genome.fa.s8925.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112230_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2702387

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787582--787679	6	16.3	6	80	0	70	36	7	34	21	1.81
787597--787683	3	29.0	3	77	0	84	35	5	34	24	1.79
787585--787675	42	2.2	42	91	0	146	35	7	35	21	1.83
787582--787679	18	5.4	18	78	0	88	36	7	34	21	1.81
789152--790005	184	4.7	184	96	0	1586	35	14	15	34	1.88
792270--792420	45	3.4	44	81	9	137	31	21	17	29	1.96
794447--794485	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
794599--794639	2	20.0	2	85	14	57	46	4	0	48	1.23
799511--799543	17	1.9	17	100	0	66	12	6	24	57	1.57
817954--818001	18	2.7	18	96	0	87	33	14	25	27	1.94
817998--818185	95	2.0	95	82	4	227	40	12	21	25	1.88
818590--819004	81	5.1	81	87	0	596	34	10	23	31	1.88
825158--825184	12	2.2	12	100	0	54	37	29	0	33	1.58
837037--837219	95	1.9	95	85	2	251	38	10	25	25	1.88
837167--837208	19	2.3	19	80	8	52	35	16	26	21	1.94
837648--837903	81	3.2	81	93	0	422	36	9	21	31	1.86
837852--837972	63	1.9	63	91	0	197	39	9	18	33	1.82
837915--838172	81	3.3	74	82	11	263	37	10	21	29	1.87
838024--838200	81	2.2	81	87	0	246	38	11	20	29	1.87
837648--838200	299	1.8	301	87	3	833	37	10	21	31	1.87
839888--839915	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
841214--841239	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841345--841371	14	1.9	14	100	0	54	37	7	7	48	1.59
841226--841474	38	6.7	38	76	12	173	42	8	3	45	1.50
841263--841466	77	2.7	76	84	6	238	42	8	2	46	1.49
841421--841454	14	2.4	14	85	5	50	47	8	0	44	1.34
842032--842158	50	2.5	50	79	2	139	36	11	13	38	1.81
849675--849722	21	2.3	21	85	0	60	31	12	16	39	1.86
849687--849727	21	2.0	21	90	0	64	24	12	21	41	1.87
849757--849810	20	2.6	20	82	5	63	14	14	33	37	1.88
850664--850749	18	4.9	18	71	13	72	38	11	11	38	1.78
856149--856187	12	3.2	12	81	0	51	17	23	38	20	1.93
856257--856317	24	2.5	24	94	0	104	16	44	13	26	1.84
857674--857723	18	2.9	18	85	5	68	40	4	28	28	1.74
857672--857722	16	3.1	16	78	10	57	41	1	27	29	1.67
858572--858637	27	2.4	27	97	0	123	42	33	9	15	1.78
858251--859103	248	3.4	248	89	6	1257	36	27	11	24	1.90
862852--862959	39	2.7	39	81	7	112	39	3	13	42	1.63
862860--863156	160	1.9	159	86	0	432	41	8	11	38	1.73
863277--863475	94	2.1	95	96	1	364	29	10	14	45	1.77
863612--863657	24	1.9	24	86	0	65	36	0	2	60	1.09
863649--863733	33	2.5	33	81	16	86	45	0	0	54	1.00
863659--863735	21	3.8	21	72	16	63	45	0	0	54	0.99
863656--863766	41	2.8	41	78	9	106	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863622--863787	77	2.3	74	81	15	177	42	0	0	56	1.08
863681--863794	41	3.1	38	75	20	100	46	0	0	52	1.06
863721--863780	15	3.9	16	72	12	54	46	1	0	51	1.10
863674--863774	41	2.5	40	79	6	112	48	0	0	50	1.07
867760--867816	21	2.8	21	84	10	73	29	21	17	31	1.96
868982--869145	73	2.2	76	83	6	210	23	21	25	28	1.99
869448--869481	13	2.6	14	86	13	54	44	5	8	41	1.60
871733--871809	23	3.6	21	83	8	84	28	16	29	24	1.97
871777--871853	21	3.7	20	88	10	102	28	18	31	22	1.97
875583--875622	21	1.9	21	89	0	62	30	5	5	60	1.40
875585--875629	21	2.2	21	84	4	56	33	2	4	60	1.29
878715--878747	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
881689--881731	21	2.0	21	90	0	68	37	4	27	30	1.77
887180--887215	15	2.5	15	90	4	56	16	19	0	63	1.30
888714--888800	29	3.1	28	76	15	81	35	13	5	44	1.68
889917--889984	24	2.8	25	82	6	77	33	17	14	33	1.91
889945--890029	21	3.9	21	84	4	89	28	20	22	29	1.98
893524--893556	17	1.9	17	93	0	57	45	6	15	33	1.70
900648--900776	24	5.3	24	76	12	93	21	20	17	40	1.92
901478--901520	21	2.0	22	90	4	70	30	18	11	39	1.86
903282--903327	18	2.6	18	100	0	92	8	34	4	52	1.52
908289--908380	20	4.6	20	88	0	139	34	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922178--922337	65	2.5	64	83	9	175	30	22	19	27	1.98
929673--929715	21	2.0	22	86	4	61	32	13	11	41	1.81
933532--933594	24	2.6	24	79	0	81	33	15	12	38	1.86
937668--937729	30	2.1	30	93	0	106	27	11	19	41	1.85
939188--939270	26	3.2	26	79	3	87	32	13	20	33	1.91
939275--939361	45	1.9	45	90	0	138	28	9	24	37	1.86
940486--940525	20	2.1	19	90	4	62	17	27	20	35	1.95
942176--942207	11	2.9	11	95	0	55	18	0	21	59	1.38
949047--949081	15	2.4	15	90	4	54	0	17	2	80	0.84
955229--955512	54	5.3	54	84	2	356	29	18	21	30	1.97
955343--955426	27	3.1	27	65	20	68	33	13	21	32	1.91
955229--955512	107	2.6	108	83	2	356	29	18	21	30	1.97
958516--958688	90	1.9	89	94	1	301	43	7	10	38	1.67
965020--965089	20	3.3	21	70	16	63	42	2	4	50	1.37
970137--970417	54	5.2	53	84	1	294	32	17	19	30	1.95
970162--970417	107	2.4	108	87	2	345	32	16	19	31	1.94
971120--971237	43	2.8	43	85	3	141	25	19	14	40	1.89
971143--971278	43	3.2	43	86	3	159	24	22	12	41	1.88
975696--975747	22	2.4	22	83	6	70	42	11	15	30	1.82
976739--976901	82	2.0	83	83	1	211	34	14	19	32	1.91
976848--976973	42	3.0	42	66	13	98	32	15	20	31	1.93
976749--977068	83	3.9	83	77	6	263	34	13	18	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976791--977100	166	1.9	165	79	3	354	33	12	19	34	1.89
984112--984253	44	3.2	43	78	5	133	29	25	17	27	1.97
984257--984339	42	2.0	42	85	0	112	34	16	18	30	1.93
986383--986436	23	2.3	23	82	17	67	42	7	0	50	1.30
986880--986916	19	2.0	19	89	5	58	45	18	5	29	1.72
986944--987001	25	2.3	25	81	3	62	22	29	0	48	1.51
987040--987105	19	3.5	19	89	0	96	37	18	3	40	1.66
989867--989911	22	2.1	21	84	12	56	31	13	4	51	1.61
995149--995410	43	6.1	43	77	7	248	33	18	23	24	1.97
995143--995410	85	3.1	85	85	5	335	34	17	23	24	1.96
996060--996096	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
999549--999862	41	7.6	41	68	15	180	32	19	17	30	1.95
999489--999864	124	3.0	124	86	2	470	33	19	17	29	1.95
1001649--1001719	30	2.4	30	92	2	117	46	1	4	47	1.30
1001661--1001719	30	2.0	30	100	0	118	47	0	3	49	1.18
1004075--1004120	24	1.9	24	95	0	83	54	10	13	21	1.69
1004607--1004652	16	2.9	15	81	12	56	10	17	19	52	1.74
1005181--1005259	39	2.0	39	92	4	133	46	18	6	27	1.73
1005482--1005540	23	2.7	22	82	12	68	35	18	13	32	1.90
1005494--1005541	23	2.1	23	92	0	78	31	16	16	35	1.92
1007293--1007329	19	1.9	19	88	0	56	32	21	16	29	1.95
1007988--1008054	19	3.5	19	97	0	125	46	20	20	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008084--1008153	20	3.5	20	81	9	90	10	14	24	51	1.72
1008069--1008160	20	4.7	19	74	16	82	11	15	21	51	1.75
1009740--1009795	21	2.7	21	80	5	60	19	16	33	30	1.94
1010065--1010133	20	3.5	20	85	0	93	36	27	20	15	1.93
1010174--1010210	19	1.9	19	94	0	65	13	16	21	48	1.80
1010247--1010334	20	4.4	20	87	5	115	21	20	23	34	1.97
1010321--1010364	20	2.2	20	87	0	61	18	13	18	50	1.79
1010492--1010560	30	2.3	30	100	0	138	26	23	14	36	1.93
1010878--1010992	21	5.5	21	72	4	79	23	35	19	21	1.96
1010872--1010992	42	2.9	42	79	0	116	23	34	19	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11