genome.fa.s8737.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008737.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2791265

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18112--18147	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
18274--18316	19	2.3	19	91	0	68	62	0	0	37	0.95
18562--18616	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
18772--18830	18	3.3	18	73	17	68	22	5	15	57	1.57
18754--18835	36	2.3	36	100	0	164	23	4	13	58	1.54
28763--28898	40	3.4	41	70	10	100	42	14	13	29	1.84
28718--28929	81	2.6	81	79	3	255	39	15	13	31	1.86
28721--28941	41	5.4	41	69	7	126	39	16	14	29	1.88
29404--29451	3	15.7	3	83	12	62	29	2	0	68	1.01
29408--29451	23	2.0	23	90	4	72	29	2	0	68	1.02
32126--32241	60	1.9	60	86	6	164	35	15	19	29	1.93
41818--41881	30	2.2	30	85	2	85	46	6	10	35	1.64
45054--45083	10	3.0	10	100	0	60	0	10	20	70	1.16
45304--45464	65	2.5	64	85	7	193	27	18	21	31	1.97
54412--54547	60	2.3	60	82	5	150	41	10	10	37	1.73
58897--58930	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
59028--59130	35	3.0	36	79	12	117	44	3	5	45	1.46
59104--59180	33	2.5	30	85	10	93	49	1	2	46	1.23
60806--60850	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
60871--60947	23	3.7	21	77	16	72	9	16	2	71	1.23
60867--60924	23	2.6	23	83	8	75	12	15	3	68	1.32
60916--60960	18	2.5	18	85	0	54	6	15	0	77	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66257--67110	84	10.3	83	76	5	803	29	24	20	25	1.99
66255--67647	248	5.7	249	87	3	2025	29	24	20	25	1.99
67113--67615	84	6.1	83	80	4	525	29	24	19	26	1.98
66257--67593	484	2.7	486	92	2	2144	29	24	20	25	1.99
66253--67651	165	8.5	163	74	8	1030	29	24	20	25	1.99
68192--68228	19	1.9	19	100	0	74	37	2	0	59	1.12
68249--68491	32	7.2	32	74	17	147	44	2	7	45	1.47
68356--68381	11	2.4	11	100	0	52	42	7	7	42	1.62
68312--68646	38	9.5	35	78	13	271	44	2	5	47	1.41
68380--68645	143	1.9	141	82	9	333	43	2	5	47	1.40
68697--68742	16	3.0	16	84	6	60	34	0	8	56	1.30
70206--70273	18	3.8	18	75	11	59	13	13	0	73	1.10
70294--70334	22	1.9	21	85	5	55	17	9	2	70	1.25
80287--80311	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
80708--80849	51	2.8	50	80	8	153	50	12	10	26	1.72
80744--80849	50	2.1	51	87	5	153	50	14	11	23	1.74
83363--83485	55	2.2	55	94	0	210	35	8	28	27	1.85
83545--83897	156	2.3	156	84	4	462	29	18	4	47	1.68
86111--86150	21	2.0	20	85	5	53	37	15	22	25	1.93
87376--87446	23	2.8	23	81	12	70	32	15	14	38	1.87
87478--87519	22	1.9	22	95	0	75	28	23	21	26	1.99
93259--93328	28	2.5	28	97	2	131	31	14	21	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93518--93585	34	2.0	34	100	0	136	32	26	8	32	1.87
99871--99922	23	2.3	23	86	0	68	26	23	23	26	2.00
105187--105240	22	2.5	22	82	5	67	33	14	25	25	1.95
105643--105825	44	4.2	44	89	1	278	43	14	20	21	1.88
105643--105832	87	2.2	88	89	1	283	44	14	19	21	1.86
106911--107803	294	3.0	299	94	2	1573	44	12	16	26	1.84
110601--110929	163	2.0	165	98	1	644	31	18	15	35	1.92
112313--112956	5	129.8	5	93	1	850	33	20	25	20	1.97
113349--113601	92	2.8	92	85	0	335	27	15	23	33	1.95
115343--115381	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
117707--117777	33	2.2	33	89	2	108	45	15	8	30	1.76
117772--117813	21	2.0	21	95	0	75	47	9	11	30	1.72
132904--132962	23	2.6	23	88	0	91	23	20	23	32	1.98
132904--132970	23	2.9	23	80	12	75	26	19	23	29	1.98
139770--139850	23	3.5	22	81	8	99	27	22	23	27	1.99
146156--146190	12	2.9	12	100	0	70	17	34	17	31	1.93
150628--150794	91	1.8	92	85	1	237	23	17	25	33	1.96
150738--150794	21	2.7	21	97	0	105	14	17	31	36	1.89
150738--150806	21	3.3	20	86	11	70	14	18	30	36	1.91
150649--150886	113	2.1	112	83	2	289	24	16	23	35	1.95
165867--165914	24	2.0	24	95	0	87	27	16	31	25	1.97
168846--168891	24	1.9	24	82	8	58	26	4	6	63	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169288--169387	46	2.2	45	91	3	173	41	10	7	42	1.65
178906--178964	26	2.3	26	88	5	84	55	1	6	35	1.36
184977--185236	130	2.0	130	96	3	479	35	22	20	21	1.96
188977--189046	26	2.7	26	86	2	95	30	28	17	24	1.97
194537--194640	23	4.5	23	90	0	154	20	28	22	28	1.98
204553--204588	18	2.0	18	94	0	63	27	33	19	19	1.96
204510--204620	44	2.4	45	88	7	154	34	29	18	18	1.94
206609--206691	23	3.7	23	83	1	105	20	25	22	31	1.98
214990--215034	21	2.1	21	83	0	54	60	2	8	28	1.39
215876--215929	27	2.0	26	85	3	72	25	24	20	29	1.99
216994--217091	51	1.9	51	97	0	187	38	16	9	35	1.80
222939--222996	18	3.3	17	79	18	57	43	0	5	51	1.24
236725--236760	17	2.2	17	90	5	56	58	13	5	22	1.56
236723--236761	16	2.5	15	84	12	51	53	15	7	23	1.67
237176--237384	69	3.0	69	87	4	296	32	22	17	28	1.96
237380--237461	29	2.9	28	85	7	103	50	20	13	15	1.78
238209--238282	30	2.4	29	80	17	80	37	0	1	60	1.05
238422--238475	17	3.2	17	72	0	54	29	0	5	64	1.16
240041--240132	21	4.5	21	89	5	134	18	32	27	21	1.97
240650--240746	33	2.9	34	87	3	133	54	4	5	36	1.42
240648--240753	34	3.2	32	84	8	131	53	4	4	36	1.43
241139--241750	126	4.9	128	93	4	1065	33	19	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241139--241750	251	2.4	252	94	3	1078	33	19	24	22	1.97
241648--242067	208	2.0	210	95	4	762	36	22	14	26	1.92
242033--242071	8	5.0	8	81	6	53	38	28	0	33	1.57
246675--246751	3	25.7	3	84	5	84	42	0	0	57	0.99
246679--246751	21	3.5	21	86	3	103	43	0	0	56	0.99
247216--247247	11	3.0	11	95	4	57	84	0	15	0	0.63
249144--249168	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
259163--259219	15	3.7	15	88	9	80	84	0	15	0	0.63
259164--259218	11	4.9	11	81	2	56	83	0	16	0	0.64
259166--259219	17	3.2	16	82	17	74	85	0	14	0	0.61
259688--259846	83	1.9	83	92	2	266	27	12	22	37	1.90
259800--260213	115	3.6	115	96	0	751	34	15	18	31	1.92
261614--261676	20	3.2	20	63	24	51	50	6	23	19	1.70
260928--261693	113	6.8	113	89	2	1090	37	13	18	29	1.90
261922--261998	3	25.3	3	86	2	82	42	0	0	57	0.99
262477--262506	13	2.3	13	94	0	51	80	0	20	0	0.72
264704--264761	25	2.3	24	77	16	64	79	3	6	10	1.04
271255--271348	46	2.0	46	100	0	188	46	14	6	31	1.70
276100--276155	17	3.1	18	80	12	62	60	0	1	37	1.07
279905--279943	19	2.0	20	90	5	62	53	5	17	23	1.63
280170--280208	20	2.0	19	85	14	53	64	5	2	28	1.28
285583--285616	3	11.3	3	87	12	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293303--293364	26	2.4	26	97	0	115	43	20	3	32	1.68
295365--295409	21	2.1	21	95	0	81	20	17	31	31	1.96
297088--297130	23	1.9	22	86	13	61	46	4	18	30	1.69
297088--297140	23	2.3	23	78	18	58	43	7	16	32	1.76
297959--298276	83	3.9	82	77	3	289	33	12	19	34	1.89
298058--298159	40	2.4	41	79	14	102	32	14	19	33	1.92
298064--298316	83	3.0	81	74	7	215	33	13	17	34	1.90
301075--301112	16	2.2	17	90	9	60	13	52	5	28	1.61
306414--306547	43	3.2	42	77	8	148	25	29	19	26	1.99
306865--306955	48	1.9	47	93	4	157	48	4	7	39	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14