genome.fa.s8702.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008702.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3201804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654362--654387	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
654394--654424	14	2.2	14	100	0	62	41	6	0	51	1.27
654380--654431	26	2.1	24	85	7	68	40	7	0	51	1.30
654388--654431	12	3.5	12	82	11	52	36	9	0	54	1.32
655318--655351	17	2.0	17	100	0	68	23	11	0	64	1.26
656148--656188	7	5.9	7	91	8	66	39	0	0	60	0.96
656223--656257	16	2.2	16	100	0	70	48	22	5	22	1.72
657536--657594	9	6.3	9	78	7	64	15	28	28	27	1.96
657535--657592	19	3.0	20	90	5	86	17	25	29	27	1.97
657591--657646	5	10.8	5	81	7	67	23	55	17	3	1.58
657591--657646	15	3.6	15	83	9	76	23	55	17	3	1.58
657606--657653	22	2.2	22	96	0	87	20	50	20	8	1.74
664898--665015	9	12.3	9	75	12	101	14	25	27	33	1.94
664902--664959	29	2.0	30	86	3	82	13	22	24	39	1.90
664933--665001	19	3.5	20	83	15	83	13	23	28	34	1.92
667572--667608	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
670556--670584	15	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
670560--670607	24	2.0	25	84	12	64	41	2	0	56	1.11
678871--678919	19	2.5	20	80	6	57	18	8	2	71	1.21
679285--679311	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
684312--684450	35	3.9	35	83	3	172	40	17	21	20	1.92
684307--684450	71	2.0	71	89	2	218	41	17	21	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686069--686110	15	3.0	14	86	6	50	38	0	4	57	1.20
686445--686501	24	2.5	22	78	15	64	31	1	1	64	1.13
687425--687481	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
688726--688774	19	2.6	19	86	0	62	34	24	20	20	1.96
688740--688776	19	1.9	19	100	0	74	32	27	18	21	1.97
688830--688895	21	3.1	21	73	16	73	19	18	22	39	1.92
688908--688982	21	3.6	21	77	13	82	33	24	21	21	1.97
688972--689080	21	5.2	21	90	0	146	26	21	25	26	1.99
693816--693859	17	2.6	17	92	3	72	29	4	18	47	1.68
694872--694935	33	1.9	33	87	6	94	59	12	12	15	1.61
697657--697836	65	2.8	64	85	2	236	28	17	21	32	1.96
697677--697878	65	3.1	64	82	7	214	27	17	21	33	1.96
699488--699517	15	2.0	15	93	0	51	36	30	0	33	1.58
705977--706136	65	2.5	64	88	1	221	28	17	20	33	1.95
709234--709276	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
709585--709618	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
713362--713417	20	2.7	21	86	10	71	35	0	1	62	1.06
713436--713557	59	2.1	59	93	0	208	31	20	14	32	1.93
713707--713755	14	3.4	14	86	5	71	42	4	22	30	1.72
713710--713757	15	3.3	15	80	16	64	45	4	18	31	1.68
717602--717672	22	3.2	22	90	6	99	47	28	1	22	1.59
718658--718743	27	3.1	27	71	15	77	50	2	1	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
718729--718776	21	2.2	22	85	3	62	45	2	0	52	1.12
718821--718898	22	3.5	23	77	6	72	50	0	1	48	1.09
719105--719191	42	2.1	42	88	0	129	47	13	20	18	1.83
720718--720793	3	25.0	3	97	2	143	65	1	0	32	1.01
729841--729867	11	2.5	11	100	0	54	37	25	18	18	1.94
730697--730801	37	2.8	37	86	0	147	40	14	15	29	1.86
731312--731426	24	5.1	24	73	17	88	26	5	0	66	1.18
731378--731429	25	2.0	28	88	11	83	28	0	1	69	0.99
731708--731755	24	2.1	22	81	11	53	16	4	0	79	0.89
736168--736211	16	2.7	16	80	16	54	84	6	9	0	0.79
736167--736224	20	3.0	20	78	17	68	81	8	8	1	0.96
736168--736225	22	2.4	25	83	11	68	81	6	10	1	0.95
736827--736879	22	2.4	22	96	0	97	37	26	11	24	1.89
737694--739274	106	15.0	106	90	1	2201	34	24	17	22	1.96
739972--740076	37	2.8	37	83	0	129	41	13	13	31	1.83
740645--740805	9	17.2	9	69	22	77	24	5	1	68	1.18
740731--740779	16	3.1	16	82	5	64	22	4	0	73	1.00
740739--740802	11	5.7	11	75	10	58	21	4	1	71	1.12
741001--741073	22	3.3	21	75	16	67	16	2	4	76	1.05
741020--741070	25	2.2	23	82	10	59	15	3	1	78	0.99
741069--741143	40	1.9	38	81	10	89	16	14	2	66	1.36
742250--742357	43	2.6	42	78	8	105	48	2	6	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759472--759505	18	1.9	18	88	5	52	29	20	0	50	1.49
760846--760894	22	2.2	23	85	10	66	48	28	2	20	1.60
765268--765302	18	2.0	18	88	5	54	25	20	5	48	1.71
771333--771368	18	2.0	18	100	0	72	0	5	11	83	0.80
791693--791855	39	4.2	39	84	1	202	18	26	22	31	1.97
791703--791856	78	2.0	78	88	2	229	18	25	23	31	1.97
797650--797829	39	4.6	39	82	4	220	15	25	25	34	1.95
797650--797829	77	2.3	78	83	4	222	15	25	25	34	1.95
798934--799191	54	4.7	55	81	6	249	32	10	15	41	1.80
798982--799190	56	3.8	56	83	8	250	32	10	14	42	1.80
799235--800040	233	3.4	239	84	5	1068	31	16	16	35	1.91
800334--800490	65	2.4	65	91	1	244	29	21	21	28	1.98
806305--806385	24	3.6	23	73	17	80	22	23	23	30	1.99
809121--809225	45	2.3	46	88	1	149	28	18	20	32	1.96
811275--811525	109	2.3	109	81	6	262	19	16	15	49	1.80
812026--812097	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
815250--815286	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
815409--815461	6	8.8	6	100	0	106	33	49	16	0	1.47
816885--817072	3	59.0	3	72	13	90	54	5	1	37	1.34
818666--818735	9	8.0	8	77	13	52	4	17	0	78	0.90
818651--818714	29	2.2	29	83	10	78	10	17	0	71	1.13
818667--818704	19	2.0	20	89	5	60	7	15	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818674--818735	21	3.1	18	78	19	61	3	17	0	79	0.87
818662--818731	34	2.1	35	89	5	108	5	17	0	77	0.96
824604--824663	31	1.9	31	96	0	111	30	10	23	36	1.87
835112--835137	11	2.4	11	100	0	52	38	0	26	34	1.57
835570--835692	64	1.9	65	88	1	185	30	20	18	30	1.96
836421--836514	21	4.4	21	73	15	75	38	25	12	23	1.90
837072--837195	54	2.3	54	87	2	169	28	21	19	30	1.98
837186--837236	20	2.5	22	81	12	56	27	23	15	33	1.95
843336--843384	23	2.1	23	92	0	80	36	22	18	22	1.95
843378--843427	21	2.4	21	86	6	66	34	30	12	24	1.91
843984--844128	54	2.7	54	92	3	229	27	24	18	29	1.98
844098--844149	20	2.6	21	84	6	72	26	28	15	28	1.96
847149--847174	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
848411--848469	21	2.8	21	80	12	59	66	3	3	27	1.24
848829--848861	6	5.5	6	100	0	66	51	15	0	33	1.43
849908--850077	3	53.7	3	77	14	128	58	4	2	33	1.34
849945--850077	16	8.4	15	76	12	108	58	3	3	35	1.29
849908--850064	67	2.3	67	82	7	176	58	4	3	33	1.34
849908--850077	22	7.9	20	71	17	112	58	4	2	33	1.34
853138--853216	39	2.1	39	88	6	119	45	6	11	36	1.66
864084--864144	3	20.7	3	77	9	63	62	0	3	34	1.12
864088--864144	22	2.5	22	83	8	71	61	0	3	35	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864085--864140	13	4.1	14	74	17	55	60	0	3	35	1.14
864342--864759	133	3.1	134	83	6	487	30	14	21	33	1.93
870952--870985	15	2.3	15	89	0	50	44	11	17	26	1.83
871121--871207	23	3.8	23	83	3	113	20	19	27	32	1.97
874154--874187	17	2.1	17	88	5	52	29	14	11	44	1.81
874768--874896	23	5.6	23	82	3	143	27	22	22	27	1.99
874768--874905	46	3.0	46	79	4	170	28	23	22	25	1.99
881585--881676	23	4.0	23	85	0	121	26	26	23	23	2.00
886283--886329	18	2.6	18	93	0	76	27	25	10	36	1.89
887851--887986	46	3.0	45	90	3	209	20	20	12	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14