genome.fa.s8709.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111758_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10805--10834	13	2.3	13	94	0	51	13	26	0	60	1.34
13181--13391	85	2.5	86	89	3	295	29	20	17	32	1.96
13214--13391	85	2.1	85	94	0	311	30	21	16	30	1.96
13249--13423	85	2.1	84	84	4	226	33	20	15	30	1.94
13451--13512	2	32.0	2	90	6	101	53	0	0	46	1.00
19359--19414	15	3.7	15	90	2	76	8	21	10	58	1.58
33622--33800	91	2.0	90	91	1	286	44	7	11	37	1.68
43537--43627	24	3.8	24	79	2	112	27	15	18	38	1.91
45132--45180	20	2.5	20	86	0	62	32	14	20	32	1.92
45235--45446	94	2.2	94	93	0	361	43	14	22	19	1.87
47836--47875	15	2.8	13	82	17	53	80	7	5	7	1.03
50539--50822	38	7.6	39	80	9	304	45	2	5	46	1.41
50539--50822	112	2.5	114	84	6	348	45	2	5	46	1.41
50787--50842	26	2.2	25	83	3	67	41	3	10	44	1.56
52493--52605	52	2.2	52	96	0	208	14	42	3	39	1.62
66526--66555	13	2.3	13	94	0	51	13	26	0	60	1.34
68915--69122	82	2.5	83	86	8	289	29	20	17	32	1.95
69182--69235	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
71175--71254	36	2.2	35	82	12	92	0	31	7	61	1.24
75045--75099	15	3.7	15	92	0	83	9	20	10	60	1.57
80910--81230	163	1.9	167	94	2	569	23	19	20	37	1.95
89180--89354	90	2.0	89	93	1	296	44	6	12	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95990--96167	90	2.0	90	92	0	293	44	7	11	37	1.68
98202--98239	20	1.9	20	88	0	58	36	2	0	60	1.11
102164--102572	194	2.1	194	80	2	455	36	11	11	39	1.79
113613--113761	53	2.8	53	79	6	149	22	24	21	32	1.98
119647--119693	16	3.1	16	87	6	71	59	14	0	25	1.36
120970--121023	3	18.0	3	84	7	74	27	0	3	68	1.06
122400--122437	3	13.0	3	88	5	60	28	0	0	71	0.87
122613--122667	27	1.9	30	85	10	80	36	0	3	60	1.15
123275--123334	23	2.5	24	73	17	63	28	6	0	65	1.18
126610--126642	15	2.1	16	88	5	50	21	18	6	54	1.64
145801--145945	73	2.0	73	91	0	236	44	17	11	26	1.83
150664--150695	16	2.0	16	100	0	64	25	31	25	18	1.98
156560--156606	23	2.0	23	84	8	60	46	2	10	40	1.50
157098--157127	15	1.9	16	93	6	53	53	13	6	26	1.64
159881--159970	44	2.0	44	82	4	110	25	21	22	31	1.98
166783--166912	44	3.0	44	84	0	161	22	25	20	31	1.98
177499--177558	21	2.7	23	70	17	63	63	1	6	28	1.29
188566--188633	34	2.0	34	91	5	111	30	11	22	35	1.90
203345--203403	9	6.9	9	77	12	54	22	1	0	76	0.88
210316--210347	3	10.3	3	93	6	55	31	0	0	68	0.90
212806--212835	8	3.8	8	100	0	60	46	0	0	53	1.00
214010--214034	5	5.0	5	100	0	50	20	20	0	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214042--214095	2	27.0	2	96	0	99	50	1	0	48	1.11
216467--216532	14	4.6	14	76	10	62	46	28	0	24	1.52
218071--218153	40	2.1	40	88	0	121	24	15	10	49	1.76
218219--218244	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
219027--219075	25	2.0	25	84	8	64	73	8	6	12	1.24
219068--219115	18	2.5	17	81	18	51	75	2	2	20	1.02
219303--219341	16	2.4	17	86	4	53	74	0	5	20	1.01
219349--219428	36	2.3	35	82	10	92	66	2	5	26	1.25
219458--219508	2	26.0	2	82	11	61	50	1	3	43	1.31
219458--219531	14	5.1	14	78	15	62	56	1	2	39	1.22
219473--219523	25	2.0	27	84	7	70	58	0	3	37	1.16
219469--219570	25	4.3	23	73	15	66	62	0	5	31	1.19
219552--219587	14	2.6	14	86	0	54	72	0	0	27	0.85
220889--221643	106	7.0	106	87	3	980	23	18	23	34	1.96
220888--221643	323	2.3	318	86	4	1034	23	17	23	34	1.96
222154--222224	36	2.0	36	82	0	88	40	11	21	26	1.87
222361--222399	16	2.5	16	87	4	53	43	12	15	28	1.83
222395--222470	36	2.1	37	87	7	111	35	13	25	26	1.92
222914--222949	18	2.0	18	94	0	63	41	33	8	16	1.78
223136--223196	24	2.5	24	94	0	104	40	1	19	37	1.62
224035--224090	10	5.7	10	73	12	53	0	10	5	83	0.78
224035--224090	18	3.0	18	82	14	69	0	10	5	83	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224044--224091	16	2.9	16	84	12	62	0	10	6	83	0.81
228869--228926	17	3.2	17	75	18	55	72	0	3	24	1.00
229021--229064	2	22.5	2	84	13	56	52	0	4	43	1.22
229021--229087	14	4.6	14	77	17	57	58	0	2	38	1.14
229029--229079	25	2.0	27	84	7	70	58	0	3	37	1.16
235039--235098	17	3.7	16	74	22	54	43	0	0	56	0.99
235039--235110	37	2.0	35	89	5	108	47	1	0	51	1.09
235814--235839	13	2.0	13	100	0	52	7	30	53	7	1.57
239341--239381	21	2.0	21	95	0	73	17	9	12	60	1.57
239343--239390	21	2.3	21	85	0	60	16	10	8	64	1.48
244241--244656	82	5.0	82	95	0	661	27	13	21	37	1.91
244241--244678	83	5.3	82	94	0	660	28	13	21	36	1.91
246740--246855	54	2.1	54	92	3	189	39	17	20	22	1.92
247219--247273	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
247951--249511	77	20.4	77	95	1	2782	22	21	20	35	1.96
247951--249511	153	10.2	154	96	0	2782	22	21	20	35	1.96
247951--249511	536	2.9	536	97	0	2928	22	21	20	35	1.96
249647--249688	16	2.5	17	88	3	59	47	0	0	52	1.00
259159--260444	641	2.0	641	98	0	2509	35	20	13	29	1.92
262071--262876	109	7.4	109	88	2	1136	37	19	15	27	1.92
266705--266757	12	4.4	11	74	21	52	3	18	1	75	1.05
266706--266746	22	1.9	22	85	5	57	4	19	2	73	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266697--266760	18	3.4	18	69	26	53	7	15	1	75	1.11
271041--271098	19	3.0	19	77	10	64	22	25	0	51	1.48
271040--271099	13	4.8	12	76	10	57	25	25	0	50	1.50
271116--271175	19	3.2	18	76	6	57	33	20	8	38	1.82
271147--271198	18	2.8	19	82	8	54	30	21	9	38	1.85
274376--274411	16	2.2	16	90	9	56	77	11	0	11	0.99
274499--274551	26	2.0	26	92	0	88	33	13	9	43	1.76
279960--279998	14	2.8	14	92	0	60	51	10	0	38	1.36
279974--280039	21	3.2	20	82	8	69	50	18	1	30	1.56
279960--280056	35	2.8	35	81	6	115	48	18	2	30	1.60
280985--281047	31	2.0	31	96	0	117	23	14	15	46	1.83
288818--288854	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
288910--288967	22	2.6	22	88	0	89	37	18	15	27	1.92
288874--288979	22	4.8	22	69	9	72	33	19	16	30	1.95
290407--290436	13	2.3	13	100	0	60	30	26	16	26	1.97
300693--301062	195	1.9	185	84	8	483	43	19	9	27	1.82
304655--304777	60	2.0	60	83	6	151	39	6	21	31	1.79
305634--305804	90	1.9	90	97	0	324	38	25	16	20	1.93
318948--318992	22	2.0	22	100	0	90	13	13	13	60	1.60
319554--319600	23	2.0	23	83	4	58	63	10	2	23	1.37
320598--320629	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
327423--328969	625	2.5	625	98	0	2997	34	16	14	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334137--334174	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
334909--334993	44	1.9	44	92	0	143	41	3	2	52	1.31
336930--336988	31	1.9	31	89	0	91	38	5	10	45	1.60
336971--337014	20	2.2	20	83	0	52	43	4	4	47	1.44
345824--345858	18	1.9	18	94	0	61	37	5	5	51	1.50
345825--345866	18	2.4	18	84	4	59	35	7	4	52	1.50
351991--352103	42	2.7	41	85	6	131	32	17	16	32	1.93
351992--352103	20	5.4	20	81	11	120	33	17	16	33	1.92
354545--354582	18	2.1	18	95	0	67	34	5	5	55	1.45
357388--357563	64	2.7	66	82	8	211	26	20	12	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15