genome.fa.s8736.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008736.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111810_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2478687

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  8  of  13  ( 1494 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1306418--1306461	17	2.6	17	92	7	72	22	20	20	36	1.95
1307573--1307612	20	2.0	21	90	5	64	27	20	20	32	1.97
1313695--1314423	368	2.0	361	84	5	948	35	19	16	28	1.93
1314540--1314583	22	2.0	21	87	12	63	25	0	15	59	1.37
1316276--1316306	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1319514--1319686	90	1.9	90	92	2	294	45	6	10	37	1.65
1333396--1333442	23	2.0	23	83	8	58	70	2	2	25	1.10
1333962--1334013	21	2.5	22	78	9	63	50	7	0	42	1.31
1334198--1334251	26	2.1	26	85	0	72	42	16	7	33	1.76
1342010--1342034	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1347787--1348269	231	2.1	229	88	0	723	36	12	16	33	1.87
1349233--1349297	20	3.1	20	82	10	60	73	3	7	15	1.18
1349254--1349297	23	1.9	23	86	9	63	77	4	4	13	1.08
1349310--1349348	15	2.7	14	85	14	53	69	0	2	28	1.02
1350629--1350684	20	3.0	19	85	10	80	66	0	0	33	0.92
1350614--1350684	18	4.1	18	79	15	78	69	0	0	30	0.89
1350625--1350689	20	3.2	20	82	8	78	67	0	0	32	0.91
1350685--1350801	38	2.8	39	74	18	112	47	7	1	43	1.42
1350777--1350834	23	2.4	23	88	5	80	46	8	0	44	1.34
1350757--1350873	61	1.9	62	85	7	166	47	9	0	42	1.35
1350801--1350941	37	3.8	37	89	2	212	43	9	2	44	1.49
1350801--1350941	74	1.9	74	92	2	239	43	9	2	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1351695--1352129	85	5.1	85	85	2	552	27	17	19	35	1.94
1351693--1352123	169	2.5	169	87	1	585	28	16	19	35	1.94
1358087--1358128	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1358397--1358455	18	3.2	18	85	2	82	23	18	30	27	1.98
1360260--1360292	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1364699--1364732	6	5.5	6	86	6	50	76	0	5	17	0.98
1371426--1371487	4	15.5	4	75	18	58	75	0	0	24	0.80
1371425--1371500	29	2.6	30	85	6	102	73	0	0	26	0.83
1371426--1371487	9	6.7	9	81	18	74	75	0	0	24	0.80
1371430--1371499	25	2.9	25	72	6	72	72	0	0	27	0.84
1371425--1371500	30	2.6	29	83	10	93	73	0	0	26	0.83
1371498--1371756	38	6.9	36	81	8	252	45	8	1	44	1.42
1371564--1371663	13	8.1	13	66	22	54	48	8	0	44	1.32
1371545--1371754	73	2.8	73	83	8	257	45	9	0	44	1.40
1371702--1371799	46	2.2	44	82	8	117	42	6	1	50	1.34
1371702--1371798	48	2.1	44	81	11	106	43	6	1	49	1.34
1377506--1377552	13	3.6	13	91	0	76	31	40	8	19	1.81
1382137--1382254	21	5.3	21	67	20	78	22	21	21	34	1.97
1382881--1382914	15	2.3	15	89	0	50	0	23	44	32	1.54
1382889--1382929	5	7.5	6	86	13	54	0	17	51	31	1.46
1383018--1383084	19	3.3	19	73	15	71	32	20	20	25	1.97
1383026--1383097	21	3.4	21	74	14	85	37	22	19	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1383022--1383167	42	3.3	42	76	20	161	34	21	21	23	1.97
1383090--1383129	21	1.9	21	89	0	62	27	22	27	22	1.99
1383140--1383194	21	2.6	21	91	0	83	30	25	21	21	1.98
1383047--1383344	113	2.6	112	87	6	415	29	21	22	25	1.99
1383239--1383300	21	2.9	21	85	4	61	32	24	20	22	1.98
1383253--1383306	21	2.6	21	90	0	81	27	27	22	22	1.99
1383315--1383374	30	2.0	30	100	0	120	16	23	26	33	1.96
1383344--1383398	21	2.6	21	94	0	92	18	21	30	29	1.97
1386020--1386056	16	2.3	16	90	9	58	37	0	0	62	0.96
1391183--1391235	23	2.3	23	96	0	97	45	20	15	18	1.85
1394074--1394102	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1395422--1395484	28	2.2	29	78	13	69	53	6	0	39	1.26
1396850--1396895	12	3.9	12	88	2	58	45	8	15	30	1.76
1396850--1396895	23	2.0	23	86	4	65	45	8	15	30	1.76
1397931--1397992	28	2.3	26	81	13	72	8	22	4	64	1.40
1404196--1404237	16	2.6	16	92	0	75	40	7	28	23	1.81
1408939--1408974	16	2.2	16	95	0	63	38	5	27	27	1.79
1408926--1408973	25	1.9	25	84	16	64	43	4	25	27	1.72
1418268--1418334	3	22.3	3	85	11	93	35	1	0	62	1.04
1420157--1420202	23	2.0	23	100	0	92	39	8	13	39	1.75
1420161--1420211	23	2.4	21	87	12	70	39	9	9	41	1.71
1423130--1423181	22	2.5	20	82	11	68	21	0	1	76	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423130--1423171	11	4.0	11	93	6	70	23	0	0	76	0.79
1423140--1423186	11	4.2	11	91	2	58	27	0	2	70	0.99
1423314--1423378	18	3.8	18	66	12	55	18	4	4	72	1.20
1424689--1424718	16	1.9	15	93	6	51	6	23	3	66	1.30
1425253--1425318	33	2.0	33	96	0	123	25	15	10	48	1.77
1434812--1434885	18	3.9	18	75	13	69	21	21	31	25	1.98
1434809--1434886	39	2.0	39	90	5	122	23	21	29	25	1.99
1435110--1435170	18	3.4	18	79	0	77	40	3	22	32	1.70
1435111--1435191	36	2.2	36	87	8	112	37	3	23	35	1.73
1440701--1440731	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1441545--1441588	17	2.5	18	79	17	56	63	0	13	22	1.29
1442695--1443061	131	2.8	132	82	2	436	38	15	11	34	1.84
1443361--1443400	20	2.0	20	95	0	71	35	7	17	40	1.78
1444567--1444662	35	2.7	35	86	0	138	31	0	27	41	1.56
1446041--1446073	11	3.3	10	88	12	50	15	0	9	75	1.03
1446577--1447690	269	4.1	268	83	2	1304	28	14	22	34	1.93
1446576--1447690	403	2.8	404	86	3	1478	28	14	22	33	1.93
1446577--1447690	134	8.3	134	85	1	1282	28	14	22	34	1.93
1451132--1451169	17	2.2	17	90	0	58	15	23	42	18	1.89
1451169--1451220	9	5.4	9	84	13	59	26	30	26	15	1.96
1451176--1451221	9	4.7	10	82	15	60	28	30	23	17	1.97
1451169--1451221	20	2.7	19	91	2	79	26	30	26	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458338--1458374	7	5.4	7	90	6	58	24	18	29	27	1.98
1458342--1458368	13	2.1	13	100	0	54	25	14	29	29	1.95
1458394--1458467	10	7.4	10	82	15	82	31	29	27	12	1.92
1458394--1458467	20	3.7	20	91	5	114	31	29	27	12	1.92
1464105--1464165	30	2.0	30	87	0	86	27	42	3	26	1.71
1464429--1464477	22	2.2	22	100	0	98	26	4	26	42	1.73
1471385--1471439	22	2.4	23	90	3	85	16	47	1	34	1.57
1472746--1472798	23	2.3	23	90	0	79	33	1	47	16	1.58
1477129--1477184	23	2.4	23	93	0	94	19	46	0	33	1.50
1479705--1479737	10	3.0	11	86	13	50	9	27	0	63	1.24
1481639--1481982	171	2.0	172	99	0	681	36	17	17	29	1.93
1485048--1485106	26	2.3	26	96	0	109	16	27	20	35	1.94
1485297--1485363	25	2.7	25	83	4	82	32	32	8	25	1.87
1485671--1485849	21	8.6	21	84	4	204	31	22	21	24	1.98
1485708--1485875	83	2.0	83	85	8	227	32	20	22	24	1.98
1485702--1485896	104	1.9	104	95	2	356	31	20	23	25	1.98
1485858--1486015	21	7.6	20	78	11	149	24	20	23	31	1.98
1485858--1486015	63	2.5	62	81	7	178	24	20	23	31	1.98
1485988--1486044	21	2.8	20	75	15	53	24	19	21	35	1.96
1486786--1486984	19	9.7	19	71	14	146	36	22	18	23	1.95
1486793--1486984	42	4.7	42	86	1	248	36	22	17	22	1.94
1486799--1486984	84	2.2	82	88	1	282	37	22	17	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1488737--1488762	12	2.2	12	100	0	52	23	11	7	57	1.59
1489303--1489341	20	2.0	20	94	0	69	28	17	17	35	1.94
1489352--1489459	19	5.6	19	88	7	164	31	12	23	32	1.92
1493059--1493098	22	1.9	21	85	10	55	52	10	10	27	1.66
1494546--1494624	19	4.1	19	77	18	90	34	13	18	32	1.91
1499250--1499417	90	1.9	90	88	2	257	39	14	11	33	1.83
1501869--1502028	87	1.8	87	87	0	239	33	16	20	29	1.95
1503396--1503422	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
1503421--1503513	7	12.4	7	78	10	87	7	11	0	80	0.90
1503421--1503513	21	4.1	21	77	14	96	7	11	0	80	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13