genome.fa.s8736.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008736.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111810_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2478687

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181180--2181276	47	2.1	47	81	11	110	16	14	8	60	1.57
2183514--2183577	24	2.7	24	77	0	65	50	15	9	25	1.74
2184273--2184340	29	2.3	30	82	9	88	42	22	5	29	1.77
2184370--2184434	13	5.3	13	78	17	61	12	23	47	16	1.80
2184376--2184435	18	3.4	18	95	4	113	10	23	50	16	1.75
2184438--2184492	9	5.7	9	81	14	65	32	30	21	14	1.93
2184438--2184493	19	2.8	20	87	10	80	32	30	21	16	1.95
2190735--2190798	24	2.7	24	77	0	65	50	15	9	25	1.74
2191481--2191554	29	2.5	28	83	12	87	40	24	5	29	1.77
2191584--2191648	13	5.3	13	78	17	61	12	23	47	16	1.80
2191590--2191649	18	3.4	18	95	4	113	10	23	50	16	1.75
2191652--2191695	10	4.7	9	80	8	52	34	31	20	13	1.92
2191652--2191696	19	2.4	19	88	0	63	33	31	20	15	1.93
2197772--2197839	21	3.2	21	76	0	73	23	17	17	41	1.90
2198837--2198876	20	2.0	20	85	0	53	27	27	20	25	1.99
2198926--2198977	20	2.7	20	84	3	70	38	17	7	36	1.78
2199194--2199235	21	2.0	21	95	0	75	45	7	14	33	1.72
2199189--2199245	21	3.0	18	81	18	71	49	7	12	31	1.67
2199737--2199790	18	2.9	19	89	10	85	40	7	18	33	1.78
2202917--2202952	18	2.0	18	100	0	72	27	22	22	27	1.99
2209071--2209112	6	7.0	6	78	10	50	14	0	2	83	0.75
2209052--2209112	23	2.6	23	84	2	68	16	3	3	77	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209072--2209113	13	3.3	13	86	3	59	11	0	2	85	0.68
2214423--2214485	33	1.9	33	100	0	126	44	20	9	25	1.82
2219387--2219437	22	2.3	23	89	3	77	35	7	19	37	1.81
2225142--2225192	22	2.3	23	82	3	59	39	5	19	35	1.76
2228493--2228571	17	4.4	18	75	20	76	40	0	0	59	0.97
2228512--2228594	26	3.3	27	78	14	88	44	0	1	54	1.08
2228498--2228652	63	2.5	64	91	5	246	41	0	1	56	1.15
2228558--2228655	21	4.6	21	67	20	60	40	1	3	55	1.22
2229162--2229221	31	1.9	31	83	6	77	43	6	5	45	1.52
2230203--2230531	165	2.0	163	94	4	583	29	13	18	38	1.89
2230622--2230685	21	3.0	21	93	0	101	50	25	4	20	1.67
2234010--2234265	41	6.3	41	78	3	230	38	14	17	29	1.90
2234033--2234265	123	1.9	122	83	2	306	38	15	17	28	1.90
2234010--2234271	82	3.2	82	78	4	280	37	14	17	30	1.90
2247707--2248413	111	6.4	112	92	1	1032	34	19	9	36	1.84
2247707--2248413	56	12.7	56	89	1	1048	34	19	9	36	1.84
2248760--2248821	19	3.0	21	73	21	67	29	25	12	32	1.93
2248748--2248819	19	3.6	19	74	18	56	30	26	12	30	1.93
2249479--2249512	8	4.2	8	96	0	59	2	47	0	50	1.16
2263490--2263535	6	7.7	6	80	9	58	78	0	15	6	0.95
2263493--2263566	23	3.0	23	81	13	78	72	0	17	9	1.09
2263490--2263553	17	3.5	17	81	16	67	73	0	17	9	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263546--2263587	22	1.9	22	85	0	57	71	0	19	9	1.13
2263615--2263689	39	1.9	39	97	0	141	36	16	4	44	1.66
2265916--2266003	6	14.7	6	98	0	158	50	0	13	36	1.42
2268614--2268653	21	1.9	21	85	10	55	17	30	30	22	1.97
2271931--2271989	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
2272001--2272071	20	3.5	20	92	0	115	23	28	21	26	1.99
2272672--2272743	20	3.7	20	79	1	74	13	13	23	48	1.79
2274471--2274520	18	2.8	18	96	0	91	32	18	6	44	1.74
2274673--2274734	20	3.1	20	92	0	97	38	22	19	19	1.93
2274673--2274741	20	3.5	20	89	0	93	39	20	20	20	1.93
2274765--2274811	18	2.5	19	89	6	69	19	19	27	34	1.96
2275295--2275381	21	4.1	21	74	0	75	22	36	17	22	1.94
2275303--2275385	42	2.0	42	83	4	105	22	38	18	20	1.93
2275721--2275753	12	2.8	12	100	0	66	18	15	0	66	1.25
2276784--2276845	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
2276944--2276997	20	2.7	20	82	0	63	46	25	16	11	1.80
2277042--2277270	20	11.8	20	78	7	229	27	19	20	33	1.96
2277000--2277218	94	2.3	94	87	0	312	26	20	19	33	1.96
2277060--2277199	74	1.9	74	88	2	210	25	20	20	33	1.97
2277241--2277510	140	1.9	140	97	0	513	42	15	13	28	1.85
2280042--2280140	42	2.3	42	82	1	117	29	22	5	43	1.74
2280073--2280175	42	2.5	40	80	10	100	29	20	5	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280208--2280454	119	2.1	119	96	0	449	27	14	14	42	1.86
2282183--2282211	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2283469--2283539	6	11.8	6	98	0	124	50	0	12	36	1.41
2289417--2289592	20	8.6	20	75	8	131	24	25	21	29	1.99
2289502--2289594	40	2.3	40	88	0	150	22	25	22	29	1.99
2289767--2289807	22	1.9	21	90	5	64	29	31	17	21	1.96
2290196--2290245	20	2.5	20	87	6	66	10	16	26	48	1.77
2290216--2290259	20	2.2	20	83	0	52	11	11	22	54	1.68
2291988--2292037	18	2.8	18	100	0	100	32	20	6	42	1.76
2292190--2292258	20	3.5	20	87	0	102	39	21	20	18	1.93
2292282--2292328	18	2.5	19	89	6	69	19	19	27	34	1.96
2292821--2292902	42	2.0	42	82	4	103	21	36	19	21	1.95
2293238--2293270	12	2.8	12	100	0	66	18	15	0	66	1.25
2294306--2294367	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
2294479--2294517	20	2.0	20	94	0	69	48	23	20	7	1.75
2294560--2294790	20	11.9	20	73	7	197	26	18	20	33	1.96
2294520--2294739	94	2.3	95	86	3	302	25	19	20	35	1.96
2294580--2294717	74	1.9	74	86	3	197	24	18	21	35	1.95
2294761--2295030	140	1.9	140	96	0	495	42	14	13	29	1.85
2295090--2295125	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2298174--2298238	20	3.2	20	88	0	94	24	21	27	26	1.99
2298225--2298298	20	3.7	20	85	5	105	27	20	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298215--2298305	40	2.3	40	81	11	123	26	18	15	39	1.90
2298339--2298403	20	3.2	20	70	20	55	23	18	32	26	1.97
2300015--2300039	8	3.1	8	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2304918--2304955	13	2.8	14	76	8	51	71	0	15	13	1.16
2305025--2305064	16	2.5	16	95	0	71	85	2	0	12	0.71
2305033--2305064	6	5.7	6	85	14	50	87	0	0	12	0.54
2306226--2306273	16	2.9	17	84	12	64	31	0	0	68	0.90
2309324--2309364	19	2.3	18	84	12	50	26	24	12	36	1.91
2309332--2309372	19	2.2	19	95	4	75	26	24	9	39	1.86
2311836--2311898	20	3.2	20	75	16	60	36	22	15	25	1.94
2311958--2312007	20	2.5	20	96	0	91	32	16	20	32	1.94
2311958--2312023	20	3.3	20	89	4	71	33	15	21	30	1.94
2313370--2313403	17	2.0	17	88	0	50	58	14	0	26	1.36
2313370--2313403	18	1.9	17	88	5	50	58	14	0	26	1.36
2318176--2318202	13	2.1	13	100	0	54	22	7	14	55	1.64
2319267--2319356	23	3.9	23	74	8	83	57	13	13	15	1.65
2319532--2319625	14	7.6	13	68	26	62	61	14	9	13	1.56
2319542--2319616	34	2.2	34	85	4	107	61	16	9	13	1.56
2319532--2319666	24	5.7	24	80	3	157	56	18	10	14	1.66
2328614--2328657	14	3.0	15	90	6	72	29	0	0	70	0.88
2331132--2331168	18	2.1	18	94	0	65	35	0	21	43	1.53
2339422--2339590	84	2.0	84	97	0	320	24	24	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340691--2340815	64	2.0	64	93	0	214	36	21	11	31	1.89
2341026--2341149	43	2.9	43	78	7	135	30	30	18	20	1.96
2341368--2341483	43	2.7	43	81	1	126	27	28	21	22	1.99
2341557--2342076	165	3.2	159	80	6	504	32	22	19	25	1.98
2341564--2342101	84	6.5	83	78	5	466	32	22	19	25	1.97
2342792--2342821	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2345797--2345856	29	2.1	28	82	11	70	60	8	8	23	1.53
2347764--2348034	117	2.3	117	86	4	352	25	21	14	39	1.91
2348082--2348139	16	3.4	16	70	21	55	20	20	8	50	1.75
2349502--2349752	52	4.9	51	86	2	306	24	21	16	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13