genome.fa.s8709.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111758_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  12  of  15  ( 1745 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298717--2298778	32	1.9	32	83	6	81	35	4	6	53	1.48
2299080--2299104	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2300100--2300126	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2300271--2300334	32	2.0	32	93	0	110	28	25	21	25	1.99
2301908--2301951	7	6.1	7	81	5	52	36	2	25	36	1.69
2302009--2302038	12	2.5	12	94	0	51	36	0	20	43	1.52
2302116--2302207	30	3.0	30	84	6	114	26	18	18	36	1.94
2308891--2308999	54	2.0	54	100	0	218	34	14	33	16	1.89
2323024--2323061	20	1.9	20	88	0	58	39	23	13	23	1.90
2324056--2324145	32	2.8	32	87	0	135	40	8	17	33	1.81
2327146--2327179	8	4.1	8	85	7	50	41	0	0	58	0.98
2328440--2328498	3	20.3	3	75	13	52	27	3	1	67	1.16
2328413--2328490	29	2.7	30	78	13	74	29	5	2	62	1.30
2328468--2328524	23	2.5	22	81	10	62	29	1	1	66	1.12
2330911--2330938	12	2.3	12	100	0	56	25	14	7	53	1.66
2333581--2333622	11	3.7	11	84	6	57	85	0	14	0	0.59
2333564--2333656	27	3.4	28	80	18	99	80	0	19	0	0.71
2333579--2333653	8	8.6	8	79	15	78	84	0	16	0	0.63
2333564--2333651	15	6.2	14	78	17	85	80	0	19	0	0.71
2333580--2333656	5	16.2	5	71	20	58	83	0	16	0	0.66
2333579--2333643	7	9.7	7	72	21	59	84	0	15	0	0.62
2333585--2333656	22	3.4	22	81	14	89	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334895--2334937	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2334917--2335062	64	2.3	65	89	5	217	30	29	24	15	1.95
2335671--2335730	23	2.6	23	97	0	111	18	26	31	23	1.97
2341775--2341817	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2341797--2341948	67	2.2	68	92	1	252	30	28	26	14	1.95
2342559--2342618	23	2.6	23	97	0	111	18	26	31	23	1.97
2344810--2345038	114	2.0	114	94	0	404	32	13	19	34	1.91
2345973--2346144	76	2.3	76	82	4	222	31	15	22	31	1.94
2347483--2347525	22	2.0	22	100	0	86	32	13	16	37	1.88
2348206--2349009	76	10.6	76	95	0	1371	23	19	21	35	1.96
2348943--2349045	45	2.3	45	89	0	161	25	20	16	37	1.93
2349164--2349264	3	33.3	3	97	2	193	34	0	0	65	0.93
2350485--2350559	12	6.5	11	74	10	51	29	5	2	62	1.31
2350507--2350571	3	22.3	3	77	12	64	27	3	1	67	1.14
2350496--2350568	35	2.2	34	80	14	89	28	4	2	64	1.26
2352026--2352095	27	2.6	27	97	0	131	31	10	24	34	1.88
2355794--2355832	19	2.1	19	100	0	78	30	25	15	28	1.96
2357729--2357786	30	1.9	30	85	0	80	12	29	22	36	1.90
2360062--2360101	14	2.8	15	88	7	57	25	7	27	40	1.82
2360555--2360583	14	2.0	15	93	6	51	24	13	0	62	1.32
2363937--2363984	18	2.7	18	93	0	78	37	6	29	27	1.81
2364159--2364186	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2364397--2364877	229	2.1	231	86	8	670	40	19	12	27	1.88
2376768--2376853	31	2.8	31	92	0	136	26	16	10	46	1.79
2378865--2378902	20	1.9	20	89	10	60	21	15	13	50	1.78
2384166--2384218	20	2.7	20	85	5	63	35	16	11	35	1.85
2397790--2397835	21	2.1	21	88	4	65	52	0	10	36	1.37
2402823--2402896	30	2.5	31	82	6	98	33	5	22	37	1.77
2404227--2404389	38	4.4	38	83	6	192	25	22	25	26	2.00
2404464--2404495	12	2.7	12	90	0	55	34	15	25	25	1.95
2404727--2404792	18	3.7	18	79	0	78	42	4	18	34	1.70
2404729--2404798	36	1.9	36	91	0	113	40	2	20	37	1.67
2404746--2404803	18	3.2	18	73	9	55	39	1	20	37	1.63
2407352--2407376	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
2407491--2407550	23	2.6	24	84	7	79	48	0	0	51	1.00
2407675--2407736	23	2.8	22	77	15	58	46	0	3	50	1.17
2407765--2407853	23	3.8	22	73	15	63	47	3	2	47	1.31
2407951--2408456	270	1.9	271	93	5	897	49	5	5	39	1.51
2408424--2408503	40	2.1	39	90	9	128	52	2	5	40	1.37
2413216--2413256	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
2414142--2414178	19	1.9	19	100	0	74	0	16	2	81	0.81
2414441--2414479	15	2.6	15	100	0	78	28	28	23	20	1.99
2414694--2414779	3	28.7	3	92	0	145	62	0	2	34	1.08
2414917--2415671	114	6.6	115	92	3	1048	29	20	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414916--2415676	231	3.3	229	88	4	1063	29	20	13	36	1.90
2415796--2416551	114	6.6	116	91	4	1026	29	20	13	36	1.90
2414896--2416660	880	2.0	879	99	0	3512	31	18	13	36	1.90
2417294--2417616	167	1.9	166	98	0	619	36	21	13	28	1.91
2417294--2417616	83	3.9	83	94	3	569	36	21	13	28	1.91
2418742--2418787	1	46.0	1	82	0	56	4	4	0	91	0.51
2418757--2418787	11	2.8	11	100	0	62	6	0	0	93	0.35
2430096--2430136	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
2431031--2431065	18	1.9	18	100	0	70	0	17	2	80	0.84
2431566--2431660	3	31.7	3	93	0	145	61	0	4	34	1.16
2434997--2435053	2	28.5	2	89	7	80	50	0	1	47	1.11
2440723--2440956	40	5.8	41	79	8	259	41	23	13	20	1.88
2440749--2440956	20	10.4	20	79	9	192	41	24	13	19	1.88
2440723--2440920	60	3.3	60	85	5	283	42	23	13	20	1.88
2440723--2440956	60	3.9	58	83	7	279	41	23	13	20	1.88
2440969--2441015	18	2.5	19	82	6	60	29	23	14	31	1.95
2441152--2441189	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
2442762--2442824	20	3.2	20	90	2	101	47	22	19	11	1.80
2443224--2443288	22	3.0	22	80	4	71	23	15	40	21	1.91
2443393--2443507	40	2.9	40	88	2	169	19	15	24	40	1.90
2443398--2443504	20	5.3	19	78	9	106	19	14	25	40	1.90
2443400--2443528	40	3.2	40	84	5	118	22	16	23	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443501--2443558	21	2.8	20	75	14	64	34	18	17	29	1.94
2444853--2444889	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2445029--2445105	37	2.1	38	87	4	113	46	2	1	49	1.23
2445487--2445535	21	2.3	22	80	16	59	48	30	0	20	1.50
2452864--2452953	45	2.0	44	87	6	128	12	4	53	30	1.58
2453176--2453374	45	4.5	44	74	9	163	18	9	42	29	1.81
2465587--2465632	22	2.0	23	84	12	60	63	6	15	15	1.50
2465580--2465685	30	3.5	30	80	10	117	59	8	15	16	1.59
2487934--2487977	3	14.7	3	81	9	54	36	2	2	59	1.23
2488940--2488977	12	3.5	11	86	10	51	21	0	0	78	0.74
2488940--2488972	12	2.9	12	91	8	52	18	0	0	81	0.68
2492623--2493835	106	11.5	106	95	0	2094	32	25	18	22	1.97
2492623--2493835	422	2.9	422	96	0	2176	32	25	18	22	1.97
2494753--2494805	3	17.7	3	84	7	72	35	1	1	60	1.19
2494760--2494802	22	2.0	22	90	0	68	34	2	2	60	1.22
2494758--2494805	25	1.9	25	91	0	78	35	2	2	60	1.20
2495775--2495814	7	6.0	7	91	8	66	15	0	0	85	0.61
2495775--2495814	13	3.0	13	96	3	71	15	0	0	85	0.61
2498304--2498368	34	1.9	34	93	0	112	23	20	24	32	1.98
2506046--2506084	18	2.2	18	86	4	53	41	17	15	25	1.89
2506641--2506677	18	2.1	18	94	0	65	32	16	24	27	1.96
2525837--2525867	16	1.9	16	93	0	53	64	12	6	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527609--2527643	4	8.8	4	87	0	52	74	0	5	20	1.02
2533345--2533386	22	2.0	21	86	13	59	78	0	0	21	0.75
2535772--2535810	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
2536078--2536110	16	2.1	16	94	0	57	21	12	24	42	1.86
2543093--2543129	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
2547904--2547947	20	2.2	20	84	8	54	72	6	9	11	1.27
2549153--2549210	3	19.7	3	82	10	75	65	0	0	34	0.93
2551071--2551112	21	2.0	21	100	0	84	14	42	14	28	1.84
2552265--2552321	25	2.3	25	100	0	114	49	15	19	15	1.80
2554114--2554761	355	1.8	358	89	2	1016	45	7	14	32	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15