genome.fa.s8736.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008736.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111810_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2478687

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739600--739641	22	1.9	22	95	0	75	30	23	21	23	1.99
744063--744126	23	2.8	23	75	0	74	20	21	25	32	1.97
750378--750448	35	2.0	36	86	8	101	22	21	21	35	1.96
756798--757063	39	7.1	36	76	12	166	40	7	2	49	1.44
756798--757132	38	8.9	37	75	12	222	41	7	3	47	1.49
759653--760041	5	77.8	5	97	0	418	20	9	19	50	1.75
766693--766753	31	1.9	33	87	12	92	75	9	1	13	1.12
768354--768391	20	1.9	20	88	0	58	23	18	26	31	1.97
768368--768480	42	2.7	40	74	9	118	30	22	18	28	1.97
768655--768734	42	1.9	42	82	10	101	33	22	18	25	1.97
768403--768921	254	2.0	254	92	0	858	32	19	16	30	1.94
768953--769045	42	2.2	42	82	0	114	33	22	20	23	1.97
769047--769376	98	3.4	98	84	2	423	39	19	10	30	1.85
769375--769494	38	3.1	39	81	3	145	34	16	19	30	1.94
770737--770799	16	3.8	16	76	21	67	0	19	1	79	0.82
770729--770800	11	7.2	10	71	26	55	0	18	2	79	0.86
770729--770800	22	3.4	20	75	22	67	0	18	2	79	0.86
770731--770799	33	2.2	31	86	5	93	0	18	2	78	0.88
772209--772491	149	1.9	149	86	2	408	19	25	19	36	1.95
774575--774646	29	2.3	32	84	11	98	75	6	2	15	1.14
774807--774893	22	3.7	22	66	29	54	58	9	10	21	1.59
774765--774883	51	2.4	51	83	9	138	59	8	10	21	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776876--776916	19	2.1	20	90	4	66	65	19	7	7	1.41
776924--776993	23	3.2	23	76	13	76	52	14	20	12	1.73
780166--780198	17	1.9	17	88	11	50	63	0	0	36	0.95
785879--785920	21	2.0	21	100	0	84	33	23	14	28	1.94
786168--786197	12	2.5	12	88	0	51	23	0	43	33	1.54
788828--788854	6	4.5	6	100	0	54	14	33	33	18	1.92
796662--796722	26	2.3	26	91	0	95	21	9	32	36	1.86
796714--796793	34	2.4	34	89	0	115	10	26	38	25	1.87
797191--797230	21	1.9	21	84	0	53	32	17	20	30	1.95
800610--800654	22	2.0	23	86	4	65	46	4	4	44	1.43
803841--804004	54	3.0	56	82	3	188	23	29	16	30	1.96
807877--808044	56	3.0	56	85	3	214	22	32	16	29	1.96
808786--808835	17	2.9	17	96	0	91	28	32	4	36	1.76
813775--813805	12	2.6	12	100	0	62	29	45	16	9	1.79
822159--822359	41	4.9	41	87	3	282	35	15	18	29	1.93
823055--823153	41	2.3	43	76	10	105	26	13	21	39	1.90
823408--823461	18	3.0	18	80	0	72	22	42	14	20	1.88
832386--832755	43	8.7	43	82	3	325	36	24	16	22	1.94
832387--832638	85	3.0	85	89	0	360	36	25	18	20	1.95
837846--837913	22	3.0	22	95	2	118	27	27	25	19	1.98
838127--838185	30	2.0	30	93	0	100	33	23	3	38	1.72
838528--838702	67	2.6	67	85	6	210	17	27	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844737--844804	22	3.0	22	97	2	127	26	27	26	19	1.99
845018--845076	30	2.0	30	93	0	100	33	23	3	38	1.72
845416--845587	66	2.6	66	84	8	206	16	27	26	28	1.97
849583--849759	37	5.0	37	74	16	142	38	12	21	27	1.90
849650--849762	36	3.1	36	86	6	147	38	13	21	27	1.90
850259--850627	106	3.5	106	87	0	531	22	17	23	36	1.95
854577--854617	19	2.2	19	86	8	57	70	0	0	29	0.87
855980--856055	39	2.0	38	82	12	93	73	1	0	25	0.91
856677--857021	157	2.2	158	84	3	446	48	5	17	27	1.70
857778--857856	30	2.6	30	87	0	113	16	6	20	56	1.61
859813--860070	128	2.0	128	99	0	507	39	8	16	36	1.79
861619--861689	3	24.0	3	74	8	65	42	0	1	56	1.08
862968--863002	2	17.5	2	87	0	52	48	0	2	48	1.16
865744--865783	9	4.3	9	84	6	53	15	30	30	25	1.95
865743--865781	19	2.1	19	100	0	78	17	25	30	25	1.97
872307--872345	17	2.3	17	86	0	51	23	43	17	15	1.87
872454--872577	61	2.0	61	100	0	248	27	25	19	27	1.99
874790--874819	12	2.6	11	90	10	51	60	0	3	36	1.14
876419--876478	23	2.6	23	86	7	77	60	1	0	38	1.07
880127--880151	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
881997--882134	43	3.3	43	86	8	219	41	5	17	36	1.71
884504--884612	2	54.5	2	100	0	218	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885145--885245	29	3.5	29	90	0	148	17	42	24	14	1.88
885468--885526	29	2.0	29	86	0	82	10	35	32	22	1.87
885483--885556	29	2.6	29	84	0	94	14	27	39	18	1.90
885588--885636	24	2.0	24	100	0	98	16	36	34	12	1.86
892809--892841	16	2.1	16	94	0	57	24	12	15	48	1.78
892808--892846	16	2.6	15	84	11	53	25	15	12	46	1.81
894106--894138	6	5.7	6	89	3	50	33	48	18	0	1.48
894628--894661	6	5.8	6	96	3	61	0	17	52	29	1.45
895808--895846	20	2.0	20	85	10	53	35	2	2	58	1.25
899591--899982	186	2.1	186	93	1	671	42	3	8	45	1.50
903421--903488	24	2.7	26	70	20	63	50	1	1	47	1.19
905393--905466	20	3.7	20	84	10	98	39	32	8	20	1.82
905432--905491	21	2.8	22	85	9	72	43	23	6	26	1.78
905453--905504	21	2.5	21	84	3	70	44	19	9	26	1.81
905571--905611	21	2.0	21	85	0	55	43	19	12	24	1.85
905642--905758	20	5.8	20	81	13	127	26	21	10	41	1.85
905517--905760	40	6.0	41	71	13	146	31	21	11	35	1.90
905392--905712	123	2.6	123	81	1	374	35	23	11	29	1.89
905510--905760	60	4.1	62	73	9	183	30	21	11	35	1.90
906665--906718	24	2.2	24	86	0	81	20	20	20	38	1.93
911676--911710	19	1.9	18	88	11	54	57	11	5	25	1.56
918584--918645	20	3.1	20	74	4	63	41	20	14	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918764--918794	14	2.2	14	94	0	53	12	16	29	41	1.85
918780--918817	20	1.9	20	88	0	58	18	7	21	52	1.70
920922--920989	20	3.3	20	74	18	59	29	19	25	26	1.98
921070--921147	2	39.5	2	94	2	140	48	0	1	50	1.09
922787--922926	21	6.7	21	74	12	74	27	14	34	23	1.94
923213--923260	21	2.3	21	78	7	53	39	35	10	14	1.80
923269--923314	21	2.2	21	84	7	58	36	39	8	15	1.78
923328--923395	21	3.2	21	87	4	93	38	35	5	20	1.77
923495--923639	42	3.5	42	86	2	197	20	13	39	26	1.90
923495--923660	42	4.0	42	85	2	185	22	14	36	25	1.93
925162--925194	14	2.3	15	84	10	50	51	21	12	15	1.75
925173--925212	20	2.0	20	90	0	62	52	17	15	15	1.75
925234--925275	20	2.1	20	90	0	66	16	19	21	42	1.89
925616--925662	22	2.1	22	88	0	67	19	17	44	19	1.87
925797--925843	19	2.4	20	85	3	60	36	17	23	23	1.95
925908--925969	22	3.0	22	79	11	67	27	12	24	35	1.92
931279--931371	47	2.0	48	93	2	161	35	16	8	39	1.79
931782--931819	20	1.9	19	94	5	67	44	0	0	55	0.99
931782--931827	20	2.6	17	86	13	58	50	0	0	50	1.00
931807--931856	22	2.2	24	85	7	68	52	0	2	46	1.12
931863--931901	14	2.7	15	84	8	53	41	5	5	48	1.47
931907--931980	33	2.2	35	77	18	86	47	1	2	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931959--932039	43	1.9	42	89	2	126	51	1	3	43	1.27
932194--932296	37	3.0	33	75	15	95	57	1	0	40	1.10
932202--932288	28	3.1	28	74	11	81	58	2	0	39	1.11
932178--932268	31	2.8	32	75	12	89	52	1	2	43	1.20
933965--934069	29	3.6	29	88	2	140	14	34	29	21	1.93
934554--934597	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
934574--934627	28	1.9	28	96	0	99	29	0	12	57	1.36
937324--937498	49	3.6	49	83	7	214	43	0	10	45	1.42
937706--938144	11	36.3	11	65	26	105	40	1	10	46	1.48
937710--937816	19	5.4	19	72	25	96	39	0	9	51	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13