genome.fa.s8724.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5289199

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840894--840937	23	2.0	22	95	4	79	50	0	4	45	1.22
847259--847304	19	2.4	19	92	0	74	15	39	8	36	1.78
862872--863081	41	5.1	41	73	11	142	37	19	10	32	1.85
864808--864873	22	3.0	22	75	18	75	36	10	1	51	1.46
871079--871145	27	2.5	26	78	7	71	68	1	5	23	1.20
871078--871131	28	1.9	28	84	0	72	72	0	5	22	1.05
871142--871184	17	2.5	17	88	7	61	81	2	4	11	0.93
872285--872334	18	2.9	18	75	16	52	64	4	0	32	1.12
872284--872425	21	6.8	20	70	24	89	59	3	0	35	1.19
872270--872421	12	12.1	13	69	18	58	61	3	0	34	1.17
872271--872362	33	2.8	32	79	14	89	64	2	1	32	1.13
872284--872425	7	20.4	7	67	20	66	59	3	0	35	1.19
872326--872421	26	3.9	24	76	10	86	59	3	1	36	1.20
882724--882828	32	3.4	30	74	14	97	68	1	8	20	1.26
883625--883663	21	1.9	21	84	5	53	56	10	5	28	1.54
884171--884489	46	7.0	46	86	2	412	22	21	13	42	1.88
884171--884489	91	3.5	92	85	4	398	22	21	13	42	1.88
884171--884489	137	2.3	137	85	2	428	22	21	13	42	1.88
886553--886641	47	1.9	46	86	6	126	38	7	22	31	1.83
887120--887167	13	3.7	13	88	0	69	18	25	20	35	1.95
888316--888403	14	6.1	14	69	24	58	64	1	3	30	1.17
888316--888525	32	6.1	33	71	20	121	60	1	2	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888312--888581	12	21.8	12	67	24	86	58	2	2	36	1.24
888374--888584	2	115.0	2	66	28	89	55	2	1	39	1.25
888367--888553	99	1.9	100	84	12	255	57	2	2	37	1.25
888339--888529	84	2.3	82	82	12	212	59	2	2	36	1.21
888367--888579	97	2.2	98	79	15	235	56	2	1	38	1.25
888376--888584	86	2.4	85	77	17	200	55	2	1	39	1.25
888391--888584	12	16.3	12	72	19	99	55	3	2	39	1.27
890722--890765	20	2.2	20	88	4	63	54	2	2	40	1.25
892398--892452	19	2.8	20	80	5	67	41	21	20	16	1.90
892398--892500	20	5.2	20	76	15	88	41	21	18	18	1.90
892628--892675	22	2.2	22	92	0	78	22	41	12	22	1.88
892894--892920	13	2.1	13	100	0	54	0	7	14	77	0.97
894704--894753	21	2.4	21	89	0	82	20	16	28	36	1.93
894976--895021	4	11.5	4	80	0	56	28	2	2	67	1.14
895161--895260	21	4.8	21	73	9	87	26	36	16	22	1.94
895161--895260	42	2.4	42	81	6	121	26	36	16	22	1.94
896596--896736	66	2.2	66	82	8	168	31	1	17	49	1.56
896865--896909	20	2.2	20	96	0	81	15	15	22	46	1.83
896872--896948	20	4.2	20	68	21	69	19	18	19	42	1.89
897121--897207	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
897941--897990	25	2.0	25	92	0	82	44	20	8	28	1.79
898056--898142	40	2.3	39	81	11	103	35	22	20	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898081--898142	20	3.1	20	88	0	97	33	24	20	20	1.97
898151--898259	20	5.8	20	72	12	104	18	19	21	41	1.91
898165--898298	34	3.8	34	72	11	124	17	22	20	39	1.92
898134--898239	54	2.0	53	90	1	167	18	19	20	40	1.92
898149--898302	74	2.1	74	93	0	263	17	20	22	39	1.92
898571--898606	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
900856--900909	24	2.2	24	90	0	81	42	20	16	20	1.89
901035--901068	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
901815--901985	19	8.6	20	70	12	93	29	14	24	30	1.95
901856--901901	21	2.2	21	92	0	74	34	17	26	21	1.95
906018--906054	17	2.1	18	90	5	58	21	2	27	48	1.63
913321--913380	29	2.0	30	84	9	79	48	0	3	48	1.18
916202--916323	50	2.4	50	82	9	142	29	18	15	36	1.92
916484--916821	44	7.7	44	83	5	382	21	18	15	43	1.87
916838--916946	20	5.4	20	92	0	173	34	22	17	25	1.95
923306--923331	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
930179--930224	21	2.1	23	84	8	60	52	0	2	45	1.13
930177--930225	18	2.6	19	72	21	50	51	0	4	44	1.20
956484--956587	54	1.9	54	86	0	145	41	20	12	25	1.87
956682--956713	15	2.1	15	94	0	55	12	15	40	31	1.85
959729--959777	19	2.6	19	83	0	62	38	8	16	36	1.78
959829--959890	13	4.8	12	78	11	61	53	0	24	22	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959827--959891	7	10.0	7	74	15	50	53	0	23	23	1.46
967856--967899	23	2.0	23	86	4	63	34	6	2	56	1.38
971581--971613	16	2.0	17	88	5	50	24	12	12	51	1.73
978707--978762	23	2.3	25	78	9	71	26	7	1	64	1.29
978713--978757	23	1.9	24	90	4	74	31	8	0	60	1.28
989158--989198	16	2.4	18	88	12	68	43	0	0	56	0.99
991405--991606	94	2.1	93	79	9	205	32	15	23	27	1.95
992091--992669	45	12.9	45	86	0	789	39	9	19	31	1.83
994172--994237	16	4.1	17	74	14	59	51	24	1	22	1.57
994502--994540	18	2.2	18	85	0	51	7	25	30	35	1.84
996116--996198	22	3.7	22	85	3	94	18	26	31	24	1.97
996116--996186	22	3.2	22	88	4	97	18	25	35	21	1.95
1003521--1003567	21	2.2	21	100	0	94	46	0	25	27	1.53
1004436--1004497	2	31.0	2	96	0	70	50	9	0	40	1.35
1004790--1004831	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1007345--1007398	7	8.4	7	84	12	64	24	27	29	18	1.98
1007345--1007403	20	3.2	19	88	7	77	22	27	32	18	1.97
1007371--1007438	17	4.0	17	92	0	91	19	23	39	17	1.92
1007434--1007504	19	3.7	20	88	5	101	26	29	25	18	1.98
1007436--1007504	9	7.1	10	76	12	72	27	30	23	18	1.98
1009272--1009325	20	2.7	20	94	0	90	25	20	29	24	1.99
1011617--1011670	20	2.7	20	94	0	99	25	14	33	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1011717--1011766	21	2.3	21	80	10	57	34	20	24	22	1.97
1011717--1011761	22	2.1	21	84	12	56	33	15	26	24	1.95
1012231--1012635	45	9.0	45	84	1	497	40	8	18	32	1.81
1012765--1013115	43	8.2	43	75	9	175	33	20	20	25	1.97
1015489--1015642	80	1.9	79	89	1	236	42	16	11	29	1.83
1017791--1017970	41	4.4	42	84	6	201	36	19	16	28	1.93
1017819--1018006	41	4.6	40	80	7	162	33	19	17	29	1.95
1019542--1019588	21	2.2	21	100	0	94	46	0	25	27	1.53
1020457--1020510	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
1022946--1022995	21	2.3	21	80	10	57	34	20	24	22	1.97
1022946--1022990	22	2.1	21	84	12	56	33	15	26	24	1.95
1023460--1023901	45	9.8	45	85	0	571	40	9	19	30	1.83
1023463--1023901	179	2.4	180	93	0	727	40	9	19	30	1.83
1027047--1027077	15	2.1	15	100	0	62	41	25	6	25	1.79
1034710--1034734	9	2.8	9	100	0	50	36	20	0	44	1.52
1043672--1043705	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1047669--1047727	26	2.3	26	93	0	100	20	15	16	47	1.83
1048012--1048455	221	2.0	222	99	0	872	27	18	19	35	1.94
1051171--1051275	50	2.1	50	98	0	201	41	5	19	33	1.75
1059218--1059242	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
1063169--1063250	40	2.0	40	88	4	121	25	15	25	32	1.96
1063354--1063614	45	5.8	46	90	3	388	38	6	22	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1063354--1063614	91	2.9	90	90	3	391	38	6	22	32	1.81
1069415--1069458	24	1.9	22	86	9	61	25	4	20	50	1.67
1072172--1072260	21	4.5	19	83	10	115	31	15	17	34	1.92
1072163--1072260	40	2.5	38	82	9	115	33	14	17	34	1.90
1077248--1077278	16	1.9	16	93	0	53	35	0	6	58	1.24
1079735--1079793	29	2.0	31	83	6	77	30	18	8	42	1.80
1084297--1084346	20	2.5	20	90	0	73	24	32	14	30	1.94
1084450--1084596	19	7.5	19	77	10	143	32	16	19	31	1.94
1084461--1084596	40	3.4	38	86	8	166	32	16	18	33	1.93
1090044--1090107	18	3.3	18	79	12	65	42	10	20	26	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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