genome.fa.s8702.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008702.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3201804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  1  of  14  ( 1641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712--743	16	2.1	16	94	5	57	15	0	6	78	0.95
12353--12397	18	2.6	17	89	6	65	31	6	8	53	1.58
13151--13394	133	1.8	133	97	0	461	25	13	22	38	1.91
13301--13494	50	3.9	50	97	0	370	23	13	22	39	1.90
14231--15230	113	8.9	113	92	0	1493	37	13	18	29	1.90
15548--15668	3	40.7	3	89	1	190	34	3	0	61	1.12
15668--15711	20	2.3	19	84	4	52	63	6	0	29	1.20
39708--39774	11	6.4	11	73	14	61	58	1	1	38	1.17
39708--39778	20	3.4	20	69	16	63	56	1	1	40	1.17
55892--55962	19	3.7	19	94	0	115	38	5	21	35	1.77
56486--56559	21	3.7	20	89	8	105	17	17	22	41	1.89
56881--57660	182	4.3	181	87	3	1039	43	13	14	29	1.83
59401--59429	15	1.9	15	100	0	58	24	6	55	13	1.63
59395--59432	15	2.7	14	84	11	51	23	5	57	13	1.56
59550--59681	66	2.0	66	86	0	183	29	1	43	25	1.64
59775--59813	18	2.2	18	90	0	60	58	2	35	2	1.25
60795--60819	9	2.8	9	100	0	50	48	0	8	44	1.32
64303--64856	201	2.7	201	88	3	781	39	16	14	30	1.87
65488--65513	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
69118--70261	199	5.7	198	88	1	1508	39	14	15	30	1.88
70417--70669	87	2.7	97	81	12	364	35	13	10	40	1.78
70492--70536	23	2.0	23	86	8	65	42	17	6	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70579--70623	23	2.0	23	86	0	63	35	17	11	35	1.86
71012--71054	22	2.0	21	86	13	61	60	9	16	13	1.58
71340--71390	6	8.5	6	100	0	102	33	50	15	0	1.44
72008--72352	21	16.5	21	91	2	536	33	21	23	21	1.97
72292--72377	21	4.2	20	77	15	70	34	19	23	22	1.96
76426--76508	30	2.8	30	94	3	141	25	26	25	22	2.00
78053--78097	21	2.1	21	95	0	81	37	22	11	28	1.88
84621--84657	19	1.9	19	88	0	56	45	16	10	27	1.80
88855--88923	27	2.4	29	88	11	99	14	21	33	30	1.93
88934--88970	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
89749--89793	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
89339--89897	102	5.5	102	97	0	1028	26	20	13	38	1.91
90672--91493	83	9.9	83	96	0	1500	39	21	11	27	1.88
90680--91493	416	2.0	415	96	0	1520	38	21	11	27	1.88
99908--99940	15	2.2	15	94	0	57	48	9	18	24	1.76
105246--105314	28	2.4	30	88	7	99	13	20	34	31	1.91
105312--105366	3	18.3	3	92	0	83	60	0	0	40	0.97
106053--106289	30	8.0	30	87	1	325	62	9	10	16	1.53
107730--107768	3	12.7	3	89	5	51	58	0	5	35	1.20
111170--111333	3	55.3	3	83	4	190	58	1	1	38	1.17
111544--111612	35	2.0	35	83	11	88	31	11	23	33	1.90
111608--111723	36	3.4	35	67	23	104	42	15	17	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111577--111786	62	3.3	63	84	7	264	43	15	17	24	1.87
111611--111855	62	3.9	62	79	11	216	42	14	15	26	1.86
111577--111829	126	2.0	129	82	9	313	42	14	17	25	1.87
111894--111990	37	2.6	36	78	9	115	37	14	19	28	1.91
113220--113268	18	2.7	18	82	14	57	4	24	6	65	1.33
115140--115222	32	2.6	32	96	1	148	66	9	10	13	1.45
116923--117268	30	11.7	30	82	8	406	62	7	11	18	1.52
116877--117268	59	6.6	59	82	9	392	62	7	10	18	1.52
116899--117271	148	2.5	147	85	6	380	61	8	11	18	1.54
118696--118746	3	17.7	3	88	8	52	56	0	7	35	1.28
118696--118746	11	4.5	11	78	7	57	56	0	7	35	1.28
127256--127319	23	2.8	23	87	0	83	62	17	7	12	1.52
127276--127319	10	4.1	10	81	16	52	61	18	9	11	1.55
135438--135693	125	2.0	125	87	0	368	31	15	27	25	1.95
137001--137138	36	3.9	35	87	2	159	37	21	20	20	1.94
137572--138530	54	18.1	54	84	4	1146	33	19	24	21	1.97
137561--138530	105	9.1	105	86	3	1257	34	19	24	21	1.96
137572--138530	159	6.0	159	82	5	1118	33	19	24	21	1.97
138519--138640	55	2.2	55	89	2	183	33	15	20	30	1.94
137572--138530	426	2.3	422	91	3	1500	33	19	24	21	1.97
157234--157332	19	5.2	19	86	0	135	19	34	29	17	1.94
157234--157304	10	7.4	10	81	9	94	16	33	30	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157252--157311	10	6.3	9	77	9	57	16	36	30	16	1.91
158724--158766	21	2.0	21	95	0	77	23	25	23	27	2.00
159159--160345	43	27.3	44	87	2	1465	30	20	6	42	1.76
159990--160059	21	3.2	21	64	28	56	30	20	10	40	1.85
160471--161223	118	6.4	118	90	2	1036	31	21	10	37	1.87
160558--161224	59	11.3	58	78	10	649	31	20	10	36	1.88
163749--163788	16	2.5	16	79	0	53	42	27	0	30	1.56
163858--164054	98	2.0	97	89	1	295	44	13	11	30	1.78
171023--171059	17	2.2	17	95	0	65	43	5	5	45	1.49
171134--171160	13	2.1	13	100	0	54	29	7	7	55	1.55
172135--172175	22	1.9	22	90	5	66	21	14	0	63	1.30
172484--172524	20	2.0	21	85	4	57	39	0	0	60	0.96
187578--187604	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
192137--192174	18	2.1	19	95	5	69	15	21	42	21	1.89
199282--199345	30	2.1	30	82	5	76	31	15	7	45	1.75
200913--201025	60	1.9	60	88	0	172	27	15	21	35	1.94
200914--201038	60	2.1	60	83	3	153	28	16	19	36	1.93
201226--201346	60	2.0	60	82	6	147	38	13	16	32	1.87
207511--207541	10	3.1	10	90	0	53	58	19	12	9	1.62
207512--207553	20	2.1	20	86	0	57	52	19	14	14	1.75
207723--207800	24	3.2	24	83	0	84	53	16	14	15	1.73
208941--209076	29	4.7	29	91	0	218	22	9	22	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211673--211781	24	4.5	24	65	4	67	22	15	14	47	1.81
213398--213424	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
216153--216195	23	1.9	22	85	4	59	23	27	6	41	1.80
230419--231236	53	15.5	52	88	5	981	23	25	19	31	1.98
230419--231236	105	7.7	104	85	6	997	23	25	19	31	1.98
231246--231329	37	2.3	37	83	4	107	21	25	15	38	1.92
232597--232726	7	17.4	7	75	14	86	5	13	0	80	0.91
232598--232726	8	16.4	8	77	15	85	5	13	0	80	0.92
232599--232727	10	13.0	9	71	21	57	5	13	0	79	0.94
232609--232715	31	3.4	31	83	12	123	6	14	0	78	0.94
232646--232723	31	2.5	31	83	4	104	8	11	0	79	0.93
234744--234782	18	2.2	18	95	0	69	30	30	17	20	1.96
244702--245499	394	2.0	395	94	1	1395	27	17	15	38	1.91
247744--247923	100	1.8	100	98	0	351	31	26	14	27	1.95
251052--251097	18	2.6	19	80	13	62	43	0	0	56	0.99
253643--254018	188	2.0	186	97	2	718	27	14	15	41	1.87
258015--258055	21	2.0	21	95	0	73	41	4	17	36	1.71
258362--258437	39	1.9	39	86	5	109	39	14	18	27	1.90
258467--258509	14	3.1	14	96	0	77	11	13	18	55	1.68
258762--258820	13	4.7	13	71	23	54	5	10	25	59	1.50
258894--258926	16	2.1	16	94	0	57	9	12	21	57	1.62
261036--261087	21	2.5	19	74	17	50	61	1	3	32	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262613--262702	3	28.7	3	80	4	63	56	1	0	42	1.06
262625--262701	18	4.5	17	75	18	70	55	1	0	42	1.07
262613--262677	27	2.4	27	87	7	87	55	0	0	44	0.99
262856--263314	76	6.0	76	97	0	855	33	21	22	22	1.97
264159--264238	22	3.6	22	74	0	88	40	13	12	33	1.83
269064--269096	15	2.1	16	88	11	50	0	27	0	72	0.85
271870--271908	14	2.8	14	85	11	53	58	7	17	15	1.59
273911--273962	7	6.9	7	77	14	50	71	0	3	25	1.03
273924--273964	16	2.5	16	96	4	73	70	0	4	24	1.06
274481--274760	145	1.9	146	86	5	397	45	8	9	37	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14