genome.fa.s8737.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008737.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2791265

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400026--2400075	20	2.5	20	80	3	66	28	26	18	28	1.98
2402806--2403067	138	1.9	136	90	3	418	30	13	16	40	1.86
2409282--2409321	20	2.2	18	86	13	55	37	10	22	30	1.87
2409814--2410067	138	1.8	138	94	1	447	29	11	16	42	1.83
2416438--2416500	28	2.2	30	85	5	94	47	9	17	25	1.77
2418366--2418445	26	3.3	24	75	19	85	31	1	0	67	0.99
2418376--2418444	20	3.3	20	75	15	68	31	1	0	66	1.00
2418369--2418434	17	4.1	16	74	14	64	28	1	0	69	0.97
2418366--2418450	9	9.9	9	71	13	63	31	2	0	65	1.05
2419790--2419831	22	1.9	22	90	9	68	30	0	4	64	1.14
2423787--2423811	12	2.1	12	100	0	50	56	0	32	12	1.36
2428374--2428420	20	2.3	21	88	7	78	38	23	23	14	1.92
2431632--2431679	23	2.1	22	96	3	87	27	8	4	60	1.44
2431858--2431901	20	2.2	20	91	0	70	34	13	22	29	1.93
2432219--2432289	22	3.2	22	90	7	117	35	14	12	38	1.84
2432645--2433204	111	4.9	111	84	8	647	38	16	19	25	1.92
2433549--2433670	3	41.7	3	77	8	126	29	0	0	69	0.94
2433882--2434203	161	2.0	161	100	0	644	24	28	24	22	1.99
2435168--2435212	22	2.1	22	88	12	67	28	0	4	66	1.11
2435273--2435564	141	2.1	142	83	10	359	39	7	7	45	1.59
2435583--2435628	2	24.0	2	91	8	78	50	0	0	50	1.00
2436061--2436242	79	2.3	81	85	3	246	27	20	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436164--2436412	118	2.1	118	86	1	347	27	22	14	36	1.92
2437800--2438295	54	9.1	54	78	8	395	41	18	9	31	1.82
2437800--2438295	108	4.5	109	78	7	481	41	18	9	31	1.82
2437835--2438273	162	2.7	161	82	7	476	41	17	9	31	1.81
2440620--2440922	152	2.0	155	88	5	454	29	17	23	30	1.97
2444126--2444188	27	2.2	28	81	10	67	52	9	15	22	1.72
2444143--2444205	29	2.1	29	88	2	90	49	9	17	23	1.76
2444734--2444764	14	2.3	14	94	5	55	6	16	0	77	0.97
2445764--2445879	46	2.4	46	82	12	128	46	12	6	33	1.69
2446030--2446076	17	2.8	17	93	0	76	38	8	10	42	1.70
2446046--2446149	49	2.2	47	93	6	174	46	7	9	36	1.66
2446112--2446264	80	1.9	80	94	1	272	40	7	13	39	1.71
2450117--2450156	21	2.0	20	85	5	53	37	10	7	45	1.66
2459374--2459433	13	4.8	13	73	22	56	10	11	23	55	1.66
2459401--2459464	10	5.7	10	77	22	65	10	7	23	57	1.58
2459348--2459457	47	2.3	46	80	11	109	11	11	24	51	1.72
2459383--2459473	24	3.9	23	90	5	139	12	8	21	57	1.62
2460815--2460865	25	2.0	25	100	0	102	50	7	3	37	1.50
2462072--2462163	44	2.0	46	83	12	116	53	2	6	38	1.39
2466493--2466545	20	2.5	22	81	9	65	3	15	1	79	0.96
2467139--2467180	17	2.5	16	88	11	66	66	0	0	33	0.92
2467151--2467195	22	2.0	22	87	8	65	62	2	0	35	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471028--2471066	20	2.0	20	84	0	51	43	10	2	43	1.52
2471094--2471119	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2472898--2472951	3	17.3	3	81	11	56	64	0	3	31	1.11
2473167--2473550	134	2.9	134	81	3	400	24	16	30	28	1.97
2473166--2473598	134	3.2	133	81	4	399	23	17	30	28	1.97
2473580--2473703	44	2.9	43	76	8	146	22	20	23	33	1.98
2480633--2480720	32	2.8	32	77	6	99	56	9	14	19	1.64
2484364--2484436	3	24.0	3	83	8	94	61	0	1	36	1.05
2488331--2488379	25	2.0	25	84	8	64	61	4	0	34	1.15
2489064--2489242	41	4.2	41	77	9	198	27	21	21	30	1.98
2488863--2489489	130	4.9	132	77	10	564	29	19	20	29	1.97
2490779--2490849	37	1.9	37	85	5	99	11	8	0	80	0.91
2502858--2502896	17	2.2	18	90	4	62	51	0	2	46	1.14
2507864--2507897	4	8.5	4	86	0	50	50	20	2	26	1.63
2508667--2508691	13	1.9	13	100	0	50	72	8	8	12	1.29
2513048--2513338	55	5.3	55	89	0	429	33	19	18	27	1.96
2513925--2513963	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2513862--2514070	65	3.2	64	83	8	212	29	26	17	26	1.97
2513911--2514073	65	2.5	65	85	3	222	30	26	15	26	1.96
2515529--2515568	20	2.0	21	85	9	57	55	5	12	27	1.58
2516158--2516197	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
2516157--2516201	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521036--2521074	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2521024--2521182	65	2.5	65	84	3	196	30	26	15	27	1.96
2522167--2522647	54	8.9	54	86	0	638	33	19	18	28	1.96
2522725--2522749	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
2526713--2526765	19	2.8	19	97	0	97	18	16	32	32	1.94
2526755--2526909	64	2.4	64	81	4	152	34	14	20	30	1.93
2527540--2527588	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2528623--2528742	64	1.9	64	80	3	143	35	21	14	29	1.93
2531196--2531274	21	3.9	21	88	4	110	27	12	10	49	1.73
2531196--2531274	42	1.9	39	90	7	122	27	12	10	49	1.73
2531490--2531545	20	2.8	20	71	12	53	35	12	17	33	1.88
2531596--2531634	19	2.0	20	90	10	62	33	20	15	30	1.94
2534492--2535022	54	9.8	54	86	0	668	33	18	18	29	1.95
2536307--2536639	55	6.1	55	83	3	377	34	19	18	27	1.96
2536306--2536623	110	2.9	110	87	1	424	34	19	18	27	1.95
2539887--2539916	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
2546684--2546814	3	44.0	3	68	18	60	35	3	3	57	1.35
2546759--2546816	19	3.0	19	80	7	55	43	3	0	53	1.17
2546758--2546816	11	5.8	11	73	18	56	42	3	0	54	1.17
2547588--2547616	15	2.0	15	93	6	51	3	0	89	6	0.57
2548360--2548414	29	1.9	28	88	3	83	43	0	0	56	0.99
2556337--2556369	7	4.7	7	85	14	50	57	15	0	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2556660--2556741	20	4.1	20	90	0	128	25	26	21	25	2.00
2556914--2556972	20	2.8	21	82	7	84	27	42	8	22	1.82
2556914--2556984	22	3.3	22	78	7	83	26	40	11	21	1.87
2557383--2557425	20	2.2	20	86	0	59	13	11	20	53	1.71
2557392--2557432	20	2.0	20	90	0	64	9	9	19	60	1.55
2559484--2559590	20	5.7	20	76	12	118	36	23	22	17	1.95
2559442--2559588	74	2.0	74	95	0	267	35	22	22	19	1.96
2559586--2559627	19	2.2	19	86	0	57	14	16	28	40	1.88
2559595--2559631	19	1.9	19	94	0	65	8	16	27	48	1.74
2559615--2559696	34	2.4	34	87	0	110	17	19	21	41	1.90
2559684--2559746	20	3.2	20	90	0	72	15	12	22	49	1.79
2560227--2560330	21	5.0	21	77	3	84	22	35	17	25	1.95
2561705--2561768	30	2.1	30	97	0	119	31	1	12	54	1.47
2561922--2562177	20	13.8	20	70	14	163	23	18	21	37	1.94
2562014--2562161	54	2.7	54	90	2	226	22	18	20	37	1.94
2561881--2562115	74	3.2	73	85	1	290	22	19	21	37	1.94
2564333--2564369	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
2564866--2564964	20	4.9	20	79	11	121	24	21	26	28	1.99
2564911--2564985	21	3.6	21	80	10	100	18	22	28	30	1.97
2564974--2565026	20	2.7	20	96	0	97	20	20	18	39	1.92
2564858--2564985	41	3.1	41	90	5	181	21	21	27	29	1.98
2565112--2565148	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565750--2565789	16	2.5	16	95	0	71	40	12	5	42	1.64
2565854--2565921	20	3.3	20	72	8	57	69	2	7	20	1.26
2565853--2565920	19	3.4	19	73	15	57	67	2	7	22	1.29
2565890--2565927	18	2.2	18	85	4	51	73	5	2	18	1.14
2581420--2581519	23	4.2	23	74	15	80	73	2	4	21	1.10
2582786--2582838	18	2.8	18	81	16	63	73	0	0	26	0.83
2582790--2582835	22	2.1	22	92	8	76	73	0	0	26	0.83
2582786--2582841	13	4.1	14	77	17	64	73	0	0	26	0.84
2582786--2582847	9	6.9	8	83	12	52	72	1	0	25	0.94
2582851--2583175	38	8.6	37	76	16	249	46	6	3	44	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14