genome.fa.s8925.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112230_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2702387

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945208--1945457	81	3.1	81	88	1	349	36	12	22	28	1.91
1944142--1945827	843	2.0	841	90	1	2691	38	10	19	31	1.86
1949991--1950032	10	3.6	11	80	20	50	7	23	0	69	1.13
1958162--1958209	24	2.0	24	95	0	87	33	16	18	31	1.94
1959476--1959751	137	2.0	137	87	2	403	30	20	17	32	1.95
1970875--1970932	29	2.0	30	82	3	73	37	13	0	48	1.43
1971089--1971126	17	2.2	17	100	0	76	50	7	13	28	1.69
1972138--1972187	3	17.0	3	95	4	93	34	0	0	66	0.92
1972334--1972402	2	34.5	2	85	5	95	47	4	0	47	1.21
1972869--1972911	19	2.2	20	87	4	61	25	2	4	67	1.22
1975185--1975248	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
1979377--1979440	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
1980112--1980273	64	2.5	64	80	10	179	28	18	20	32	1.97
1985192--1985278	36	2.4	35	84	9	104	25	20	13	40	1.89
1985225--1985296	36	2.0	36	94	0	126	23	20	15	40	1.91
1985311--1985380	36	2.0	35	86	5	97	31	18	10	40	1.84
1985311--1985379	35	2.0	36	85	5	88	30	18	10	40	1.84
1985368--1985555	36	5.4	36	75	14	178	28	19	10	41	1.84
1985347--1985400	21	2.6	21	93	0	90	27	20	11	40	1.86
1985247--1985641	138	3.1	122	81	13	440	28	19	11	41	1.86
1985377--1985645	138	1.9	138	92	0	448	27	19	10	41	1.85
1985476--1985712	102	2.3	101	85	4	316	28	20	10	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1986658--1986708	19	2.8	18	80	13	52	29	3	1	64	1.22
1989160--1989212	21	2.5	21	87	3	70	35	20	11	32	1.88
1993099--1993149	25	2.0	25	92	0	84	29	17	35	17	1.93
1994942--1994979	20	1.9	20	88	0	58	26	26	21	26	1.99
1996654--1996678	12	2.1	12	100	0	50	16	16	20	48	1.82
1997026--1997052	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
1997446--1997487	19	2.2	19	86	0	57	33	0	2	64	1.07
1997690--1997734	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
1997995--1998040	23	2.1	22	88	8	67	17	15	17	50	1.79
1998921--1998987	35	1.9	35	90	0	107	44	22	0	32	1.53
1999511--1999579	35	2.0	34	88	2	102	33	0	23	43	1.54
2000321--2000368	20	2.4	19	86	6	60	35	2	0	62	1.07
2000863--2000954	23	4.2	23	75	5	68	51	11	20	16	1.76
2000909--2000954	21	2.2	21	88	0	65	54	10	19	15	1.70
2002502--2002543	2	21.0	2	95	0	75	0	47	0	52	1.00
2007789--2007834	6	8.0	6	78	9	51	54	17	0	28	1.43
2017899--2017942	21	2.1	21	83	8	54	20	13	22	43	1.87
2021198--2021244	20	2.5	19	83	16	62	65	2	2	29	1.15
2021609--2022036	139	3.1	139	81	2	491	24	15	27	32	1.95
2022057--2022289	37	6.7	36	68	21	138	40	15	17	27	1.89
2022096--2022216	30	3.8	30	69	18	91	38	14	17	29	1.89
2022059--2022252	67	2.9	67	89	1	300	39	14	17	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2022126--2022356	104	2.2	104	87	6	342	39	14	17	27	1.89
2022230--2022401	67	2.6	66	86	5	247	38	13	19	27	1.89
2022057--2022507	171	2.7	170	87	4	635	38	13	17	30	1.88
2022364--2022565	36	5.8	36	69	16	113	38	12	16	32	1.86
2022360--2022545	102	1.8	100	93	2	318	37	12	16	34	1.86
2028899--2028930	13	2.4	14	94	5	57	68	3	0	28	1.04
2029011--2029036	11	2.4	11	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2032788--2032837	19	2.7	18	79	14	57	70	2	6	22	1.20
2034154--2034465	152	2.1	152	81	2	358	27	15	25	32	1.95
2034220--2034514	152	1.9	152	81	2	349	26	14	24	33	1.95
2034573--2035155	39	15.1	39	88	1	820	34	14	17	33	1.90
2036604--2036840	116	2.0	116	100	0	474	33	10	16	39	1.83
2041918--2041974	24	2.4	24	88	5	80	26	5	19	49	1.69
2041937--2041996	24	2.5	24	86	0	75	26	6	16	50	1.70
2042021--2042329	155	2.0	155	91	0	501	20	11	31	36	1.88
2044144--2044200	14	4.1	14	82	6	53	24	31	22	21	1.98
2044150--2044203	14	3.9	14	82	7	65	24	29	24	22	1.99
2044190--2044251	30	2.1	30	87	6	90	20	22	24	32	1.98
2045168--2045205	18	2.1	18	90	0	58	50	0	13	36	1.42
2045380--2045428	24	2.0	24	96	0	89	42	4	20	32	1.71
2048966--2049049	24	3.8	22	73	17	66	22	22	29	25	1.99
2054928--2055099	51	3.4	51	84	5	233	61	8	7	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056776--2056839	21	3.0	21	81	4	83	26	21	25	26	2.00
2060074--2060130	25	2.3	25	96	0	105	22	17	14	45	1.84
2060283--2060327	23	1.9	23	86	4	63	68	0	0	31	0.89
2062467--2062691	84	2.7	84	80	4	233	30	19	15	35	1.92
2066058--2066384	85	3.8	85	83	6	362	26	22	17	33	1.96
2066058--2066379	128	2.5	129	78	8	325	27	22	17	32	1.96
2066052--2066402	43	8.2	43	79	3	332	25	22	19	32	1.97
2073290--2073352	21	3.2	21	70	21	73	50	3	15	30	1.60
2073288--2073362	37	2.0	37	100	0	150	52	2	16	29	1.57
2077734--2077814	20	4.0	20	79	6	90	27	14	16	41	1.87
2082306--2082342	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2084079--2084111	16	2.0	17	88	5	50	30	18	36	15	1.91
2084916--2084969	25	2.2	25	86	0	72	24	27	18	29	1.98
2084952--2084986	14	2.5	14	85	0	52	22	28	17	31	1.96
2085776--2085973	39	5.1	39	78	6	177	18	26	21	34	1.96
2085780--2085977	78	2.5	78	84	1	236	18	26	21	33	1.97
2091530--2091635	39	2.7	39	92	0	167	16	21	26	34	1.95
2095309--2095339	10	3.1	10	95	0	53	29	0	0	70	0.87
2101041--2101115	31	2.4	31	93	0	132	33	25	14	26	1.94
2109318--2109359	21	2.0	21	100	0	84	23	19	28	28	1.98
2109875--2110051	90	2.0	89	92	1	291	38	10	5	45	1.62
2116269--2116302	8	4.2	8	92	0	59	55	11	0	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121907--2122013	2	53.5	2	100	0	214	49	0	0	50	1.00
2127819--2127874	24	2.4	23	81	3	67	41	19	17	21	1.91
2127866--2127959	23	4.0	23	74	8	75	36	25	20	18	1.95
2127878--2127967	23	3.8	24	76	4	85	34	24	22	18	1.96
2131795--2131849	27	2.0	27	100	0	110	20	21	14	43	1.87
2133416--2133471	23	2.4	23	87	0	76	39	25	19	16	1.91
2133607--2133662	28	2.0	28	85	0	76	33	26	7	32	1.84
2134296--2134340	20	2.2	21	88	11	67	24	22	11	42	1.86
2135033--2135074	8	5.2	8	97	0	75	11	33	0	54	1.37
2137987--2138336	110	3.2	108	80	9	347	32	9	15	42	1.79
2137955--2138158	55	3.7	55	90	3	333	33	9	13	44	1.75
2138178--2138336	56	2.8	57	88	1	230	32	10	16	40	1.82
2138181--2138391	56	3.7	55	80	9	185	32	10	17	39	1.84
2140154--2140217	23	2.8	22	76	9	56	53	26	0	20	1.46
2141627--2141659	12	2.6	13	95	4	59	48	6	12	33	1.65
2142374--2142418	22	2.0	22	100	0	90	51	13	13	22	1.75
2144215--2144239	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
2147605--2147655	20	2.5	20	93	0	84	31	13	25	29	1.94
2148420--2148516	40	2.5	39	84	5	124	32	22	21	22	1.98
2150607--2150681	3	25.0	3	88	0	114	38	0	0	61	0.96
2150607--2150690	12	7.2	12	78	15	88	39	1	0	59	1.05
2155308--2155356	22	2.2	22	96	0	89	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156082--2156113	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2163780--2163824	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
2164609--2165166	83	6.7	83	96	0	990	27	12	24	36	1.91
2166045--2166301	113	2.3	113	87	1	354	38	14	19	26	1.90
2166211--2166388	87	2.1	86	86	5	243	33	17	17	30	1.94
2166098--2166501	200	2.0	199	87	1	585	36	16	18	29	1.92
2166297--2166765	113	4.2	112	85	4	644	36	14	18	30	1.91
2166009--2166604	313	1.9	313	90	0	960	37	15	18	29	1.91
2166692--2166747	17	3.2	17	69	18	51	50	8	21	19	1.75
2166730--2166913	84	2.2	82	80	3	199	38	15	17	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11