genome.fa.s8925.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112230_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2702387

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1426766--1426805	21	1.9	21	84	0	53	32	25	5	37	1.77
1426852--1427151	55	5.5	55	83	4	347	34	10	14	41	1.79
1427738--1427840	42	2.5	41	82	1	107	29	21	16	33	1.95
1427278--1428141	238	3.7	237	84	4	1095	32	16	16	34	1.92
1439442--1439511	31	2.3	31	80	5	79	14	17	30	38	1.89
1447578--1447619	18	2.3	18	80	8	50	11	9	7	71	1.31
1448041--1448079	19	2.1	19	90	9	62	15	15	5	64	1.46
1449254--1449310	23	2.5	23	97	0	105	7	45	3	43	1.48
1450590--1450641	17	3.2	17	78	15	56	44	0	1	53	1.11
1450952--1450996	22	2.0	22	95	0	81	40	20	4	35	1.72
1458929--1458988	27	2.4	25	80	8	68	16	16	43	23	1.87
1458929--1458980	27	1.9	27	92	0	86	19	15	42	23	1.89
1460775--1460814	17	2.4	17	95	0	71	17	5	40	37	1.72
1463346--1463444	11	9.6	10	69	13	58	76	0	3	20	0.91
1463343--1463442	45	2.3	42	80	16	114	76	0	3	21	0.93
1463380--1463444	6	11.7	6	78	16	52	72	0	1	26	0.94
1463346--1463445	14	6.8	15	72	21	70	76	0	4	20	0.95
1468860--1468961	36	2.8	37	92	5	172	47	4	3	44	1.43
1470882--1470914	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
1474009--1474057	5	10.2	5	77	16	50	0	16	6	77	0.96
1474012--1474057	24	2.0	23	87	12	67	0	15	6	78	0.95
1474176--1474212	19	1.9	19	89	10	58	40	5	0	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1474439--1474473	17	2.1	17	88	0	52	77	2	2	17	1.02
1474677--1474736	8	7.5	8	98	0	111	40	10	0	50	1.36
1476065--1476166	3	34.3	3	92	2	161	65	0	0	33	0.99
1476298--1476529	103	2.2	104	81	8	267	25	19	19	35	1.95
1482807--1482861	23	2.4	23	93	3	94	21	36	23	18	1.95
1482807--1482885	23	3.6	22	86	5	88	21	35	24	18	1.96
1484771--1484808	17	2.3	17	86	4	51	18	2	26	52	1.58
1485129--1485174	23	2.0	23	100	0	92	34	8	26	30	1.86
1485237--1485262	8	3.2	8	100	0	52	26	0	11	61	1.30
1487103--1487312	67	3.0	72	79	12	195	38	15	17	29	1.90
1489687--1489760	8	8.4	8	72	21	51	1	18	1	78	0.90
1489682--1489715	12	2.8	12	86	4	50	0	17	0	82	0.67
1489706--1489755	17	2.9	16	88	8	64	0	24	2	74	0.93
1489702--1489760	18	3.4	16	86	9	73	1	20	1	76	0.96
1492868--1492906	18	2.1	18	85	4	51	64	10	2	23	1.37
1493544--1493596	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
1495187--1495223	3	12.7	3	88	5	58	67	0	0	32	0.91
1506220--1506294	31	2.4	32	91	4	118	22	13	6	57	1.59
1506448--1506492	22	2.0	22	83	8	56	22	2	13	62	1.42
1511326--1511386	31	2.0	31	84	12	83	32	6	9	50	1.61
1511341--1511435	47	2.0	47	100	0	190	32	6	12	48	1.66
1511347--1511445	47	2.1	47	92	3	164	33	5	13	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1511468--1511505	17	2.2	17	86	9	51	42	0	2	55	1.14
1515324--1515366	16	2.8	15	83	13	52	72	6	9	11	1.29
1540245--1540347	44	2.3	43	85	4	134	31	24	8	35	1.86
1546471--1546538	33	2.1	33	91	5	111	27	8	32	30	1.87
1546487--1546538	14	3.0	19	63	26	51	28	9	34	26	1.88
1549545--1549576	12	2.6	13	85	14	50	0	0	18	81	0.70
1557229--1557274	20	2.3	20	84	0	56	45	13	2	39	1.55
1557268--1557343	37	2.1	36	85	7	100	42	10	10	36	1.74
1558761--1559106	42	8.1	43	75	9	273	47	5	17	28	1.70
1558761--1559106	86	4.1	86	71	14	268	47	5	17	28	1.70
1558744--1558999	128	2.0	127	84	7	331	47	5	19	27	1.71
1558744--1558999	43	6.0	43	75	11	179	47	5	19	27	1.71
1562299--1562339	20	2.0	20	95	0	73	43	24	9	21	1.83
1565207--1565241	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1585814--1585869	19	2.9	19	85	15	71	25	16	0	58	1.37
1586147--1586171	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
1591420--1591461	19	2.2	19	91	8	68	26	14	0	59	1.35
1607260--1607297	20	1.9	20	88	0	58	31	23	10	34	1.89
1607618--1607651	15	2.2	16	89	5	52	23	23	0	52	1.47
1618499--1618568	17	4.1	17	80	5	79	38	7	14	40	1.73
1618499--1618568	34	2.1	34	83	5	88	38	7	14	40	1.73
1618516--1618598	34	2.4	34	76	11	89	42	4	15	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1618608--1618651	17	2.6	17	85	7	54	45	15	6	31	1.73
1618625--1618666	17	2.5	17	88	0	57	42	9	14	33	1.78
1622655--1622864	109	1.9	110	87	2	307	40	11	19	28	1.86
1625378--1625420	18	2.4	18	96	0	77	23	4	0	72	1.04
1625462--1625520	15	4.1	14	73	8	57	20	5	0	74	1.00
1625452--1625555	37	2.9	35	80	13	97	25	4	0	70	1.07
1625460--1625555	35	2.7	37	82	9	103	25	4	0	70	1.04
1630518--1630618	5	19.8	5	71	8	69	19	5	2	71	1.20
1632289--1632479	76	2.6	75	85	5	246	30	0	13	55	1.42
1633072--1633114	18	2.4	18	88	7	61	18	4	2	74	1.10
1633153--1633210	7	8.4	7	74	14	50	22	5	0	72	1.04
1633152--1633210	26	2.5	23	73	21	59	22	5	0	72	1.03
1633182--1633249	15	4.6	14	70	21	50	25	0	1	73	0.92
1637677--1637745	36	1.9	36	87	0	102	23	23	15	37	1.93
1637695--1637943	66	3.7	67	84	2	288	28	18	14	38	1.90
1637695--1637980	134	2.2	132	79	6	310	29	18	14	38	1.90
1637887--1638221	102	3.3	101	83	4	334	30	18	14	36	1.90
1638055--1638141	36	2.4	36	86	3	113	29	17	13	39	1.88
1644856--1645196	66	5.2	66	86	4	456	28	16	14	40	1.88
1644846--1645104	36	7.7	35	66	19	149	28	17	14	39	1.89
1645178--1645483	102	3.0	101	86	2	398	32	16	12	38	1.86
1645240--1645515	102	2.7	101	84	3	347	32	16	11	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1645978--1646021	21	2.0	22	86	4	63	52	38	0	9	1.33
1648084--1648108	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
1649342--1649404	29	2.1	30	82	5	74	52	3	6	38	1.43
1650111--1650212	35	2.9	36	87	11	156	46	4	0	49	1.23
1652296--1652334	17	2.3	17	86	0	51	66	2	0	30	1.05
1655216--1655271	17	3.2	17	70	14	51	55	1	1	41	1.21
1660854--1661084	108	2.1	110	83	7	281	44	7	10	37	1.69
1663345--1663417	38	1.9	38	91	0	119	28	12	21	36	1.90
1668720--1668746	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1671413--1671450	3	13.0	3	83	5	51	31	36	2	28	1.71
1672159--1672278	64	1.9	64	94	0	213	42	17	14	25	1.87
1675318--1675388	30	2.4	28	77	13	70	43	2	7	46	1.45
1675808--1675844	15	2.5	15	100	0	74	29	0	43	27	1.55
1677163--1677271	41	2.7	41	83	0	155	35	21	14	28	1.93
1680445--1680493	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
1680445--1680624	64	2.8	62	80	8	195	27	15	27	30	1.96
1680571--1680621	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
1680635--1680674	21	1.9	21	89	0	62	25	12	30	32	1.92
1683185--1683264	24	3.5	23	73	14	85	28	23	25	22	1.99
1683184--1683284	44	2.3	44	77	8	107	26	21	26	24	2.00
1689045--1689224	64	2.8	62	80	8	186	27	15	27	30	1.96
1689171--1689221	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1689235--1689274	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
1690474--1690534	29	2.1	30	84	3	79	34	18	6	40	1.76
1691826--1691936	50	2.3	49	83	14	133	32	1	13	52	1.51
1700954--1701674	54	13.4	54	86	2	964	25	17	19	37	1.94
1702036--1702087	18	2.9	18	88	8	72	67	0	1	30	1.02
1702028--1702090	10	5.7	11	77	17	51	65	0	1	33	1.03
1702037--1702094	24	2.5	23	79	15	66	67	0	1	31	1.01
1702813--1702976	76	2.2	76	87	3	233	57	10	2	29	1.45
1704704--1704743	11	3.6	11	80	12	55	82	5	2	10	0.91
1704702--1704743	22	2.0	22	90	4	68	83	4	2	9	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11