genome.fa.s8724.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5289199

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1361145--1361191	19	2.8	16	76	17	58	46	0	0	53	1.00
1361262--1361327	23	2.8	23	82	13	73	48	1	3	46	1.26
1362095--1362173	41	1.9	41	94	0	140	44	13	17	24	1.85
1363310--1363344	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
1363598--1363645	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
1364071--1364133	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
1364479--1364544	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
1364845--1365368	183	2.9	183	98	0	1003	34	16	14	34	1.90
1366672--1366717	20	2.4	18	79	13	56	19	17	10	52	1.74
1366850--1366888	20	2.0	20	100	0	78	15	15	12	56	1.68
1366639--1367103	176	2.6	175	86	5	603	26	16	14	42	1.87
1367534--1367566	17	1.9	17	93	0	57	39	24	9	27	1.85
1369845--1369878	13	2.5	13	90	4	50	64	0	2	32	1.08
1371830--1371887	2	29.0	2	96	0	107	48	0	1	50	1.11
1372524--1373826	106	12.4	106	93	1	2102	22	18	25	34	1.96
1372524--1373826	315	4.1	318	92	1	2147	22	18	25	34	1.96
1377373--1377441	2	35.0	2	94	2	122	49	0	1	49	1.09
1378023--1378610	121	4.8	121	86	3	804	23	15	26	34	1.95
1378630--1378862	64	3.6	63	90	1	295	29	10	22	36	1.88
1382456--1382489	13	2.5	14	85	9	52	64	0	2	32	1.08
1382589--1382613	13	1.9	13	100	0	50	80	8	0	12	0.92
1386790--1386821	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1388853--1388911	19	3.3	18	75	20	61	42	1	0	55	1.09
1392959--1393029	34	2.1	34	97	0	133	50	16	7	25	1.70
1400787--1401003	46	4.8	46	89	1	314	32	23	7	35	1.83
1405641--1406104	54	8.6	54	90	2	718	37	18	13	31	1.89
1406089--1406121	17	1.9	17	93	0	57	42	12	12	33	1.79
1407955--1408532	81	7.1	81	91	0	904	31	22	11	35	1.89
1435418--1435452	17	2.1	17	94	0	61	28	22	0	48	1.51
1436394--1436430	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
1438149--1438221	37	2.0	37	86	2	103	47	4	4	43	1.41
1438658--1438719	30	2.1	30	84	0	79	37	19	6	37	1.78
1445747--1446636	244	3.8	241	78	10	949	35	14	16	34	1.88
1447016--1447124	42	2.6	42	74	7	114	26	22	22	29	1.99
1446661--1447369	242	2.9	242	85	3	924	33	16	16	32	1.92
1447259--1447341	42	2.0	42	85	4	114	31	22	18	27	1.97
1447214--1447542	162	2.0	162	85	3	439	29	19	19	31	1.96
1446737--1448027	647	2.0	646	82	4	1555	32	16	17	34	1.92
1447393--1448547	244	4.7	243	80	4	1256	32	14	16	35	1.89
1448474--1448623	76	2.0	76	85	2	203	32	17	20	30	1.95
1448669--1448981	161	1.9	162	83	4	400	30	19	16	33	1.94
1449361--1449467	42	2.6	41	79	7	117	25	21	22	30	1.99
1448848--1449907	244	4.4	244	82	3	1229	33	15	16	34	1.90
1449715--1450099	192	2.0	192	94	0	671	35	12	14	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449914--1450394	243	2.0	243	85	2	653	33	16	15	35	1.89
1450242--1450567	162	2.0	162	85	1	438	30	19	17	33	1.95
1449999--1450796	406	2.0	405	81	2	958	32	16	16	34	1.92
1450404--1452273	244	7.7	244	82	4	2064	33	15	16	34	1.90
1450418--1452273	485	3.8	485	85	3	2252	33	15	16	34	1.90
1452112--1452436	162	2.0	163	86	1	456	29	18	18	33	1.95
1451863--1452660	406	2.0	405	83	4	1000	32	17	16	34	1.92
1452267--1454598	484	4.8	484	86	3	2943	33	15	16	35	1.90
1452268--1454598	244	9.6	242	81	4	2509	33	15	16	35	1.90
1452267--1454598	728	3.2	722	81	5	2624	33	15	16	35	1.90
1454463--1454760	162	1.8	162	85	2	420	30	19	16	33	1.94
1454223--1454988	406	1.9	405	84	1	1016	32	16	16	34	1.91
1454625--1455981	243	5.6	244	81	5	1402	33	14	16	35	1.89
1454628--1455984	490	2.8	482	82	5	1611	33	14	16	35	1.90
1455829--1456142	162	1.9	162	84	2	416	30	19	18	31	1.96
1455991--1457859	243	7.7	244	82	3	1965	34	15	16	34	1.90
1455993--1457856	488	3.8	485	82	3	1989	34	15	16	34	1.90
1457697--1458025	162	2.0	162	84	2	419	30	18	18	31	1.95
1457914--1458015	41	2.5	42	76	7	118	30	18	21	29	1.97
1457861--1465460	244	31.4	243	78	8	5856	34	15	16	34	1.89
1460821--1460930	42	2.7	41	72	8	105	28	20	20	30	1.97
1457861--1465471	488	15.7	488	81	6	7376	34	15	16	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1461177--1461854	224	2.9	229	81	9	752	33	15	16	34	1.91
1461796--1461872	22	3.6	22	67	19	54	29	20	22	27	1.98
1461805--1461894	42	2.1	42	95	0	162	28	22	21	27	1.99
1462181--1466898	467	9.9	466	77	10	3620	34	14	16	34	1.89
1463056--1463482	223	1.9	224	85	5	587	35	12	14	37	1.85
1464244--1464328	41	2.0	42	82	6	102	28	22	21	28	1.99
1464465--1464568	41	2.5	41	75	10	97	28	20	18	32	1.96
1463263--1465454	489	4.5	486	80	6	2209	35	15	16	33	1.89
1464728--1464806	42	1.9	40	84	5	104	25	18	24	31	1.98
1465223--1465643	201	2.1	202	84	3	544	36	13	14	35	1.86
1465425--1466898	244	6.0	241	80	5	1480	33	15	16	34	1.90
1466106--1466213	42	2.6	41	80	10	112	27	19	24	28	1.98
1465457--1466891	489	2.9	482	82	4	1556	33	15	16	34	1.90
1466980--1467031	20	2.6	20	93	0	86	21	26	23	28	1.99
1466999--1467123	42	3.0	42	80	3	146	27	20	23	29	1.98
1467244--1467358	42	2.7	42	77	10	110	26	20	20	32	1.98
1467417--1471025	244	15.0	243	80	5	3512	34	14	16	34	1.90
1469743--1471025	487	2.6	486	85	2	1723	34	15	15	34	1.90
1470839--1471204	177	2.1	178	87	2	520	31	17	17	32	1.94
1473364--1473500	59	2.3	59	80	5	170	29	18	24	27	1.98
1473554--1473592	20	2.0	20	84	0	51	20	5	20	53	1.64
1475699--1475768	37	1.9	36	85	8	97	25	18	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1476477--1476573	42	2.4	40	77	10	106	27	22	21	27	1.99
1476960--1477048	42	2.1	41	83	6	108	26	19	23	30	1.98
1474403--1481102	244	27.6	244	80	5	6676	34	15	16	34	1.89
1480376--1480458	42	2.0	41	82	15	100	31	18	20	30	1.96
1480865--1480970	41	2.6	41	83	7	117	33	18	21	26	1.97
1480851--1480970	42	2.9	42	79	8	129	30	20	22	27	1.98
1480909--1481304	202	2.0	203	84	4	532	37	14	14	34	1.87
1481092--1482037	244	3.9	241	81	4	1013	34	14	15	34	1.89
1482073--1483020	244	4.0	244	84	7	1196	34	14	16	33	1.90
1482463--1482572	42	2.6	42	80	4	125	28	23	20	28	1.99
1483109--1485622	244	10.3	244	84	2	3016	33	15	16	34	1.90
1483832--1483933	42	2.5	42	83	4	127	25	19	22	32	1.97
1484565--1484674	42	2.6	42	78	1	123	28	18	20	33	1.96
1483109--1485551	489	5.0	488	85	1	3109	33	15	16	34	1.90
1483117--1485547	733	3.3	731	87	2	3221	33	15	16	34	1.90
1485052--1485159	42	2.6	42	83	1	128	29	22	21	26	1.99
1488805--1488863	30	2.0	29	83	9	75	57	1	0	40	1.09
1494107--1494212	3	35.3	3	98	0	203	33	0	0	66	0.99
1497847--1497907	30	2.0	30	96	0	113	31	26	18	24	1.97
1498424--1498538	60	1.9	61	85	1	160	32	20	12	34	1.90
1498384--1498974	118	5.0	118	81	5	619	30	22	10	36	1.88
1498375--1498965	59	10.0	59	76	9	490	29	22	10	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1501353--1501561	64	3.2	65	80	7	221	31	24	15	28	1.96
1501402--1501580	64	2.8	63	87	3	234	29	24	16	29	1.97
1502853--1502890	19	2.0	19	85	10	51	31	23	7	36	1.84
1503685--1503742	30	1.9	31	96	3	109	27	24	25	22	2.00
1504161--1504275	44	2.6	44	87	1	158	33	21	6	38	1.78
1504340--1504968	118	5.3	118	83	5	618	29	23	10	36	1.88
1504327--1504968	237	2.7	236	81	10	688	29	23	10	36	1.88
1504310--1504968	59	11.1	58	78	9	532	29	23	10	36	1.88
1504440--1504972	296	1.8	296	85	4	752	30	23	10	36	1.88
1514524--1514570	17	2.8	17	80	0	58	31	23	27	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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