genome.fa.s8709.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111758_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3030657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734710--2734901	42	4.6	42	80	7	194	33	16	21	28	1.95
2734710--2734888	83	2.1	83	80	7	193	34	16	21	27	1.95
2735960--2736118	52	3.1	52	96	1	293	32	7	16	43	1.76
2736382--2736462	41	1.9	44	82	12	107	35	12	14	37	1.84
2740614--2740672	21	2.8	21	84	0	73	18	5	20	55	1.61
2740800--2741071	43	6.4	42	84	3	177	30	22	20	26	1.99
2740825--2741073	86	2.9	86	84	6	276	28	22	21	26	1.99
2742164--2742196	11	2.9	12	91	8	52	15	21	0	63	1.30
2744733--2744772	20	2.0	20	90	0	62	35	12	15	37	1.85
2749810--2749874	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
2750155--2750249	50	1.9	50	89	4	147	44	15	4	35	1.66
2750155--2750260	50	2.1	50	85	3	142	42	15	6	35	1.73
2751507--2751683	90	2.0	90	100	0	354	35	28	7	28	1.85
2751785--2752134	83	4.3	82	76	5	237	32	16	21	30	1.95
2751878--2752034	41	3.8	40	75	9	111	31	16	22	28	1.96
2752536--2752589	22	2.4	22	84	3	63	44	12	9	33	1.75
2756115--2756151	18	2.1	18	89	0	56	29	8	18	43	1.79
2756578--2756654	24	3.0	26	84	11	104	41	3	20	33	1.71
2762812--2763082	44	6.2	44	80	2	298	31	22	16	29	1.96
2762940--2763187	86	2.9	84	80	10	220	34	23	14	27	1.94
2763111--2763211	45	2.2	45	98	0	193	33	25	14	25	1.95
2766707--2766757	21	2.4	21	96	0	93	19	19	19	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766795--2766819	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
2767572--2767730	19	7.7	19	75	14	120	35	22	20	22	1.96
2767572--2767698	61	2.1	61	95	0	227	34	21	20	23	1.96
2767621--2767730	42	2.7	42	94	2	188	36	22	19	21	1.95
2768240--2768306	31	2.2	31	86	7	100	34	10	0	55	1.34
2774677--2774711	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
2776164--2776693	135	3.9	138	87	3	734	25	19	22	31	1.98
2776168--2776692	273	1.9	270	88	5	797	25	19	22	31	1.98
2777468--2777492	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
2778333--2778412	21	3.8	21	77	6	81	17	18	35	28	1.94
2780057--2780132	30	2.6	28	85	8	91	57	0	0	42	0.98
2780082--2780150	14	4.9	14	69	13	52	57	0	0	42	0.98
2782089--2782118	15	2.1	14	93	6	51	40	0	0	60	0.97
2782084--2782135	26	2.0	25	85	3	68	44	0	0	55	0.99
2782092--2782140	14	3.6	14	78	8	57	46	0	0	53	1.00
2782605--2782650	19	2.4	19	100	0	92	30	10	45	13	1.77
2782777--2782821	23	2.0	23	90	0	72	40	8	15	35	1.79
2782737--2782899	87	1.9	87	94	0	290	40	11	14	33	1.82
2782894--2783625	200	3.6	196	81	7	751	30	15	13	39	1.86
2785079--2785121	22	2.0	22	85	0	59	32	6	13	46	1.71
2786329--2786366	19	2.0	19	85	10	51	31	7	23	36	1.84
2789634--2789673	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2792280--2792334	24	2.5	22	81	18	62	47	3	0	49	1.19
2792398--2792492	3	31.7	3	95	0	172	33	2	0	64	1.06
2792491--2792535	22	2.1	21	84	8	56	62	2	0	35	1.08
2793045--2793086	15	2.8	15	82	7	50	73	2	23	0	0.94
2793594--2793652	30	2.0	29	83	3	73	37	11	6	44	1.68
2805273--2805320	25	2.0	25	87	4	71	81	0	18	0	0.70
2805272--2805323	15	3.5	15	79	10	61	82	0	17	0	0.66
2805269--2805320	17	2.8	18	83	16	63	80	0	19	0	0.71
2805272--2805323	11	4.5	11	80	20	54	82	0	17	0	0.66
2805638--2805682	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
2806482--2807435	83	11.5	83	95	0	1653	28	12	21	37	1.90
2808165--2808952	113	7.0	113	94	2	1306	36	13	18	31	1.89
2808420--2808471	17	3.1	17	73	15	63	48	9	21	21	1.78
2808165--2808937	332	2.3	333	93	1	1298	36	13	18	31	1.89
2808918--2809105	95	2.0	93	81	4	216	37	17	17	27	1.92
2809261--2809333	3	24.3	3	97	0	137	34	1	0	64	1.02
2809332--2809376	22	2.1	21	84	8	56	62	2	0	35	1.08
2809884--2809925	15	2.8	15	82	7	50	73	2	23	0	0.94
2810449--2810507	30	2.0	29	83	3	73	37	11	6	44	1.68
2813275--2813310	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
2813293--2813643	182	1.9	183	84	2	465	27	16	14	41	1.86
2814243--2814273	14	2.1	15	94	5	55	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817261--2817326	18	3.7	18	73	17	57	34	7	10	46	1.67
2817439--2817523	43	2.0	43	90	0	134	27	11	17	43	1.84
2818959--2818996	18	2.1	18	100	0	76	78	0	5	15	0.91
2819106--2819138	17	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
2828315--2828435	30	3.9	30	84	6	143	34	21	18	25	1.96
2836665--2836716	27	2.0	25	82	14	61	17	38	0	44	1.49
2839758--2839801	17	2.3	20	85	14	58	70	2	0	27	0.99
2839769--2839808	21	2.0	20	85	5	53	75	2	0	22	0.93
2841713--2841759	23	2.0	24	95	4	87	40	8	0	51	1.33
2842846--2842888	21	2.1	20	82	4	50	37	18	2	41	1.63
2844877--2844933	26	2.2	26	84	9	71	17	8	33	40	1.81
2845038--2845070	17	1.9	17	93	0	57	24	6	3	66	1.28
2846571--2846619	11	4.2	11	85	14	71	63	0	0	36	0.95
2846579--2846623	14	3.4	14	79	20	60	64	0	0	35	0.94
2846573--2846623	25	2.0	25	100	0	102	62	0	0	37	0.95
2847781--2847841	21	2.9	21	77	20	72	67	3	3	26	1.22
2861838--2861936	51	1.9	51	91	0	162	45	11	21	22	1.83
2864624--2864749	63	2.0	63	92	3	209	24	19	12	43	1.85
2869040--2869080	21	1.9	21	85	5	55	53	0	0	46	1.00
2870203--2870279	3	26.3	3	79	10	88	58	0	0	41	0.98
2870191--2870283	15	7.0	14	75	23	94	56	0	0	43	0.99
2870193--2870256	9	6.7	9	76	16	58	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870191--2870276	12	6.8	12	76	17	77	56	0	0	43	0.99
2870433--2871144	76	9.4	76	97	0	1311	34	21	22	21	1.97
2872213--2872368	54	2.9	54	92	0	258	23	23	16	37	1.93
2874194--2874351	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
2874318--2874511	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
2874318--2874511	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
2874891--2874961	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
2875041--2875150	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
2875034--2875150	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
2875101--2875157	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2875093--2875173	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
2875169--2875266	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2875191--2875280	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2875174--2875288	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2876610--2876645	18	2.0	18	100	0	72	44	16	11	27	1.82
2876656--2876878	114	2.0	114	92	0	374	31	21	14	33	1.93
2884883--2884940	22	2.7	22	81	10	66	51	1	0	46	1.11
2886057--2886130	3	25.3	3	77	10	73	56	1	0	41	1.07
2886045--2886127	12	6.8	12	75	15	64	55	1	0	43	1.07
2886284--2886942	76	8.7	76	97	0	1223	34	22	21	21	1.96
2886284--2886942	151	4.3	152	96	0	1223	34	22	21	21	1.96
2886284--2886942	227	2.9	226	96	0	1228	34	22	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2886874--2886987	45	2.5	45	95	2	201	32	21	23	22	1.98
2886799--2887040	121	2.0	122	96	1	450	33	20	23	22	1.97
2888110--2888265	54	2.9	54	89	0	240	23	22	16	38	1.93
2889355--2889591	133	1.8	128	82	8	307	46	8	7	37	1.63
2889610--2889658	22	2.3	21	79	10	55	55	2	0	42	1.11
2889617--2889670	22	2.4	21	82	14	56	57	0	0	42	0.98
2890439--2890515	3	26.3	3	79	10	88	58	0	0	41	0.98
2890429--2890495	9	7.7	9	75	18	54	58	0	0	41	0.98
2890427--2890519	12	7.2	13	75	18	88	56	0	0	43	0.99
2903313--2903694	146	2.7	144	83	8	460	48	7	6	37	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15