genome.fa.s8724.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5289199

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2221237--2222043	118	6.9	117	89	1	1159	35	14	16	32	1.90
2221893--2221961	19	3.5	20	64	16	54	40	17	17	24	1.90
2222008--2222212	76	2.7	76	86	4	283	39	14	15	31	1.87
2222062--2222182	40	3.1	39	70	9	122	37	14	17	31	1.89
2222089--2222226	37	3.7	36	73	6	114	42	14	15	27	1.85
2229674--2229702	13	2.2	13	100	0	58	6	6	0	86	0.72
2229672--2229708	16	2.2	18	85	9	51	8	8	0	83	0.80
2234487--2235037	55	10.1	55	87	0	773	30	17	17	34	1.93
2235633--2235661	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2239634--2239965	55	6.1	55	90	1	488	31	17	16	34	1.93
2244391--2244435	13	3.5	13	81	3	56	31	0	17	51	1.46
2244771--2244871	24	4.2	24	84	3	114	24	22	20	31	1.98
2244771--2244877	48	2.2	48	85	3	144	23	22	22	31	1.98
2245999--2246098	50	2.0	50	100	0	200	32	28	22	18	1.97
2246968--2247015	22	2.1	22	84	3	60	22	8	2	66	1.29
2247918--2247982	18	3.6	18	95	2	112	47	6	3	43	1.43
2251235--2251328	45	2.1	45	82	11	113	57	1	1	40	1.13
2251292--2251356	20	3.3	18	74	16	58	46	1	0	52	1.10
2252376--2252420	24	2.0	24	86	8	67	60	4	2	33	1.29
2270154--2270184	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
2272511--2272563	27	2.0	27	100	0	106	45	1	0	52	1.11
2276063--2276132	23	3.0	23	78	0	86	20	25	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276063--2276161	46	2.2	46	83	3	119	20	21	22	36	1.95
2276165--2276233	24	3.0	22	81	12	84	20	26	21	31	1.98
2276394--2276449	27	2.3	23	78	12	58	25	3	17	53	1.60
2276956--2277025	15	4.7	15	74	0	59	25	1	11	61	1.38
2283534--2283649	32	3.7	32	80	4	101	26	29	26	17	1.97
2283548--2283649	32	3.2	30	79	8	105	28	30	25	15	1.96
2286697--2286755	21	2.8	21	94	5	102	30	20	23	25	1.98
2287803--2287865	22	2.9	22	74	9	65	26	22	14	36	1.92
2288620--2289293	200	3.5	195	80	10	709	36	20	9	33	1.86
2288617--2289365	386	1.9	386	80	6	849	36	20	10	32	1.86
2305125--2305185	31	2.0	30	87	9	88	49	0	0	50	1.00
2305244--2305329	29	3.1	27	80	6	75	60	3	3	32	1.30
2305278--2305334	29	2.0	29	92	0	96	61	3	7	28	1.39
2306144--2306231	3	29.7	3	93	2	151	34	1	0	64	1.01
2306683--2306722	19	2.0	20	90	4	64	72	10	15	2	1.21
2308217--2308260	18	2.6	16	79	13	52	25	0	2	72	0.96
2318886--2318917	16	2.0	16	93	0	55	78	0	21	0	0.76
2319232--2319268	16	2.3	16	90	9	58	32	8	5	54	1.53
2319883--2320152	52	5.2	52	93	2	443	24	14	21	38	1.92
2320812--2321371	113	4.9	113	95	0	913	37	14	19	28	1.91
2321666--2321762	3	32.7	3	89	2	151	34	1	0	64	1.00
2322214--2322253	19	2.0	20	90	4	64	72	10	15	2	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327480--2327518	19	2.1	19	90	0	60	58	12	5	23	1.54
2331817--2331860	19	2.2	19	84	8	52	29	18	13	38	1.89
2334166--2334216	21	2.4	21	80	0	57	27	25	13	33	1.94
2340583--2340795	108	2.0	108	83	1	266	32	20	17	30	1.95
2340184--2340766	54	10.8	54	87	1	738	32	14	16	35	1.90
2345875--2345907	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
2348506--2348566	14	4.5	13	78	15	52	18	21	13	47	1.82
2348506--2348546	21	2.0	20	85	4	55	17	21	12	48	1.79
2351714--2351751	19	2.0	19	94	0	67	13	65	0	21	1.26
2351717--2351758	22	1.9	22	95	0	75	14	64	0	21	1.29
2351908--2351999	30	3.1	30	81	9	84	39	0	2	58	1.10
2351957--2352003	24	1.9	25	83	12	62	36	0	2	61	1.08
2353707--2353814	42	2.5	42	82	4	119	22	33	21	23	1.97
2354892--2355797	138	6.6	137	88	1	1235	32	24	19	23	1.97
2361503--2361535	14	2.3	15	89	5	50	24	3	15	57	1.52
2361732--2361896	45	3.6	45	83	8	192	34	7	16	40	1.78
2362035--2362149	58	2.0	59	86	5	162	32	7	16	43	1.77
2362045--2362168	58	2.1	58	82	5	153	32	8	17	41	1.79
2362136--2362333	58	3.5	56	82	8	229	34	5	13	46	1.65
2362372--2362491	38	3.1	38	89	3	186	40	8	9	42	1.67
2362417--2362681	96	2.8	96	87	3	365	40	7	11	40	1.69
2362606--2362746	39	3.6	38	75	11	135	39	7	13	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362689--2362802	59	1.9	58	89	1	174	42	6	15	35	1.72
2362817--2362904	40	2.2	40	87	2	124	30	4	14	50	1.63
2362817--2362926	40	2.8	38	82	6	123	32	5	14	47	1.67
2363752--2363809	21	2.8	21	89	0	89	34	29	18	17	1.94
2363815--2363910	21	4.6	21	71	2	59	39	19	15	25	1.91
2364224--2364253	14	2.1	15	93	6	53	36	13	13	36	1.84
2364734--2364786	20	2.7	18	82	11	61	28	20	16	33	1.95
2367927--2367979	20	2.6	21	90	3	81	35	28	16	18	1.93
2367985--2368080	21	4.6	21	69	0	66	41	19	14	23	1.89
2368798--2368851	23	2.5	20	72	13	54	27	27	12	31	1.93
2372122--2372159	11	3.2	12	81	11	51	63	23	0	13	1.30
2373254--2373301	3	16.7	3	87	8	64	35	0	0	64	0.94
2374184--2374225	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2377499--2377738	115	2.1	113	94	2	426	43	6	12	38	1.67
2385139--2385797	182	3.7	180	86	6	903	42	14	15	27	1.86
2390472--2391008	200	2.7	200	88	1	799	39	13	15	31	1.87
2391324--2391373	15	3.1	15	83	13	64	30	40	6	24	1.79
2395371--2395400	15	2.0	15	93	0	51	46	23	6	23	1.75
2395402--2395594	106	1.8	106	83	2	255	47	11	12	28	1.77
2395508--2396470	200	4.8	199	89	1	1414	38	13	15	31	1.87
2396358--2396396	20	2.0	19	85	5	51	46	10	15	28	1.78
2397984--2398050	19	3.5	19	95	0	116	34	5	7	52	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400873--2400903	16	1.9	16	100	0	62	51	6	12	29	1.65
2400896--2401510	199	3.1	196	82	5	686	39	13	16	30	1.88
2401525--2401644	64	1.9	64	94	0	213	31	12	13	42	1.81
2402056--2402087	10	3.2	10	100	0	64	21	40	18	18	1.91
2406104--2406144	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2410864--2410933	27	2.6	27	93	0	113	34	20	22	22	1.97
2423105--2423148	21	2.2	20	84	8	54	43	6	18	31	1.76
2423635--2423704	15	4.7	15	87	0	104	30	2	21	45	1.66
2423828--2423884	24	2.4	24	85	5	80	24	15	21	38	1.92
2424620--2424659	18	2.2	18	100	0	80	35	22	15	27	1.94
2434957--2435584	315	2.0	315	90	2	985	27	27	10	34	1.89
2439777--2439852	21	3.6	21	78	7	82	40	21	13	25	1.89
2439780--2439862	21	4.0	21	76	6	60	39	22	14	22	1.91
2439781--2439864	42	2.0	42	88	0	123	40	22	14	22	1.90
2456059--2456102	21	2.1	21	87	8	63	22	11	18	47	1.80
2456677--2456713	15	2.5	15	95	0	65	5	37	2	54	1.38
2458643--2458691	20	2.5	20	90	6	73	24	24	18	32	1.97
2462713--2463212	79	6.3	79	88	1	743	30	22	10	36	1.88
2463114--2463178	34	1.9	34	87	0	94	29	24	7	38	1.83
2469872--2469945	19	3.7	19	75	18	69	33	14	24	27	1.94
2470439--2470695	46	5.6	46	91	0	390	45	9	21	23	1.80
2476842--2476891	20	2.5	20	87	6	66	38	18	26	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477508--2477723	20	9.6	20	67	21	81	45	9	20	24	1.80
2477482--2477756	46	6.0	46	87	1	374	45	8	19	25	1.79
2483005--2483056	24	2.2	24	85	0	68	42	34	1	21	1.64
2487108--2487154	15	3.0	16	82	11	53	31	2	6	59	1.34
2487115--2487150	17	2.2	17	90	5	56	27	0	5	66	1.13
2487113--2487156	17	2.8	15	80	12	52	34	0	6	59	1.24
2487270--2487298	6	5.0	6	91	8	51	17	34	31	17	1.93
2487257--2487298	11	3.7	11	87	12	59	19	33	30	16	1.94
2491016--2491050	18	2.0	17	88	5	52	54	11	0	34	1.37
2491083--2491158	11	6.5	11	74	18	64	80	3	2	13	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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