genome.fa.s8724.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5289199

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491084--2491128	14	3.2	13	82	14	54	84	2	2	11	0.80
2491057--2491162	39	2.7	40	80	11	112	76	5	1	16	1.06
2491084--2491156	13	5.8	12	75	20	53	80	4	2	12	0.95
2491083--2491162	25	3.2	24	75	12	72	80	3	2	13	0.96
2491084--2491156	38	1.9	38	84	15	98	80	4	2	12	0.95
2491728--2491778	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2493034--2493147	42	2.7	41	77	6	104	31	20	19	28	1.97
2493135--2493652	255	2.0	255	90	2	835	34	21	16	28	1.94
2493603--2493672	20	3.4	20	70	14	61	30	25	20	24	1.99
2493720--2493831	59	1.9	58	85	8	156	41	17	8	32	1.81
2494528--2494655	41	3.1	41	70	14	111	28	14	21	35	1.92
2494527--2494681	82	1.9	82	80	7	181	30	12	21	35	1.91
2495223--2495267	22	2.0	22	91	0	72	42	8	13	35	1.75
2496565--2496673	41	2.7	41	83	0	128	28	18	23	29	1.98
2496717--2496795	41	1.9	42	89	2	124	24	7	21	46	1.77
2496717--2496835	42	2.9	42	84	3	134	24	6	22	46	1.76
2500523--2500629	21	5.1	21	86	2	117	35	17	42	4	1.71
2500515--2500644	42	3.1	41	78	4	118	38	16	40	3	1.67
2500526--2500644	21	5.7	21	83	4	89	37	17	40	4	1.69
2500978--2501074	43	2.2	46	81	9	121	27	19	24	27	1.99
2501055--2501152	39	2.4	39	81	5	106	31	21	22	24	1.98
2505076--2505142	10	6.6	10	80	17	59	0	17	0	82	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505075--2505184	12	9.2	11	78	15	78	3	14	1	80	0.94
2505091--2505138	22	2.1	21	88	11	69	0	14	0	85	0.60
2505075--2505151	24	3.1	24	85	11	93	0	16	1	81	0.75
2505179--2505221	22	2.0	22	86	9	61	9	23	0	67	1.19
2508568--2508660	20	4.6	20	78	5	80	45	9	13	31	1.77
2511137--2511181	22	2.0	22	100	0	90	26	0	26	46	1.53
2511207--2511244	12	3.2	12	84	0	58	52	2	36	7	1.45
2511833--2512425	226	2.6	225	85	4	739	32	14	13	38	1.85
2517907--2517994	29	3.0	29	98	0	167	23	12	13	50	1.76
2522620--2522678	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2530032--2530080	18	2.7	19	75	12	50	20	16	30	32	1.94
2532478--2532514	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2532665--2532737	35	2.0	37	82	10	89	50	4	1	43	1.29
2552549--2552591	20	2.2	19	84	12	52	39	2	0	58	1.11
2553647--2553690	23	2.0	23	81	4	54	50	11	2	36	1.51
2562546--2562585	20	2.0	20	85	0	53	10	25	35	30	1.88
2562916--2562949	12	2.8	12	90	0	50	44	2	11	41	1.56
2565094--2565153	23	2.7	23	86	2	86	31	18	33	16	1.93
2566654--2566718	23	2.8	22	79	11	67	26	4	0	69	1.08
2566686--2566725	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
2566845--2566901	18	3.2	18	78	7	55	22	3	0	73	0.98
2566882--2566906	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2566895--2566978	36	2.3	37	82	11	95	23	5	3	66	1.30
2567108--2567166	27	2.3	27	85	5	77	13	5	5	76	1.13
2567108--2567170	26	2.4	28	82	12	80	14	4	4	76	1.12
2570247--2570292	13	3.5	12	81	18	56	76	2	17	4	1.06
2570369--2570506	69	2.0	69	92	0	231	39	22	14	23	1.91
2571946--2572020	37	2.0	38	86	2	107	29	21	14	34	1.93
2572041--2572115	37	2.0	39	89	5	118	25	21	13	40	1.89
2571946--2572187	104	2.4	102	92	1	394	30	19	12	37	1.89
2572250--2572315	21	2.8	25	80	19	97	22	24	13	39	1.90
2572317--2572415	52	1.9	50	87	4	144	40	21	3	35	1.69
2573166--2573401	110	2.2	110	83	4	293	34	23	17	24	1.96
2574787--2574826	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
2574889--2574913	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2574970--2575035	18	3.7	18	76	9	57	21	3	0	75	0.93
2574938--2575017	31	2.6	31	80	9	85	25	3	0	71	1.03
2589590--2589693	30	3.2	30	63	21	75	48	5	3	42	1.45
2601965--2602627	330	2.0	330	99	0	1317	35	20	21	21	1.96
2605846--2605921	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2610397--2610426	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
2610849--2610924	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2611958--2612000	13	3.2	14	80	9	54	27	18	23	30	1.98
2614390--2614461	30	2.4	30	73	0	72	26	29	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2618498--2619337	416	2.0	412	85	5	1122	39	8	7	44	1.65
2623251--2623293	19	2.2	19	83	8	50	41	4	6	46	1.51
2623934--2623985	23	2.3	23	96	0	95	21	28	21	28	1.98
2623957--2624030	30	2.5	30	79	0	76	20	27	20	32	1.97
2625744--2625820	32	2.5	31	79	8	84	14	24	29	31	1.94
2634928--2634980	22	2.4	22	96	0	97	32	16	20	30	1.95
2642923--2642998	3	25.3	3	100	0	152	67	0	0	32	0.91
2649354--2649405	20	2.6	20	100	0	104	25	21	17	36	1.94
2651998--2652107	31	3.5	31	92	2	177	20	18	21	40	1.92
2656419--2656543	31	4.0	31	93	2	207	19	18	23	39	1.93
2657758--2657794	15	2.5	15	95	0	65	37	10	2	48	1.52
2657790--2657818	7	4.1	7	100	0	58	41	0	27	31	1.56
2658012--2658044	16	2.1	16	100	0	66	18	39	18	24	1.92
2665945--2665978	16	2.1	16	94	0	59	20	23	17	38	1.93
2668416--2668511	41	2.3	41	83	1	111	33	16	17	32	1.93
2670930--2671207	43	6.5	43	78	2	249	28	24	14	32	1.95
2670924--2671207	85	3.3	84	79	8	281	27	24	14	33	1.95
2670930--2671216	128	2.2	128	80	3	319	27	24	14	33	1.94
2671713--2671782	36	1.9	36	91	0	113	27	30	15	27	1.96
2671712--2671783	20	3.8	19	73	25	55	27	30	15	26	1.96
2671816--2671856	21	2.0	21	85	9	57	31	24	21	21	1.98
2671905--2671943	20	2.0	20	100	0	78	35	43	10	10	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2674685--2674710	12	2.2	12	100	0	52	30	7	11	50	1.67
2674784--2674831	18	2.5	20	93	6	82	47	8	8	35	1.64
2674908--2674956	18	2.5	21	90	9	77	30	12	14	42	1.82
2675265--2675334	36	1.9	36	88	0	104	27	25	20	27	1.99
2675273--2675335	20	3.4	18	72	26	51	26	28	17	26	1.98
2675378--2675418	21	2.0	21	95	0	73	29	24	26	19	1.98
2676174--2676219	20	2.3	20	96	0	83	26	23	32	17	1.97
2682255--2682297	19	2.3	19	84	8	52	39	6	2	51	1.42
2684964--2685018	28	2.0	28	96	0	101	30	25	21	21	1.98
2685140--2685174	17	2.1	17	89	5	54	65	8	14	11	1.46
2687735--2688003	29	9.1	29	73	15	180	53	2	4	38	1.37
2687720--2687930	59	3.6	58	82	7	228	52	1	4	41	1.33
2687720--2688003	30	9.6	29	74	11	216	52	2	5	39	1.39
2688077--2688301	37	6.1	35	71	17	145	48	3	5	43	1.43
2688084--2688387	72	4.1	73	81	11	336	47	4	5	42	1.46
2688300--2688373	37	2.1	36	87	9	109	48	5	5	40	1.49
2689530--2689560	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
2689664--2689763	4	24.8	4	74	17	57	26	2	0	72	0.96
2689603--2689692	35	2.7	32	70	17	76	24	7	0	67	1.16
2689725--2689846	12	9.8	12	70	21	67	13	9	0	77	0.98
2689716--2689841	11	11.5	11	71	26	72	14	7	0	77	0.97
2689719--2689775	24	2.4	24	83	13	66	12	5	0	82	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689736--2689789	20	2.8	19	83	13	58	11	7	0	81	0.87
2693110--2693176	26	2.5	26	95	2	116	52	19	20	7	1.70
2694053--2694312	94	2.7	95	87	4	373	32	18	18	31	1.94
2695064--2695959	84	10.5	84	84	5	1014	35	22	18	23	1.96
2696753--2696921	39	4.5	39	76	13	142	45	2	6	44	1.44
2696753--2696929	73	2.4	75	83	8	227	46	3	6	44	1.45
2697463--2697498	19	1.9	19	88	5	56	16	8	0	75	1.04
2697530--2697579	13	3.6	14	81	13	50	28	0	0	72	0.86
2697521--2697581	25	2.5	24	76	10	61	29	0	0	70	0.88
2697528--2697645	12	10.2	11	68	20	55	20	4	1	73	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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