genome.fa.s8724.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5289199

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

This is table  9  of  23  ( 2733 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976204--1976250	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
1981805--1981846	21	2.0	22	85	4	59	38	9	26	26	1.87
1985222--1985265	19	2.5	17	81	7	52	6	15	43	34	1.74
1985318--1985389	3	24.3	3	94	2	119	69	1	0	29	0.97
1985784--1986008	99	2.3	100	88	2	321	28	17	24	29	1.97
1986142--1986353	37	6.1	36	72	13	167	38	16	18	26	1.92
1986278--1986354	36	2.1	37	90	4	122	37	15	19	27	1.92
1986278--1986377	37	2.8	36	86	3	121	38	16	21	25	1.93
1986369--1986695	100	3.2	101	75	10	301	36	11	17	35	1.85
1986826--1986953	66	1.9	67	83	1	168	39	13	19	27	1.89
1989495--1989570	4	18.8	4	77	11	75	0	26	1	72	0.93
1989489--1989545	8	7.1	8	78	7	53	0	29	0	70	0.88
1989500--1989544	12	3.8	12	94	5	83	0	31	0	68	0.89
1989491--1989596	23	4.9	22	72	24	84	0	25	2	70	1.06
1989535--1989600	13	5.2	12	79	13	71	1	19	4	74	1.07
1989535--1989591	25	2.3	24	88	8	87	1	19	3	75	1.04
1992324--1992362	21	1.9	20	89	5	60	12	0	20	66	1.24
2001618--2001656	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
2004611--2004925	55	5.7	55	89	3	447	35	17	11	35	1.86
2005282--2005335	19	2.7	18	81	18	54	29	18	16	35	1.93
2005359--2005409	20	2.5	20	100	0	102	17	31	17	33	1.94
2008619--2009030	105	3.9	105	83	10	477	36	18	11	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2008619--2009030	54	7.7	54	81	11	451	36	18	11	34	1.86
2012761--2012809	3	16.0	3	85	4	62	65	2	2	30	1.15
2015695--2015739	20	2.2	20	100	0	90	0	11	22	66	1.22
2018070--2018104	12	3.0	12	91	4	54	71	8	0	20	1.11
2019269--2019364	21	4.6	21	74	10	88	26	34	16	22	1.95
2019269--2019364	42	2.3	42	78	7	104	26	34	16	22	1.95
2020174--2020213	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
2020124--2020262	65	2.2	63	82	11	162	31	1	16	50	1.54
2020313--2020350	20	1.9	20	94	0	67	42	23	18	15	1.89
2020621--2020707	39	2.2	39	95	0	156	18	14	19	47	1.83
2021022--2021078	6	9.5	6	80	0	60	52	12	3	31	1.55
2021022--2021078	24	2.4	24	100	0	114	52	12	3	31	1.55
2021463--2021514	25	2.1	25	96	0	95	42	21	7	28	1.80
2021630--2021723	20	4.7	20	91	0	152	38	20	19	22	1.94
2024305--2024358	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
2024484--2024517	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2025262--2025386	19	6.4	20	73	13	91	29	13	23	33	1.93
2026037--2026184	4	35.8	4	71	20	60	72	1	5	20	1.12
2026037--2026284	9	27.1	9	67	19	90	71	2	6	18	1.20
2026039--2026184	23	6.6	22	72	13	88	72	1	5	20	1.12
2026081--2026184	17	6.7	15	74	20	74	74	1	4	19	1.10
2026268--2026313	13	3.5	13	90	3	65	73	2	4	19	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026342--2026372	11	2.8	11	95	0	53	80	0	3	16	0.83
2027057--2027107	12	4.2	12	75	12	50	66	0	1	31	1.03
2027142--2027198	3	18.7	3	96	3	105	68	0	0	31	0.90
2028933--2029121	84	2.3	83	83	1	252	24	19	22	33	1.97
2029190--2029425	120	2.0	121	92	0	393	23	14	27	35	1.93
2029428--2029594	64	2.6	64	97	0	307	28	13	21	37	1.91
2030905--2030963	26	2.3	25	82	11	66	3	18	3	74	1.10
2030893--2030979	41	2.1	41	82	0	102	3	16	3	77	1.05
2034051--2034199	23	6.5	24	70	21	72	73	1	4	21	1.08
2034063--2034195	4	31.8	4	74	17	78	73	1	3	21	1.05
2034046--2034233	48	3.6	50	70	24	136	71	1	6	20	1.15
2034063--2034198	52	2.7	49	77	16	143	73	1	2	22	1.05
2034049--2034281	9	24.9	9	72	17	77	71	1	7	18	1.18
2034286--2034337	21	2.4	22	87	9	72	73	3	1	21	1.10
2034612--2034848	20	11.6	20	72	13	146	36	24	15	23	1.94
2034612--2034930	21	15.6	21	76	11	184	39	21	15	23	1.92
2034714--2034827	61	1.9	61	85	12	164	38	22	15	22	1.92
2034612--2034826	81	2.6	83	72	14	205	35	25	14	23	1.94
2034759--2034930	41	4.2	42	83	5	174	42	17	17	22	1.89
2035283--2035329	20	2.3	20	88	3	67	17	17	19	46	1.84
2035292--2035389	20	4.9	20	89	0	79	20	18	15	45	1.85
2035293--2035402	40	2.7	40	85	1	130	20	19	14	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035585--2035813	3	75.7	3	71	19	115	66	1	3	28	1.16
2035594--2035769	20	8.7	20	69	21	68	67	1	3	27	1.17
2038089--2038164	7	10.9	7	100	0	152	42	28	14	14	1.85
2044904--2044950	4	12.0	4	78	13	53	25	25	21	27	1.99
2044908--2044950	18	2.5	17	88	3	59	25	25	20	27	1.99
2047363--2047397	11	3.1	11	84	8	52	62	0	2	34	1.10
2047364--2047401	12	3.2	12	82	17	53	60	0	5	34	1.19
2047541--2047570	16	1.9	16	93	6	53	66	0	16	16	1.25
2050243--2050293	18	2.8	18	96	0	93	27	13	33	25	1.94
2050939--2050975	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2055554--2055648	40	2.4	40	90	0	145	25	3	14	56	1.53
2060789--2060830	19	2.2	19	83	8	50	33	2	16	47	1.60
2073002--2073046	22	2.0	22	91	0	72	17	20	24	37	1.93
2074466--2074508	19	2.2	20	88	8	63	44	16	0	39	1.48
2085256--2085297	10	4.3	10	81	3	50	38	11	16	33	1.86
2094357--2094402	22	2.1	22	100	0	92	36	13	15	34	1.86
2095195--2095364	87	1.9	90	83	7	220	37	16	22	23	1.93
2098668--2098738	34	2.1	33	86	2	97	32	14	29	23	1.94
2100227--2100267	20	2.0	21	85	4	57	29	12	29	29	1.93
2105096--2105130	18	1.9	18	94	0	61	28	34	17	20	1.95
2111143--2111198	21	2.7	21	88	0	85	35	32	16	16	1.90
2112977--2113072	21	4.6	21	70	0	66	23	15	20	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2113078--2113122	21	2.1	21	83	0	54	22	13	28	35	1.92
2113962--2113997	18	2.0	18	100	0	72	27	11	33	27	1.91
2120014--2120062	23	2.1	23	85	7	64	40	38	0	20	1.53
2126731--2126789	20	3.0	20	89	0	91	45	15	5	33	1.68
2135318--2135432	32	3.6	32	74	13	87	33	14	15	35	1.89
2143444--2143487	18	2.4	18	81	7	54	0	34	6	59	1.24
2144812--2144868	21	2.7	21	94	0	96	22	24	22	29	1.99
2146427--2146460	11	3.2	10	88	12	50	11	8	2	76	1.12
2146802--2146839	7	5.6	7	87	12	53	89	10	0	0	0.49
2146799--2146839	16	2.6	16	92	7	66	87	12	0	0	0.53
2146799--2146832	9	4.0	9	85	14	54	88	11	0	0	0.52
2155871--2155910	20	2.0	20	85	0	53	32	5	20	42	1.73
2156382--2156423	18	2.3	18	95	0	75	35	23	23	16	1.95
2158958--2159010	16	3.4	17	77	12	51	35	0	1	62	1.06
2161997--2162051	27	2.0	27	96	0	101	20	7	16	56	1.63
2162854--2163360	173	3.0	171	83	2	599	35	20	15	28	1.94
2164441--2164488	24	2.0	23	84	11	62	33	2	8	56	1.41
2167731--2167778	16	3.0	16	76	11	53	41	25	8	25	1.83
2170770--2170831	31	2.0	31	81	6	72	20	6	8	64	1.43
2182141--2182209	25	2.6	28	80	15	85	42	4	0	53	1.20
2182148--2182216	25	2.6	28	78	15	67	40	2	0	56	1.14
2195567--2195629	25	2.5	25	94	2	108	22	23	46	7	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201827--2201855	12	2.4	12	100	0	58	27	48	17	6	1.72
2205102--2205335	109	2.2	108	94	2	407	34	7	20	37	1.81
2211380--2211428	21	2.3	22	86	10	66	42	2	2	53	1.24
2213472--2213624	63	2.3	67	79	10	174	41	3	9	45	1.54
2218822--2218853	16	1.9	17	93	6	57	50	12	25	12	1.75
2219182--2219234	24	2.2	25	83	6	65	81	7	0	11	0.88
2219182--2219239	23	2.5	24	80	8	66	81	6	0	12	0.88
2221237--2222043	39	20.6	39	88	2	1159	35	14	16	32	1.90
2221237--2222043	79	10.3	78	88	1	1159	35	14	16	32	1.90
2221372--2221436	22	3.2	22	62	28	52	30	12	20	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23