genome.fa.s8737.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008737.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2791265

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582892--2582985	45	2.0	46	84	8	120	45	3	3	47	1.34
2582937--2583175	38	6.4	36	82	11	261	46	6	2	44	1.43
2583158--2583182	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2583525--2583562	20	2.0	20	89	5	60	63	2	2	31	1.22
2584099--2584124	3	8.7	3	100	0	52	30	0	69	0	0.89
2590514--2590738	42	5.6	42	75	14	206	28	0	24	47	1.52
2590656--2590698	22	2.0	22	85	0	59	37	0	18	44	1.50
2590500--2590755	7	36.7	7	66	23	96	28	0	25	46	1.56
2590657--2590785	57	2.4	53	85	12	165	30	0	21	47	1.57
2590673--2590784	57	1.9	58	94	1	199	28	0	21	49	1.56
2590760--2590804	15	2.9	15	90	3	63	26	0	24	48	1.51
2592714--2592814	11	8.9	11	76	8	87	29	22	22	24	1.99
2592734--2592800	12	5.8	12	78	7	75	32	25	20	20	1.97
2592725--2592811	23	3.8	23	95	0	147	29	24	21	24	1.99
2592761--2592832	34	2.1	33	76	10	63	29	22	22	26	1.99
2594303--2594351	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2594323--2594482	65	2.5	65	84	5	191	26	19	23	30	1.98
2594323--2594532	65	3.3	63	77	12	178	26	19	23	30	1.98
2601078--2601117	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2603061--2603168	57	1.9	56	84	1	144	28	19	22	29	1.98
2603849--2603885	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2606262--2606305	19	2.4	19	92	3	72	31	15	6	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2608278--2608342	27	2.5	26	80	14	71	75	1	20	3	1.02
2608295--2608331	18	2.1	18	94	0	65	75	0	24	0	0.80
2608287--2608334	18	2.5	19	80	10	62	75	0	22	2	0.91
2610448--2611141	259	2.7	260	88	5	1016	33	14	17	35	1.90
2614756--2614840	35	2.4	35	98	0	161	52	21	15	10	1.72
2614811--2614881	24	3.0	24	77	12	83	57	18	14	9	1.63
2614756--2614851	35	2.7	35	91	0	111	55	20	14	9	1.67
2614801--2614892	48	1.9	48	90	0	148	55	20	14	9	1.67
2615181--2615245	33	2.0	33	81	0	76	20	6	3	70	1.22
2615274--2615343	2	35.5	2	97	2	133	48	0	0	51	1.00
2615528--2615568	19	2.2	19	95	0	73	9	0	17	73	1.09
2615527--2615586	24	2.5	24	75	2	68	11	1	13	73	1.18
2625907--2625950	21	2.1	21	91	8	72	77	0	22	0	0.77
2626736--2626914	65	2.8	64	85	5	222	39	19	14	26	1.90
2628059--2628110	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
2629221--2629284	26	2.4	27	84	5	76	18	6	1	73	1.12
2629220--2629400	66	2.7	66	86	9	242	21	5	0	72	1.09
2629226--2629425	9	19.8	10	70	19	82	20	5	0	74	1.04
2629311--2629422	25	4.8	24	70	21	78	18	4	0	76	0.95
2629317--2629433	19	6.1	19	75	16	100	18	5	0	76	0.97
2629295--2629439	12	13.0	11	67	22	65	18	5	0	75	1.04
2629230--2629433	43	4.8	40	69	23	84	20	5	0	74	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629220--2629413	68	2.9	67	88	9	272	21	5	0	72	1.08
2630713--2630750	12	3.2	12	85	14	60	44	5	18	31	1.72
2631726--2631766	21	2.0	21	95	0	73	17	24	17	41	1.89
2631727--2631773	21	2.2	21	88	0	67	21	23	19	36	1.95
2631763--2631957	20	9.6	20	90	1	255	40	18	20	20	1.92
2631780--2631837	21	2.8	21	97	0	107	39	18	22	18	1.92
2631948--2631990	20	2.2	20	91	0	68	32	27	18	20	1.96
2631997--2632052	20	2.8	20	91	2	96	32	23	8	35	1.86
2632848--2632901	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2635320--2635394	20	3.8	20	84	7	98	36	24	20	20	1.95
2635377--2635461	33	2.5	33	86	1	107	44	16	22	16	1.86
2635476--2635568	32	2.9	32	85	9	127	13	21	21	43	1.87
2637085--2637196	42	2.7	42	76	5	111	22	17	38	21	1.93
2637671--2637753	20	4.3	20	93	4	136	38	25	19	16	1.92
2637815--2637951	20	7.5	20	75	21	113	16	17	21	44	1.86
2637835--2637916	33	2.5	33	83	2	110	14	15	20	48	1.80
2637783--2637948	87	1.9	87	93	0	287	15	18	21	45	1.85
2639630--2639667	20	1.9	20	94	0	67	55	18	13	13	1.69
2639671--2639742	32	2.2	34	82	9	87	40	26	19	13	1.89
2640077--2640122	21	2.1	22	92	4	76	21	15	39	23	1.92
2640061--2640122	19	3.0	22	81	11	78	22	14	37	25	1.92
2640318--2640451	20	6.7	20	86	1	187	21	19	19	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2640318--2640465	61	2.5	60	86	1	188	23	18	19	37	1.94
2640448--2640488	21	1.9	22	90	5	66	41	17	24	17	1.89
2640441--2640493	21	2.5	20	79	8	61	35	18	24	20	1.95
2660117--2660172	21	2.8	20	84	12	71	37	10	21	30	1.87
2660798--2661000	112	1.8	112	91	0	334	30	16	18	34	1.94
2664785--2664816	6	5.2	6	92	7	55	84	0	0	15	0.63
2668188--2668226	20	2.0	20	84	0	51	23	5	23	48	1.70
2672979--2673048	35	2.0	34	91	2	113	27	10	11	51	1.69
2675051--2675098	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
2685065--2685143	41	1.9	41	87	5	115	31	16	24	27	1.96
2685307--2685336	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
2691673--2691719	3	15.7	3	91	8	78	63	0	0	36	0.94
2691954--2692353	138	2.9	139	87	3	581	25	21	17	35	1.95
2692733--2692972	98	2.4	97	78	12	231	40	12	15	31	1.85
2692690--2693237	103	5.4	101	77	10	496	39	12	15	33	1.84
2699294--2699341	15	3.2	15	81	0	60	64	6	4	25	1.35
2699528--2699558	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
2700334--2700376	15	2.7	15	89	7	59	30	11	23	34	1.90
2703109--2703139	14	2.2	14	100	0	62	32	16	6	45	1.72
2704823--2704893	3	23.7	3	83	11	92	35	1	0	63	1.03
2706285--2706324	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
2707023--2707060	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714117--2714145	10	2.9	10	100	0	58	20	17	0	62	1.33
2717683--2717758	11	7.0	11	80	8	84	82	0	15	1	0.73
2717670--2717757	27	3.1	29	81	14	110	81	0	17	1	0.75
2717670--2717758	17	5.4	16	78	17	78	82	0	16	1	0.74
2717673--2717760	16	5.6	16	75	15	85	81	0	17	1	0.75
2718884--2719296	83	5.0	83	93	0	718	27	12	21	38	1.90
2720001--2721008	113	8.6	112	92	2	1198	39	13	19	27	1.89
2720566--2721008	124	3.6	124	96	0	798	39	13	20	26	1.90
2720948--2721056	42	2.7	41	92	2	175	47	11	21	20	1.80
2721303--2721384	3	27.7	3	80	7	96	37	1	0	60	1.04
2721830--2721869	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
2722713--2722752	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
2724323--2724383	32	1.9	32	82	0	77	47	1	8	42	1.43
2725413--2725835	231	1.8	232	89	2	663	32	15	14	37	1.88
2726495--2726602	35	3.1	35	83	2	128	31	20	18	29	1.96
2726557--2726646	33	2.7	33	81	10	92	34	17	17	30	1.94
2726482--2726613	70	1.9	70	80	9	153	32	21	17	28	1.96
2726522--2726646	35	3.6	35	79	6	103	32	18	18	30	1.95
2727655--2727722	15	4.5	15	88	0	82	30	20	16	32	1.94
2732444--2732590	77	1.9	79	85	2	208	39	8	6	46	1.59
2738649--2738693	2	22.0	2	95	4	81	48	2	0	48	1.13
2746077--2746148	29	2.5	29	95	2	128	54	5	18	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749787--2749822	19	1.9	19	88	5	56	38	5	19	36	1.75
2750099--2750138	20	2.0	20	100	0	80	50	20	15	15	1.79
2750928--2751037	53	2.1	53	100	0	220	31	27	9	31	1.88
2753203--2753251	18	2.8	18	84	3	55	14	10	20	55	1.68
2753286--2753499	105	2.0	107	85	1	288	41	3	5	49	1.43
2758373--2758499	64	2.0	64	87	4	184	31	25	15	27	1.96
2758830--2759076	122	2.0	122	100	0	494	21	14	16	46	1.83
2764203--2764362	66	2.4	66	88	2	223	40	16	19	23	1.91
2766671--2766779	3	38.0	3	81	9	138	63	0	0	36	0.95
2773270--2773306	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14