genome.fa.s8737.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008737.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2791265

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155790--2156127	180	1.9	179	81	6	407	37	10	11	40	1.76
2159203--2159489	54	5.3	54	89	0	405	31	19	19	29	1.96
2162646--2162824	76	2.4	76	99	0	349	20	24	29	26	1.99
2179270--2179766	248	2.0	250	95	0	899	27	14	26	31	1.95
2196941--2197247	133	2.3	135	84	6	406	29	21	9	39	1.85
2196941--2197257	45	7.1	45	86	4	408	29	21	10	39	1.86
2196936--2197272	178	1.9	178	87	1	496	29	21	10	38	1.86
2197251--2197293	21	2.0	21	95	0	77	30	25	9	34	1.87
2197681--2197734	22	2.7	20	86	13	83	25	29	14	29	1.95
2197774--2197830	22	2.8	20	79	10	69	24	29	17	28	1.97
2197681--2197900	94	2.4	92	83	6	257	26	25	16	30	1.97
2203977--2204283	45	6.9	45	87	1	384	30	20	9	40	1.83
2203977--2204320	90	3.8	90	80	6	342	30	21	9	38	1.85
2205748--2206000	54	4.7	54	84	3	303	36	20	16	26	1.94
2211547--2211594	15	3.2	15	84	0	69	8	66	14	10	1.43
2213789--2213825	2	18.5	2	89	10	58	45	0	2	51	1.15
2214111--2214156	10	4.7	10	81	5	58	10	10	17	60	1.57
2214355--2214389	10	3.5	10	88	0	52	5	14	22	57	1.59
2219424--2219467	21	2.1	21	86	0	61	31	15	22	29	1.95
2225604--2225943	180	1.9	181	80	5	402	41	10	10	37	1.74
2242453--2242890	55	8.0	55	86	3	596	31	14	16	37	1.89
2245469--2246370	485	1.9	485	92	1	1515	28	18	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247967--2248077	43	2.6	43	88	1	161	25	14	7	53	1.66
2248314--2248351	19	2.0	20	89	5	60	23	15	18	42	1.89
2256048--2256089	22	1.9	22	90	0	66	35	11	30	21	1.90
2255877--2256095	95	2.3	95	87	0	305	33	15	26	24	1.95
2256430--2257248	59	13.7	59	88	3	1160	33	12	18	35	1.88
2256948--2257248	58	5.2	58	90	2	444	32	11	18	36	1.88
2256948--2257248	117	2.6	117	90	2	464	32	11	18	36	1.88
2263973--2264097	46	2.8	45	82	9	157	30	22	8	39	1.83
2264202--2264403	40	5.1	40	96	0	350	33	27	15	24	1.95
2271285--2271404	46	2.7	45	83	6	154	32	20	7	40	1.80
2271509--2271590	40	2.0	40	97	0	155	32	26	15	24	1.95
2272194--2272313	46	2.7	45	84	6	163	31	20	8	40	1.82
2272418--2272499	40	2.0	40	95	0	146	35	26	14	23	1.93
2275709--2275738	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2275876--2275954	31	2.5	32	85	6	108	34	18	18	27	1.95
2280687--2280752	30	2.1	31	83	5	80	33	22	19	24	1.97
2280677--2280795	31	3.9	30	79	9	125	35	19	18	26	1.95
2291509--2291547	17	2.2	17	90	4	60	46	0	0	53	1.00
2292279--2292309	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2295614--2295672	25	2.3	25	85	2	73	33	0	8	57	1.29
2295667--2295700	16	2.1	16	94	0	59	47	0	2	50	1.16
2295729--2295794	28	2.4	28	86	0	87	60	0	1	37	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295689--2295793	9	11.9	8	74	17	59	60	0	2	36	1.18
2296275--2296309	18	1.9	18	94	0	61	14	17	22	45	1.84
2296377--2296439	22	2.9	22	83	9	83	50	15	17	15	1.78
2303048--2303102	25	2.2	25	96	0	101	30	20	23	25	1.98
2305958--2306793	114	7.4	113	80	6	682	38	14	8	38	1.76
2305992--2306801	223	3.6	225	80	5	784	39	14	7	37	1.76
2306016--2306657	337	1.9	337	81	4	767	39	14	8	37	1.76
2308892--2308927	19	1.9	18	88	5	54	27	13	30	27	1.94
2310822--2310878	22	2.5	23	86	8	73	26	7	3	63	1.36
2312952--2313154	112	1.8	112	87	0	307	29	15	18	35	1.92
2315046--2315178	30	4.4	30	95	0	230	33	23	19	24	1.97
2315046--2315203	60	2.6	60	89	5	212	33	23	19	23	1.97
2315161--2315256	31	3.1	30	72	10	86	32	19	20	27	1.97
2315431--2315463	4	8.2	4	100	0	66	48	24	0	27	1.51
2316345--2316485	64	2.2	63	82	3	167	24	24	17	32	1.97
2317320--2317437	58	2.0	58	93	0	200	35	17	17	28	1.93
2317546--2317580	14	2.5	14	90	0	52	60	14	14	11	1.60
2322197--2322269	23	3.2	23	96	0	128	35	8	20	35	1.83
2323125--2323165	19	2.1	19	86	4	55	39	7	0	53	1.29
2330111--2330260	40	3.8	40	93	0	255	35	28	14	22	1.93
2330580--2330627	24	2.0	24	100	0	96	41	12	12	33	1.80
2331354--2331399	19	2.4	19	96	0	83	41	13	6	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332204--2332259	28	2.0	29	85	3	78	33	16	8	41	1.79
2337581--2337730	40	3.8	40	93	0	255	34	27	14	24	1.94
2338051--2338118	24	2.8	24	93	0	118	42	10	10	36	1.73
2361016--2361117	34	2.9	36	86	5	154	44	12	12	30	1.80
2361651--2361763	57	1.9	59	80	7	133	23	7	1	67	1.25
2361692--2361726	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
2364925--2364987	26	2.5	25	76	20	69	80	6	12	0	0.88
2364909--2364980	8	9.0	8	79	8	67	80	5	13	0	0.88
2365637--2365707	22	3.2	22	95	0	124	33	23	14	28	1.94
2366122--2366157	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
2366637--2366918	36	8.0	36	78	8	285	26	18	14	40	1.89
2366595--2366918	72	4.6	72	75	10	249	27	18	15	38	1.91
2366693--2366881	102	1.9	102	87	2	281	28	17	13	40	1.88
2366657--2366981	138	2.4	137	82	2	409	28	19	12	39	1.88
2366893--2367049	68	2.4	68	85	3	212	32	22	8	36	1.85
2367693--2368629	105	9.0	105	92	1	1481	33	26	17	22	1.96
2369177--2369276	34	2.8	36	90	6	168	45	14	11	30	1.79
2369850--2369884	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
2379874--2379915	11	3.8	11	84	12	59	28	2	0	69	1.01
2379873--2379915	16	2.6	17	75	20	54	30	2	0	67	1.03
2380055--2380089	12	2.9	12	91	0	52	25	22	14	37	1.92
2380297--2380413	55	2.1	55	85	7	157	40	0	9	49	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2380351--2380384	16	2.1	16	88	0	50	35	0	14	50	1.44
2380297--2380463	56	3.1	52	80	11	151	38	1	9	50	1.43
2380445--2380478	15	2.3	15	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2380309--2380563	124	2.1	122	81	11	298	38	1	10	49	1.46
2380531--2380641	52	2.1	52	93	0	186	46	1	11	39	1.51
2380556--2380640	14	6.5	13	71	20	61	50	1	9	38	1.42
2382195--2382272	30	2.5	32	81	10	90	47	8	0	43	1.34
2382348--2382441	38	2.3	43	79	20	123	47	8	0	43	1.33
2382541--2382574	17	1.9	18	94	5	61	61	2	0	35	1.11
2382541--2382580	20	2.1	18	86	9	53	62	5	0	32	1.17
2383370--2383481	56	2.0	56	100	0	224	21	25	14	39	1.91
2383974--2384087	41	2.8	40	82	6	133	36	21	21	20	1.95
2383974--2384087	20	5.7	20	80	4	122	36	21	21	20	1.95
2384074--2384136	20	3.2	20	95	0	99	30	26	19	23	1.98
2383974--2384102	40	3.2	40	79	11	129	35	23	20	20	1.96
2384982--2385035	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2387429--2387536	20	5.7	20	76	15	113	34	24	23	18	1.96
2387451--2387536	40	2.2	40	89	4	129	34	24	23	17	1.96
2387531--2387603	33	2.2	34	90	2	112	46	17	21	13	1.83
2387618--2387713	33	2.8	33	85	3	120	14	22	18	43	1.87
2387819--2387855	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2389820--2389906	20	4.3	20	95	0	147	37	24	19	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389931--2390095	20	8.9	20	77	16	124	17	19	21	41	1.90
2389979--2390072	33	2.8	34	81	3	127	12	19	23	44	1.85
2389921--2390092	87	1.9	89	88	7	258	16	19	20	42	1.89
2391962--2392052	20	4.6	20	84	1	94	46	23	16	14	1.83
2392396--2392449	23	2.4	22	81	6	63	24	11	40	24	1.87
2392649--2392722	20	3.7	20	80	3	94	18	21	21	37	1.94
2392631--2392722	20	4.6	20	77	5	78	19	21	22	35	1.96
2392631--2392722	41	2.3	40	92	1	148	19	21	22	35	1.96
2392657--2392744	41	2.1	41	85	0	113	25	19	21	34	1.96
2398424--2398499	28	2.6	28	85	4	89	32	3	18	44	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14