genome.fa.s8724.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5289199

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697465--2697644	9	19.9	9	67	25	55	21	6	1	71	1.15
2698901--2698939	20	2.0	20	85	10	53	41	2	12	43	1.56
2700804--2700917	49	2.3	49	87	1	158	21	5	21	50	1.68
2705148--2705267	32	3.8	32	81	4	134	18	25	29	27	1.98
2718475--2718528	6	8.5	6	78	10	54	18	20	0	61	1.35
2718475--2718535	13	4.8	13	79	4	70	19	18	0	62	1.33
2721698--2721763	14	5.0	14	71	19	61	45	0	1	53	1.09
2721707--2721804	32	3.2	32	72	16	118	43	0	1	55	1.06
2721704--2721825	28	4.4	28	74	16	103	43	0	1	54	1.09
2721700--2721826	58	2.2	59	94	2	229	43	0	1	55	1.09
2721821--2721882	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
2722349--2722408	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
2722675--2722721	20	2.3	20	85	0	58	36	14	12	36	1.85
2722965--2723022	13	4.5	13	77	0	62	31	15	15	37	1.89
2722965--2723029	26	2.5	26	75	9	69	30	15	16	36	1.90
2723117--2723213	45	2.2	45	92	0	167	29	21	17	30	1.96
2737229--2737283	15	3.7	15	87	0	74	10	16	12	60	1.60
2744904--2744954	12	4.3	12	76	18	54	31	0	1	66	1.03
2744939--2744987	14	3.8	14	69	20	52	42	0	0	57	0.99
2745018--2745070	19	2.8	20	75	16	58	35	0	0	64	0.94
2745018--2745077	19	3.1	20	77	15	56	36	0	1	61	1.06
2745524--2745583	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2745845--2745916	20	3.6	19	75	9	65	36	13	11	38	1.81
2746142--2746205	13	5.0	13	77	11	69	26	20	18	34	1.96
2746165--2746198	12	2.7	13	86	9	52	32	14	11	41	1.82
2746294--2746389	45	2.1	45	90	3	149	29	18	16	35	1.93
2746210--2746464	130	2.0	130	88	1	386	34	18	15	31	1.92
2746492--2746518	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2758957--2759100	80	1.9	75	80	12	166	40	8	6	45	1.60
2761904--2761945	17	2.5	17	85	11	52	28	21	19	30	1.97
2773917--2773963	25	1.9	24	82	4	58	38	6	6	48	1.54
2777465--2777526	30	2.1	30	82	11	74	37	29	19	14	1.91
2777993--2778106	28	4.1	27	80	12	108	48	11	5	35	1.62
2779526--2779577	23	2.4	21	87	9	77	38	1	5	53	1.36
2779609--2779670	21	3.0	21	71	26	53	35	30	19	14	1.92
2786252--2786356	40	2.7	39	85	4	131	30	20	24	24	1.98
2787138--2787258	22	5.5	22	90	0	179	31	12	14	42	1.82
2787867--2787950	20	4.2	20	81	0	96	26	20	14	39	1.90
2788033--2788368	89	3.9	85	76	11	330	39	16	22	21	1.92
2788029--2788364	165	2.0	166	83	4	428	39	15	22	21	1.91
2788746--2788796	23	2.3	21	87	9	75	39	1	5	52	1.37
2791930--2791967	8	4.8	8	87	9	51	63	0	28	7	1.23
2799299--2799343	20	2.2	21	84	4	56	55	0	6	37	1.26
2799643--2799673	15	2.1	15	100	0	62	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802061--2802091	15	2.1	15	93	0	53	38	9	29	22	1.86
2804455--2804486	11	2.8	12	90	9	57	34	6	6	53	1.51
2804541--2804582	18	2.3	19	80	12	52	40	2	2	54	1.26
2804515--2804545	11	2.7	11	95	5	53	35	3	6	54	1.42
2804868--2804915	19	2.6	19	83	3	62	41	0	2	56	1.11
2805607--2805662	27	2.1	27	96	0	103	42	0	8	48	1.34
2809000--2809043	21	2.1	21	83	4	54	65	20	4	9	1.38
2809125--2809151	10	2.7	10	100	0	54	85	7	0	7	0.75
2811121--2811165	23	2.0	23	87	8	67	44	0	4	51	1.21
2811099--2811165	24	2.8	24	84	10	84	41	1	2	53	1.25
2811160--2811201	19	2.3	19	83	4	59	45	2	0	52	1.13
2812859--2812920	29	2.1	29	88	8	90	46	1	1	50	1.20
2812890--2812934	22	2.1	22	88	12	67	55	0	2	42	1.12
2813620--2813653	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2814128--2814177	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
2817441--2817483	20	2.2	20	86	0	59	65	0	13	20	1.27
2823711--2823753	17	2.7	16	82	10	52	74	2	9	13	1.16
2824228--2824277	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
2847788--2847901	57	2.0	57	82	3	140	25	16	22	35	1.95
2854419--2854504	32	2.7	32	75	7	86	34	11	18	34	1.87
2858077--2858167	47	1.9	47	97	0	173	28	16	24	30	1.96
2871752--2871944	41	4.7	41	76	0	152	35	20	11	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875965--2876561	162	3.6	164	80	7	623	33	20	16	28	1.95
2875962--2876569	108	5.5	107	78	8	590	33	20	17	28	1.95
2875964--2876286	54	6.0	54	83	2	380	32	21	17	28	1.96
2876272--2876302	14	2.2	14	94	0	53	41	22	16	19	1.89
2876218--2876359	68	2.1	68	93	2	241	35	21	16	26	1.95
2876286--2876569	54	5.3	54	83	0	343	35	19	16	28	1.94
2876110--2876464	176	2.0	176	85	2	471	34	20	17	27	1.95
2876056--2876524	230	2.0	230	87	1	672	34	20	17	27	1.95
2876018--2876569	284	1.9	284	86	1	775	34	20	17	27	1.95
2876901--2877219	161	2.0	161	95	1	577	39	9	19	31	1.84
2889516--2889899	54	7.1	54	87	0	536	32	20	19	28	1.97
2889516--2889899	162	2.4	162	88	0	590	32	20	19	28	1.97
2895260--2895929	54	12.4	54	82	3	704	33	19	18	28	1.96
2895267--2895901	162	3.9	162	84	1	781	33	19	17	28	1.95
2902775--2902948	41	4.2	41	74	4	145	41	17	9	31	1.82
2902775--2902948	82	2.1	82	82	0	204	41	17	9	31	1.82
2904283--2904316	14	2.5	14	95	4	61	17	20	0	61	1.34
2914186--2914246	31	2.1	28	87	9	86	39	24	3	32	1.72
2914727--2914757	15	2.1	15	93	0	53	35	19	3	41	1.67
2919176--2919247	24	3.0	24	80	15	85	18	20	20	40	1.92
2919188--2919253	25	2.7	25	77	15	75	19	21	19	39	1.93
2919311--2919366	24	2.3	24	84	0	67	17	17	19	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2925019--2925057	21	1.9	21	89	5	62	41	17	10	30	1.83
2926360--2926430	29	2.4	30	81	11	85	35	18	4	42	1.70
2926369--2926430	29	2.1	30	87	3	90	38	17	3	40	1.66
2938543--2938609	7	9.6	7	79	6	64	53	25	0	20	1.46
2938543--2938603	21	2.9	21	92	0	95	54	26	0	19	1.45
2938540--2938609	21	3.3	21	80	7	88	51	27	0	21	1.48
2944123--2944161	20	2.0	20	94	0	69	41	5	12	41	1.65
2948754--2948792	20	2.0	20	94	0	69	35	5	17	41	1.72
2948774--2948837	33	2.0	31	88	8	94	26	6	17	50	1.69
2950831--2950996	57	2.9	57	87	6	192	14	32	10	42	1.80
2950951--2951294	84	4.2	82	78	11	253	17	31	9	41	1.81
2955679--2955723	20	2.3	19	84	3	54	37	2	20	40	1.65
2957139--2957305	86	1.9	86	80	4	194	28	19	23	29	1.98
2960463--2960618	65	2.4	65	81	1	179	26	23	19	31	1.98
2966792--2966833	19	2.1	21	86	8	61	16	0	11	71	1.14
2966857--2966894	12	3.0	13	80	7	51	36	10	2	50	1.51
2968328--2968394	29	2.4	28	85	9	84	19	1	20	58	1.48
2968349--2968412	25	2.4	27	82	15	80	17	0	23	59	1.37
2973243--2973283	6	6.8	6	100	0	82	48	0	34	17	1.47
2973243--2973290	18	2.7	18	93	0	69	47	2	31	18	1.60
2973982--2974020	17	2.4	17	86	4	62	33	0	0	66	0.92
2973990--2974034	13	3.6	13	83	13	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2980278--2981023	106	7.0	106	93	0	1224	33	25	18	22	1.97
2981222--2981463	83	3.0	82	74	6	267	28	24	21	24	1.99
2981223--2981485	84	3.2	82	73	6	273	28	25	21	24	1.99
2981807--2981863	12	4.4	14	77	18	61	29	0	0	70	0.88
2981808--2981846	17	2.4	17	86	4	62	33	0	0	66	0.92
2985347--2985612	82	3.3	81	83	4	320	33	15	18	32	1.93
2985390--2985618	41	5.7	39	70	15	130	34	17	18	29	1.94
2985735--2985770	17	2.1	17	89	0	54	16	2	27	52	1.57
2985769--2985845	40	1.9	40	89	0	118	31	20	18	29	1.96
2985836--2985991	42	3.7	42	76	7	129	26	14	20	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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