genome.fa.s8925.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112230_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2702387

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274--309	17	2.1	18	89	5	56	61	30	0	8	1.26
944--975	17	1.9	16	93	6	55	12	9	37	40	1.75
1353--1397	24	2.0	23	91	8	74	28	6	24	40	1.80
1354--1406	23	2.3	24	83	6	65	32	7	22	37	1.82
4126--4309	71	2.6	72	82	4	214	25	13	27	34	1.92
9356--9473	60	2.0	61	93	1	202	33	15	16	35	1.90
11810--12448	86	7.5	86	84	2	811	24	18	20	36	1.95
12504--12897	121	3.3	121	93	0	646	23	17	24	34	1.96
12831--12952	55	2.2	55	92	1	201	25	18	23	32	1.97
12957--13144	64	2.9	64	93	1	315	30	11	21	36	1.89
14082--14274	95	2.0	96	91	1	316	32	18	16	33	1.93
14768--14843	35	2.2	35	86	6	102	59	7	14	18	1.59
16726--16755	13	2.3	13	94	0	51	66	0	3	30	1.07
16818--16842	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
16944--17011	24	2.8	24	80	10	68	76	2	7	13	1.11
16944--17019	24	3.2	23	75	15	57	76	3	6	13	1.12
19050--19115	23	2.8	24	73	15	66	50	4	1	43	1.32
19099--19142	22	1.9	22	86	9	61	36	11	4	47	1.60
19358--19397	14	2.6	15	85	14	55	62	0	0	37	0.95
20492--20535	22	1.9	23	81	9	54	54	0	0	45	0.99
20515--20591	33	2.3	33	97	0	145	57	2	2	37	1.27
20811--20862	2	26.0	2	96	0	95	0	48	1	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27387--27424	10	3.8	10	92	0	67	76	10	13	0	1.02
27388--27425	11	3.6	11	86	13	62	78	7	13	0	0.94
27383--27441	20	3.0	19	87	7	82	77	11	10	0	0.98
27383--27425	10	4.4	10	85	2	61	79	9	11	0	0.95
31744--31786	22	2.0	22	90	9	70	13	11	4	69	1.33
33611--33670	3	20.0	3	83	6	77	33	1	0	65	1.03
35246--35488	119	2.0	118	78	8	251	39	7	6	46	1.58
35500--35543	16	2.7	16	82	3	52	56	0	0	43	0.99
36159--36212	28	2.0	27	85	3	72	33	7	0	59	1.25
36181--36235	24	2.5	22	80	11	58	27	3	1	67	1.17
37758--37809	20	2.6	20	93	0	95	13	13	21	51	1.74
44141--44463	113	2.8	112	91	1	529	37	14	21	26	1.92
44402--44499	41	2.5	39	87	8	130	45	8	22	23	1.79
57960--58002	22	2.0	22	100	0	86	32	9	11	46	1.72
67550--67606	17	3.4	17	75	0	69	36	14	17	31	1.89
67545--67624	34	2.4	34	97	0	151	37	17	15	30	1.90
67564--67623	17	3.5	17	76	0	75	38	20	11	30	1.88
72313--72348	17	2.1	18	89	5	56	61	30	0	8	1.26
72652--72689	16	2.4	16	90	0	58	5	5	2	86	0.76
72991--73034	18	2.5	18	88	3	63	18	6	34	40	1.77
73407--73452	25	1.9	23	95	4	74	30	6	21	41	1.78
73408--73462	25	2.3	25	84	6	69	32	7	21	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75823--75863	21	2.0	20	85	4	55	48	9	12	29	1.72
76190--76378	71	2.7	71	81	3	236	24	13	26	34	1.93
81454--81571	60	2.0	61	93	1	202	33	15	15	36	1.89
82350--82413	17	3.8	17	75	6	58	78	1	4	15	1.00
83924--84553	86	7.4	86	85	2	786	25	18	20	36	1.95
84609--84999	121	3.3	121	90	1	599	24	15	25	35	1.94
84920--85055	55	2.5	55	85	1	175	26	16	23	33	1.96
85060--85247	64	2.9	63	92	3	288	30	11	20	37	1.88
86185--86379	95	2.0	96	90	1	302	32	17	16	33	1.93
86870--86945	35	2.2	35	86	6	102	59	7	14	18	1.59
88827--88869	7	6.7	6	87	12	59	65	0	4	30	1.13
88827--88869	13	3.3	13	96	0	77	65	0	4	30	1.13
88932--88956	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
89061--89127	24	2.8	23	82	8	73	74	2	7	14	1.16
89086--89135	24	2.1	23	82	10	57	76	4	8	12	1.15
91174--91240	15	4.7	15	70	15	61	50	2	0	46	1.16
91196--91262	31	2.2	31	79	10	77	44	5	1	47	1.36
91225--91267	22	1.9	22	90	4	68	37	9	4	48	1.56
91481--91520	14	2.6	15	85	14	55	62	0	0	37	0.95
92568--92611	22	1.9	23	81	9	54	54	0	0	45	0.99
92591--92667	33	2.3	33	97	0	145	57	2	2	37	1.27
92889--92916	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99410--99450	21	2.0	21	90	0	64	78	14	7	0	0.96
103730--103770	21	2.0	21	90	9	66	14	12	4	68	1.36
105584--105643	3	20.0	3	83	6	68	35	1	0	63	1.05
107137--107193	21	2.7	21	76	15	64	28	0	0	71	0.86
108063--108116	28	2.0	27	85	3	72	33	7	0	59	1.25
108085--108139	24	2.5	22	80	11	58	27	3	1	67	1.17
109325--109933	302	2.0	305	96	3	1124	31	14	19	34	1.91
109949--110000	20	2.6	20	93	0	95	13	13	21	51	1.74
115289--115341	23	2.3	23	87	3	72	35	9	1	52	1.45
123272--123346	32	2.3	32	97	0	141	34	13	8	44	1.73
123278--123333	19	3.3	19	62	27	52	39	14	3	42	1.63
123292--123344	16	3.3	16	75	19	65	35	13	7	43	1.72
124599--124662	32	2.0	32	87	6	94	21	9	3	65	1.35
124535--124706	91	1.9	92	82	10	219	19	7	4	68	1.33
125692--125739	13	3.7	13	79	17	55	10	6	0	83	0.81
129114--129155	21	2.0	21	95	0	75	19	40	28	11	1.87
129816--129926	53	2.1	54	90	5	174	39	0	26	34	1.56
130163--130366	48	4.3	47	83	5	214	33	17	21	27	1.96
130138--130366	96	2.4	96	84	7	281	31	18	21	27	1.97
130394--130518	46	2.6	48	92	2	209	32	17	20	28	1.96
130233--130638	159	2.5	159	91	2	625	33	18	21	26	1.96
130436--130977	113	4.8	113	92	1	890	32	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130892--131023	48	2.8	48	94	0	228	37	17	18	27	1.93
132194--132233	18	2.2	18	86	0	53	5	17	0	77	0.94
132231--132256	11	2.4	11	100	0	52	15	23	0	61	1.33
135797--135830	12	2.8	12	86	4	50	79	0	8	11	0.94
144006--144046	21	2.0	21	95	0	73	19	41	29	9	1.83
144706--144815	52	2.1	53	91	3	179	40	0	26	33	1.56
147866--148722	231	3.7	230	88	1	1187	38	21	14	25	1.91
148536--148891	173	2.1	173	89	1	543	38	22	12	26	1.90
148305--149126	404	2.0	404	88	0	1207	38	22	13	25	1.91
148709--149357	231	2.8	231	86	0	886	38	21	14	25	1.91
148076--149433	635	2.1	635	91	0	2155	38	21	14	25	1.91
150794--150874	27	3.3	26	68	22	75	23	16	12	48	1.79
150757--150894	47	2.9	47	85	0	195	22	20	10	46	1.81
150977--151267	34	7.6	34	70	22	195	28	23	11	36	1.90
150884--151322	79	5.6	79	93	1	718	28	23	11	36	1.89
151090--151233	45	3.5	44	73	20	155	29	25	11	33	1.91
151729--151929	95	2.1	95	82	5	237	23	23	17	35	1.95
158787--158862	21	3.6	21	98	0	134	27	19	6	46	1.75
161308--161371	23	2.8	23	80	0	74	34	23	25	17	1.96
161940--162066	65	2.0	64	81	7	150	22	21	23	32	1.98
169445--169482	17	2.2	17	100	0	76	31	18	18	31	1.95
171938--172217	2	145.5	2	69	22	165	54	3	1	40	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171934--172217	18	14.8	19	73	22	206	54	3	1	39	1.28
171947--172215	5	54.8	5	68	25	127	55	3	1	39	1.27
171934--172218	82	3.5	79	78	19	277	55	3	1	39	1.27
171996--172218	105	2.1	103	83	13	271	55	3	1	39	1.28
184491--184667	90	2.0	89	92	1	291	36	11	7	44	1.70
186495--186672	2	95.5	2	72	19	145	56	1	1	41	1.14
186486--186674	66	2.9	67	83	12	223	57	1	1	39	1.15
186493--186672	57	3.2	55	79	14	199	57	1	1	40	1.13
195549--195807	16	16.7	16	68	20	117	40	2	4	53	1.33
195549--195811	25	10.0	25	70	21	134	40	2	4	53	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11