genome.fa.s8709.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111758_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120963--2121009	17	2.7	17	87	9	60	36	34	6	23	1.80
2121006--2121042	6	6.2	6	100	0	74	35	48	16	0	1.46
2120977--2121033	18	3.2	18	81	16	50	35	42	12	10	1.77
2121526--2121551	6	4.3	6	100	0	52	0	15	50	34	1.45
2121652--2121744	20	4.6	20	75	2	96	37	26	21	13	1.91
2121780--2121833	21	2.6	21	96	0	99	29	27	16	25	1.97
2122137--2122194	24	2.5	24	83	8	75	13	25	12	48	1.77
2122137--2122194	23	2.5	23	83	8	73	13	25	12	48	1.77
2123141--2123170	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2123170--2123201	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2124567--2124661	3	31.7	3	86	12	133	32	0	2	65	1.05
2126079--2126231	60	2.5	60	74	11	152	22	7	8	62	1.48
2126484--2126521	12	3.1	13	81	11	53	39	0	10	50	1.37
2128700--2128737	18	2.2	18	85	4	51	15	5	7	71	1.28
2132757--2133038	43	6.6	43	86	2	345	19	21	23	34	1.96
2132760--2132998	85	2.8	84	86	2	334	19	22	24	33	1.97
2135628--2135658	15	2.1	15	94	5	55	77	3	19	0	0.90
2136876--2136981	19	5.6	19	98	0	203	31	31	16	21	1.95
2136949--2137117	64	2.6	65	80	10	195	27	23	21	28	1.99
2136949--2137091	65	2.2	63	86	8	175	27	23	20	28	1.99
2145623--2145803	65	2.8	64	79	9	199	30	21	17	30	1.96
2145770--2145821	19	2.7	19	93	0	86	21	26	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147060--2147325	86	3.1	86	88	1	381	32	23	20	23	1.98
2147383--2147618	84	2.8	84	81	5	280	33	23	17	24	1.96
2147889--2148212	43	7.5	43	70	15	195	25	31	18	24	1.97
2147930--2148217	46	6.7	45	67	17	162	25	31	18	25	1.97
2147868--2148220	129	2.7	129	92	0	580	24	32	18	24	1.97
2147871--2148375	89	6.0	83	71	15	277	25	31	17	24	1.97
2148107--2148298	78	2.4	79	86	6	244	26	33	16	23	1.96
2148268--2148425	46	3.5	46	74	6	153	25	25	17	30	1.97
2148242--2148427	89	2.1	90	83	5	234	26	27	17	29	1.97
2148793--2148860	3	22.7	3	85	11	86	30	0	4	64	1.13
2150309--2150460	60	2.5	59	75	12	150	23	7	7	62	1.46
2150328--2150460	30	4.5	30	69	7	85	24	5	6	63	1.39
2152584--2152657	34	2.2	33	81	11	80	22	6	1	68	1.20
2152992--2153114	5	24.4	5	72	17	78	18	3	0	77	0.96
2152941--2153061	50	2.3	53	83	9	142	17	4	2	76	1.06
2152947--2153111	12	15.1	10	70	18	66	17	4	1	76	1.03
2153018--2153111	25	3.9	24	74	16	86	20	4	0	75	0.97
2152941--2153114	64	2.7	64	76	14	155	17	4	1	75	1.05
2152990--2153146	7	20.4	8	70	23	67	18	5	1	75	1.06
2153141--2153197	28	1.9	30	86	10	82	14	19	0	66	1.25
2155614--2155814	95	2.1	95	87	4	289	35	14	16	32	1.90
2155614--2155876	95	2.7	95	84	5	262	34	16	17	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156990--2158370	84	16.5	84	83	3	1512	33	24	18	23	1.97
2156994--2158370	252	5.5	252	85	2	1676	33	24	18	23	1.97
2158905--2158966	22	3.0	21	71	15	56	41	4	0	53	1.22
2160029--2160102	34	2.2	33	81	11	80	22	5	2	68	1.23
2160156--2160219	18	3.6	18	82	16	80	25	7	0	67	1.17
2160327--2160368	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
2160554--2160727	4	36.4	5	67	21	65	16	5	2	75	1.09
2160511--2160727	20	10.6	19	69	22	81	16	6	2	75	1.12
2160554--2160727	14	12.5	13	71	18	104	16	5	2	75	1.09
2160530--2160682	60	2.5	59	81	10	168	17	5	3	73	1.15
2160620--2160707	41	2.1	41	85	6	115	15	7	0	76	1.01
2160571--2160699	60	2.1	61	80	8	147	17	6	2	73	1.14
2160646--2160727	27	3.0	27	82	5	94	14	8	0	76	1.00
2160604--2160707	42	2.5	42	81	4	122	14	7	0	76	1.04
2164218--2164273	3	19.0	3	81	3	60	35	0	1	62	1.06
2172061--2172100	19	2.1	19	100	0	80	42	17	0	40	1.49
2178223--2178262	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2181722--2181775	20	2.8	19	88	5	56	27	22	16	33	1.95
2181729--2181776	20	2.4	20	96	0	87	25	18	18	37	1.94
2204897--2204934	20	2.0	19	90	10	60	47	10	23	18	1.79
2204896--2204940	20	2.6	16	80	19	54	44	11	22	22	1.84
2208419--2208468	25	2.0	25	100	0	100	24	16	16	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215321--2215353	15	2.1	16	88	5	50	75	0	3	21	0.93
2215336--2215385	10	4.6	11	77	18	52	64	0	8	28	1.22
2215700--2215732	15	2.2	15	94	0	57	18	27	24	30	1.98
2220541--2220576	19	2.0	19	89	10	58	44	0	16	38	1.48
2221470--2221512	21	2.0	21	100	0	86	18	9	37	34	1.83
2221532--2221570	2	19.5	2	94	0	51	43	0	7	48	1.31
2221615--2221658	2	22.0	2	100	0	88	0	0	50	50	1.00
2222093--2222118	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2224659--2224683	13	1.9	13	100	0	50	68	16	0	16	1.22
2230370--2230410	16	2.6	16	88	3	57	39	12	19	29	1.88
2234788--2234833	24	1.9	24	82	8	58	26	4	6	63	1.38
2236657--2236731	20	3.7	20	71	16	64	34	25	20	20	1.96
2236760--2236947	40	4.7	40	84	5	177	37	23	19	19	1.94
2236801--2236949	60	2.5	60	83	2	183	37	22	20	19	1.94
2236760--2236947	20	9.4	20	79	10	154	37	23	19	19	1.94
2236801--2236968	20	8.4	20	82	6	110	36	22	19	21	1.95
2236980--2237028	19	2.7	17	81	9	53	28	24	14	32	1.94
2237799--2237852	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
2240380--2240518	19	7.8	19	72	16	118	46	17	20	15	1.83
2240367--2240518	33	4.4	33	75	9	142	46	17	21	14	1.84
2240395--2240421	14	1.9	14	100	0	54	44	22	18	14	1.86
2240524--2240621	19	5.7	19	65	22	72	12	24	19	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240528--2240621	33	2.8	33	93	0	161	12	24	19	43	1.85
2240571--2240621	17	3.1	17	69	25	54	13	23	17	45	1.84
2240728--2240764	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2244145--2244240	20	5.2	19	72	23	80	45	18	22	12	1.83
2244192--2244245	14	3.5	14	73	22	54	44	22	24	9	1.81
2244143--2244250	33	3.1	33	82	9	117	44	19	24	12	1.84
2244259--2244285	14	1.9	14	100	0	54	7	25	22	44	1.79
2244270--2244333	21	3.1	21	84	6	87	10	20	17	51	1.75
2244298--2244335	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
2244797--2244969	20	8.6	20	80	5	204	18	19	25	36	1.94
2244799--2244969	40	4.2	41	91	1	274	18	18	25	37	1.94
2244978--2245030	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
2244796--2245030	40	5.8	40	79	8	208	18	18	25	37	1.93
2244799--2245030	121	1.9	121	85	3	324	18	18	25	37	1.93
2245080--2245133	20	2.7	19	69	8	54	16	16	31	35	1.92
2249208--2249241	17	2.0	17	88	11	52	41	5	23	29	1.78
2253561--2253603	14	2.9	15	81	18	54	62	9	2	25	1.37
2257128--2257611	201	2.4	201	85	2	641	25	16	22	35	1.95
2257446--2257786	184	1.9	183	87	3	506	26	17	21	34	1.96
2259052--2259094	22	2.0	22	90	0	68	18	6	18	55	1.64
2262885--2262986	23	4.4	23	75	4	98	32	21	26	19	1.97
2263064--2263113	19	2.9	16	78	16	64	44	16	16	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267990--2268015	12	2.2	12	100	0	52	7	50	0	42	1.31
2269921--2269968	23	2.1	23	88	0	69	33	29	20	16	1.95
2270053--2270106	16	3.5	15	82	9	56	40	20	11	27	1.86
2272446--2272544	2	49.0	2	73	20	64	47	1	5	46	1.31
2272479--2272567	42	2.2	41	82	11	103	48	2	2	47	1.26
2272547--2272589	22	2.0	22	85	0	59	48	2	2	46	1.27
2278498--2278529	16	2.0	16	93	0	55	34	6	25	34	1.81
2279280--2279312	15	2.1	16	94	5	59	51	18	24	6	1.68
2282147--2282189	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
2284797--2284836	13	3.0	13	81	3	53	62	0	25	12	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15