genome.fa.s8709.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111758_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  13  of  15  ( 1745 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554650--2554683	16	2.1	17	88	5	52	58	5	5	29	1.45
2559980--2560061	24	3.7	21	88	6	76	26	19	18	35	1.95
2560001--2560061	24	2.5	24	97	0	113	24	18	19	37	1.94
2564395--2564452	20	2.7	20	81	10	62	27	20	18	32	1.97
2576970--2577003	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
2579172--2579207	17	2.1	18	89	5	56	33	8	0	58	1.28
2580053--2580138	34	2.5	35	90	3	138	20	34	25	18	1.96
2580250--2580291	21	2.0	21	90	0	66	26	21	26	26	1.99
2583576--2583660	34	2.5	34	88	7	127	21	31	25	21	1.98
2583603--2583659	15	3.5	15	72	25	53	21	35	24	19	1.96
2584473--2584508	17	2.1	18	89	5	56	33	8	0	58	1.28
2585354--2585440	34	2.5	35	90	3	140	20	35	25	18	1.95
2585552--2585593	21	2.0	21	90	0	66	26	21	26	26	1.99
2588084--2588168	34	2.5	34	88	7	127	21	31	25	21	1.98
2588111--2588167	15	3.5	15	72	25	53	21	35	24	19	1.96
2596970--2597014	13	3.4	13	80	17	56	44	6	0	48	1.29
2597570--2597614	23	1.9	24	95	4	83	13	13	8	64	1.49
2598059--2598103	20	2.2	21	84	11	67	40	11	0	48	1.39
2598086--2598123	14	2.7	14	87	0	58	42	10	2	44	1.52
2598203--2598293	32	2.9	32	85	7	109	41	6	7	43	1.59
2598276--2598321	16	3.1	16	73	20	55	41	4	2	52	1.33
2598350--2598409	13	4.8	13	72	15	54	40	8	1	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598357--2598421	5	11.4	5	83	16	58	38	7	1	52	1.40
2598276--2598418	24	5.9	24	73	16	93	40	5	4	48	1.48
2600436--2600470	3	11.7	3	93	0	61	62	2	0	34	1.10
2602881--2602934	24	2.2	24	96	0	99	64	20	5	9	1.42
2603219--2603268	24	2.1	24	92	0	82	58	22	12	8	1.59
2603209--2603280	14	5.4	14	79	17	82	56	20	12	9	1.64
2612382--2612433	18	2.9	18	97	0	95	34	15	26	23	1.94
2612424--2612800	6	62.8	6	91	0	439	37	27	13	21	1.91
2612846--2612886	14	3.1	14	79	13	50	60	14	9	14	1.57
2612865--2613531	12	54.6	12	81	7	311	43	13	23	19	1.87
2612824--2612956	56	2.4	56	84	0	158	47	15	18	18	1.83
2612895--2616039	18	175.1	18	78	6	574	44	17	18	19	1.87
2612895--2613458	6	92.7	6	80	4	513	41	14	25	19	1.88
2613452--2613498	14	3.5	14	77	11	62	53	10	17	19	1.72
2613522--2613716	6	32.5	6	98	0	372	50	16	15	16	1.78
2613720--2613784	12	5.4	12	86	0	76	47	13	24	13	1.80
2613720--2613802	6	13.8	6	75	0	58	45	13	24	16	1.83
2613800--2614124	24	13.2	24	75	10	120	39	24	10	25	1.88
2613794--2614134	30	11.1	30	78	5	180	39	24	10	25	1.88
2613774--2614075	12	25.2	12	80	7	193	38	25	12	23	1.89
2614130--2614167	6	6.3	6	87	0	58	50	15	15	18	1.79
2614210--2614250	14	3.1	14	79	13	50	65	14	4	14	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614157--2614254	6	16.3	6	72	8	56	57	16	7	19	1.62
2614184--2615014	6	136.0	6	78	5	342	47	15	19	18	1.83
2615001--2615233	6	38.8	6	83	0	196	38	23	14	24	1.92
2615268--2615449	6	29.3	6	76	6	85	51	15	13	18	1.76
2615436--2615509	6	12.3	6	85	0	67	37	20	21	20	1.94
2615481--2615605	6	20.8	6	89	0	142	40	27	12	20	1.88
2615586--2615781	6	32.3	6	77	6	81	52	14	11	21	1.74
2615598--2615707	38	3.0	37	80	5	118	53	15	9	21	1.69
2615780--2616039	6	43.3	6	99	0	511	33	16	32	16	1.92
2614265--2616039	12	146.2	12	83	4	534	44	17	19	19	1.87
2616046--2616080	18	1.9	18	88	0	52	48	20	14	17	1.81
2616046--2616072	6	4.5	6	100	0	54	51	18	14	14	1.76
2616082--2616120	6	6.5	6	87	0	51	48	12	15	23	1.79
2637477--2637503	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2642799--2642954	64	2.4	65	82	6	183	28	21	19	30	1.98
2644895--2644934	21	1.9	21	89	0	62	52	5	12	30	1.60
2648805--2648848	23	1.9	23	85	0	61	25	27	22	25	2.00
2651101--2651135	13	2.7	13	86	0	52	45	5	5	42	1.51
2651479--2651630	64	2.4	65	81	7	168	30	21	18	29	1.97
2652466--2652917	227	2.0	226	87	3	649	31	24	18	26	1.97
2653031--2654907	938	2.0	939	98	0	3614	33	22	18	24	1.96
2663101--2663222	64	1.9	63	81	5	147	36	17	20	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2664502--2664566	31	2.1	31	82	5	78	21	18	23	36	1.95
2667303--2667344	20	2.1	20	95	0	75	16	26	47	9	1.77
2671930--2672280	180	1.9	182	93	1	607	28	19	21	30	1.98
2673015--2673126	32	3.5	32	85	4	138	30	12	20	36	1.90
2673693--2674014	106	3.0	106	88	0	439	33	22	20	23	1.97
2674272--2674450	87	2.1	87	89	2	270	33	16	13	36	1.87
2674514--2674586	37	2.0	37	89	2	112	27	19	12	41	1.87
2674662--2674709	21	2.2	22	88	3	71	29	18	10	41	1.84
2674750--2674866	36	3.2	36	77	9	121	26	17	14	41	1.88
2674852--2674941	37	2.6	35	83	10	114	42	22	7	27	1.81
2674945--2675134	82	2.3	80	74	15	181	32	22	19	26	1.97
2676094--2676232	46	3.1	44	81	10	138	30	2	1	66	1.12
2676121--2676202	36	2.4	34	85	8	103	31	2	0	65	1.05
2676186--2676305	35	3.4	34	79	17	104	20	6	0	72	1.12
2676151--2676301	23	6.7	22	68	19	71	22	5	0	71	1.10
2676221--2676277	18	3.2	17	75	20	55	21	7	0	71	1.08
2685849--2685955	41	2.7	40	79	5	126	54	7	7	30	1.56
2686519--2686575	23	2.5	22	85	2	78	33	0	0	66	0.92
2686519--2686573	15	3.7	14	81	11	56	30	0	0	69	0.89
2687042--2687103	32	1.9	32	86	0	88	37	8	6	48	1.59
2688669--2688788	35	3.3	36	89	5	181	43	20	5	31	1.73
2688720--2688780	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688671--2688815	35	4.1	36	83	11	142	41	19	6	33	1.76
2693267--2693385	35	3.3	36	89	5	179	43	18	5	32	1.72
2693317--2693377	21	3.2	21	63	29	55	42	19	4	32	1.73
2693266--2693412	35	4.2	36	84	7	178	42	19	5	33	1.74
2693269--2693412	72	2.1	68	85	7	191	42	18	5	33	1.74
2694403--2694732	164	2.0	166	98	1	646	30	12	21	35	1.90
2700548--2700573	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2701093--2701129	17	2.2	17	90	0	56	18	2	0	78	0.87
2701211--2701263	21	2.5	21	81	0	61	30	0	18	50	1.47
2701865--2701992	51	2.5	50	85	1	166	17	35	30	16	1.93
2707661--2707873	110	1.9	111	89	0	329	46	8	7	37	1.64
2707991--2708031	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
2708111--2708264	51	3.0	51	81	8	154	20	31	32	16	1.94
2708142--2708266	51	2.5	50	88	2	178	18	30	36	15	1.92
2708387--2708455	31	2.3	31	84	2	86	53	2	7	36	1.44
2708796--2708864	31	2.3	31	84	2	86	53	2	7	36	1.44
2708359--2709181	409	2.0	410	98	0	1585	41	11	10	36	1.76
2709561--2709612	27	1.9	27	88	0	68	26	13	17	42	1.86
2715479--2715551	29	2.5	29	84	0	83	20	38	27	13	1.90
2715707--2715759	29	2.0	25	82	14	61	11	30	35	22	1.89
2722667--2722827	60	2.7	60	93	0	277	43	16	5	34	1.71
2723280--2723377	23	4.2	24	79	11	98	39	1	2	57	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723285--2723342	22	2.7	21	75	21	57	37	1	1	58	1.18
2723905--2723957	14	4.1	14	74	18	60	15	13	15	56	1.67
2724223--2724290	10	7.1	10	76	21	58	7	8	22	61	1.50
2724223--2724291	24	3.0	23	91	2	111	7	8	21	62	1.48
2727751--2727809	21	2.7	21	84	5	73	33	28	23	13	1.93
2729690--2729727	17	2.4	16	86	8	51	36	5	2	55	1.37
2732085--2732127	22	2.0	22	100	0	86	34	13	13	37	1.85
2733367--2733425	18	3.3	18	82	17	79	11	13	6	67	1.40
2733397--2733444	17	2.8	17	83	3	51	20	10	8	60	1.55
2733613--2734179	65	8.7	65	82	2	609	34	21	13	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15