genome.fa.s8737.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008737.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2791265

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435788--1435860	18	3.9	18	78	7	83	26	28	23	21	1.99
1436431--1436574	63	2.3	64	80	7	159	25	19	22	32	1.97
1445422--1445492	23	3.0	24	75	8	83	19	19	23	36	1.95
1447592--1447773	91	2.0	91	97	2	348	21	12	5	60	1.52
1454639--1454676	18	2.1	18	90	9	60	28	26	28	15	1.96
1463658--1463816	64	2.5	63	85	5	203	30	18	21	30	1.97
1465281--1465364	22	3.7	23	74	13	77	22	25	28	23	1.99
1468328--1468514	65	2.9	64	80	7	184	32	22	18	27	1.97
1474339--1474397	21	2.7	22	78	5	66	27	22	25	25	2.00
1474320--1474403	23	3.7	22	76	9	89	23	26	23	26	2.00
1476662--1476721	24	2.5	24	97	0	111	40	0	40	20	1.52
1477055--1477262	65	3.2	63	81	12	226	30	23	19	26	1.98
1477053--1477288	129	1.8	130	82	8	311	29	23	20	26	1.99
1479158--1479380	118	1.9	118	82	5	281	28	15	8	47	1.74
1480707--1480829	64	1.9	64	86	6	178	26	21	23	28	1.99
1481803--1481871	29	2.4	29	87	0	102	26	18	7	47	1.74
1481957--1482008	22	2.6	19	75	16	50	28	17	0	53	1.44
1484125--1484199	10	7.7	10	71	21	61	56	21	12	10	1.66
1484129--1484193	16	4.1	16	91	0	112	56	21	12	9	1.63
1485180--1485254	24	3.1	24	84	7	98	56	21	12	10	1.66
1485200--1485255	14	4.3	14	82	17	75	51	25	14	8	1.70
1485193--1485240	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485193--1485254	24	2.6	24	94	0	106	53	24	12	9	1.69
1487163--1487200	14	2.6	15	83	8	60	50	0	0	50	1.00
1487182--1487222	20	2.0	21	90	4	66	48	0	0	51	1.00
1489002--1489058	28	2.1	27	87	9	80	50	14	5	29	1.64
1490574--1490602	11	2.5	12	94	5	51	41	34	6	17	1.76
1492721--1492773	7	7.4	7	78	4	52	18	0	37	43	1.51
1492730--1492771	22	2.0	21	90	4	66	16	0	33	50	1.46
1492726--1492846	14	8.6	14	68	15	54	23	0	33	43	1.54
1492800--1492840	13	2.9	15	82	10	50	26	0	31	41	1.56
1493373--1493435	11	5.9	11	67	14	51	41	1	1	55	1.19
1494104--1494167	12	4.8	13	71	14	51	46	0	1	51	1.10
1494095--1494157	29	2.2	28	78	13	65	41	0	3	55	1.16
1494081--1494175	41	2.3	41	98	0	181	41	0	2	56	1.11
1494109--1494170	15	4.4	15	71	17	53	43	0	1	54	1.09
1494225--1494249	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1495230--1495266	15	2.4	16	82	13	51	54	5	0	40	1.24
1495583--1495627	20	2.2	20	84	7	56	28	0	28	42	1.56
1497492--1497542	14	3.7	14	75	15	52	66	0	7	25	1.18
1497623--1497667	21	2.1	21	83	4	54	68	0	8	22	1.16
1497655--1497693	18	2.2	18	86	9	53	76	5	0	17	0.96
1498344--1498385	18	2.3	18	91	0	66	14	14	30	40	1.85
1498764--1498807	23	1.9	23	81	9	54	77	4	4	13	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1498910--1498949	15	2.5	16	80	12	55	47	2	0	50	1.14
1498866--1499214	112	3.1	111	78	11	349	44	6	4	45	1.48
1498866--1499226	37	9.7	36	79	13	301	44	6	3	45	1.47
1499048--1499255	37	5.6	37	76	12	146	46	6	2	44	1.43
1499240--1499280	2	21.0	2	90	5	66	51	2	0	46	1.14
1500052--1500684	85	7.4	85	84	1	728	27	18	18	34	1.95
1512306--1512682	54	7.0	54	91	2	276	36	17	13	32	1.89
1512364--1512682	54	5.9	54	95	0	559	36	17	12	32	1.88
1513034--1513233	94	2.1	95	85	6	280	25	24	12	38	1.89
1521751--1521794	22	2.0	22	100	0	88	18	9	27	45	1.79
1521749--1521806	22	2.7	22	86	7	66	20	8	27	43	1.81
1528615--1528697	3	27.7	3	85	0	112	36	3	0	60	1.14
1528614--1528707	15	6.4	15	79	8	95	37	3	0	59	1.13
1530317--1530369	17	3.1	18	72	10	56	54	0	5	39	1.24
1530829--1530863	18	1.9	18	88	11	54	31	5	2	60	1.35
1542666--1542806	52	2.7	52	98	0	273	22	14	24	39	1.91
1542848--1542988	52	2.7	52	100	0	282	22	14	24	38	1.92
1542654--1543249	182	3.3	182	99	0	1156	26	14	23	36	1.93
1542848--1543005	52	3.1	48	93	6	221	24	15	24	36	1.94
1543030--1543170	52	2.7	52	100	0	282	22	14	24	38	1.92
1543030--1543187	52	3.1	48	93	6	221	24	15	24	36	1.94
1543965--1544009	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1543816--1544463	113	5.7	113	92	2	975	38	12	19	28	1.89
1544078--1544122	24	1.9	23	82	13	56	51	6	24	17	1.70
1544718--1544800	3	27.7	3	87	0	121	34	3	0	61	1.13
1545280--1545325	21	2.1	22	84	4	58	54	8	36	0	1.32
1546422--1546474	17	3.1	18	72	10	56	54	0	5	39	1.24
1550843--1550944	43	2.4	42	79	10	109	31	18	19	30	1.96
1550877--1551190	86	3.7	85	79	6	339	28	19	18	33	1.96
1550875--1551189	43	7.4	42	74	11	230	28	20	18	33	1.96
1551687--1551762	21	3.6	21	87	0	107	9	30	14	46	1.76
1559334--1559370	18	2.1	18	94	0	65	32	8	18	40	1.80
1567801--1568136	82	4.1	80	76	5	282	32	21	15	31	1.94
1567825--1568136	163	1.9	163	84	3	412	33	20	14	32	1.93
1569649--1569678	15	2.1	14	93	6	51	83	0	0	16	0.65
1569653--1569694	13	2.9	14	82	13	50	76	0	2	21	0.90
1570794--1570825	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1570824--1570857	17	2.0	17	100	0	68	17	23	17	41	1.90
1585852--1586083	47	5.1	47	78	10	284	23	20	10	45	1.81
1585879--1586010	39	3.2	39	75	15	138	23	21	10	44	1.83
1585852--1586086	94	2.6	90	89	5	352	22	20	10	45	1.81
1585923--1586057	27	5.5	26	66	25	98	22	21	11	45	1.83
1585950--1586077	20	5.7	20	68	22	76	21	22	10	44	1.83
1586482--1586535	22	2.6	20	83	11	72	31	27	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1588957--1589156	103	2.0	102	91	1	328	26	17	18	38	1.92
1589138--1589661	113	4.7	113	89	3	756	29	19	14	36	1.92
1589138--1589654	224	2.3	223	88	3	752	28	19	14	36	1.92
1590057--1590132	22	3.5	22	88	0	116	38	11	17	32	1.86
1590754--1590791	18	2.1	18	90	0	58	55	5	5	34	1.45
1595177--1595201	13	1.9	13	100	0	50	8	36	0	56	1.29
1602611--1602664	25	2.2	23	78	12	54	55	1	1	40	1.21
1606283--1606671	54	7.3	54	86	7	526	26	18	20	35	1.95
1606667--1606697	16	1.9	16	93	0	53	35	22	6	35	1.80
1626682--1627128	54	8.3	54	90	1	648	25	17	21	35	1.95
1627124--1627154	16	1.9	16	93	0	53	35	22	6	35	1.80
1630787--1630868	36	2.3	36	91	0	128	52	20	15	10	1.73
1631467--1631491	12	2.1	12	100	0	50	56	0	44	0	0.99
1631464--1631508	18	2.5	18	81	0	54	53	0	46	0	1.00
1632979--1633009	2	15.5	2	93	0	53	54	45	0	0	0.99
1633009--1633049	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
1641799--1642058	141	1.8	141	89	1	405	23	18	30	28	1.97
1643035--1643060	10	2.6	10	100	0	52	7	19	0	73	1.07
1643024--1643067	19	2.4	19	81	14	56	11	15	0	72	1.11
1643034--1643081	15	2.8	18	81	18	66	12	14	0	72	1.11
1643034--1643081	8	5.8	8	88	11	62	12	14	0	72	1.11
1660290--1660344	27	2.1	27	89	3	85	29	3	14	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1661449--1661515	33	2.0	33	88	5	100	28	5	7	58	1.49
1674301--1674328	9	3.1	9	100	0	56	21	35	0	42	1.53
1674350--1674467	60	2.0	60	89	3	184	14	42	4	38	1.65
1679443--1679488	18	2.6	18	100	0	92	17	30	0	52	1.45
1679491--1679610	60	2.0	60	95	0	213	14	44	5	36	1.67
1679619--1679644	12	2.2	12	100	0	52	7	50	7	34	1.60
1680789--1680828	15	2.7	15	100	0	80	27	35	27	10	1.89
1684100--1684183	2	42.5	2	74	15	68	48	2	2	46	1.28
1684136--1684298	27	6.1	27	69	21	103	49	3	2	44	1.33
1684100--1684242	44	3.2	42	79	18	132	47	2	3	46	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14