genome.fa.s8736.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008736.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111810_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2478687

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223344--223458	20	5.7	20	80	6	97	32	24	18	25	1.97
223341--223472	41	3.2	41	77	6	133	35	23	16	24	1.95
223646--223689	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
223953--223990	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
224127--224181	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
225311--225355	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
225842--225897	20	2.8	21	76	13	64	39	19	23	17	1.92
225886--225943	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
225870--225960	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
225870--225965	19	5.6	18	69	25	75	45	22	19	11	1.82
225972--226096	18	6.9	18	78	13	123	12	21	22	44	1.85
225972--226113	20	7.7	19	79	9	118	12	20	23	43	1.86
227962--227997	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
228114--228200	19	4.8	19	86	10	130	47	16	22	13	1.82
228219--228276	20	2.9	20	97	0	107	15	22	24	37	1.93
229333--229386	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
231877--231935	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
232062--232098	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
233289--233344	27	2.1	27	96	0	103	26	21	23	28	1.99
233482--233548	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
235634--235732	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
235609--235793	19	10.1	19	75	14	165	43	21	22	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235704--235793	39	2.3	38	92	1	144	46	21	20	12	1.82
236386--236438	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
236447--236500	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
236387--236503	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
236387--236521	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
237840--237906	23	2.9	23	82	8	82	26	10	46	16	1.79
238431--238755	73	4.5	73	93	0	535	42	11	15	31	1.82
238998--239315	177	1.8	176	90	2	521	29	19	17	33	1.95
239397--239716	174	1.8	176	91	2	536	28	20	19	31	1.97
238854--239939	399	2.7	398	92	1	1804	30	20	18	30	1.96
240388--240415	13	2.2	13	100	0	56	35	17	14	32	1.90
240998--241130	54	2.4	54	86	3	169	30	23	11	34	1.90
242966--242999	13	2.6	13	100	0	68	17	50	14	17	1.79
242983--243017	18	1.9	18	88	0	52	17	42	20	20	1.89
242966--243025	13	4.2	13	78	19	57	16	45	18	20	1.86
247343--247413	6	11.8	6	78	15	76	2	15	1	80	0.90
247343--247413	13	5.3	13	74	22	67	2	15	1	80	0.90
247343--247413	17	3.9	18	75	17	76	2	15	1	80	0.90
247356--247404	23	2.1	23	85	7	64	4	18	2	75	1.06
247345--247411	30	2.3	29	86	2	89	2	16	1	79	0.94
247827--247887	8	7.5	8	73	10	52	1	21	0	77	0.86
247834--247893	19	3.3	18	78	19	54	1	21	0	76	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247847--247898	26	2.0	26	85	7	70	3	23	0	73	1.00
254602--254653	20	2.4	21	90	9	79	13	7	17	61	1.54
254602--254697	23	4.3	23	80	10	92	13	9	15	61	1.56
254602--254660	10	5.6	10	78	11	64	13	6	16	62	1.51
255697--255726	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
260132--260190	30	1.9	31	86	6	84	33	10	20	35	1.86
260269--260339	21	3.2	22	80	9	65	19	26	19	33	1.96
260300--260352	22	2.5	21	84	9	63	13	26	28	32	1.93
264266--264339	27	2.7	27	87	6	96	35	18	20	25	1.96
267177--267453	55	5.1	54	77	13	171	31	22	16	29	1.96
267207--267456	111	2.3	105	81	9	281	30	23	16	29	1.96
267207--267462	55	4.8	51	79	13	239	30	23	16	30	1.96
268834--268869	7	5.1	7	93	0	63	13	11	0	75	1.06
268822--268869	21	2.3	21	89	10	73	12	10	0	77	1.00
268901--268930	13	2.4	12	94	5	51	6	16	0	76	0.99
298362--299315	149	6.7	146	83	8	988	20	34	20	23	1.97
298523--299349	137	5.9	137	84	6	881	20	34	21	23	1.97
298373--299349	286	3.4	283	82	7	1122	20	34	20	23	1.96
300960--301141	92	2.0	92	95	0	328	29	15	13	41	1.86
302376--302424	14	3.5	14	77	0	53	51	16	20	12	1.76
312374--312432	31	1.9	30	82	3	73	42	0	5	52	1.23
312726--312779	3	18.0	3	100	0	108	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314361--314394	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
314418--314466	20	2.5	20	80	6	55	55	4	2	38	1.31
314664--315011	156	2.2	156	85	4	450	48	4	18	28	1.68
314649--315011	158	2.3	158	83	4	459	47	4	18	29	1.68
316694--316725	14	2.3	14	100	0	64	6	15	28	50	1.68
316695--316743	24	2.0	24	84	0	62	12	12	22	53	1.71
317763--317803	16	2.6	16	96	0	73	9	12	19	58	1.61
319029--319083	24	2.3	23	81	12	67	40	3	0	56	1.17
322942--322993	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
322982--323089	20	5.3	20	82	6	110	32	25	17	25	1.97
323044--323096	20	2.7	20	90	0	79	24	26	20	28	1.99
323614--323680	19	3.5	20	79	6	75	49	23	16	10	1.77
323606--323680	39	2.0	38	82	10	91	48	22	18	10	1.79
323676--323821	19	8.1	19	72	17	114	12	24	20	42	1.86
323709--323796	33	2.6	33	96	1	158	11	27	22	38	1.88
325676--325764	30	3.3	30	62	28	81	17	5	17	58	1.58
325669--325770	50	2.0	50	100	0	204	15	6	17	59	1.57
326016--326085	21	3.3	21	66	7	61	22	37	20	20	1.95
325964--326082	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
327430--327465	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
327590--327646	14	3.7	14	72	20	51	43	21	24	10	1.83
327572--327661	33	2.7	33	92	0	144	43	20	22	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327572--327632	19	3.5	19	70	21	60	44	19	22	13	1.85
327657--327807	19	8.7	19	64	21	80	14	21	20	43	1.88
327661--327787	33	3.9	32	86	8	184	14	22	19	44	1.86
327654--327786	66	2.0	66	95	0	239	15	21	19	42	1.88
330013--330037	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
331003--331075	20	3.7	20	94	0	119	23	20	27	28	1.99
331065--331116	20	2.5	21	84	3	70	19	23	19	38	1.93
333299--333339	21	1.9	22	85	14	59	36	14	17	31	1.90
333727--334029	49	6.2	49	86	4	355	34	13	21	30	1.92
333727--334029	146	2.1	146	86	5	416	34	13	21	30	1.92
334675--334731	12	5.3	11	76	15	57	49	0	0	50	1.00
334681--334721	20	2.0	22	85	9	59	51	0	0	48	1.00
334686--334730	2	24.5	2	78	17	53	51	0	0	48	1.00
335825--335970	4	38.0	4	73	14	96	24	4	0	70	1.06
336211--336241	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
336371--336402	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
340317--340519	99	2.1	98	86	5	284	32	15	19	32	1.93
342172--342333	65	2.6	62	81	6	177	38	20	14	25	1.91
342469--342820	85	4.1	85	82	4	431	34	20	19	25	1.96
343424--343490	12	6.3	11	80	13	70	49	0	0	50	1.00
343435--343489	2	29.5	2	82	14	73	50	0	0	49	1.00
344579--344704	4	33.5	4	73	13	74	25	5	0	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344615--344763	30	4.7	33	70	20	104	26	4	0	68	1.14
344573--344696	26	4.6	26	75	19	112	26	5	0	67	1.12
344586--344705	43	2.7	45	80	12	115	25	5	0	69	1.09
345010--345036	13	2.1	13	100	0	54	14	0	7	77	0.97
346098--346211	30	3.6	31	81	9	133	28	14	28	28	1.95
346101--346229	64	2.0	64	89	3	197	28	13	28	28	1.95
354541--354616	31	2.5	31	88	0	116	28	7	13	50	1.69
355280--355319	20	2.0	21	85	5	55	67	0	7	25	1.16
358267--358312	24	1.9	24	81	0	56	30	19	28	21	1.98
358308--358387	23	3.5	23	85	0	115	35	23	23	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13