genome.fa.s8925.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112230_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2702387

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167084--2167152	3	23.0	3	96	0	111	37	0	0	62	0.96
2177989--2178041	26	2.1	26	86	13	76	41	7	3	47	1.50
2179294--2179344	7	7.1	7	97	2	93	0	1	27	70	0.98
2181848--2181914	35	1.9	35	84	0	89	43	7	17	31	1.77
2182356--2182419	33	1.9	33	96	0	119	39	32	7	20	1.81
2185120--2185145	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
2187887--2187937	21	2.4	21	96	0	93	49	9	5	35	1.60
2194469--2194509	20	2.0	20	90	0	64	34	19	12	34	1.89
2195123--2195207	36	2.4	36	86	5	113	74	4	15	5	1.18
2195147--2195192	22	2.1	21	84	11	58	78	4	13	4	1.05
2195147--2195206	26	2.4	26	81	13	72	78	5	13	3	1.04
2196764--2196902	65	2.2	64	86	2	190	31	11	12	43	1.79
2197217--2197667	134	3.4	134	85	2	582	24	32	18	24	1.97
2197826--2197886	3	20.0	3	79	15	63	31	0	3	65	1.09
2199776--2199823	6	7.8	6	97	2	87	33	0	0	66	0.92
2199755--2199810	16	3.4	16	80	7	58	35	0	3	60	1.14
2200423--2200461	16	2.4	17	82	4	53	25	5	10	58	1.51
2202326--2202370	19	2.4	19	100	0	90	11	37	20	31	1.87
2203331--2203564	35	6.5	34	77	10	209	44	5	10	40	1.61
2203380--2203564	70	2.6	69	91	4	289	43	4	10	41	1.59
2203548--2203599	27	1.9	27	92	0	86	40	0	5	53	1.25
2203547--2203614	27	2.4	27	82	4	82	42	0	7	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203734--2203791	21	2.7	21	86	5	71	27	1	0	70	0.97
2203736--2203794	16	3.8	16	74	17	52	25	1	0	72	0.93
2211580--2211671	45	2.0	46	91	2	150	27	17	25	30	1.97
2214342--2214442	43	2.3	43	84	3	130	30	22	23	22	1.99
2218272--2218310	19	2.0	20	85	5	53	33	5	0	61	1.18
2218276--2218319	21	2.2	20	83	4	52	38	2	0	59	1.10
2220250--2220341	45	2.0	46	91	2	150	26	17	25	31	1.97
2220359--2220396	20	1.9	20	88	0	58	15	15	31	36	1.90
2223726--2223755	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
2227515--2227557	19	2.3	19	84	4	52	30	2	9	58	1.42
2234125--2234186	25	2.5	26	82	12	87	54	0	4	40	1.22
2235233--2235270	20	1.9	20	94	0	67	36	2	31	28	1.71
2240673--2240723	17	2.9	17	91	2	75	45	0	7	47	1.32
2240674--2240724	18	2.9	18	91	2	77	45	0	7	47	1.32
2240775--2240837	20	3.2	20	93	2	101	46	4	4	44	1.45
2240775--2240846	20	3.7	20	88	1	92	47	4	4	44	1.41
2240888--2240939	16	3.1	16	81	13	61	36	1	0	61	1.07
2248808--2248899	2	46.0	2	100	0	184	50	50	0	0	1.00
2254185--2254243	18	3.3	18	79	6	66	44	3	11	40	1.58
2254306--2254363	29	2.2	25	77	17	64	44	0	6	48	1.29
2254373--2254418	19	2.6	17	84	15	67	34	0	2	63	1.07
2257416--2257462	25	2.0	24	83	8	60	14	19	17	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261564--2261738	40	4.6	39	70	9	128	38	9	15	36	1.79
2261730--2262604	38	23.8	38	69	10	245	37	13	17	31	1.89
2261541--2262594	73	14.3	73	83	5	1058	37	13	17	32	1.88
2261773--2262607	111	7.6	111	76	8	704	36	14	17	31	1.89
2263004--2263031	12	2.3	12	100	0	56	0	0	35	64	0.94
2264146--2264429	138	2.1	136	83	4	356	29	13	17	40	1.87
2268389--2268434	20	2.3	20	96	0	83	10	13	30	45	1.77
2271520--2271556	13	2.6	15	79	16	51	45	8	29	16	1.76
2279465--2279518	23	2.3	23	90	0	90	29	25	25	18	1.98
2286322--2286380	23	2.6	23	86	0	82	33	28	22	15	1.94
2290208--2290263	12	4.5	12	78	8	67	46	1	10	41	1.49
2291109--2291178	16	4.2	16	72	12	52	70	0	12	17	1.18
2304017--2304049	15	2.1	16	94	5	59	45	3	6	45	1.43
2304117--2304230	23	5.2	23	72	18	82	39	9	5	45	1.59
2311070--2311116	18	2.6	18	81	15	53	78	0	8	12	0.95
2312184--2312221	2	19.0	2	84	10	51	47	2	2	47	1.30
2312268--2312294	14	1.9	14	100	0	54	44	11	7	37	1.68
2312282--2312549	37	7.0	37	73	12	195	42	8	3	45	1.53
2312280--2312444	79	2.2	76	83	7	221	41	10	4	43	1.58
2312390--2312428	14	2.6	15	84	12	53	43	7	2	46	1.46
2312305--2312519	79	2.7	80	81	6	222	41	9	4	45	1.56
2313388--2313436	23	2.1	23	92	7	82	12	4	40	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315696--2315724	12	2.3	13	94	5	51	37	0	10	51	1.36
2317492--2317550	29	2.0	29	100	0	118	32	27	16	23	1.96
2320846--2320889	20	2.1	21	83	4	54	22	4	18	54	1.61
2325543--2325573	16	1.9	16	93	0	53	12	29	22	35	1.91
2329029--2329088	22	2.7	23	78	2	77	16	28	33	21	1.95
2329029--2329089	23	2.7	22	73	9	61	16	27	32	22	1.96
2332896--2332935	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2341801--2341878	21	3.8	20	73	8	68	33	21	15	29	1.94
2342664--2342740	38	2.0	38	100	0	154	33	20	2	42	1.66
2345921--2346095	32	5.5	32	82	2	217	32	16	16	34	1.91
2352663--2352697	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
2354447--2354490	18	2.4	18	100	0	88	22	15	38	22	1.92
2357947--2358024	29	2.7	29	82	2	104	41	2	15	41	1.61
2358009--2358061	16	3.6	16	68	19	51	39	0	15	45	1.46
2358005--2358132	28	4.6	28	92	0	204	39	0	14	44	1.51
2361982--2362161	69	2.6	69	76	5	175	23	27	21	27	1.99
2366319--2366355	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2373112--2373516	202	2.0	201	92	1	677	30	25	16	27	1.97
2374922--2374990	32	2.2	32	81	5	77	28	18	13	39	1.88
2377757--2377817	10	6.0	10	76	17	63	59	1	0	39	1.08
2377892--2377972	34	2.4	33	79	2	90	48	4	0	46	1.23
2377970--2378029	4	14.8	4	83	10	77	50	23	1	25	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384948--2385010	29	2.2	28	88	5	92	41	22	14	22	1.89
2385388--2385427	20	2.0	20	95	0	71	45	12	5	37	1.64
2385494--2385532	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
2385386--2385533	52	2.8	52	92	3	253	48	14	4	32	1.64
2389536--2389580	20	2.2	20	100	0	90	22	26	15	35	1.94
2390118--2390157	20	2.0	20	95	0	71	45	12	5	37	1.64
2390171--2390210	20	2.0	21	90	5	64	45	12	5	37	1.64
2390224--2390262	20	2.0	20	89	0	60	41	15	5	38	1.69
2390114--2390263	53	2.9	52	96	3	275	48	12	6	34	1.65
2392967--2393011	21	2.2	20	84	11	56	48	4	6	40	1.49
2392967--2393010	19	2.5	17	81	7	52	47	4	6	40	1.50
2394043--2394128	37	2.3	38	78	15	106	44	1	3	51	1.26
2394370--2394676	37	8.1	36	73	17	207	43	3	6	45	1.48
2394406--2394677	37	7.2	37	75	11	214	44	3	5	45	1.45
2394768--2394829	12	5.1	12	80	14	65	19	1	1	77	0.94
2394778--2394829	4	13.2	4	78	11	54	19	1	1	76	0.97
2398791--2398832	17	2.4	18	80	11	52	26	28	11	33	1.92
2402428--2402466	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
2414900--2414977	40	2.0	40	84	5	104	33	16	17	32	1.93
2420856--2420893	16	2.4	16	83	12	51	0	18	2	78	0.86
2425521--2425707	27	6.7	28	68	18	122	25	21	27	25	1.99
2425499--2425707	54	3.7	57	78	7	232	25	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2425801--2425957	81	1.9	81	89	0	242	29	21	31	16	1.95
2433543--2433664	60	2.0	60	80	4	138	25	13	27	32	1.94
2433676--2433802	39	3.3	39	92	1	193	36	19	14	29	1.92
2433824--2433951	59	2.2	59	88	0	193	25	18	30	25	1.98
2433969--2434258	39	7.5	39	90	1	422	36	16	18	29	1.92
2434227--2434429	76	2.7	74	81	6	237	40	12	16	30	1.85
2444644--2444677	12	2.8	12	95	0	59	47	41	11	0	1.40
2447531--2447577	24	2.0	24	100	0	94	42	10	12	34	1.78
2459855--2459906	20	2.6	19	85	11	77	17	17	1	63	1.40
2464991--2465032	16	2.6	16	81	11	50	7	9	2	80	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11