2.4	137	84	3	438	27	20	12	39	1.89
1336205--1336361	68	2.4	68	84	3	203	32	21	8	36	1.85
1336964--1338035	205	5.2	205	92	2	1601	33	26	18	22	1.96
1336964--1338035	105	10.3	104	90	4	1544	33	26	18	22	1.96
1339034--1339072	14	2.8	13	88	11	51	23	2	2	71	1.10
1339032--1339074	18	2.5	17	81	7	52	25	2	2	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1339072--1339106	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
1339287--1339341	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
1339599--1339658	31	1.9	31	83	6	77	13	13	1	71	1.22
1344194--1344383	45	4.2	46	83	3	163	30	19	9	40	1.83
1344218--1344386	45	3.7	45	86	1	230	30	19	10	40	1.84
1352449--1352499	7	7.4	7	86	4	68	29	27	25	17	1.98
1352449--1352486	20	1.9	20	94	0	67	31	28	23	15	1.96
1352571--1352619	20	2.5	20	90	6	73	30	30	22	16	1.96
1359833--1359878	21	2.3	20	82	10	58	39	26	19	15	1.91
1359833--1359881	20	2.4	21	86	6	66	36	24	20	18	1.94
1380083--1380120	14	2.7	15	84	12	53	57	2	0	39	1.12
1382543--1382605	31	2.0	31	90	0	99	42	3	12	41	1.59
1382550--1382620	31	2.3	31	87	4	99	47	0	8	43	1.33
1383211--1383469	118	2.2	119	87	2	369	37	14	18	30	1.90
1383319--1383800	226	2.1	225	86	3	675	39	13	15	31	1.86
1383825--1383865	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1386335--1386417	6	13.7	6	75	7	51	55	7	8	28	1.56
1386336--1386417	37	2.2	37	82	2	94	56	7	7	29	1.54
1386336--1386413	31	2.5	32	83	8	108	55	7	6	30	1.54
1387781--1387815	17	2.0	18	88	5	54	45	8	8	37	1.65
1391082--1391177	48	2.0	48	95	0	174	34	13	13	38	1.84
1395142--1395172	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1395618--1395671	9	6.5	8	78	21	58	18	3	0	77	0.91
1395620--1395666	14	3.5	13	88	11	69	19	4	0	76	0.95
1395612--1395679	26	2.5	26	86	13	86	17	4	1	76	1.03
1397466--1397499	7	4.7	7	96	3	59	14	14	14	55	1.69
1398676--1398744	20	3.1	22	80	17	65	79	7	11	1	0.98
1398707--1398746	15	2.7	15	81	11	55	85	2	10	2	0.80
1398667--1398746	28	2.9	25	75	14	70	80	7	11	1	0.97
1398667--1398746	41	1.9	42	85	7	110	80	7	11	1	0.97
1399802--1399836	18	1.9	18	88	0	52	20	8	28	42	1.81
1400349--1401093	106	7.0	106	90	0	1094	34	24	17	23	1.96
1401214--1401744	84	6.4	83	76	8	490	30	25	18	25	1.98
1401227--1401744	165	3.1	165	84	5	650	30	25	18	25	1.98
1403441--1403509	5	14.4	5	74	19	51	18	2	0	78	0.88
1403442--1403514	9	7.9	9	73	18	53	19	2	0	78	0.88
1403433--1403531	41	2.3	44	78	18	109	17	4	1	77	0.97
1403465--1403529	19	3.5	18	73	12	60	16	3	1	78	0.96
1403440--1403530	36	2.5	36	83	15	100	17	3	1	78	0.95
1403440--1403529	14	6.4	13	77	20	67	17	3	1	77	0.96
1406374--1406496	61	2.0	60	84	7	160	35	15	16	32	1.90
1407513--1407540	11	2.5	11	100	0	56	0	10	0	89	0.49
1406895--1407589	350	2.0	347	92	1	1160	30	13	12	42	1.82
1409566--1409593	10	2.8	10	100	0	56	21	53	17	7	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1409627--1409739	29	4.0	29	77	11	92	33	2	15	48	1.58
1409653--1409754	28	3.5	29	81	11	111	32	3	15	48	1.64
1427527--1427928	79	5.1	79	87	0	579	36	11	23	28	1.89
1433891--1434030	75	1.9	74	83	7	185	34	17	20	27	1.95
1433911--1434075	75	2.2	76	80	5	183	34	16	21	27	1.95
1434479--1434632	78	2.0	79	90	1	247	37	7	25	29	1.84
1434567--1434885	45	7.6	45	74	16	279	31	12	26	29	1.92
1434612--1434834	79	2.8	79	90	1	340	32	12	25	30	1.92
1434489--1434755	124	2.2	123	87	3	385	32	10	26	29	1.90
1443382--1443543	40	4.1	40	95	0	297	22	17	26	33	1.96
1443648--1443816	47	3.7	46	81	6	184	37	8	22	31	1.84
1443648--1443819	94	1.9	90	87	4	254	37	8	22	31	1.83
1445705--1446388	257	2.7	255	85	4	867	33	16	16	33	1.91
1446337--1446375	20	2.0	20	85	5	53	23	20	23	33	1.97
1450951--1450987	15	2.5	15	95	0	65	35	24	27	13	1.93
1459011--1459283	136	2.0	137	85	3	372	36	16	19	27	1.93
1459011--1459328	136	2.3	136	81	6	333	36	16	18	27	1.93
1460958--1460996	21	1.9	21	84	5	53	17	0	7	74	1.05
1460965--1461014	21	2.4	22	80	16	61	18	2	4	76	1.04
1462058--1462168	42	2.6	42	86	1	141	36	21	19	21	1.95
1462091--1462198	36	2.8	37	81	14	137	34	23	23	19	1.97
1462134--1462383	44	6.1	36	77	16	124	31	22	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1462169--1462400	44	5.3	44	91	0	367	30	21	29	18	1.97
1465272--1465342	18	3.9	18	89	5	108	21	22	39	16	1.92
1476345--1476369	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1476801--1476858	22	2.7	21	80	17	66	65	1	0	32	1.03
1476807--1476858	22	2.4	22	87	6	70	63	1	0	34	1.06
1477655--1477708	28	1.9	28	100	0	108	33	9	24	33	1.87
1482244--1482304	19	3.2	18	77	9	59	22	26	16	34	1.95
1483892--1483958	35	1.9	35	87	6	100	26	17	22	32	1.96
1498403--1498427	13	1.9	13	100	0	50	24	24	12	40	1.88
1500321--1500459	69	2.0	69	97	0	260	35	12	13	37	1.84
1504884--1505125	54	4.5	53	84	6	272	34	21	18	26	1.96
1504884--1505125	108	2.2	108	83	4	301	34	21	18	26	1.96
1508112--1508305	29	6.7	29	85	5	223	32	6	20	40	1.77
1508112--1508305	57	3.3	56	82	10	230	32	6	20	40	1.77
1509243--1509298	26	2.2	26	86	0	76	25	5	17	51	1.66
1515497--1515628	29	4.6	29	85	2	185	33	5	21	39	1.76
1520915--1521134	54	4.1	54	86	5	320	34	22	20	23	1.97
1520915--1521134	107	2.0	107	91	4	354	34	22	20	23	1.97
1527230--1527280	20	2.5	20	100	0	102	41	11	25	21	1.87
1527631--1528046	54	7.7	54	83	1	465	36	19	18	25	1.95
1527631--1528016	162	2.4	162	85	1	522	36	19	18	25	1.94
1537308--1537347	16	2.5	16	95	0	71	52	17	12	17	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540382--1540408	11	2.5	11	100	0	54	48	37	7	7	1.59
1541112--1541174	29	2.1	30	85	8	85	73	7	6	12	1.25
1549060--1549275	117	1.9	116	84	2	290	50	7	12	29	1.68
1555283--1555307	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
1556934--1557164	37	6.4	36	76	14	215	41	3	9	45	1.55
1556934--1557185	36	7.0	36	76	12	230	40	3	10	44	1.57
1557150--1557241	32	2.9	32	80	7	91	40	4	11	43	1.61
1557169--1557229	17	3.7	17	72	24	58	44	4	8	42	1.55
1557265--1557328	18	3.6	18	78	17	64	20	1	1	76	0.95
1565485--1565524	16	2.5	16	100	0	80	35	5	15	45	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14