genome.fa.s8737.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008737.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2791265

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713713--713762	17	3.0	17	75	24	61	46	2	0	52	1.12
722110--722157	24	2.0	24	87	0	69	33	18	12	35	1.89
723651--723736	42	2.0	43	90	2	138	29	16	4	50	1.65
726402--726434	16	2.1	16	94	0	57	21	0	12	66	1.23
726495--726540	19	2.5	19	92	3	76	21	8	17	52	1.71
726620--726654	10	3.4	10	88	7	52	25	2	11	60	1.45
727131--727354	24	9.5	24	83	5	244	38	21	17	22	1.93
727131--727354	47	4.8	47	82	6	265	38	21	17	22	1.93
727231--727296	12	5.5	12	70	13	55	39	19	16	24	1.92
727131--727344	71	3.0	71	82	8	249	38	21	17	22	1.93
728242--728269	12	2.3	12	100	0	56	39	10	0	50	1.37
728361--728402	18	2.3	18	84	8	50	47	4	4	42	1.45
730703--730748	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
739760--739807	23	2.1	23	100	0	96	41	16	16	25	1.89
748204--748362	64	2.5	63	78	6	167	27	23	16	32	1.96
751732--751865	59	2.5	53	85	10	175	20	17	26	35	1.94
751764--751879	59	2.0	59	94	0	205	25	17	24	33	1.96
753926--753968	24	1.9	23	86	13	63	30	25	9	34	1.87
755902--756007	50	2.3	46	82	14	121	33	1	12	52	1.49
757463--757499	19	2.0	19	94	5	67	5	51	0	43	1.24
762388--762435	13	3.3	13	75	25	51	16	22	43	16	1.87
762394--762439	18	2.6	18	92	0	74	13	21	47	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765381--765409	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
771750--771902	67	2.3	67	90	4	254	29	19	13	37	1.89
772037--772105	36	1.9	36	90	0	111	31	18	13	36	1.89
771853--772157	100	3.0	101	81	8	352	30	18	13	37	1.89
774705--774998	147	2.0	150	97	2	567	45	10	10	33	1.72
776384--776429	18	2.6	18	89	0	65	17	15	32	34	1.91
777131--777170	17	2.3	17	91	4	62	50	5	7	37	1.53
780431--780459	4	7.2	4	100	0	58	27	0	24	48	1.51
784019--784311	147	2.0	140	95	4	523	39	20	11	29	1.87
786951--786978	14	2.0	14	100	0	56	57	21	7	14	1.61
788575--788615	20	2.0	21	85	4	57	58	2	26	12	1.46
788606--788711	35	3.0	34	82	6	131	32	18	27	21	1.97
795179--795506	135	2.4	137	85	7	418	26	10	14	47	1.77
809918--809958	11	3.5	12	80	12	50	73	2	14	9	1.19
810818--811018	83	2.4	81	82	5	233	32	13	21	32	1.93
810836--811067	81	2.8	81	82	7	238	31	10	23	34	1.88
811465--811513	22	2.2	22	88	0	71	42	8	12	36	1.72
813424--813597	89	2.0	88	94	2	303	44	6	11	37	1.68
814139--814220	41	2.0	41	90	0	128	30	23	20	25	1.99
820853--821031	90	2.0	89	96	3	333	28	16	16	37	1.91
822841--822876	12	3.2	12	77	22	51	50	13	36	0	1.43
822834--822921	21	4.2	21	81	5	88	46	15	32	4	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822825--822875	21	2.3	23	76	13	61	45	17	37	0	1.49
823299--823454	84	1.9	84	83	2	206	28	20	17	33	1.95
823277--823465	43	4.4	43	77	6	168	29	21	16	32	1.95
823546--823662	44	2.7	44	82	5	139	33	24	15	26	1.95
824011--824097	3	29.0	3	88	4	131	34	0	0	65	0.93
824035--824106	12	6.3	11	93	3	56	34	0	0	65	0.93
826974--827050	24	3.2	24	65	23	61	7	20	10	61	1.53
826974--827072	49	2.0	49	98	0	189	10	21	10	58	1.59
828760--828838	29	2.7	30	88	7	117	81	3	15	0	0.84
828760--828838	31	2.6	31	88	7	110	81	3	15	0	0.84
828764--828838	14	5.1	15	78	13	77	81	4	14	0	0.83
829633--829673	21	2.0	21	90	9	66	26	9	0	63	1.25
831406--831513	37	3.0	36	81	9	121	32	16	11	39	1.84
832079--832127	3	17.0	3	83	8	66	32	2	0	65	1.04
832079--832127	23	2.1	23	92	0	80	32	2	0	65	1.04
837593--837640	21	2.3	21	92	0	87	33	25	27	14	1.94
837626--837665	9	4.2	9	81	12	53	37	32	17	12	1.87
837627--837665	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
837668--837724	28	2.0	28	100	0	114	24	21	33	21	1.97
837743--837845	29	3.6	29	93	0	161	16	28	32	23	1.96
838662--838708	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
840823--840855	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840840--840908	22	3.0	22	73	19	77	47	7	4	40	1.51
841062--841088	14	1.9	14	100	0	54	44	7	3	44	1.49
841047--841326	25	11.3	25	70	16	131	44	9	2	43	1.49
841099--841282	60	3.1	59	71	17	153	44	10	2	42	1.50
841117--841334	117	1.8	119	91	6	361	43	10	2	44	1.50
844134--844192	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
844474--844503	15	1.9	16	93	6	53	43	13	0	43	1.43
844456--844509	16	3.2	17	73	21	51	51	12	0	35	1.40
844920--845021	46	2.3	45	81	9	113	49	7	0	42	1.38
844989--845074	27	3.1	27	83	11	95	54	12	0	32	1.38
845438--845509	21	3.3	21	70	21	67	29	26	26	18	1.98
845434--845522	44	2.0	44	95	0	160	28	28	24	19	1.98
845878--845988	29	3.8	29	96	0	195	16	35	32	16	1.91
846719--846744	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
846527--847061	186	2.8	190	83	8	643	40	21	4	34	1.73
846913--846937	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
847516--847546	15	2.1	14	94	5	53	16	0	38	45	1.47
847516--847546	7	4.3	7	92	8	53	16	0	38	45	1.47
847209--847572	110	3.4	109	78	9	440	31	5	22	40	1.76
848789--848834	13	3.5	13	85	8	58	26	6	0	67	1.15
850368--850498	65	2.0	65	98	0	253	37	16	18	27	1.92
851634--851748	31	3.8	30	79	13	110	27	6	12	53	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851634--851748	61	1.9	60	82	8	144	27	6	12	53	1.64
853314--853367	28	1.9	29	82	14	69	59	1	0	38	1.08
858393--858430	7	5.4	7	90	0	58	42	5	28	23	1.76
863105--863150	17	2.7	17	96	0	83	41	6	4	47	1.49
863282--863319	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
873817--873857	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
873925--874427	128	3.9	128	98	0	952	22	25	19	32	1.98
874812--874917	34	3.1	34	86	2	151	36	2	4	55	1.35
875438--875531	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
875535--875576	21	2.0	21	85	0	57	23	11	38	26	1.90
877298--877377	33	2.4	34	79	8	101	61	1	0	37	1.04
877299--877383	35	2.4	36	82	11	104	58	2	0	38	1.11
879097--879122	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
882039--882107	34	2.0	34	97	0	129	31	23	14	30	1.94
883213--883414	104	1.9	104	94	2	361	46	19	13	20	1.84
888265--888684	57	7.4	57	92	0	671	36	9	17	36	1.83
905631--905671	20	2.0	20	95	0	73	21	36	26	14	1.93
905704--905745	20	2.1	20	95	0	75	16	40	28	14	1.88
906991--907046	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
906997--907136	12	11.1	12	72	24	71	32	2	4	60	1.30
908731--908755	13	1.9	13	100	0	50	24	0	8	68	1.16
918982--919201	94	2.4	94	88	1	327	39	10	17	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919173--919422	67	3.7	66	73	8	193	40	12	16	30	1.86
922392--922429	9	4.3	9	84	15	53	0	18	0	81	0.69
922392--922452	6	10.3	6	77	22	67	0	16	1	81	0.76
922392--922452	30	2.1	29	87	9	88	0	16	1	81	0.76
922410--922456	23	2.0	25	91	8	80	0	14	4	80	0.85
925569--925608	16	2.5	17	80	11	50	57	2	5	35	1.34
926390--926491	51	2.0	51	98	0	195	38	14	7	39	1.75
929673--929940	78	3.5	76	86	3	376	12	25	13	49	1.76
929670--929956	153	1.9	153	86	3	418	12	25	12	49	1.75
931038--931119	33	2.5	33	80	9	94	52	7	4	35	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14