genome.fa.s8736.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008736.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111810_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2478687

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1941--1993	24	2.3	23	84	12	65	41	28	15	15	1.87
5634--5690	27	2.2	26	87	3	78	50	14	12	22	1.75
6573--6633	16	3.9	16	77	18	65	50	3	0	45	1.17
6769--6821	25	2.1	26	82	3	63	43	0	3	52	1.19
9431--9503	31	2.4	31	83	4	85	53	1	6	38	1.36
9783--9822	21	2.0	20	85	5	53	70	0	0	30	0.88
9990--10065	33	2.3	33	100	0	152	15	25	21	38	1.92
14428--14480	23	2.3	24	90	6	83	16	15	16	50	1.78
19436--19540	40	2.7	39	75	10	99	73	0	8	17	1.13
19452--19521	13	5.3	13	71	20	56	72	1	11	14	1.18
19436--19588	27	5.8	26	70	20	79	71	1	9	16	1.19
19511--19552	16	2.7	16	88	3	59	78	0	2	19	0.86
19547--19597	14	3.5	15	81	7	52	72	1	11	13	1.20
20080--20130	19	2.7	18	79	11	50	74	1	7	15	1.13
20257--20296	3	13.3	3	89	10	64	67	0	0	32	0.91
20262--20388	38	3.4	38	73	16	99	70	1	3	24	1.13
21035--21306	150	1.8	150	95	0	499	38	16	13	31	1.87
22327--22618	116	2.5	119	87	3	403	25	15	25	33	1.95
33603--33654	13	3.8	13	75	12	50	69	0	11	19	1.18
33603--33653	14	3.6	14	76	10	50	68	0	11	19	1.20
34087--34112	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
34352--34426	3	26.0	3	70	17	52	66	1	2	29	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34352--34408	14	4.1	14	76	13	64	64	0	3	31	1.10
34452--34508	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
45179--45260	33	2.6	32	88	9	116	52	1	6	40	1.34
54025--54063	20	2.0	20	89	0	60	33	20	10	35	1.86
56430--56511	33	2.4	34	92	6	132	51	0	8	40	1.33
57203--57254	23	2.3	22	75	15	52	34	3	0	61	1.14
57265--57297	16	2.1	16	94	0	57	57	3	0	39	1.14
59124--59160	11	3.5	11	88	3	58	59	21	0	18	1.38
59903--60054	45	3.4	45	77	1	171	30	10	17	40	1.84
61388--61439	26	2.0	26	100	0	104	50	7	15	26	1.71
65224--65389	73	2.3	73	86	2	226	25	19	24	30	1.98
65706--65741	13	2.8	13	84	16	56	41	8	8	41	1.65
67276--67310	12	2.9	12	86	0	52	20	2	42	34	1.66
67548--67596	24	2.1	24	84	3	64	71	6	0	22	1.08
67979--68101	21	5.8	21	74	16	103	30	17	28	23	1.97
70043--70164	63	1.9	63	80	6	140	26	28	27	18	1.98
71042--71084	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
71114--71169	10	5.7	10	80	16	64	26	26	28	17	1.98
71090--71188	19	5.2	19	76	13	80	28	29	26	16	1.97
71106--71209	29	3.6	29	90	5	165	28	27	25	17	1.97
77328--77404	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
77281--77404	63	2.0	63	82	6	153	26	29	27	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78273--78345	7	10.4	7	96	0	128	30	28	26	15	1.96
78335--78377	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
78374--78472	9	10.3	9	75	10	81	30	28	26	15	1.96
78380--78473	19	4.8	19	77	13	86	30	28	24	15	1.96
78399--78473	29	2.5	31	87	8	120	30	28	25	16	1.96
79760--79800	18	2.3	18	91	0	64	12	19	12	56	1.67
81485--81650	73	2.3	75	88	3	239	25	21	25	28	1.99
83674--83715	21	2.1	19	86	8	57	73	9	0	16	1.08
84184--84242	21	2.9	21	87	2	84	33	16	27	22	1.95
89160--89280	54	2.2	54	85	2	163	24	20	21	33	1.97
92824--92918	25	3.8	25	77	13	97	55	0	5	38	1.22
92824--92924	52	2.0	50	84	9	132	55	0	5	38	1.24
93061--93118	27	2.1	27	83	0	71	56	1	5	36	1.32
93106--93164	26	2.3	27	85	8	79	54	0	3	42	1.17
110831--110868	20	1.9	19	89	5	58	55	2	0	42	1.14
110937--110967	12	2.6	12	94	0	53	51	3	0	45	1.17
111901--111938	16	2.5	15	87	8	58	0	23	21	55	1.44
112385--112424	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
113190--113234	20	2.2	20	92	0	72	40	20	17	22	1.92
113190--113246	20	2.8	20	86	0	69	35	19	21	24	1.96
113312--113365	20	2.7	20	82	0	63	25	22	24	27	2.00
119903--119940	20	1.9	19	94	5	67	57	2	0	39	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120770--120807	18	2.2	17	90	4	58	0	23	21	55	1.44
121241--121292	10	5.3	11	84	15	62	53	0	0	46	1.00
121236--121297	14	4.5	13	77	20	56	53	1	0	45	1.10
121258--121292	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
123952--124012	22	2.8	21	82	5	59	49	0	3	47	1.18
124139--124180	17	2.3	19	92	8	70	45	2	2	50	1.27
124154--124213	24	2.5	25	79	17	74	55	0	1	43	1.10
133017--133086	29	2.4	29	97	0	131	35	11	17	35	1.85
135196--135256	24	2.3	26	83	10	72	77	8	1	13	1.07
135196--135265	26	2.8	25	81	12	72	77	7	1	14	1.05
135231--135274	21	2.1	21	87	8	63	72	6	0	20	1.07
136889--136961	3	25.7	3	78	13	75	67	0	0	32	0.91
137167--137271	36	2.9	35	74	2	111	43	12	17	26	1.84
137249--137434	39	4.8	40	85	4	218	37	15	15	31	1.89
137176--137428	78	3.3	77	83	7	259	39	13	16	29	1.87
139972--140250	149	1.9	149	81	3	346	21	25	17	35	1.95
143019--143086	28	2.4	28	95	0	118	36	11	17	33	1.86
148722--148793	28	2.6	28	88	0	108	41	5	15	37	1.70
148712--148807	28	3.4	28	81	4	95	36	7	17	38	1.78
148990--149034	21	2.1	21	87	0	63	24	17	22	35	1.95
151494--151536	17	2.5	17	84	0	50	37	13	16	32	1.88
155900--155956	28	2.0	28	100	0	114	40	10	7	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159602--159639	18	2.1	18	90	0	58	34	21	2	42	1.67
163409--163443	17	2.1	17	88	0	52	20	2	5	71	1.19
166607--166664	19	3.1	19	82	0	71	29	20	5	44	1.73
170951--171016	29	2.3	29	100	0	132	22	30	12	34	1.91
174996--175040	21	2.1	21	83	0	54	33	28	22	15	1.95
176376--176503	31	4.1	31	78	13	129	28	17	19	33	1.95
176462--176558	30	3.2	30	86	1	104	24	19	22	32	1.97
176490--176561	30	2.4	30	90	0	108	26	19	22	31	1.97
178304--178348	21	2.1	21	83	0	54	33	28	22	15	1.95
179680--179807	31	4.1	31	78	13	129	28	17	19	33	1.95
179766--179862	30	3.2	30	86	1	104	24	19	22	32	1.97
179794--179865	30	2.4	30	90	0	108	26	19	22	31	1.97
183148--183192	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
184525--184652	31	4.1	31	78	13	129	28	17	19	33	1.95
184611--184707	30	3.2	30	88	1	113	24	20	22	31	1.98
184639--184710	30	2.4	30	92	0	117	26	20	22	30	1.98
189098--189159	24	2.8	21	70	13	52	29	17	24	29	1.97
189064--189159	45	2.2	44	83	9	115	28	19	25	27	1.99
192859--192899	22	1.9	22	85	5	57	34	9	2	53	1.47
192955--192994	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
195037--195087	18	2.8	18	93	0	84	25	21	27	25	1.99
194928--195069	64	2.2	64	90	5	216	29	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195057--195096	18	2.3	18	86	4	55	32	20	22	25	1.98
196124--196190	34	2.0	34	87	0	98	31	16	28	23	1.96
197002--197047	17	2.7	17	93	0	74	34	19	8	36	1.83
197171--197246	34	2.2	33	93	4	125	36	9	3	50	1.53
217747--217814	24	2.8	24	93	0	118	25	10	35	29	1.89
217776--217877	45	2.3	43	86	5	143	25	10	35	28	1.90
222007--222056	14	3.6	14	88	0	73	12	12	16	60	1.60
223263--223355	21	4.5	21	75	4	91	39	17	24	18	1.91
223260--223355	41	2.3	41	96	1	174	40	16	23	18	1.91
223282--223416	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13