genome.fa.s8702.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008702.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3201804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610451--2610699	43	5.8	43	91	2	394	18	26	24	30	1.98
2610451--2610699	85	2.9	85	91	1	399	18	26	24	30	1.98
2612651--2612695	18	2.5	18	88	0	63	17	44	20	17	1.87
2613540--2613585	17	2.5	19	82	10	60	45	4	15	34	1.66
2615539--2615830	43	6.8	43	86	3	349	20	23	22	32	1.98
2615545--2615830	85	3.4	85	85	2	360	20	23	22	33	1.97
2623413--2623452	18	2.2	18	95	0	71	12	17	47	22	1.81
2623428--2623475	23	2.1	23	84	0	60	14	16	43	25	1.86
2623421--2623498	41	1.9	41	83	0	102	15	17	43	23	1.87
2625490--2625532	3	14.7	3	95	4	79	30	0	0	69	0.88
2625741--2625784	22	2.0	22	90	0	70	20	43	11	25	1.85
2640255--2640384	37	3.6	37	79	6	149	29	19	11	40	1.86
2640948--2640995	19	2.5	20	82	6	62	72	0	8	18	1.08
2641678--2641705	12	2.3	12	100	0	56	53	7	0	39	1.28
2641631--2641855	76	3.1	74	78	9	237	55	11	2	30	1.48
2642280--2642304	13	1.9	13	100	0	50	16	24	28	32	1.96
2645316--2645410	24	4.0	24	77	0	91	21	10	15	52	1.72
2657407--2657443	19	1.9	19	88	0	56	67	0	8	24	1.17
2657515--2657548	12	2.8	12	86	4	50	64	2	5	26	1.30
2657496--2657537	17	2.4	18	84	4	59	71	0	4	23	1.05
2657720--2657747	12	2.3	12	100	0	56	53	7	0	39	1.28
2657673--2657861	76	2.6	73	83	6	215	55	13	0	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2657732--2657897	76	2.2	75	82	3	190	57	11	1	29	1.44
2658115--2658181	6	11.2	6	80	0	80	35	19	0	44	1.51
2658292--2658355	24	2.7	24	97	0	119	39	15	28	17	1.90
2658357--2658449	46	2.0	46	85	8	127	43	23	13	19	1.87
2658357--2658449	23	4.0	22	73	8	78	43	23	13	19	1.87
2658619--2658729	45	2.5	45	83	2	143	32	16	9	41	1.81
2659164--2659212	20	2.5	20	89	0	71	32	20	14	32	1.92
2659275--2659314	20	2.0	20	85	4	55	40	10	15	35	1.80
2667073--2667118	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
2683727--2683845	24	5.0	24	87	4	168	40	20	14	25	1.90
2685435--2685475	17	2.3	19	87	8	59	34	14	7	43	1.73
2686313--2686601	82	3.5	82	82	3	357	24	17	20	36	1.94
2687948--2687979	10	3.1	10	95	4	55	0	12	0	87	0.54
2693577--2693625	23	2.1	23	96	0	89	36	28	16	18	1.92
2695246--2695285	20	2.0	20	85	0	53	52	10	12	25	1.70
2701376--2701415	20	2.0	21	90	5	64	17	27	25	30	1.97
2705641--2705699	10	5.8	10	83	2	64	16	32	23	27	1.96
2705641--2705699	20	2.9	20	84	2	73	16	32	23	27	1.96
2705641--2705698	30	1.9	31	89	3	91	17	32	24	25	1.96
2708620--2708693	30	2.5	30	95	0	130	29	8	8	54	1.59
2708600--2708693	6	15.7	6	76	8	66	28	10	7	53	1.62
2709833--2709858	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2710050--2710106	25	2.2	25	78	9	62	59	14	0	26	1.35
2710511--2710851	59	5.8	58	90	2	502	29	23	12	35	1.90
2710487--2710846	177	2.0	178	90	1	562	29	22	12	35	1.91
2711250--2711367	53	2.2	53	95	0	209	32	17	20	29	1.96
2716889--2716938	26	2.0	24	81	14	57	58	10	0	32	1.31
2717319--2717739	59	7.1	59	89	1	610	30	21	11	35	1.90
2718141--2718257	53	2.2	53	90	0	180	32	18	17	30	1.95
2719995--2720051	21	2.7	21	91	0	96	22	8	15	52	1.70
2729678--2729724	21	2.2	21	96	0	85	23	17	14	44	1.85
2732377--2732401	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
2733958--2734029	2	35.5	2	97	2	135	48	0	1	50	1.09
2743951--2743988	20	1.9	20	84	10	51	55	13	7	23	1.64
2755756--2755823	3	22.7	3	93	0	118	33	0	1	64	1.02
2759913--2759980	27	2.5	27	87	0	91	48	22	4	25	1.69
2760707--2760828	39	3.1	38	86	2	154	19	21	23	35	1.96
2760729--2760907	39	4.6	38	77	9	119	21	21	22	35	1.96
2761211--2761263	28	1.9	27	92	3	88	67	7	5	18	1.35
2767796--2767883	32	2.8	31	83	13	108	19	29	26	25	1.98
2767793--2767911	32	3.7	32	83	4	107	18	29	26	25	1.98
2785991--2786048	21	2.8	22	82	15	70	15	8	17	58	1.61
2785996--2786056	19	3.1	19	79	11	61	14	6	19	59	1.58
2786536--2786619	24	3.5	24	88	6	100	61	3	20	14	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786552--2786619	12	5.7	12	96	0	118	61	1	22	14	1.41
2786556--2786613	6	9.7	6	80	0	71	60	0	24	15	1.35
2786610--2786967	6	59.7	6	100	0	716	66	16	16	0	1.25
2786964--2788023	234	4.5	233	83	4	1188	33	16	15	34	1.90
2787004--2788023	468	2.2	466	84	3	1318	33	15	15	35	1.90
2787857--2787910	20	2.6	20	77	11	56	37	22	18	22	1.95
2795450--2795522	3	24.7	3	82	8	87	64	2	1	31	1.16
2795441--2795500	22	2.8	22	85	7	70	66	3	1	28	1.17
2795450--2795522	22	3.5	21	81	9	87	64	2	1	31	1.16
2795451--2795522	37	1.9	37	88	5	110	63	2	1	31	1.17
2795451--2795522	19	3.7	19	83	10	92	63	2	1	31	1.17
2801824--2801870	24	2.0	24	86	0	67	57	17	8	17	1.63
2802543--2802601	10	5.7	11	75	13	63	47	20	8	23	1.77
2802543--2802608	20	3.2	21	85	14	102	46	19	9	24	1.78
2806879--2806944	15	4.4	15	100	0	132	68	0	12	19	1.21
2807671--2807697	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2807910--2808021	24	4.7	24	90	4	163	39	20	15	25	1.91
2812539--2812614	24	3.2	24	81	3	64	43	19	13	23	1.86
2812556--2812657	24	4.2	24	83	6	127	39	19	14	26	1.90
2812556--2812657	48	2.1	48	89	3	152	39	19	14	26	1.90
2814294--2814374	24	3.4	24	91	0	135	40	19	14	24	1.90
2816772--2816847	24	3.2	24	84	3	73	44	18	13	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816789--2816904	24	4.8	24	89	4	162	39	18	14	26	1.90
2819306--2819381	24	3.2	24	84	3	73	44	18	13	23	1.85
2819323--2819438	24	4.8	24	90	0	169	40	18	14	25	1.89
2819323--2819456	72	1.9	72	85	3	189	41	18	14	25	1.88
2821839--2821914	24	3.2	24	84	3	73	44	18	13	23	1.85
2821856--2821968	24	4.7	24	87	4	156	38	19	15	25	1.92
2824368--2824496	24	5.4	23	84	7	98	43	18	13	24	1.86
2824385--2824496	48	2.3	48	86	3	145	41	18	14	25	1.89
2826896--2827019	24	5.2	24	79	9	92	43	19	12	24	1.86
2826913--2827024	24	4.7	24	87	4	145	41	19	13	25	1.88
2830468--2830496	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
2830468--2830502	18	1.9	18	88	0	52	2	11	2	82	0.88
2835508--2835545	15	2.5	15	87	12	51	28	2	2	65	1.19
2835508--2835559	7	7.0	7	81	16	52	25	1	3	69	1.16
2843146--2843325	90	2.0	91	86	6	256	36	11	6	46	1.66
2844126--2845718	795	2.0	795	97	0	3042	29	20	15	33	1.94
2851610--2851666	24	2.4	24	96	0	105	38	24	8	28	1.85
2872005--2872050	24	1.9	24	90	0	74	43	10	13	32	1.78
2873102--2873160	30	2.0	30	89	0	91	35	18	6	38	1.78
2878120--2878469	37	9.4	36	80	12	295	43	4	8	43	1.55
2878158--2878478	37	8.6	36	82	10	344	44	4	7	43	1.53
2878318--2878342	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2879616--2879734	5	24.0	5	72	23	74	19	3	1	75	1.03
2879615--2879733	6	19.7	6	66	20	52	18	3	1	76	1.01
2879796--2879836	2	21.0	2	90	5	66	48	2	0	48	1.14
2879839--2879871	3	10.7	3	93	6	57	33	0	0	66	0.92
2879930--2879963	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
2879926--2880021	25	3.8	24	76	13	77	18	3	4	73	1.12
2880005--2880145	68	2.1	70	85	7	193	17	11	2	68	1.32
2885286--2887186	84	23.0	84	77	5	1535	31	24	18	25	1.98
2885345--2887185	249	7.4	249	87	1	2584	31	24	18	26	1.98
2887790--2887926	2	69.0	2	89	1	195	47	3	2	46	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14